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在带有slurm的多节点上运行Mpirun的主机文件

是用于在高性能计算集群中使用Mpirun命令运行并行计算任务的配置文件。Mpirun是一个用于并行计算的工具,它可以在多个计算节点上同时运行同一个程序,实现分布式计算。

主机文件是一个文本文件,其中列出了参与计算的计算节点的主机名或IP地址。通过在主机文件中指定计算节点的信息,Mpirun可以将计算任务分发到这些节点上,并协调它们之间的通信和数据交换。

使用slurm作为作业调度系统的多节点集群,可以通过以下步骤在带有slurm的多节点上运行Mpirun的主机文件:

  1. 创建主机文件:使用文本编辑器创建一个新的文件,命名为hosts.txt(或其他合适的名称),并在文件中逐行列出参与计算的计算节点的主机名或IP地址。例如:
代码语言:txt
复制
node1
node2
node3
  1. 提交作业:使用slurm的作业提交命令(通常是sbatch)提交一个作业脚本,该脚本包含Mpirun命令和主机文件的路径。例如,创建一个名为job.sh的作业脚本,内容如下:
代码语言:txt
复制
#!/bin/bash
#SBATCH -N 3
#SBATCH --ntasks-per-node=4

mpirun -np 12 -hostfile hosts.txt ./my_parallel_program

其中,-N指定计算节点的数量,--ntasks-per-node指定每个计算节点上的任务数量,-np指定总的任务数量,-hostfile指定主机文件的路径,./my_parallel_program是要运行的并行程序。

  1. 提交作业脚本:使用slurm的作业提交命令提交作业脚本。例如:
代码语言:txt
复制
sbatch job.sh

这样,slurm将根据作业脚本中的配置信息,将计算任务分发到指定的计算节点上,并在这些节点上运行Mpirun命令,实现并行计算。

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