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在SGE上使用多个通配符提交snakemake作业时出现问题

问题描述: 当在SGE(Sun Grid Engine)上使用多个通配符提交snakemake作业时,可能会遇到一些问题。通配符是用于在snakemake中指定输入和输出文件的占位符,以便根据规则自动生成作业。然而,在SGE中,使用多个通配符可能会导致作业无法正确提交或执行。

解决方案:

  1. 检查作业脚本:首先,确保你的作业脚本中正确使用了通配符,并且通配符的命名没有冲突。确保通配符在输入和输出文件路径中的位置和格式正确。
  2. 调整通配符的使用方式:如果你的作业脚本中使用了多个通配符,尝试调整它们的使用方式。可以尝试将多个通配符分开使用,或者使用更具体的通配符命名规则,以避免冲突。
  3. 检查SGE配置:检查SGE的配置文件,确保作业调度器正确配置,并且能够处理通配符。确保SGE的版本支持通配符的使用。
  4. 联系SGE管理员:如果问题仍然存在,建议联系SGE管理员寻求帮助。他们可能能够提供更具体的解决方案或调整SGE的配置以适应你的需求。

总结: 在SGE上使用多个通配符提交snakemake作业时出现问题可能是由于通配符的使用方式不正确或SGE的配置问题所致。通过检查作业脚本、调整通配符的使用方式、检查SGE配置以及联系SGE管理员,可以解决这个问题。

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