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比较微生物差异分析方法

微生物研究我们常常需要根据某些感兴趣表型来找到与其相关特征(比如菌群、OTU、基因家族等等)。...但微生物数据结构导致了这必然是一项相当艰巨任务,因为他们: •高维特征集(通常超过 100 到 10,000 个特征);•高度稀疏(许多特征仅在少数样本中被发现);•特征间复杂相关性结构;•计数组成性...虽然这并不完美,但至少会证明一些结果鲁棒性,增加我们对结果信心。 下面我将基于一个用 MetaPhlAn2 注释公共宏基因数据,使用五种不同算法进行差异分析。...[6] 包(关于这个包教程可以参见我之前笔记)提供公共数据[7] 来识别从印度南部与印度中北部人群收集粪便样本差异菌群。...比如,图中我们可以看到有 11 个菌被除 DESeq2 外其余四种方法证实,这些菌或许就是下一步需要探究方向。

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数据科学各行各业差异

另外,三项数据科学技能熟练度不同行业存在显著统计学差异。与其他行业相比,专业服务行业数据科学家在所有三项数据科学技能方面,都拥有最高熟练度。...此外,不同行业在数据科学家类型、技能熟练度以及项目结果满意度方面,也存在差异。 数据科学各行业所扮演角色大为不同。十个行业,有六个行业数据科学家以研究人员为主。...在其余行业,则以另外三个角色为主。这种差异反映了各个行业所需要数据科学家完成工作量和工作类型不同。...我们需要进一步研究才能更好地理解,究竟是什么导致各行业项目结果满意度方面存在上述差异。 虽然数据科学家从事于各行各业,但他们很多人都来自少数几个行业。行业不同,其数据科学家类型也不同。...虽然每个行业都涵盖了数据科学家所有四个类型,但侧重点各有不同。调查结果表明,无论身处哪一业,数据科学家职责在于优化数据科学价值。

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SQL转列和列转行

而在SQL面试,一道出镜频率很高题目就是转列和列转行问题,可以说这也是一道经典SQL题目,本文就这一问题做以介绍分享。 ? 给定如下模拟数据集,这也是SQL领域经典学生成绩表问题。...01 转列:sum+if 在行转列,经典解决方案是条件聚合,即sum+if组合。...其基本思路是这样长表数据组织结构,同一uid对应了多行,即每门课程一条记录,对应一分数,而在宽表需要将其变成同一uid下仅对应一 长表,仅有一列记录了课程成绩,但在宽表则每门课作为一列记录成绩...这里重点解释其中三个细节: 每个单门课衍生表,例如这句:SELECT uid, '语文' as course, `语文` as score,用单引号包裹起来课程名称是字符串常量,比如语文课衍生表课程名都叫语文...这实际上对应一个知识点是:SQL字符串引用用单引号(其实双引号也可以),而列字段名称引用则是用反引号 上述用到了where条件过滤成绩为空值记录,这实际是由于原表存在有空值情况,如不加以过滤则在本例中最终查询记录有

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SQL 找出分组具有极值

这些需求有两个共同点:一是需要做分组,有按部门分组、有按科目、也有按用户分组;二是分组里面找到存在极值,是整行数据,而不只是极值。...窗口函数 如果你在用 MySQL 5.8+,窗口函数可能是你最先想到办法,因为它足够简洁、简单。 先按部门分组,再对内按照薪资降序排序,取排序序号为 1 即为部门最高薪资员工信息。...* FROM a left join b on 关联条件 语句中 ,不论 b 表是否有数据可以和 a 表匹配,a 表数据都会查询出来。...关联条件 b.deptno = a.deptno AND a.sal < b.sal ,只要 a.sal 不是分组内最大值,总能在 b 表中找到比它大数据。...当 a.sal 是分组最大值时,a.sal < b.sal 条件不成立,关联出来结果 b 表数据为 NULL。

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VimVi删除、多行、范围、所有及包含模式

使用linux服务器,免不了和vi编辑打交道,命令行下删除数量少还好,如果删除很多,光靠删除键一点点删除真的是头痛,还好Vi有快捷命令可以删除多行、范围。 删除 Vim删除一命令是dd。...以下是删除分步说明: 1、按Esc键进入正常模式。 2、将光标放在要删除上。 3、键入dd并按E​​nter键以删除该行。 注:多次按dd将删除多行。...删除范围 删除一系列语法如下: :[start],[end]d 例如,要删除从3到5,您可以执行以下操作: 1、按Esc键进入正常模式。 2、输入:3,5d,然后按Enter键以删除。...删除包含模式 基于特定模式删除多行语法如下: :g//d 全局命令(g)告诉删除命令(d)删除所有包含。 要匹配与模式不匹配,请在模式之前添加感叹号(!): :g!.../foo/d-删除所有不包含字符串“foo”。 :g/^#/d-从Bash脚本删除所有注释,模式^#表示每行以#开头。 :g/^$/d-删除所有空白,模式^$匹配所有空行。

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负二项分布差异分析应用

无论是DESeq还是edgeR, 文章中都会提到是基于负二项分布进行差异分析。为什么要要基于负二项分布呢?...从统计学角度出发,进行差异分析肯定会需要假设检验,通常对于分布已知数据,运用参数检验结果假阳性率会更低。转录数据,raw count值符合什么样分布呢?...count值本质是reads数目,是一个非零整数,而且是离散,其分布肯定也是离散型分布。对于转录数据,学术界常用分布包括泊松分布和负二项分布两种。...在数据分析早期,确实有学者采用泊松分布进行差异分析,但是发展到现在,几乎全部都是基于负二项分布了,究竟是什么因素导致了这种现象呢?...通过计算所有基因均值和方差,可以绘制如下图片 ? 横坐标为基因在所有样本均值,纵坐标为基因在所有样本方差,直线斜率为1,代表泊松分布均值和方差分布。

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空间信息空间转录运用

桑基图单细胞数据探索应用 热图单细胞数据分析应用 定量免疫浸润单细胞研究应用 Network单细胞转录数据分析应用 你到底想要什么样umap/tsne图?...如研究不同暴露部位差异 空间信息可以直接地包括在对其他特征分析过程。...如特征选择PCA空间,我们需要思考纳入几个维度;可视化时候我们会用TSNE/UMAP二维空间;分细胞亚群时候用到聚类(clustering)是降维空间内计算细胞间距离(distance);...地理学第二定律(空间异质性定律)简直就是空间转录灵魂,我们为什么要做空间转录啊,谁还不是为了获得细胞、基因表达空间异质性?...最简单是按照细胞之间距离传统模型中加入一个距离权重,把空间信息加入到推断过程

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计算架构添加边缘计算利弊

而边缘计算可以减少网络等待时间,减少数据在网络上暴露,某些情况下,通过将处理加载到最终用户设备来降低成本。 ? 由于具有吸引人优势,云计算架构师可能希望将尽可能多工作负载推向边缘计算。...主要有两种类型: •设备-边缘计算,其中直接在客户端设备上处理数据。 •云计算-边缘计算,其中边缘计算硬件上处理数据,而边缘计算硬件地理位置上比集中式云计算数据中心更靠近客户端设备。...这些服务器通常位于比中央云更靠近最终用户数据中心。 边缘计算局限性 企业决定将工作负载移至边缘计算之前,需要评估支持这些边缘计算模型是否合理。这些限制可能使企业回到传统计算架构。...边缘计算处理和存储数据是不切实际,因为这将需要大型且专门基础设施。将数据存储集中式云计算设施成本将会低得多,也容易得多。 •智能照明系统。...允许用户通过互联网控制家庭或办公室照明系统不会生成大量数据。但是智能照明系统往往具有最小处理能力,也没有超低延迟要求,如果打开灯具需要一两秒钟时间,那没什么大不了

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Sql语句Mysql执行流程

分析器: 没有命中缓存的话,SQL 语句就会经过分析器,分析器说白了就是要先看你 SQL 语句要干嘛,再检查你 SQL 语句语法是否正确。   ...连接建立后,执行查询语句时候,会先查询缓存,MySQL 会先校验这个 sql 是否执行过,以 Key-Value 形式缓存在内存,Key 是查询预计,Value 是结果集。...当然真正执行缓存查询时候还是会校验用户权限,是否有该表查询条件。             ...MySQL 查询不建议使用缓存,因为查询缓存失效实际业务场景可能会非常频繁,假如你对一个表更新的话,这个表上所有的查询缓存都会被清空。...对于不经常更新数据来说,使用缓存还是可以。             所以,一般大多数情况下我们都是不推荐去使用查询缓存

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SpringBoot@Transaction不同MySQL引擎下差异

springboot进行事务测试时候,发现事务没有生效,方法上添加了@Transactional注解并让方法先执行插入操作,接着再抛出个异常,触发事务回滚,代码如下: @Transactional...ENGINE=MyISAM即表示了使用是MyISAM引擎,所以测试代码事务回滚没有生效。...SpringBootapplication.properties配置文件,加入如下一配置即可: spring.jpa.database-platform=org.hibernate.dialect.MySQL5InnoDBDialect...可以执行SQL前调用BEGIN,多条SQL形成一个事物(即使AUTOCOMMIT打开也可以),将大大提高性能。...只有executeSave方法执行完成跳出此方法之后,即执行到调用逻辑return ""语句时候,数据库才能查询到记录。

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图形显卡与专业GPU模型训练差异分析

引言 深度学习和大数据分析领域,高性能计算能力是至关重要。英伟达(NVIDIA)作为全球领先显卡和GPU制造商,推出了多款适用于不同场景硬件产品。...其中,H100等专业级GPU因其强大计算能力和专为模型训练优化架构而备受瞩目。然而,这些专业级GPU价格通常非常高昂。...那么,模型训练方面,图形显卡和专业级GPU到底有哪些差异呢? 本文将从硬件架构、计算能力、软件支持和成本等方面进行全面分析。...架构:拥有大量低频CUDA核心,以及更多内存带宽和存储容量。 计算能力 图形显卡 浮点运算:通常具有较低单精度和双精度浮点运算能力。...并行处理:由于核心数量相对较少,因此并行计算方面表现一般。 专业级GPU 浮点运算:具有极高单精度和双精度浮点运算能力。 并行处理:由于拥有大量CUDA核心,因此并行计算方面表现出色。

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SQL代码隐藏数据库书单

但几次之后,发现精通数据库高手,并不是靠师傅培养就能出来。 举个例子:下面这段不到 3 SQL 代码,跑了 30 秒都没有出来结果,你怎么解决? ?...更多,就是第一朋友留言那样,“我没遇到过,我没从你群里学到技巧,你真没意思” 现实,也没好到哪里去!碰到这个问题,还是直接找我要答案,并不想知道,答案从哪里来。...在这段不到 3 SQL ,至少能反应出一个人看过哪些书,是真正看进去,弄明白那种看书。...image 上面两本书,至少给了你线索,从这些带蓝框算法里面找瓶颈。 进阶书籍 当我语句后,加入一段命令,数据就秒出,我不知道这个时间节省了多少倍,超过 30 秒 SQL 是根本不允许存在。...高手培养,真不是一朝一夕,还得看资质。 晋级书单,一定会有数据库性能调优相关书。

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DECLARESQL用法及相关等等

computed_column_expression 定义计算列值表达式。计算列由同一表其他列通过表达式计算而得。例如,计算列可以定义为 cost AS price * qty。...有关 Windows 排序规则名称和 SQL 排序规则名称详细信息,请参阅 COLLATE (Transact-SQL)。 DEFAULT 如果在插入过程未显式提供值,则指定为列提供值。...添加新行时,SQL Server 将为列提供一个唯一增量值。标识列通常与 PRIMARY KEY 约束一起用作表唯一标识符。...seed 是装入表第一所使用值。 increment 添加到以前装载列标识值增量值。 ROWGUIDCOL 指示新列是全局唯一标识符列。...它后面的两个 SELECT 语句返回 @MyTableVar 值以及 Employee 表更新操作结果。

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MySQL转列和列转行操作,附SQL实战

MySQL是一款常用关系型数据库,广泛应用于各种类型应用程序和数据存储需求。MySQL,我们经常需要对表格进行行转列或列转行操作,以满足不同分析或报表需求。...本文将详细介绍MySQL转列和列转行操作,并提供相应SQL语句进行操作。转列转列操作指的是将表格中一数据转换为多列数据操作。MySQL,可以通过以下两种方式进行行转列操作。1....SUM(order_amount)部分是对原始数据相同年份订单金额进行求和。2. 自定义SQL语句除了使用PIVOT函数外,还可以使用自定义SQL语句实现行转列操作。...列转行列转行操作指的是将表格多列数据转换为一数据操作。MySQL,可以通过以下两种方式进行列转行操作。1....结论MySQL转列和列转行操作都具有广泛应用场景,能够满足各种分析和报表需求。实际应用,可以根据具体需求选择相应MySQL函数或编写自定义SQL语句进行操作。

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BIT类型SQL Server存储大小

SQL ServerBIT类型到底占用了多少空间?...例如这样一个表: CREATE TABLE tt ( c1 INT PRIMARY KEY, c2 BIT NOT NULL, c3 CHAR(2) NOT NULL ) SQL Server存储表数据时先是将表列按照原有顺序分为定长和变长...(变长就是长度不固定数据类型,如varchar,nvarchar,varbinary等)两。...关于数据具体格式我就不在这里多说了,SQL Server 2005技术内幕 存储引擎》中有详细介绍。我们插入数据从第5个字节开始,是01000000 016161。...3.一个表中有多个BIT类型列,其顺序是否连续决定了BIT位是否可以共享一个字节。SQL Server按照列顺序存储,第一列和最后一列都是BIT数据类型列,不可以共用一个字节。

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