在snakemake上找不到google-lifesciences参数 - 腾讯云开发者社区

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【分享】在集简云上架应用如何配置动作接口参数？

：如果我们需要配置额外的参数在body或者header，可以点击”更多选项“点击后展开更多选项，可以配置body,header等参数，添加参数时左侧为字段key，右侧为字段key对应的字段值，字段值可以引入变量...我们可以在右侧的下拉选项中设置这个字段的类型。额外选项：点击“额外选项”按钮会展开如下选项配置：请求字段为空时自动忽略的意思是指，如果接口配置设置的参数值为空时，自动忽略对应参数key的请求。...例如，我们配置了一个参数，参数key为key1, 参数值为变量 ({{input_data.phone}}. 由于变量值有可能为空，比如用户没有在前端填写这个参数。...）和我们配置在动作的请求参数（在动作设置中添加的字段key）进行接口调用，以检验接口是否可用。...在账户列表中选择一个已经授权的账户，如果没有选择添加新账户。添加新账户时需要填写的字段和请求接口都是我们在应用授权步骤设置的。

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【分享】在集简云上架应用如何设置动作字段参数？

在开发者平台应用授权和触发/执行字段时都会涉及到字段参数，我们介绍一下各个字段参数的配置。...应用授权时的字段参数设置界面：动作设置-添加普通字段时的字段参数设置界面：字段参数包括：字段Key：用于接口调用时的唯一字段标识，字段key应该为英文字母，例如API_Key。...在前端展现给用户的字段名称，例如用户名，非必填，如果不填写则以字段key做为字段名称字段说明：非必填，在前端展现给用户，用于说明改字段内容如何填写，我们建议填写字段说明例如格式示例，特别是日期时间类型的字段，需要填写格式在字段说明中...字段类型：字段类型决定此字段的字段值在接口中以什么格式请求，如果是文本，多行文本则以文本格式请求，如果是数值，浮点则以数值格式请求。...添加json格式的选项，其中key为接口请求参数，在接口调用时将使用此参数请求。label为用户在前端看到的选项名称。格式示例：图片前端展示示例：

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struts2使用Convention Plugin在weblogic上以war包部署时，找不到Action的解决办法

环境： struts 2.3.16.3 + Convention Plugin 2.3.16.3 实现零配置现象：以文件夹方式部署在weblogic(10.3.3)上时一切正常，换成war包部署，运行时提示找不到...检查生成的war包中\WEB-INF\classes\下有无META-INF目录，如果没有，在eclipse里resource\META-INF下随便放一个文件，比如test.xml，这样maven打包生成

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使用snakemake编写生信分析流程

deployed to any execution environment.通过官网的介绍，可知snakemake是一个python包，所以可以在snakemake脚本中使用任何python语法。...github下载了作者写好的wrapper.py文件，虽然很长，其实就是一个判断你输入内容，然后交给fastp去执行的python脚本，所以我们需要按照作者的要求提供输入和输出文件名字，以及适当的额外参数...后来才知道，reason不是推测的意思，而是名词原因的意思，这一步为什么会执行，因为输出文件不在指定的位置，换言之，如果我们跑完fastp_se后中断了snakemake流程，下次在接着跑流程，是不会跑...omit-software" wrapper: config["warpper_mirror"]+"bio/reference/ensembl-sequence"config一般情况下需要把配置参数写在...config/config.yaml文件中，在snakemake流程中，读入的config是一个嵌套字典，而且config是全局变量samples: config/samples.tsvgenome:

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snakemake 学习笔记2

一个稍微复杂的案例, 看看snakemake的用法....过程介绍 1, 安装snakemake 2, 新建文件 3, 新建一个简单的Snakemake参数文件 4, 扩展, 去关联输出文件 5, 使用全局变量, 关联文件 6, 批量运行 1, 安装snakemake...格式是FASTQ的文件, 然后经过下面两步处理: 第一步: 数据质量控制第二部: 将基因表达合并为一个文件创建文件创建genome.fa文件, 使用touch创建空文件即可创建fastq文件夹在fastq...参数文件将下面代码命名为Snakefile SAMPLES = ['Sample1', 'Sample2'] rule all: input: expand('{sample...预览命令, 使用命令: snakemake -np 参数介绍 -n 或者—dryrun, 表示只生成命令, 但是不执行命令, 可以预览一下生成的命令.

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使用MAGeCK-VISPR生成CRISPR Screen分析流程

/ERR376999.subsample.fastq ~/MAGeCK_VISPR_test/esc-testdata/reads/ERR377000.subsample.fastq 运行结果：在~.../MAGeCK_VISPR_test/目录下生成了snakemake文件config.yaml 换了文件夹再运行了一次，发现旧文件没有被覆盖。...library文件长这样： 5.2 修改样本分组修改前查数据分组，只有ERR376998是对照修改后 5.3 选择分析策略修改前修改后（下图有错，报错示例）这个矩阵文件也在tree...注释掉再次 snakemake -n 这下对了，能看到进程总览运行snakemake文件 snakemake --cores 8 运行结束后的界面 7- 输出结果 8- 软件优势 1-...能提供完整的pipeline文件，直观看到分析中使用的参数，方便参考和流程的整理 2-结合了snakemake的优势，批量操作便捷

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一步一步用Snakemake搭建gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程

事情是这样的，前些天我在朋友圈发了一张图片： ?...准备工作正式开始前，你需要完成以下工作： 1、在linux环境下安装好了conda，并使用conda安装好了gatk4（4.1.6.0）、Snakemake（5.13.0）、trim-galore（0.6.5...这里需要注意：1、Snakemake会自动创建不存在的目录；2、如果shell命令没有定义输出文件，也可以不写output；3、这一步使用了{sample}这个参数，但实际上{sample}还没有定义，...在这里定义了参数sample，Snakemake从rule all回溯到这里的时候就知道了sample代表的具体样本名。...通过添加--cores/--jobs/-j N参数可以指定并行数，如果不指定N，则使用当前最大可用的核心数。一切准备妥当，运行命令snakemake --cores 16，程序就跑起来了。

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Flink on Yarn两种模式启动参数及在Yarn上的恢复

-z,--zookeeperNamespace 针对HA模式在zookeeper上创建NameSpace flink on yarn模式会覆盖一些配置文件 jobmanager.rpc.address.../examples/batch/WordCount.jar 在job结束后就会关闭flink yarn-session的集群第二种方式命令参数解释： sudo /usr/lib/flink/bin/...: -c,--class 如果没有在jar包中指定入口类，则需要在这里通过这个参数指定 -m,--jobmanager 指定需要连接的jobmanager...独立job模式客户端命令行参数参考：flink独立Job命令三. 补充：Flink在YARN上的恢复行为 Flink 的 YARN 客户端具有以下配置参数来控制容器故障时的行为方式。...这些参数可以从 conf/flink-conf.yaml 中设置，或者在启动会话时使用-D参数设置如： yarn.reallocate-failed: 此参数控制Flink是否应重新分配失败的TaskManager

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参数量200亿，在4300万条指令上微调而成

具体来说，它包含：一个参数量达 20B 的开源模型，该模型基于 EleutherAI 的 GPT-NeoX-20B，在 4300 万条指令上进行了微调；一个参数量达 60 亿的审核模型（moderation...但在此开源项目的基础上，社区有望构建出更加强大的聊天机器人应用。参数量 20B 的指令调优大模型 GPT-NeoXT-Chat-Base-20B 是构成 OpenChatKit 基础的大型语言模型。...从质量上看，它在 HELM 基准上的得分比其基础模型 GPT-NeoX 高，特别是在涉及问答、提取和分类的任务上。...在 HELM 上评估 GPT-NeoXT-Chat-Base-20B 并与 GPT-NeoX 进行比较。†表示测试包含微调语料库中的数据。...审核模型在必要时进行干预 OpenChatKit 的最后一个组件是一个由 GPT-JT 微调的 60 亿个参数的审核模型。

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Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告

流程 Snakemake简介 Snakemake是一个工作流引擎系统，提供了基于Python的可读性流程定义语言,可重现,可扩展的数据分析的工具和强大的执行环境，无需流程更改就可从单核环境迁移到集群，云服务环境上运行...如果是在输出导向的snakemake 中，则需要先确定输出文件。...在config.yaml中添加一些注释使用的参数 OrgDb: org.Mm.eg.db txdb: TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene 差异peak寻找差异peak...而基因间区上一般也有微弱的信号，因为基因间区在基因组上占比极大，所以检测到的 Peak 相对其他区域来说可能比较多，但这种 Peak 一般不是真的调控因子结合位点。...计算每个样本在每个合并的新 Peak 区域上的 Read 数目，最后使用 DESeq2 进行差异分析，得到样本间的差异 Peak 即差异染色质开放区域。

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dotnet 修复在 Linux 上使用 SkiaSharp 提示找不到 libSkiaSharp 库

本文告诉大家如何简单修复在 Linux 上使用 SkiaSharp 提示找不到 libSkiaSharp 库我的应用在 Windows 上跑的好好的，放在 Linux 上一运行就炸掉了，异常内容如下...解决的方法是再安装上 SkiaSharp.NativeAssets.Linux 或 SkiaSharp.NativeAssets.Linux.NoDependencies 库即可如在 csproj 上添加以下代码用来安装...PackageReference Include="SkiaSharp.NativeAssets.Linux.NoDependencies" Version="2.88.0" /> 以上的方法经过我在...WSL 的 Ubuntu 上测试本文的例子放在github 和 gitee 欢迎访问可以通过如下方式获取本文的源代码，先创建一个空文件夹，接着使用命令行 cd 命令进入此空文件夹，在命令行里面输入以下代码

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workflow03-用snakemake制作比对及变异查找流程

ps：这里如果直接使用samtools 的-o 参数呢？...直接使用snakemake即可： snakemake -np mapped_reads/A.bam 同样，我们也可以在我们的规则中，使用通配符： rule bwa_map: input:...我们在snakemake 中使用的{sample}，实际上是创建的wildcards 对象的一个属性。因此在shell 中需要写为{wildcards.sample}。...ps：这里-T 参数实际也是指定的临时文件的前缀。...input，而非output，如果我们在all 规则中书写的是output，则all 规则将孤立，错误的输出结果： $ snakemake -np Building DAG of jobs...

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Snakemake — 可重复数据分析框架

灵活性：Snakemake允许用户以模块化和可重复的方式定义数据分析步骤，易于修改和重用。可扩展性：它可以在各种计算环境中运行，从单个计算机到高性能计算集群，甚至是云环境。.../snakemake 2发表文章 Johannes Köster及其团队在多个场合发表了关于Snakemake的文章，展示了其如何促进科学研究的可重复性和高效性。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则...使用它时，请确保每行都有一个尾随空格，但最后一行除外，以避免参数没有正确分开 $cat plot-quals.py import matplotlib matplotlib.use("Agg") import...[0])] plt.hist(quals) plt.savefig(snakemake.output[0]) 测试流程是否能跑通 ## 在snakefile所在的目录下，执行以下命令 snakemake

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workflow01-初探snakemake

写好了Snakefile 脚本，我们就可以在同一目录下执行： $ snakemake -np Building DAG of jobs......-n 参数为试运行，-p 则将输出信息打印到shell。我们可以仔细解读一下上面打印的snakemake 的执行过程。...Snakefile 设置了output 对应的文件，否则我们在调用snakemake 的时候，需要显式地设置output 对应的文件： snakemake -np results/awesome/001...牵一发而动全身，如果执行软件TrimmoMcAwesome 要修改某些参数，又得再echo 一遍吗？...这个过程总结如下：同样地，在命令行中我们也可以使用通配符： $ snakemake -np results/awesome/00{1..3}_R{1,2}.fq Building DAG of jobs

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workflow05-snakemake的进阶操作一

执行的时候，我们需要制定--cores 参数，设置snakemake 全部任务执行时，不超过的最大线程数。...2-配置文件我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...7.8.0 documentation[2] 单纯从这点上，我并没有体会到config 的便利。...或者是应对不同的场景需求，设置参数呢？...4-日志文件在shell 工作流中，我们会通过重定向，以将输出保存到文件中。snakemake 同样提供了选项。

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零基础学Java（9）在mac上运行命令行提示”找不到或无法加载主类”

天坑遇到的问题：使用命令行执行命令：java EightSample，会报以下错误错误: 找不到或无法加载主类 EightSample 运行环境 mac系统 IntelliJ IDEA编译器...问题原因是因为idea编辑的时候加上了包名导致的错误解决办法1 去掉第一行的package JavaProgramming; ，然后在EightSample.java文件的当前目录编译java

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「Workshop」第七期：Snakemake 介绍

组成，每一个rule执行一个任务，通过不同的rule串联完成流程，snakemake还支持断点重启。...rule all 一个特殊的rule，只有输入文件，为最后的要输出的结果文件，如果一个snakemake中存在多个rule需要加上这个rule否则只会输出第一个rule的结果 params 指定运行程序的参数...output: "out.txt" shell: "cat {input} > {output}" inclue 大型的流程可以将不同的部分，分成不同的模块，在最后一个总的..."qsub -V -cwd -q 投递队列" -j 10 # -c CMD: 集群运行指令 # qusb -cwd -q，在当前目录下运行(-cwd), 投递到指定的队列(-q) # --j N: 在每个集群中最多并行...N核 ❞ Reference [1] snakemake文档: https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/

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沉浸式体验WGBS(上游)

.pdf 850K甲基化芯片数据的分析.pdf 使用DSS包多种方式检验差异甲基化信号区域.pdf 然后就可以看我在B站免费分享的视频课程《甲基化芯片（450K或者850K）数据处理》教学视频免费在...作为一种高性价比的甲基化研究方法，简化甲基化测序在大规模临床样本的研究中具有广泛的应用前景。...此文件夹必须包含未修改的基因组（如 .fa 或 .fasta 文件）以及在 Bismark 基因组准备步骤中生成的两个亚硫酸氢盐基因组子目录。...），ignore_r2指的是在提取甲基化水平时不要提取pair2的前两个位置（类似的参数还有ignore ，ignore_3prime，ignore_3prime_r2。...step2.依据M-bias，增加参数，提取甲基化 (snakemake) yulan 22:47:34 ~/wgbs_test/extractor $ cat m.sh outP=/home/yulan

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Snakemake入门

当你整理好流程以后，只需简单替换几个参数，就能快速开始分析一个新的数据。 Snakemake 的另一个强大特性是它的并行处理能力。...简单来说，它有以下优点：可读性强易移植模块化管理透明能生成流程图，看到每个过程可扩展可拓展的平台 2如何使用在 Snakemake 中，可以使用类似于 Python 的语法来描述任务和规则...因此，想要正确使用Snakemake你需要一个写好了rule的Snakefile，其中rule包含input、output和action（有时也会包含一些参数eg. threads）。...另外，在此基础上，如果我们重新运行snakemake ds1_filtered_plot.pdf会显示命令已经完成，这即是前面提到的“仅在需要时执行，从而最大程度地提高效率”。...3Snakemake 参数 Snakemake的参数非常多，常用的有以下几个： -p：打印运行的shell命令。 -n：只展示需要完成的步骤，不运行。 -F：强制运行所有步骤。

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phpstudy8在windows2016上安装后在服务列表找不到服务

phpstudy8在windows2016上安装后在服务列表找不到服务 phpstudy最新版用了mysql8.0，安装之前先安装VC库http://www.pc6.com/softview/SoftView...包含了Web服务和数据库服务注册表路径是HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run image.png 同样的软件在2008

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