我一直在研究snakemake executor的脚本，我得到了这个错误： snakemake: error: unrecognized arguments: --google-lifesciences--google-lifesciences-region 代码： snakemake --google-lifesciences --default-remote-prefix disha_lodha
浏览 12提问于2020-10-24得票数 0
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当我在google生命科学执行者上运行snakemake时，我运行的内容如下：
snakemake --google-lifesciences --default-remote-prefix my_bucket_name
浏览 2提问于2021-05-10得票数 1
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我尝试使用snakemake --tibanna创建的"Unicorn“步骤函数在亚马逊网络服务上部署Snakemake。我似乎找不到一种方法来改变Tibanna接受的不同参数，比如哪个子网、AZ或安全组将用于实际部署的EC2实例。谢谢!
浏览 3提问于2020-03-10得票数 1
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但是，在运行此Snakefile时，Snakemake不激活Conda环境，并返回此错误： jobid: 0CalledProcessError in line 5 ofLook above for error message
我尝试通过同时使用Sna
浏览 0提问于2018-09-11得票数 0
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Test include from snakemake `r snakemake@input`.错误: pandoc文档转换失败，错误99
有谁能解决这个问题吗？我认为唯一
浏览 10提问于2021-08-03得票数 1
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背景：我必须将我的Snakemake管道从一个节点的使用调整到一个具有资源管理的集群。使用特定于SLURM的Snakemake配置文件，我的规则成功地作为SLURM作业提交，因此我继续将Snakemake指令resources添加到每个非本地规则中，以优化队列调度。问题：我的管道有许多小的单CPU作业，我用Snakemake规则指令group绑定了这些作业。以下是错误：Failed to group jobs together.我想，每个组应该只有一个resource设置，但是我找不
浏览 5提问于2021-11-12得票数 0
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我尝试强制Snakemake按顺序运行规则(具有多个作业)，以避免内存冲突。但是我一直收到类似这样的错误： x86_64-conda-linux-gnu % snakemake --resources mem_mb=100000 run_eval_all File "/local/home/zhakaida/mambaforge/envs/r_snake/bin/snakemake</em
浏览 61提问于2021-07-08得票数 1
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问题
4)如果我在config.json文件中指定了{jobid}，那么Snakemake{{print $1}}
浏览 2提问于2017-05-25得票数 0
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编辑，在尝试任何操作之前，请确保安装Snakemake之前：如广告所示：。原始文章=>Command '
source activate /rst1/2017-0205_illuminaseq/scratch/swo-406/snakemake这
浏览 2提问于2018-11-15得票数 0
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从那以后，我开始更喜欢Snakemake而不是GNU Make的分析工作流。有没有一种简单的方法可以用Snakemake实现类似的行为？
浏览 0提问于2018-10-11得票数 4
我有一个在Snakemake中生成文件的简单规则。即使将--latency-wait指定为命令行选项，运行snakemake也会立即导致找不到生成的文件的错误。然而，这似乎是一个与延迟相关的问题，因为这个Snakefile在本地机器上运行没有问题。下面的输出是在存在已知延迟问题的系统上显示的。--version$ snakemake -p --latency-wait 10
Building DAG of jobs...
浏览 87提问于2018-08-08得票数 0
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我有一个问题，关于官方的Snakemake容器形象。
有人能告诉我在码头集装箱中使用奇点的正确方法吗？
谢谢,
浏览 0提问于2020-05-03得票数 2
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有些snakemake参数遵循key=value模式。我想把它们添加到snakemake profile yaml文件中。 例如，命令行参数应该存储在snakemake配置文件中。
浏览 24提问于2020-09-24得票数 0
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我在我的snakemake工作流中执行R脚本时遇到了一些问题。我的个人.Rprofile似乎是在R脚本中加载的。该作业在一个奇点容器内运行，问题是我在R配置文件中自动加载了一些没有安装在容器中的包。
浏览 6提问于2018-09-17得票数 4
我在GNU/LinuxUbuntu16.04.5上工作。请注意，我忽略了我认为与本次讨论无关的参数。我知道我可以事先找出所有的文件夹，并在运行snakemake之前创建它们，但是这看起来效率很低。在snakemake中没有为我做这件事的功能吗？如果我在头节点上运行snakemake，它也能工作。注意，我的slurm.json有以下用于fastqc的参数(默认参数未显示)：
"fastqc"
浏览 6提问于2019-04-22得票数 2
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我有一个配置文件，可以被Snakemake读取，还有一个配置文件，如果代码在Snakemake之外运行，它将被解析。script:然后，在runfile.py中，我测试了脚本是否在Snakemake中运行，如下所示：
if 'snakemake' in globals这很好，只是我在虚拟环境中工作，我想使用的Python版本与Snakemake默认使用的版本不同。output
浏览 3提问于2019-04-30得票数 3
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我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上的load，或者在为input提供名称的情况下调用read.table来读取csv文件。
另一个问题是集群提交/多线程。据推测，Snakemake将把任务提交到多个节点上，并自动使用多个核心，而无需修改代码。那么，使用cluster和/或cores调用一个R脚本来执行整个管道，或者将管道分解
浏览 2提问于2019-07-02得票数 2
我正在尝试运行一个带集群提交的snakemake，用于RNAseq分析。因此，在终端的工作目录中，我执行以下操作：但是，作业没有提交，并且我得到了以下错误：UnableError submitting jobscript (exit code 1):我还尝试在运行snake文件时直接设置节点变量，如下所示：
snakemake --cluster "qsub -V -在这一点上</e
浏览 1提问于2017-04-12得票数 0
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