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跟着Nature学作图:R语言ggplot2散点图并给指定添加颜色

,争取把有原始数据图都用R语言来复现一下 41586_2023_5710_MOESM4_ESM (1).xlsx 今天推文复现一下论文中Fig1a image.png 部分示例数据 image.png...最基本散点图 library(tidyverse) fig1a<-read_delim("data/20230521/Figure1a.txt", delim = " ")...shape=21, fill="#f1f1f1", color="black")+ theme_bw() image.png 给指定映射颜色...这里我处理方式是把想要映射颜色单独挑出来,然后再叠加一层 geneSelected<-c("ZBP1","IFNB1","CGAS","IFNAR1","STING","IFNAR2") match...,内容可能会存在错误,请大家批判着看,欢迎大家指出其中错误 示例数据和代码可以给推文赞,然后点击在看,最后留言获取 欢迎大家关注我公众号 小明数据分析笔记本 小明数据分析笔记本 公众号 主要分享

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python - 绘制与数据相关标记和颜色3D散点图

=m) ax.set_xlabel('X Label') ax.set_ylabel('Y Label') ax.set_zlabel('Z Label') plt.show() 以上是官网上代码示例及演示结果...from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 然后绘图: ax = plt.figure().add_subplot(111, projection = '3d') #基于...ax变量绘制三维图 #xs表示x方向变量 #ys表示y方向变量 #zs表示z方向变量,这三个方向上变量都可以用list形式表示 #m表示形式,o是圆形,^是三角形(marker) #c...表示颜色(color for short) ax.scatter(xs, ys, zs, c = 'r', marker = '^') #为红色三角形 #设置坐标轴 ax.set_xlabel('...fig = plt.figure() ax = fig.add_subplot(111, projection = '3d') 如果我有一个df包含5列f1,f2,f3,f4,y 数据框 可以这样引用

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关于密度函数看法(二)

数据探索时涉及到三个函数为密度函数、分布函数与生存函数,其中样本分布函数形态、生存函数形态基本没有太大变化,然而样本密度函数分布形态却有着很大差异,所以一般在进行数据分析领域提到分布时...,指都是直方图所描述密度函数。...依据密度函数形状,可以将数据分布大致分为四种,需要分析师能够做到 看到每种分布图 就能解读出分布背后所隐含信息,以下是我对这四种密度函数分布形态理解: 一、钟型分布 生活中正常、平常事件,基本上都服从钟型分布...这种分布迎合了数据分析绝大多数情况,所以大部分生活情况都可以假定服从钟型分布。...生活基本不会看见丧葬用品搞促销,这类产品特点是价格弹性非常小、价格基本呈现水平分布。 下图即为实际样例水平分布: ?

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【数据挖掘】基于密度聚类方法 - DBSCAN 方法 ( K-Means 方法缺陷 | 基于密度聚类原理及概念 | ε-邻域 | 核心对象 | 直接密度可达 | 密度可达 | 密度连接 )

K-Means 算法在实际应用缺陷 II . K-Means 初始中心点选择不恰当 III . K-Means 优点 与 弊端 IV . 基于密度聚类方法 V ....K-Means 算法中心点选择是随机 : 随机地选择聚类分组中心 ; ① 选择实 : 可以选择实 ( 当前现有的样本值 ) 作为聚类中心 ; ② 生成虚点 : 也可以选择生成虚点 ( 任意位置模拟出一个样本...基于密度聚类方法 : ① 方法迭代原理 : 相邻区域密度 , 即 单位空间内 数据样本 个数 , 超过用户定义某个阈值 , 那么该区域需要进行聚类 , 如果低于某个阈值 , 聚类停止 , 算法终止...基于密度聚类好处 : 该方法可以排除 异常 , 噪音数据 , 鲁棒性很好 ; 4 . 基于密度聚类方法涉及到参数 : 密度阈值 , 聚类区域范围 ; V ...., 基于密度兼容噪音空间聚类应用 算法 ; ② 聚类分组原理 : 数据样本 p 与 q 存在 密度连接 关系 , 那么 p 和 q 这两个样本应该划分到同一个聚类 ; ③ 噪音识别原理

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论plt.scatter()画散点图未设置“颜色参数c”却能画出五颜六色原因

() 方法产生多个 ---- 1 问题描述 今天重点学习了 matplotlib 库理论与用法,在进行到使用 matplotlib 库 plt.scatter() 方法画散点图内容学习时,遇到了一个问题...:绘制散时未设置“颜色参数c”却能画出五颜六色,找同学解决无果后在老师指点下解决了该问题,现将问题产生原因分享给大家,希望给需要的人予以帮助!...画散点图关键语句中并未对颜色参数c进行设置: plt.scatter(x, y, s, alpha=z) # 关键语句 却能画出五颜六色: 2 原因剖析 我在此处用是一个循环语句随机绘制出位置...matplotlib plt.scatter() 方法在每次生成时,为了让使用者容易区别这些是不同次使用 plt.scatter() 方法产生,系统会自动为每一个随机匹配一种颜色。...(X[2], Y[0], s=111) 可以看到,未设置“颜色参数c”,调用三次 plt.scatter() 方法生成三个是不同三种颜色

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基于PaddlePaddle实现密度估计模型CrowdNet

模型主要有深层卷积神经网络和浅层卷积神经组成,通过输入原始图像和高斯滤波器得到密度图进行训练,最终得到模型估计图像行人数量。...当然这不仅仅可以用于人流密度估计,理论上其他动物等等密度估计应该也可以。...,最后通过插值方式得到一个密度图数据,通过统计这个密度就可以得到估计人数 在PaddlePaddle,通过以下代码判断即可实现上面的CrowdNet模型,在深层卷积网络和浅层卷积网络卷积层都使用...注意在输入PaddlePaddle密度图是要经过装置,因为图像数据输入是装置,所以密度图也得装置。...预测 最通过执行infer.py可以把data/test/目录下图像都进行预测,结果写入到results.csv文件

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基于PaddlePaddle实现密度估计模型CrowdNet

原文博客:Doi技术团队 链接地址:https://blog.doiduoyi.com/authors/1584446358138 初心:记录优秀Doi技术团队学习经历 本文链接:基于PaddlePaddle...Counting》,CrowdNet模型主要有深层卷积神经网络和浅层卷积神经组成,通过输入原始图像和高斯滤波器得到密度图进行训练,最终得到模型估计图像行人数量。...当然这不仅仅可以用于人流密度估计,理论上其他动物等等密度估计应该也可以。...,最后通过插值方式得到一个密度图数据,通过统计这个密度就可以得到估计人数 [在这里插入图片描述] 在PaddlePaddle,通过以下代码判断即可实现上面的CrowdNet模型,在深层卷积网络和浅层卷积网络卷积层都使用...预测 最通过执行infer.py可以把data/test/目录下图像都进行预测,结果写入到results.csv文件

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R-ggplot2 绘制带颜色相关性散点图

本期推文就介绍一篇关于使用ggplot2 绘制带有颜色映射相关性散点图,本期涉及知识如下: stat_bin_2d()绘制密度颜色映射 geom_smooth() 绘制拟合线 颜色映射相关性散点图绘制...这里大部分和推文R-ggplot2 学术散点图绘制 绘图技巧一样,下面我直接给出代码,如下: #绘图 + 颜色 library(tidyverse) library(RColorBrewer) library...cm")), axis.text.y = element_text(margin=unit(c(0.5,0.5,0.5,0.5), "cm"))) plot2 知识01...:使用stat_bin_2d(binwidth = c(.012,.012)) 设置颜色映射属性 知识02:使用geom_smooth(method = 'lm',se = F,color='red'...最终,得到可视化结果如下: ? 这里提一下,由于绘制数据较少,可能导致绘制结果不太美观,当然,在数据足够多情况下,你也可以绘制出如下相关性散点图: ?

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深入浅出——基于密度聚类方法

从模式识别的角度来讲,聚类就是在发现数据潜在模式,帮助人们进行分组归类以达到更好理解数据分布规律。...聚类应用非常广泛,比如在商业应用方面,聚类可以帮助市场营销人员将客户按照他们属性分层,发现不同客户群和他们购买倾向(如下图将客户按照他们对颜色喜好归类)。...这样一来,每个局部高密度就会被选出来作为核心,从而发现不同密度簇。基于这个思想,我们还可以把原始数据按其密度分布进行标准化(ReScale),即把密度区域进行扩张,密度区域继续收缩。...该方法可以找到各种大小各种形状簇,并且具有一定抗噪音特性。在日常应用,可以用不同索引方法或用基于网格方法来加速密度估计,提高聚类速度。...基于密度聚类也可以用在流数据和分布式数据,关于其他方向应用,详见(Aggarwal 2013) 源码下载 (Matlab) DP: https://au.mathworks.com/matlabcentral

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深入浅出——基于密度聚类方法

从模式识别的角度来讲,聚类就是在发现数据潜在模式,帮助人们进行分组归类以达到更好理解数据分布规律。...聚类应用非常广泛,比如在商业应用方面,聚类可以帮助市场营销人员将客户按照他们属性分层,发现不同客户群和他们购买倾向(如下图将客户按照他们对颜色喜好归类)。...这样一来,每个局部高密度就会被选出来作为核心,从而发现不同密度簇。基于这个思想,我们还可以把原始数据按其密度分布进行标准化(ReScale),即把密度区域进行扩张,密度区域继续收缩。...该方法可以找到各种大小各种形状簇,并且具有一定抗噪音特性。在日常应用,可以用不同索引方法或用基于网格方法来加速密度估计,提高聚类速度。...基于密度聚类也可以用在流数据和分布式数据,关于其他方向应用,详见(Aggarwal 2013).

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Python 数据可视化之密度散点图 Density Scatter Plot

密度散点图(Density Scatter Plot),也称为密度图或核密度估计散点图,是一种数据可视化技术,主要用于展示大量数据点在二维平面上分布情况。...渲染显示:最后将带有颜色编码二维平面呈现出来,形成最终密度散点图。可选项:在绘制密度散点图右方或下方展示颜色条 colorbar。 为什么要用密度散点图?...探索数据分布:通过颜色编码表示不同密度级别,密度散点图能够揭示出数据可能隐含各种模式、聚类或趋势。这对于探索性数据分析尤其有用,因为它可以帮助研究人员发现未被预见到关系或行为模式。...密度散点图提供了一种直观方法来识别关键变量之间关系和动态变化,从而帮助决策者基于深入洞察做出更加明智选择。 总结来说,使用密度散点图在处理大规模和 {/} 或复杂数据集时提供了一种极具价值工具。...可视化结果如下所示: ️ 参考链接: 使用 Python 绘制散密度图(用颜色标识密度) 复现顶刊 RSE 散密度验证图(附代码)

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