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R&Python Data Science 系列：数据处理（2）

1 衍生字段函数 主要有两个函数，mutate()和transmute(）,两个函数在Python和R上使用方法相同，这两个函数本身有点区别：mutate()函数保留原来所有列，然后新增一列；transmute...2 条件函数 这里介绍3个条件函数，if_else()、case_when()、between()函数，Python包dfply和R包dplyr中都是这3个函数，在用法上有点细微差别，日常中使用最多...而且if_else()函数可以嵌套使用，不过当条件判断超过2个的时候，建议使用case_when()函数。...注意：python在jupyter中使用管道函数换行书写代码的时候需要用()把代码括起来。 2.2 case_when函数 用于多条件赋值，评分卡Woe赋值的时候使用起来很方便。...注意：R语言中可以使用XXX_join(a，b，by)，Python中不可以使用。

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    Day07 生信马拉松-数据整理中的R

    desc(Sepal.Length)) #从大到小排序 2.2 distinct，数据框按照某一列去重复 distinct(test,Species,.keep_all = T) #".keep_all...= T"为必须要写的参数 2.3 mutate，数据框新增一列 test <- mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #R中的修改必须要赋值，...不赋值=没发生 test 2.4 连续步骤的不同方法 2.4.1 多次赋值，产生多个中间的变量 x1 = select(iris,-5) #"-5"为删除第5列 x2 = as.matrix(x1)...### library(dplyr) i = rnorm(10) case_when(i>0 ~ "+", i<0 ~ "-", T ~ "0") ★★★★★长脚本的管理方式...ggplot2对行名并不友好，通常要使样本名转化为data.frame中的第一列，防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2 把原来的行名转变为第一列 图片 step3 宽变长 ：test

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    如何使用Excel将某几列有值的标题显示到新列中

    如果我们有好几列有内容，而我们希望在新列中将有内容的列的标题显示出来，那么我们怎么做呢？ Excel - TEXTJOIN function 1....- - - - 4 - - - 在开始，我们曾经使用INDEX + MATCH的方式，但是没有成功，一直是N/A https://superuser.com/questions/1300246/if-cell-contains-value-then-column-header...所以我们后来改为TEXTJOIN函数，他可以显示值，也可以显示值的标题，还可以多个列有值的时候同时显示。...- - 4 - - - 15 Year 5 - - - - 5 - - - =TEXTJOIN(", ",TRUE,IF(ISNUMBER(B2:I2),$B$1:$I$1,"")) 如果是想要显示值，...则： =TEXTJOIN(", ",TRUE,IF(ISNUMBER(B2:I2),B2:I2,"")) 其中，ISNUMBER(B2:I2)是判断值是不是数字，可以根据情况改成是不是空白ISBLANK

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    生信技能树- R语言-day7

    sort是给向量排序的library(dplyr)arrange(test, Sepal.Length) #默认根据这一列从小到大给整个数据框排序arrange(test, desc(Sepal.Length...)) #从大到小distinct，数据框按照某一列去重复unique 给向量去掉重复duplicated 判断是否发生了重复（逻辑值关系，遇到第二次就变成ture）distinct(test,Species...，如果没有赋值，那么这个数据框还是没有新加，没有赋值，就没有产生补充select（）filter（）如何简化连续的步骤1....else2， ifelse（，，ifelse）在ifelse里加一个ifelse补充 case_when练习题1.加载deg.Rdata,根据a、b两列的值，按照以下条件生成向量x：load("deg.Rdata...1exp数据框如下library(tidyr)library(tibble)library(dplyr)dat = t(exp) %>% # 赋值dat，然后进行转置as.data.frame() %>

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    R tips：使用TCGAbiolinks包下载TCGA数据

    目前有两大类TCGA数据可供下载，一个是Legacy，主要是一些使用 GRCh37 (hg19) 和GRCh36 (hg18)的数据，另一个是harmonized数据，统一使用GRCh38 (hg38)...GDCdownload，由于TCGA的下载不是特别稳定，所以可以使用files.per.chunk定为一个值，几个文件打包为一个压缩文件来下载。...这个过程中，GDCprepare还会将生存数据自动合并到summarizedExperiment对象的colData中。...表达量：一个表达量矩阵，行是基因或者相关特征，列是样本或相关特征; 列注释：样本相关的注释，比如病人信息、生存数据等等； 行注释：基因相关的注释，比如基因名称、长度、位置、ID等等。...生存分析时根据基因的中位数将其分为High和Low，使用log-rank检验显著性，也可以使用cox回归。

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    生信入门马拉松之R语言基础-脚本项目管理、条件循环、表达矩阵和一丢丢数据挖掘(Day 7)

    save(pd,exp,gpl,file = "steploutput,Rdata")，这句代码将几个第一个脚本有用的变量保存到Rdata文件中，下次使用这些变量时直接加载load这个Rdata文件即可...变量，自带变量名称，不需要再次赋值，也没有参数。undefined表格文件需要赋值，读取参数不同导致读取结果不同，不能在后续代码中同等处理。...代码2实现结果和代码1相同2.6 练习library(dplyr)x = c(-1,-1,4,5,2,0)case_when(x>0 ~ "A", x==0 ~ "0",...加载test1.Rdata，将两个数据框按照probe_id列连接在一起，按共同列取交集load("test1.Rdata")library(dplyr)merge1 值的离散型的向量，分组向量的元素和表达矩阵的列是一一对应的。

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    R语言基础5（绘图基础）

    ，可用于向量取子集； str_ends(x,"h")##是否以h结束，生成与X长度相等的逻辑值向量，可用于向量取子集； str_replace(x,"o","a")#将x中的o替换为a，只替换出现的第一个...library(dplyr) arrange(test, Sepal.Length) #将Sepal.LengthSepal.Length这一列从小到大排序 arrange(test, desc(Sepal.Length...)) #从大到小 # distinct，数据框按照某一列去重复 distinct(test,Species,.keep_all = T)##将Species列去重复，保留所有列； # mutate，...##筛选行列 select() filter() # 连续的步骤 # 1.多次赋值，产生多个中间的变量 x1 = select(iris,-5) x2 = as.matrix(x1) x3 = head...； yes：逻辑值为TRUE时的返回值 no：逻辑值为FALSE时的返回值 x = rnorm(3) x ifelse(x>0,"+","-") #ifelse()+str_detect(),王炸

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    数据处理第2节：将列转换为正确的形状

    在示例代码中，我们将睡眠数据从以小时为单位的数据更改为分钟。...就像第1部分中的select（）函数一样，mutate（）有变种： *mutate_all（）将根据您的进一步说明改变所有列 *mutate_if（）首先需要一个返回布尔值的函数来选择列。...如果我想在几分钟内完成，我可以使用mutate_at（）并将包含列的所有'sleep'包装在vars（）中。 其次，我在飞行中创建一个函数，将每个值乘以60。...如果要添加另一个数据框的信息，可以使用dplyr中的连接函数。...在这种情况下，我们有3列描述时间度量。 对于某些分析和图表，可能有必要将它们合二为一。 gather函数需要您为新的描述性列指定名称（“key”），并为值列指定另一个名称（“value”）。

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    大更新，pandas终于有case_when方法了！

    数分小伙伴们都知道，SQL中的case when语句非常好用，尤其在加工变量的时候，可以按照指定的条件的进行赋值，并且结合其他嵌套用法还可以实现非常强大的功能。...二、case_when用法 东哥了解了一下case_when用法，总结了以下几点要点。 对象：case_when属于series对象的方法，dataframe对象无法使用。...df['score_all'] = df.sum(axis=1) 对加工的总成绩列使用case_when方法，生成1-5的排序等级。...series产生的，而是由series所在的dataframe中其他同维度的series加工获取。...替换值：替换值使用了lambda隐函数对输入series计算。 这就是case_when非常灵活的原因，判断条件和替换值既可以是固定的值，也可以是自定义的函数，根据自己的需求随意设置。

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    生信学习-Day6-学习R包

    在dplyr包的filter()函数中使用时，它可以用于筛选数据框中匹配给定集合中任一值的行。这行代码的作用如下： filter(test, ...): 在test数据框中筛选行。...z = c("A","B","C",'D'): 类似地，这部分代码创建了另一个名为z的列，包含四个字符值：'A'、'B'、'C'和'D'。...如果 test1 中的某行在其 "x" 列中的值在 test2 的 "x" 列中没有对应值，则这行不会出现在结果中，反之亦然。...y = test2：表示要与test2数据框进行semi-join操作，即保留test1中与test2匹配的行。 by = 'x'：指定要根据哪个列进行匹配。在这里，使用列x来进行匹配。...y = test1：表示要与test1数据框进行anti-join操作，即从test2中删除与test1匹配的行。 by = 'x'：指定要根据哪个列进行匹配。在这里，使用列x来进行匹配。

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    答读者问：R语言ggplot2画气泡图展示相关性分析的结果~文末留言送书

    有读者在公众号后台留言问下图应该如何实现 image.png image.png 实现这个图的办法很多，今天的推文介绍使用R语言ggplot2包实现这个图的方法。...第一步是准备数据 部分数据集如下 image.png image.png 总共4列 前两列是变量 第三列是相关系数 第四列是 显著性P值 前面的变量需要注意的是，因为只画上三角，所以准备数据的时候是...： 总共的变量是10个 第一列10个x1，接下来是紧接着9个x2,然后是8个x3 第一步树读入数据 df<-read.csv("20210320.csv",header=T) head(df) 增加一列显著性的星号...library(dplyr) df%>% mutate(label=case_when( signi<0.001 ~ "***", signi>0.001&signi<0.01 ~...1,1,0.2))+ scale_size_continuous(range = c(5,15))+ guides(size=F) 这样就对了 image.png 接下来是添加文字，首先把对角线那一列去掉

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