使用 ggplot2 可视化单个变量的分布&两个或多个变量之间的关系。...::penguinglimpse(penguins)View(penguins)开始可视化使用ggplot()第一个参数：在图形中使用的数据集第二个参数：mapping:如何将数据集中的变量映射到绘图的视觉属性...，在aes()中定义使用geom_形状（）定义一个几何图形,表示数据的几何对象形状：bar-条形图；line-折线图；boxplot-箱线图；point-点对于有缺失值的数据，散点图内没有显示，但有报错...scale_color_colorblind()函数综上，第一部分绘图（注：此图中的spiecies为分类变量可改变形状，对色盲群体友好）ggplot( data = penguins, mapping...&分类变量箱线图——一种用于描述分布的位置度量（百分位数）的视觉速记，也能识别潜在的异常值框上下界之间距离称为四分位距 （IQR），从分布的第 25 个百分位数延伸到第 75 个百分位数；中位数，框中间的一条线
2. ggplot2的绘图原理: ggplot2的核心理念是将绘图与数据分离，数据相关的绘图与数据无关的绘图分离，并按图层作图。...按变量组图（facet_等） 真正的绘图命令（stat_，geom_，annotate），这三类就是实现一个函数一个图层的核心函数。...，用竖直线来表示 geom_path 几何路径，由一组点按顺序连接 geom_point 点 geom_pointrange 一条垂直线，线的中间有一个点（与Crossbar图和箱线图相关，可以用来表示线的范围...） geom_polygon 多边形 geom_quantile 一组分位数线（来自分位数回归） geom_rect 二维的长方形 geom_ribbon 彩虹图（在连续的x值上表示y的范围，例如Tufte...coord_map 地图投影 coord_polar 极坐标投影 coord_trans 变换笛卡儿坐标 分面函数 描述 facet_grid 将分面放置在二维网格中 facet_wrap 将一维的分面按二维排列
继续“一图胜千言”系列，箱线图通过绘制观测数据的五数总括，即最小值、下四分位数、中位数、上四分位数以及最大值，描述了变量值的分布情况。...箱线图能够显示出离群点（outlier），通过箱线图能够很容易识别出数据中的异常值。 ? 本文利用R语言的ggplot2包，从头带您绘制各式各样的箱线图。...一 绘制基本的箱线图 载入数据及函数包 library(ggplot2) library(RColorBrewer) dose数值 变成因子变量 ToothGrowth$dose <- as.factor...5)箱线图添加点 geom_point函数，向箱线图中添加点； ggplot(ToothGrowth, aes(x=dose, y=len)) + geom_boxplot() + geom_dotplot...二 颜色设置 aes(color=)函数为每个箱线图设置一个颜色，划分箱线图之后，可以使用scale_color_*()函数自定义颜色。
使用R base包提供的函数'mean（）'： mean(rpkm_ordered[,"sample1"]) 只想要其中一个样本（数据框中的1列）的平均值，可以这样实现，但要从所有12个样本中获取此信息该如何实现...加载ggplot2，它是tidyverse包的一部分。 library(ggplot2) ggplot()函数用于初始化基本图形结构。基本思想是指定绘图的不同部分，并使用+运算符将它们添加到一起。...添加图层xlab()和ylab()，改变x轴和y轴的标签。将这些图层添加到当前图中，x轴标记为“年龄（天）”，y轴标记为“平均表达量”。 使用ggtitle图层为绘图添加标题。...箱形图提供了基于五分位数的数据分布图。框的顶部和底部代表第一和第三个四分位数（分别为25%和75%）。框内的线代表中位数（50%）。在框的上方和下方延伸到的点代表数据集的最大值和最小值。...ggbox 注意：如果要更改这些箱线图的颜色，scale_fill_manual()可以在代码中添加另一个图层，并在函数中使用values参数指定要使用的颜色。
箱线图（Boxplot）是一种用于展示一组数据分布特征的图形，它能够提供以下信息：中位数：箱线图中的中位线表示数据的中位数。...四分位数：箱线图的箱子部分表示数据的四分位数范围，即25%和75%分位数，这可以展示数据的中间50%的分布情况。异常值：箱线图通常会用点来表示异常值，即那些远离数据主体的值。...最小值和最大值：在某些箱线图中，除了四分位数之外，还会展示最小值和最大值（不包括异常值）。数据的偏斜性：箱线图的形状可以揭示数据的偏斜性。...在ggplot2 中，可以通过使用 geom_point() 来在箱线图上增加点，这些点可以代表分组中特定指标的出现率。...stat_boxplot(geom = "errorbar", width = 0.15)：添加一个箱线图的统计变换，这里使用 errorbar 几何对象，宽度设置为 0.15，这可能是用来表示箱线图的中位数线或四分位数范围的误差条
箱线图展示的就是分位数，中间的线表示的是中位数，也就是50%分位数，如果非要在箱线图上画上表示平均值的线段也是可以实现的，今天介绍一下实现代码 示例数据集我们用R语言的内置数据集PlantGrowth...image.png 首先是画一个最普通的箱线图 df<-read.csv("PlantGrowth.csv") library(ggplot2) library(tidyverse) p1<-ggplot...ggplot_build(p1)$data[[1]] image.png 我们利用原始数据计算一下平均值，然后将数据集的平均值添加到这组数据中 df %>% group_by(group...找到一种办法是重新画一条线把原来的中位数的线给盖住 p1+ geom_segment(data=df1, aes(x=xmin,xend=xmax,...不知道有没有比较好的办法 （猜测geom_boxplot函数里应该是有一个步骤计算中位数的，试着看看源代码，看能不能把中位数的代码改为平均值） 还有一个问题是如果是分组的箱线图那么应该如何来实现呢？
箱形图(Box-plot)又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。在各种领域也经常被使用。...下图中标示了箱线图中每条线和点所表示的含义，应用到了分位数的概念。...线主要表示五个数据节点，将一组数据从大到小排列，分别计算出他的上边缘（Maximum），上四分位数(Q3)，中位数（Median），下四分位数（Q1），下边缘（Minimum）。...2 ggplot2 使用ggplot2来画箱线图是现在常用的方法 library(tidyverse)# 定义一种主题，方便后面重复使用theme_boxplot<- theme(panel.background...这里主要介绍它的箱线图使用方法 ?
箱线图 箱线图（又称为盒须图）通过绘制连续型变量的五数总括，即最小数、下四分位数、中位数（第50百分数）、上四分位数（第75百分数）以及最大值，描述了连续型变量的分布。...箱线图能够显示出可能的离散群点（范围1.5*IQR，IQR表四分位 ，上四分位数与下四分位数的 )的观测。...小提琴图 小提琴图是箱线图与核密度图的结合。可以使用vioplot 中的vioplot()函数绘制它。...小提琴图基本上是核密度图以镜像方式在箱线图上的添加。在图中，白点是中位数，黑色盒型的范围是下四分位点到上四分位点，细黑线表示须，外部形状即核密度估计。...一个字符型向量(color)被添加到到了数据框 x中，根据cyl的值，它所含的值为"red"、"blue"或"darkgreen“，此外，各数据点的标签取自数据框的行名（车辆型号），数据点根据气缸数量进行分组
以下面水平箱线图为例（如果是垂直箱线图，则把下图逆时针旋转90度）： 首先看箱体： 左边线代表下四分位数（第一四分位数，Q1），表示整体数据中有25%的数据少于该值； 右边线代表上四分位数（第三四分位数...，Q3），表示整体数据中有75%的数据少于该值； 箱体中间的线代表中位数，是一组数从小到大排列，居于正中间的单个数或正中间两个数的均值； 箱体的长度代表第三四分位数和第一四分位数的差值，也称为四分位间距...为了鼓励科研者使用箱线图，2014年的Nature Method专门推出2篇文章详细论述了使用箱线图的好处，并发布了一个在线绘制箱线图的工具[1]。...这张图的绘制方式可以这么理解一下：假如测序了10万条reads，将所有reads从5'-3'每个位置的碱基垂直排列一起，第1位有10万个碱基，对应10万个质量值，用图中左侧第一个箱线图展示10万个质量值的分布...这个图除了可以用函数ggbeeswarm绘制，还可以利用ggplot2包的 geom_boxplot+geom_jitter生成。 ?
最常见的元素是坐标轴上的刻度线和标签（还有图例）。 接下来以三个数据集解释ggplot2的使用。第一个是lattice包中的singer数据集，它包括纽约合唱团歌手的高度和语音变量。...ggplot函数设置图形但没有自己的视觉输出。使用一个或多个几何函数向图中添加了几何对象(简写为geom)，包括点、线、条、箱线图和阴影区域。...singer_combine_fig.png 箱线图展示了在singer数据框中每个音部的25%,50%,75%分位数得分和任意的异常值。...分面 如果组在图中并排出现而不是重叠为单一的图形，关系就是清晰的。我们可以使用facet_wrap()函数和facet_grid()函数创建网格图形（在ggplot2中也称为刻面图）。...theme()函数中的选项可以让我们调整字体、背景、颜色和网格线等。主题可以使用一次，也可以保存起来应用到多个图中。
数据分布动态变换图 三、如何绘制箱线图 1.一些描述统计学概念 平均值，方差，最大值，最小值这些应该很熟悉，主要介绍一下中位数和四分位数的概念。 中位数：就是样本排序后，最中间的那个数了。...2.箱线图的组成 箱形图使用第25，50和75百分位数（也称为下四分位数（Q1），中位数（m或Q2）和上四分位数（Q3），以及四分位数范围（IQR = Q3-Q1，涵盖50％的中央数据）来反映样本的分布...在这些不规则或异常分布下，平均值是偏离大部分数据的，标准差不适用来解释这类数据分布。 如下图，箱线图的核心是一个框，长度是IQR，宽度任意。框内的线表示中位数，不一定在中心。...用四分位数绘制箱形图的是一个公认的惯例：永远不应使用箱子或线来显示平均值、标准差或标准误。中位数不一定在箱子中心，两边延伸的线也不一定是对称的。...其次，一些软件如R使用铰链hinges而非四分位数来作为箱边界，下铰链和上铰链分别是数据下半部分和上半部分的中位值，这种箱线图与基于四分位数的箱线图略有不同。
本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法，希望能够帮助到各位读者。 什么是箱形图 箱形图（Box-plot）是一种用作显示一组数据分散情况的统计图，因形状如箱子而得名。...箱形图能显示出一组数据的最大值(Maximum)、最小值(Minimum)、中位数(Median)及上下四分位数(1st/3rd Quartile),同时还可以显示逸出值(Outlier)。 ?...那么，这些值是如何被计算出来的呢？什么样的数据会被判定为逸出值呢？ 第一四分位数（Q1），又称较小四分位数，等于该样本中所有数值由小到大排列后第25%的数字。...比如我们想要探究不同物种的花萼长度差异。 (2) 如何使用ggplot2做箱形图 利用ggplot2画图的核心命令是geom_boxplot。我们先来尝试做一个最最基础也是最丑的boxplot图。...可以看到不同的物种之间Sepal.Length有所不同，那么这种差异显著吗？ 这个时候我们就需要做检验，那么如何可以直接把检验结果展示在图中呢。这个时候我们可以使用另一个R包ggpubr。
图中的下四分位数指的是数据的25%分位点所对应的值（Q1）；中位数即为数据的50%分位点所对应的值（Q2）；上四分位数则为数据的75%分位点所对应的值（Q3）；上须的计算公式为Q3+1.5(Q3-Q1)...在Python中可以使用matplotlib模块实现数据的可视化，其中boxplot函数就是用于绘制箱线图的。...如上图所示，利用matplotlib子模块pyplot中的boxplot函数可以非常方便地绘制箱线图，其中左图的上下须设定为1.5倍的四分位差，右图的上下须设定为3倍的四分位差。...尽管基于箱线图的分位数法和基于正态分布的参考线法都可以实现异常值和极端异常值的识别，但是在实际应用中，需要有针对性的选择。...如果待判断的变量近似服从正态分布，建议选择正态分布的参考线法识别异常点，否则使用分位数法识别异常点。
在基因表达分析中，箱线图可以用来显示不同组（例如，疾病组和对照组）中基因的表达水平。箱线图的中位线表示基因在每个组中的中位表达水平，箱子的上下边界表示上四分位数和下四分位数，即表达水平的分布范围。...这个示例使用了pROC包进行ROC分析和绘图，使用ggplot2包进行箱线图的绘制。注意，这只是一个示例，实际的分析可能需要根据你的数据和问题进行调整。...其实R语言提供了一系列的函数来处理各种统计分布，包括正态分布、二项分布、泊松分布等。这些函数通常有四种形式，分别用于生成密度函数（d）、累积分布函数（p）、生成随机变量（r）和分位数函数（q）。...qbinom(p, size, prob)：二项分布的分位数函数。 rbinom(n, size, prob)：生成二项分布的随机变量。...qpois(p, lambda)：泊松分布的分位数函数。 rpois(n, lambda)：生成泊松分布的随机变量。
Q：如何使用散点图中的颜色和大小属性来表示第三个连续变量？...Q：对数据集建立拟合回归模型之后，如何将模型对应的拟合线添加到散点图上？...(outlier.size = 1.5, outlier.shape = 21) *之前我们探索了一些关于箱线图的原理 箱线图是由箱和须两部分组成，箱的范围是从数据的下四分位数到上四分位数，也就是四分距...IQR IOR=25%分位-75%分位 箱中间的线是中位数，也就是50%分位数 须是箱边缘超过1.5IQR的点，超过这个点的数据点就是异常值，也就是outlier，并且画上点 这个图就展示了一个偏态数据集直方图...A：使用geom_boxplot(),并且设置参数notch=T 箱型图中的槽口可以用来帮助判断不同分布的中位数是否有差异。
Q: 如何加载一个以符号分隔的文本文件中的数据？...1.7链接函数和管道操作符%>% Q: 如何以一种易读的形式调用一个函数并且将结果传递给另一个函数？...ggplot2绘制散点图 library(ggplot2) ggplot(mtcars, aes(x= wt, y= mpg))+geom_point() #这里的第一部分ggplot2创建绘图对象，将数据框传递给该函数...boxplot：当箱线图分布值长度为奇数时，箱线图的下，上边缘分别为一分位和三分位。若为偶数则有余数决定。只有任意n/4的余数为1或者2，那么分位数等于观察值，否则则为两观察值的中间数。...异常值为大于以及小于箱线图上下边缘IQR*1.5的位置。若notch = TRUE则更重视中位数之间的比较，公式为： 2.6绘制函数图像 Q: 如何绘制函数图像？
数据可视化基本上是数据的图形表示。在探索性数据分析中，可以使用数据可视化来理解变量之间的关系，还可以通过视化数据揭示底层结构或了解数据信息。 有多种工具可以帮助我们创建数据可视化。...我们可以使用 hue 参数通过以不同的颜色显示来区分不同的类别。这是一个将上图中的雌性和雄性企鹅分开的示例。...它可以展示值如何随时间或连续测量而变化。 我们将创建一个折线图来可视化每日乘客数量，该数量可以使用 Pandas 的 groupby 函数从出租车数据集中计算出来。...箱形图 箱线图是一个分类分布图，显示变量在中位数和四分位数方面的分布。Seaborn 的 catplot 函数可以创建箱形图。...当所有值按升序排序时： 第一个四分位数是找到 25% 数据点的值。 中位数是中间的点。 第三个四分位数是找到 75% 数据点的值。 较高的箱线图表明这些值更加分散。
然而，由于数据中有大量的点，我将绘制对carat进行分区的箱线图，需要注意的是，装箱宽度的选择很重要，如果宽度太大，就会模糊任何关系;如果宽度太小，箱中的值可能变化太大，无法揭示潜在的趋势： ggplot...较大的钻石可以通过较简单的切割就可获利出售，而较小的钻石需要较精细的切割。 问题三 安装ggstance包，并创建一个横向箱线图。这种方法与使用coord_flip()函数有何区别？...安装lvplot包，并尝试使用geom_lv()函数来显示价格基于切割质量的分布。你能发现什么问题？如何解释这种图形？ 解答 像箱形图一样，字母值图的箱形图对应于分位数。...然而，它们包含的分位数远比箱形图多。它们对于大型数据集非常有用，因为， 更大的数据集可以给出超过四分位数的精确估计。并且更大的数据集应该有更多的异常值(以绝对值计算)。...问题六 对于小数据集，如果要观察连续变量和分类变量间的关系，有时使用 geom_jitter() 函数是特别有用的。ggbeeswarm 包提供了和 geom_jitter() 相似的一些方法。
导语 GUIDE ╲ 我们平时说的小提琴图其实是箱式图与核密度图的结合，箱式图展示了分位数的位置，小提琴图则展示了任意位置的密度，小提琴图可以展示密度较高的位置。下面我们一起来看看几种绘图R包。...通常密度会随附一种叠加的图表类型，如箱形图，以提供一些其他的数据信息，即矩形上下边框代表第一个和第三个四分位数，中间点是中位数。 小提琴图可以用来观察数据的分布情况，也可用于比较多个组之间的分布。...#将x轴和y轴加粗显示 ) 2. library(hrbrthemes)#ggplot2的主题和相关组件包 library(viridis) #是Matplotlib的新默认颜色映射...scale_fill_viridis(discrete=TRUE) + #生成一个离散的调色板 theme_ipsum() + #使用Arial Narrow字体 theme(...，这个函数可以用来表示假设的正态分布和置信区间。
使用数据可视化技术可以很容易地发现变量之间的关系、变量的分布以及数据中的底层结构。 在本文中，我们将介绍数据分析中常用的5种基本数据可视化类型。...下一个函数指定绘图类型。encode函数指定绘图中使用的列。因此，在encode函数中写入的任何内容都必须链接到数据帧。 Altair提供了更多的函数和参数来生成更多信息或定制的绘图。...我们还使用properties函数自定义大小并添加标题。 4.箱线图 箱线图提供了变量分布的概述。它显示了值是如何通过四分位数和离群值展开的。...我们可以使用Altair的mark_boxplot函数创建一个箱线图，如下所示。...A中的值范围小于其他两个类别。框内的白线表示中值。 5.条形图 条形图可用于可视化离散变量。每个类别都用一个大小与该类别的值成比例的条表示。
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