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Analytical Chemistry | 深度学习实现高分辨率LC-MS数据中的精确峰检测

XCMS和MZmine 2是用于LC-MS原始数据处理的最广泛使用的开源软件,能够执行所有四个步骤,并向用户提供光谱中发现的峰及其积分强度(即峰面积)相当完整的表。...DeepIso是用于LC-MS数据处理的DL应用的另一个有趣示例。作者应用CNN来检测肽的特征并计算其丰度。另一篇论文描述了使用机器学习来优化产生高质量特征的GC-MS代谢组学数据中的峰检测。...为了获得ROI实例,使用了内部LC–Q-TOF MS光谱:从人血清和淡水鱼链球菌晶状体中提取物的光谱,以两种阳性模式获得液相色谱–反相高效液相色谱和亲水相互作用色谱,MS扫描速率为1或3 Hz。...每个类别的ROI实例 CNN用于ROI分类 研究者利用CNN的固有能力来对不同的对象(文本,图像,音频,视频等)进行分类,并利用CNN将ROI分为三类。...可以大大简化分析师的工作。原始数据中检测所有峰的努力始终是在检测低强度峰与消除噪声之间取得平衡。即使是熟练的人类专家也不能总是在这两个群体之间划清界限。使用神经网络的优势之一是其高度的灵活性。

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使用Python+OpenCV进行图像处理(三)| 视觉入门

无疑自动化的检测技术的广泛应用将为我们带来效率与安全。 之前已经介绍了几种颜色模型以及如何在图像上绘制图形。还介绍了常用的图像处理技术,如:模糊、梯度、腐蚀、扩张等。...本篇将把这些技术应用到图像特征检测和人脸检测中。 本篇会用到本系列前两篇中介绍的图像处理技术。 边缘检测 (Edge Detection) 边缘检测本质上是检测图像中变化剧烈或者不连续的像素点。...接下来让我们来详细了解这两种算法。 这两种算法的工作原理如下。首先,检测出各个方向上像素强度值有很大变化的点。然后构造一个矩阵,从中提取特征值。通过这些特征值进行评分从而决定它是否是一个角。...这也是积分图像要解决的主要问题。积分图像是一种图像表示方式,它是为了提高特征估计的速度与效率而衍生出来的。 如下图所示,左边是原始图像的像素值,右边是积分图像的像素值。...之所以只使用一个通道,是因为我们只对特征的像素值强度变化感兴趣。

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    中青年人脑白质的年龄效应和性别差异:DTI、NODDI 和 q 空间研究

    具体来说,基于体素的T1加权图像形态测量(VBM)被广泛用于研究正常老化大脑的结构变化。已有使用t1加权图像的研究报道了灰质的显著萎缩。...尽管随着神经元的丢失,白质完整性可能会因髓鞘退化和轴突丢失而受到损害,但对白质的关注较少。 本研究中使用水扩散作为探针来评估与正常老化相关的人脑白质微结构变化,而不是仅基于体积的测量。...排除标准包括由内部大脑健康检查表和霍尔顿心理筛查表(HPSI)确定的重大医学、神经或精神疾病。所有受试者的T1加权图像都通过了神经放射科医生的检查。...在ICVF maps中,白质也比灰质有更高的强度(图2(f)),这表示轴突内体积分数更高。...在校正年龄后,在27%的白质ROI中,男性往往比女性具有更高的轴突内体积分数,并增加了2个ROI中的纤维弥散。与衰老的结果相似,NODDI指数在检测性别差异方面比DTI更敏感。

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    如何用OpenCV在Python中实现人脸检测

    级联分类器在包含检测目标的几百个样本图像以及不包含检测目标的其他图像上进行训练。 我们如何检测图上是否有人脸呢?...那么,该如何加快这个过程呢? 一旦通过矩形框识别到有用区域,则在与之完全不同的区域上就无需再做计算了。这一点可以通过 Adaboost 实现。 使用积分图像原理计算矩形框特征的方法更快。...积分图像的作用是仅使用四个值简单地计算矩形和。我们来看看它是如何工作的! 假设我们想要确定一个坐标为 (x,y) 的给定像素的矩形特征。然后,像素的积分图像是给定像素的上方和左侧的像素之和。 ?...我们将使用默认的预训练模型来检测人脸、眼睛和嘴巴。...在这种特定情况下,CNN 的输出是二分类,如果有人脸,则取值 1,否则取 0。 检测图像上的人脸 一些元素在实现中会发生变化。

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    如何用OpenCV在Python中实现人脸检测

    级联分类器在包含检测目标的几百个样本图像以及不包含检测目标的其他图像上进行训练。 我们如何检测图上是否有人脸呢?...那么,该如何加快这个过程呢? 一旦通过矩形框识别到有用区域,则在与之完全不同的区域上就无需再做计算了。这一点可以通过 Adaboost 实现。 使用积分图像原理计算矩形框特征的方法更快。...积分图像的作用是仅使用四个值简单地计算矩形和。我们来看看它是如何工作的! 假设我们想要确定一个坐标为 (x,y) 的给定像素的矩形特征。然后,像素的积分图像是给定像素的上方和左侧的像素之和。 ?...我们将使用默认的预训练模型来检测人脸、眼睛和嘴巴。...在这种特定情况下,CNN 的输出是二分类,如果有人脸,则取值 1,否则取 0。 检测图像上的人脸 一些元素在实现中会发生变化。

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    如何使用机器学习来检测手机上的聊天屏幕截图

    因此想用机器学习来完成这项工作 理念 从普通图像中检测聊天屏幕截图的任务可以表述为经典的二进制图像分类问题!可以使用卷积神经网络(CNN)来完成这项工作。...在卷积基础中,使用了两个卷积块,每个包含32个过滤器。内核大小为3 * 3。第一卷积层的输入尺寸为64 * 64 * 3(大小为64 px * 64 px的 RGB图像)。...馈送数据 由于数据是以上述特定方式组织的,因此现在可以使用ImageDataGenerator类和Keras的flow_from_directory方法来扩充数据并将其输入模型。...在这个对象的帮助下,使用了缩放,剪切,翻转转换来增强数据。为了规范化像素值,应将图像重新缩放为1 / 255.0倍。...保存模型后,便可以根据需要多次使用它。为了能够使用此模型预测新图像,必须将图像重塑为64 * 64 * 3并标准化像素。该脚本完成了这项工作。

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    精通 TensorFlow 2.x 计算机视觉:第一部分

    检测图像边缘 边缘检测是计算机视觉中基于亮度和图像强度变化来查找图像特征的最基本处理方法。 亮度的变化是由于深度,方向,照明或角落的不连续而导致的。...但是,尽管上述方法有局限性,我们还是学习了如何使用颜色和大小将一个图像与另一个图像分开。 ROI_meancolor是一种用于检测边界框内对象平均颜色的强大方法。...要创建 LBP 表示,必须将图像转换为灰度。 在下一章中,我们将结合各种边缘检测方法来识别人脸,眼睛和耳朵,介绍积分图像的概念。 然后,我们将介绍卷积神经网络,并使用它来确定面部关键点和面部表情。...到目前为止,我们已经了解了 Haar 级联分类器,以及如何使用内置的 OpenCV 代码将 Haar 级联分类器应用于面部和眼睛检测。 前述概念基于使用积分图像检测类似 Haar 的特征。...内部协方差平移和批量归一化 在训练过程中,每层输入的分布会随着上一层的权重因子的变化而变化,从而导致训练变慢。 这是因为它要求较低的学习率和权重因子选择。

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    微软推出iPad应用Earth Lens,使用AI来检测卫星图像中的物体

    微软Garage的最新项目之一,利用AI来确定卫星图像中需要注意的精确项目。Earth Lens是今天推出的一款新的开源iPad应用程序,识别,跟踪和分析距离地面数英里的照片中的物体。...微软Garage项目经理Lainie Huston在一篇博客文章中写道:“从图像数据中提取洞察力是一个昂贵的过程,可能需要数天时间才能推迟决策过程中的关键任务。...你通常需要一个专门的团队来梳理成千上万的卫星图像。” 为了加快这一点,参加微软车库实习计划的温哥华实习生建立了一个应用程序,可以借助卫星数据和计算机视觉,协助救灾和环境保护。...用户只需轻点几下即可打开和关闭对象类,或者在时间序列模式下查看卫星图像,该模式可以绘制数据可视化图表中的变化,模式和趋势图表。...“我们对地球镜头的愿景是利用技术和AI来改变工作的方式,”地球镜头项目经理实习生Michelle Chen表示,“自动化图像识别的兴起使人道主义组织能够对损害进行分类,并优先考虑需要立即帮助的区域。”

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    使用Python+OpenCV探索鲸鱼识别

    使用Bokeh可视化库(https://bokeh.org/)来分析每个图片中颜色数量之间的相关性(绿色与红色–蓝色与红色–绿色与蓝色) ,我们很快发现图像中的颜色高度相关。...因此,我们专注于轮廓,然后尝试通过颜色变化来识别鲸鱼。 基于彩色滤波器的尾巴提取 检测尾巴轮廓的第一步是在图片里从天空和海水中提取尾巴,这也是尾部提取中最困难的部分。...首先,我们使用轮廓检测算法,但是由于从一个镜头到另一个镜头的阳光不断变化,因此对比度发生了很大变化,轮廓检测算法得到结果总不能令人满意。...但是并不是每一张图片的光照强度都是一样的,通过将所有这些阈值绘制在随机图片上的结果,该阈值在10到130之间变化。那么如何选择合适的值呢?...使用边界框选择阈值 通过查看前面的图片,我们想到了一些东西:正确阈值的正确图片是外部具有最大空白区域而内部具有最大区域的图像,我们希望一些在ImageNet上训练的神经网络可以对图片中的鲸鱼进行定位,我们决定使用基于

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    机器视觉检测中的图像预处理方法

    本文以Dalsa sherlock软件为例,一起来了解一下视觉检测中平滑模糊的图像处理方法。 ? 1.观察灰度分布来描述一幅图像称为空间域,观察图像变化的频率被称为频域。...2.频域分析:低频对应区域的图像强度变化缓慢,高频对应的变化快。...【边缘检测】 边缘检测的一般步骤: 1.滤波:边缘检测算法主要是基于图像强度的一阶和二阶导数,但导数的计算对噪声很敏感,因此必须使用滤波器来改善与噪声有关的边缘检测器的性能。...需要指出,大多数滤波器在降低噪声的同时也导致了边缘强度的损失,因此,增强边缘和降低噪声之间需要折中。 2.增强:增强边缘的基础是确定图像各点邻域强度的变化值。...增强算法可以将邻域(或局部)强度值有显著变化的点突显出来。边缘增强一般是通过计算梯度幅值来完成的。

    2.6K21

    A Texture-based Object Detection and an adaptive Model-based Classi cation

    通过模型匹配来检测图像中目标假设的位置,以确保图像搜索空间的进一步限制。...第一步,目标检测,提供随时间稳定和相关的感兴趣区域(ROI)。这些必须由分类器使用基于模型的方法在规模和翻译空间中同时受到限制来验证或忽略。特别是轮廓特征(局部方向编码)为模型设计提供了很高的灵活性。...由于确定图像到世界坐标的投影是一项难以解决的任务,这涉及到关于车辆内部动力学的高度知识,因此在该应用中仅使用相机参数的粗略估计。...因此,由于相机参数(内部和外部)不可用,它们通过视觉算法估计或近似一次。在[5]中,显示了使用作为图像采集系统基础的透视几何结构,可以根据物体在图像中的垂直位置来估计物体在相机平面中的实际尺寸。...但由于障碍物检测中的有损约束,情况并非如此。因此,应用基于知识的分类器来判断假设是否是一个载体。在下一步中,这些ROI由基于Hausdor距离的分类器进行分析。

    17910

    C++ OpenCV特征提取之积分图计算

    前言 ---- 什么是积分图像 积分图像的定义:取图像左上侧的全部像素计算累加和,并用这个累加和替换图像中的每一个像素,使用这种方式得到的图像称为积分图像。...---- 为什么要用积分图像 直方图的计算方法为遍历图像的全部像素并累计每个强度值在图像中出现的次数。...有时仅需要计算图像中某个特定区域的直方图,而如果需要计算图像中多个区域的直方图,这些计算过程将变得非常耗时。在这种情况下使用积分图像将极大地提高统计图像子区域像素的效率。...积分图像在程序中应用非常广泛。 ---- 如何使用积分图像 假设一幅图像中4个点ABCD,其积分图像中A(x1,y1)点的值为其左上侧所有像素的值的累加和,也就是蓝色区域中所有像素点的值累加和。...那么如果需要计算由ABCD组成的ROI的累加值就只需要使用如下公式: ? 即:D-C-B+A。显然,计算量不受区域尺寸的影响。所以,如果需要在多个尺寸的区域上计算像素累加和,最好采用积分图像。

    1.3K20

    专栏 | CVPR 2017论文解读:特征金字塔网络FPN

    传统解决这个问题的思路包括:(1)多尺度训练和测试,又称图像金字塔,如图 1(a) 所示。目前几乎所有在 ImageNet 和 COCO 检测任务上取得好成绩的方法都使用了图像金字塔方法。...图1 因而,目前多尺度的物体检测主要面临的挑战为: 如何学习具有强语义信息的多尺度特征表示? 如何设计通用的特征表示来解决物体检测中的多个子问题?...通过这样的连接,每一层预测所用的 feature map 都融合了不同分辨率、不同语义强度的特征,融合的不同分辨率的 feature map 分别做对应分辨率大小的物体检测。...在 Fast RCNN 里,FPN 主要应用于选择提取哪一层的 feature map 来做 ROI pooling。假设特征金字塔结果对应到图像金字塔结果。...定义不同 feature map 集合为 {P2, P3, P4, P5},对于输入网络的原图上 w*h 的 ROI,选择的 feature map 为 Pk,其中(224 为 ImageNet 输入图像大小

    1.2K60

    LaneDetection

    LaneDetection CODE: LaneDetection 车道线检测的方法步骤: (1)选择感兴趣的区域(ROI也就是车道线存在的区域):我们利用架好相机的特点,使得相机拍摄的车道线位于图像的下半部分...(2)ROI的预处理: 与日间图像不同,夜视几乎不提供图像的任何颜色属性,而是为我们提供车道线的唯一的颜色集合(也就是说夜间就是单纯的黑白图像)。...除了仅仅微小的色调变化和低饱和度水平,甚至这样的图像的亮度变化是非常弱并且高度依赖于外部照明(如路灯,车辆的尾灯/头灯,信号和眩光,因为所有这些)。        ...要获得每个像素的强度值,我们将颜色空间从RGB更改为黑白(彩色图像-> 二值图像)。         这有助于更快的计算,而不拒绝任何有价值的信息。...车道相对于其侧面的强度更亮,只有当两侧都较暗并且任一侧的强度值差的和在给定范围之间时,则仅将像素视为车道分段的一部分。 使用多个样品点计算范围并绘制它们。

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    滴滴AR实景导航背后的技术

    与此同时,我们也在持续探索是否有更加直观、易理解的方式来帮助用户,受到增强现实(AR)技术在游戏中应用的启发,我们提出了使用AR的方式来帮助用户找到上车点,最终开发出了滴滴AR实景导航产品。...问题分析 想要给用户提供一个良好的导航产品,需要解决几个关键问题:第一,场景所在的地图是怎么样的;第二,如何确定用户的位置;第三,如何使用更加直观的方式引导用户走到目的地。...再次,根据加速度计数据计算步态强度,它描述了一步之内加速度的变化情况。...当步态强度超过一定阙值后,我们认为当前时刻是候选步子: 其中, 下图展示了真实行走状态下步态强度的变化情况,其中蓝色点表示步态强度,红色点表示步点。...总结 大型机场、商场、火车站内部的上车点引导能力对用户体验影响很大,为了解决这个问题,地图团队做出了很多努力,推出了“图文引导”方案来使用图像和文字的方式帮助用户。

    1.4K30

    思影科技脑结构磁共振成像数据处理业务

    五、皮层下区域体积分析 尺度更小的分析,如海马、杏仁核的亚区分割,如今也可以实现。 主要包括: 1. 海马亚区分割与体积分析。...六、皮下结构shape分析 皮下体积分析有时候不能检测到该皮下结构某部位萎缩或膨胀,shape分析有助于检测 到更细微的皮下结构变化。...主要包括:皮层下结构的分割;结构图像-DTI图像的配准;皮层下各脑区(ROI)DTI指标值的提取;基于ROI的统计分析。 2.结构指标与DTI指标的相关性分析。...前述皮层指标,可使用SurfStat软件统计;借助该软件的统计模型及多重比较校正工具,以期得到更具解释性的结果。...思影科技可根据您提供的模板文献,基于您的实验数据,实现文献中使用的数据分析方法。此外,未列出的分析方法,只要在思影科技的能力范围内,尽力实现您的想法。 2.分析代码可定制。

    1.7K20

    R-FCN: Object Detection via Region-based Fully Convolutional Networks

    通过类比,在目标检测体系结构中使用所有卷积层来构建共享的卷积子网络似乎是很自然的,这使得roi方面的子网络没有隐藏层。...我们认为,上述非自然的设计是由于增加图像分类的平移不变性与尊重目标检测平移变化的两难困境。一方面,图像级分类任务更倾向于平移不变性,图像中目标的平移应该是不区分的。...实验表明,该方法能够有效地解决平移不变性/变化问题,并将ResNets等全卷积图像级分类器有效地转换为全卷积目标检测器。...我们使用重量衰减为0.0005,动量为0.9。默认情况下使用单尺度训练:将图像调整为600像素的尺度(图像的短边)。每个GPU持有1张图像,并选择B = 128 roi作为支持。...指定类的RPN:该RPN是在Faster R-CNN之后进行训练的,只是将2类卷积分类器层替换为21类卷积分类器层。

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    RoI Pooling与RoIWrap Pooling与RoIAlign Pooling与Precise RoI Pooling

    在该网络中假设使用的骨架网络中的 f e a t s t r i d e = 16 feat_{stride}=16 featstride​=16,且测试图像中的一个边界框的大小为 400 ∗ 300...还是用上面提到的例子:在该网络中假设使用的骨架网络中的 f e a t s t r i d e = 16 feat_{stride}=16 featstride​=16,且测试图像中的一个边界框的大小为...这里使用的是双线性差值算法,使corp操作的特征图变化到固定的尺度上去,比如 14 ∗ 14 14*14 14∗14,这样再去做Pooling得到固定的输出。...因而相比前面的两个算法,其内部实现并没有存在量化的操作,也就没有因为量化而带来的误差。这就使得其检测精确度进一步提升。具体的差别有多大呢?可以看一下Mask RCNN中给出的实验数据。?5....区别就是第二步了,在上一个方法中使用的是采样的方式得到最后的结果,这里使用积分取均值实现

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    基于MRI医学图像的脑肿瘤分级

    该数据集由不同强度的MR图像组成,因为不同MRI扫描仪的图像强度不一致。还有就是不同MRI扫描仪产生不同类型的噪声、层间强度变化,在肿瘤图像的对齐和配准图像时往往存在问题等。...为了描述肿瘤边界处MR信号的变化,边界分析方法与[78]中提出的基本边缘检测不同。肿瘤边缘状态与正常/肿瘤组织边界的边界距离和T2信号变化斜率显著相关。...对于区域的定义,多维或多波谱分割使用来自同一站点的多个原始图像的信息。提出了一种通过测量同一患者的肿瘤体积随时间的变化来检查肿瘤状态的方法。...CBAC使用初始轮廓查找ROI内外的纹理和强度值。进行了三组实验。首先,使用人工神经网络方法检查分类精度。其次,在测试过程中重复同一患者的分段ROI,并使用随机子抽样的PCA-ANN方法。...3.1.4 其他方法 在[89]中,我们展示了如何使用MRI区分区分或定义肿瘤分级的因素。

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    opencv+Recorder︱OpenCV 中使用 Haar 分类器进行面部检测

    它是基于机器学习的,通过使用大量的正负样本图像训练得到一个 ascade_function,最后再用它来做对象检测。 现在我们来学习面部检测。...开始时,算法需要大量的正样本图像(面部图像)和负样本图像(不含面部的图像)来训练分类器。我们需要从其中提取特征。下图中的 Haar 特征会被使用。它们就像我们的卷积核。...为了解决这个问题,作者引入了积分图像,这可以大大的简化求和运算,对于任何一个区域的像素和只需要对积分图像上的四个像素操作即可。非常漂亮,它可以使运算速度飞快!.... ---- 二、OpenCV 中的 Haar 级联检测 OpenCV 自带了训练器和检测器。如果你想自己训练一个分类器来检测汽车,飞机等的话,可以使用 OpenCV 构建。...其中的细节在这里: Cascade Classifier Training 现在我们来学习一下如何使用检测器。 OpenCV 已经包含了很多已经训练好的分类器,其中包括:面部,眼睛,微笑等。

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