生物信息学的日常就是利用五花八门的工具和各种各样的数据打交道,很多时候需要在命令行安装软件或者包。我相信每一个生信人都碰到过安装软件或包时无法解决依赖的囧况,安装软件或者包,听起来是一件很简单的一件事,实际情况却不是如此。比如说编译时碰到系统lib不存在或版本太低,安装一个python/R包却需要升级当前的python/R,而这又会导致之前安装好的包不能使用。今天给大家介绍一下跨平台包管理神器Anaconda,学习一下它在Linux下的正确使用姿势。
最近在学习python,发现在本地搭建python环境的时候,要是想要同时搭建不同python版本的环境,就比较麻烦,很容易就出现冲突了,很是头疼。然后光明就出现这山重水复疑无路的时候,同事给我推荐了包管理以及环境管理神器:Anaconda。
Anaconda是一个python的科学计算发行版,其附带了一大批常用的数据科学包,不用再使用pip安装数据科学包,再也不用为各种数据科学包版本和依赖冲突发愁了,哈哈。
第三步:其他人拿到environment.yml文件后,将该文件放到工作目录下,可以通过以下命令用该文件创建环境
-n, –name:我们可以根据环境名称来创建一个 conda 环境,假设我们的环境名称为 my_env
简单来说,Anaconda是Python的包管理器和环境管理器。先来解决一个初学者都会问的问题:我已经安装了Python,那么为什么还需要Anaconda呢?原因有以下几点:
和其他大多数现代编程语言一样,Python对包和 模块的下载、存储以及管理有其自己的一套方法。但是当我们同时开发多个项目工程的时候,不同的项目会将第三方的包存放在相同的路径下。这就意味着,如果有两个工程依赖同一个包,但是所需要的版本却不一样,比如项目A依赖v1.0.0,而项目B依赖v2.0.0。由于Python无法根据版本来区分包的安装路径,那么此时,就会发生版本冲突。
很多学习python的初学者甚至学了有一段时间的人接触到anaconda或者其他虚拟环境工具时觉得无从下手, 其主要原因就是不明白这些工具究竟有什么用, 是用来做什么的, 为什么要这么做, 比如笔者一开始也是不明白为啥除了python之外我还需要这么一个东西, 他和python到底有啥联系和区别, 为啥能用来管理python.
如果conda中没有需要安装的包。需要再Anaconda.org中查找。 现在Anaconda.org网站中查找到指定的包,执行显示的下载名命令:
Anaconda 是一个包含数据科学常用包的发行版本。它基于 conda(一个包和环境管理器) 衍生而来。应用程序 conda 是包和环境管理器:
Anaconda作为一个强大的Python发行版,具备一系列方便的命令行工具,用于管理环境、安装包等任务。本文总结了Anaconda的常用命令。这些命令的灵活使用有助于用户高效地管理Python环境,使Anaconda成为数据科学和开发领域的理想工具。Anaconda的安装简化了Python库和工具的管理,为数据科学家、工程师和研究人员提供了一个强大、集成且易于使用的开发环境。这为快速开始数据分析、科学计算和机器学习项目提供了便捷的途径。
本文介绍使用conda管理anaconda Python环境的相关命令。 conda 环境相关命令 创建环境 conda create -n env_name python=3.7 --clone another_env -n:name 表示新环境名称 python:使用python版本 –clone:从现有环境复制而来 删除环境 conda remove -n env_name --all 查看环境 conda env list 或 conda info -e 激活环境 cond
为了创建一个新的环境, 需要使用 create 命令, 后面跟上你想要创建环境的名字:
Anaconda介绍CentOS 7安装Anaconda3conda命令使用介绍帮助目录检查conda版本升级当前版本的conda环境管理列出所有的环境安装一个不同版本的python新环境复制一个环境创建一个新环境导出环境,Anaconda支持导入导出以方便迁移导入环境信息,即根据配置文件创建一个新环境:移除环境激活进入环境,请使用停用一个活动环境,请使用包管理查看已安装包向指定环境中安装包从Anaconda.org安装一个包通过pip命令来安装包conda配置添加镜像源查看当前镜像源删除镜像源设置安装时显示源url,不想就改为no查看源全部设置,包括链接、show_channel_urls 值:查看conda配置文件其他注意事项安装conda后命令行前出现的base,取消每次启动自动激活conda的基础环境
本课程用到的Python版本都是3.x。要有一定的Python基础,知道列表、字符串、函数等的用法。 Python爬虫、数据分析、网站开发等案例教程视频免费在线观看
Anaconda是一个开源包管理器,环境管理器,以及Python和R编程语言的发行版。它专为数据科学和机器学习工作流程而设计,通常用于大规模数据处理,科学计算和预测分析。
我本来也不想写这个文章的,只不过是这次换了新系统很多配置都没有用了。。。一败涂地哇。我现在什么也干不了,人生大好时间配了环境。。。
Anaconda专为数据科学和机器学习工作流程而设计,是一个开源包管理器,环境管理器,以及Python和R编程语言的分发。它通常用于大规模数据处理,科学计算和预测分析。
本课程用到的Python版本都是3.x。要有一定的Python基础,知道列表、字符串、函数等的用法。
Conda包管理系统 Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/download/#download)和Miniconda(只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。 最初接触到Anaconda是用于Python包的安装。Anaconda囊括了100多个常用的Python包,一键式安装,解决Python包安装的痛苦。但后来发现,其
方案1. 可以直接从官网https://www.anaconda.com/distribution/,默认下载最新版本,19年3月27日为python3.7.1版本 方案2. 清华镜像https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/,速度快很多,找到对应版本即可
Anaconda也自带一个包管理工具conda,并具有自己的包仓库和服务器。下面简单介绍一下conda:
要搞清楚什么是虚拟环境,首先要清楚Python的环境指的是什么。当我们在执行python test.py时,思考如下问题:
Conda是Python中用于管理包和虚拟环境的一大利器。 使用Conda可以非常便利的使用数据科学相关的包,Conda可以帮助我们创建虚拟环境,从而方便的应用于多个项目中。
参见:https://cloud.tencent.com/developer/article/1657000 https://zhuanlan.zhihu.com/p/164507492 https://rstudio.github.io/reticulate/index.html
由于不同demo所利用的环境不同,因而大神们开发了Anaconda工具,其中已经安装好了很多包,并且使用conda来对这些进行管理。如此,便可以实现在电脑中存储多个互相不干扰的环境,使用编译器来分别利用这些环境创建不同的项目。
我安装的是 anaconda 环境,所以直接打开 anaconda prompt 工具, pip install tensorflow 直接安装。
Anaconda 是一个 Python 的科学计算发行版,有包含超过100个在数据科学中比较受欢迎的 Python, R, Scala 的分支,超过720个 package。Anaconda 提供了一个编译好的环境可以直接安装,可以为开发者省去很多编译出错、兼容性等的问题。补充一个官网上 Anaconda 的定义:
conda是一个包,依赖和环境管理工具,适用于多种语言,如: Python, R, Scala, Java, Javascript, C/ C++, FORTRAN。
Anaconda是一个免费开源的Python和R语言的发行版本,用于计算科学(数据科学、机器学习、大数据处理和预测分析),Anaconda致力于简化包管理和部署。Anaconda的包使用软件包管理系统Conda进行管理。超过1200万人使用Anaconda发行版本,并且Anaconda拥有超过1400个适用于Windows、Linux和MacOS的数据科学软件包。
在长长的列表里,往下翻(或者用ctrl+f搜索关键词miniconda3-latest)找到:Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh找到之后右键,复制链接地址用wget -c进行下载
http://blog.csdn.net/pipisorry/article/details/47008981
Python是一种面向对象的解释型计算机程序设计语言,其使用,具有跨平台的特点,可以在Linux、macOS以及Windows系统中搭建环境并使用,其编写的代码在不同平台上运行时,几乎不需要做较大的改动,使用者无不受益于它的便捷性。
此时,可以看到括号里的名称已经从python_test1变成了base,就代表退出了虚拟环境
Conda是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包,https://www.anaconda.com/products/individual)和Miniconda (只包含基本功能软件包, https://conda.io/miniconda.html)一起分发。
Conda是目前为止,最流行的Python软件包与管理环境。Conda分为 miniconda 与 anaconda 两种。前者从名字上就能猜出是精简版,后者预装了很多常用的功能,但比较臃肿。实际工程中,一般都使用 miniconda,按需安装软件包,本文的下面篇幅也以 miniconda 为例进行说明。
是一个安装、管理python相关包的软件,还自带python、Jupyter Notebook、Spyder,有管理包的conda工具,非常有用。
2017年生信宝典发布了Linux学习 - 又双叒叕一个软件安装方法,现在根据使用经验做一些更新,主要是增加了conda环境的复制、导入和导出功能。最开始是为了培训时,学员更方便搭建流程引入的,现在分享出来,方便更多人使用。
Conda 是一种通用包管理系统,旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与 Anaconda 和 Miniconda 一起发放。
在认识 Anaconda 之前,先认识一下conda,Conda是在Windows、macOS和Linux上运行的开源软件包管理系统和环境管理系统。它可以快速安装、运行和更新软件包及其依赖项。那么既然都是用来安装包的,Conda和pip有啥区别呢?主要区别如下:
参考的地址:https://zhuanlan.zhihu.com/p/32925500
·conda env export envname > env.yml (可跨平台,不同系统)
conda包管理器可以创建,导出,列出,移除以及更新python环境,而且python环境可以使用不同版本的python,并且安装不同的安装包。在每一个环境之间进行切换称为激活环境。你也可以和别人共享环境文件。
直接去anaconda官网下载安装文件即可,具体网站自行搜索。 官网提供linux版本,windows版本,mac版本。 同时提供Anaconda完整版和miniconda最小版(无软件界面的,仅支持命令行执行),新手推荐使用Anaconda版,熟悉之后推荐改用miniconda版,占用存储空间小,使用起来感受一样。
在上次,如果不出意外,手把手教你进行Anaconda的安装,我们已经在windon10上成功的安装上了Anaconda。
Anaconda介绍 Anaconda是python加强的一个全家桶套件,是目前最简单的方式来使用python进行机器学习和数据分析,它包含了250多个最流行的python科学计算包,并支持多种系统如windows,linux,mac,此外Anaconda最棒的一个特性就是使用conda来致力于简化包的管理和部署与pip命令的功能类似但更加强大。 Anaconda下载 Anaconda截止到目前最新的版本是基于Python3.6的Anaconda3 5.1.0,并分别提供了支持Python3.x和Pyhon
今天开始学习Python数据分析了,说到Python数据分析,大家都会推荐使用anaconda,但作为一个初学者,总是很多疑虑,但在实践中解决了一部分,先和大家分享分享。
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