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生信学习-Day6-学习R包

数据框是R语言中类似于表格二维数组结构,一列包含了一个变量值,一行包含了每个变量一个值集。...z = c("A","B","C",'D'): 类似地,这部分代码创建另一个名为z,包含四个字符值:'A'、'B'、'C'和'D'。...test1 <-: 这是R语言中赋值操作符,用于data.frame()函数创建数据框赋值给变量test1。...这意味着函数查找 test1 和 test2 列名为 "x" ,并基于这匹配值来合并行。只有当个数据框中都存在 "x" 且某些行在这一列值相等时,这些行才会出现在最终结果。...结果将是一个数据框,其中包含了test1那些在test2找到匹配项行,而不包含在test2找不到匹配项行。这种操作通常用于数据集筛选,以保留与另一个数据集相关数据。

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R语言数据结构(三)数据框

数据框有个维度,分别表示行数和数,可以用dim()函数来获取。数据框每个向量可以有一个名称,可以用names()函数来获取或设置。...数据框每个向量可以是不同类型,但同一列元素必须是相同类型。 创建数据框 创建数据框一种常用方法是使用data.frame()函数,它可以多个向量组合成一个数据框。...行名是一个字符向量,可以通过row.names()函数获取或设置。 列名:数据框一列都有一个列名,用于标识不同。列名是一个字符向量,可以通过colnames()函数获取或设置。...行列索引号从1开始,表示第一行或第一列,负数表示排除对应位置元素。名称是指数据框每个向量名称,可以用双引号或单引号包围。使用方括号[]访问数据框元素时,返回结果仍然是一个数据框。...例如: # 访问df1数据框一列一个向量)第二个子元素 df1[[1]][2] # [1] "Bob" # 访问df2数据框"grade"一个向量)第三个子元素 df2$grade

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学徒讨论-在数据框里面使用平均值替换NA

最近学徒群在讨论一个需求,就是用数据框一列平均数替换一列NA值。但是问题提出者自己代码是错,如下: ? 他认为替换不干净,应该是循环有问题。...#我好像试着写出来了,上面的这个一列NA替换成一列平均值。 #代码如下,请各位老师瞅瞅有没有毛病。...:我是这么想,也不知道对不对,希望各位老师能指正一下:因为tmp数据框,NA个数不唯一,我还想获取他们横坐标的话,输出结果就为一个list而不是一个数据框了。...所以我在全局环境里面设置了一个list,然后一列占据了list一个元素位置。list每个元素里面包括了NA横坐标。...a=1:1000 a[sample(a,100)]=NA dim(a)=c(20,50) a # 按照,替换一列NA值为该平均值 b=apply(a,2,function(x){ x[is.na

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Day5-香波🐟

如果 CSV 文件包含列名,则可以 header 参数设置为 TRUE,这样读取数据框包含列名。...如果 CSV 文件不包含列名,则可以 header 参数设置为 FALSE,这样读取数据框将使用默认列名。...#第y- a[y] #也是第y- a[a:b]#第a列到第b- a[c(a,b)]#第a和第b- a$列名#也可以提取(优秀写法,支持Tab自动补全哦,不过只能提取一列)(6)【选修部分】直接使用数据框变量...(多维,只能包含一种数据类型)#代码2-4 创建一个数据框data frame(可以包含多种数据类型,但是一列只能包含一种数据类型)patientID <- c(1:4)age <- c(24,28,32,34...#展示数据框特定变量##想展示patientsdata里糖尿病变量和病情变量者之间联表table(patientsdata$diabetes,patientsdata$status) ##使用

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R3数据结构和文件读取

;x;改多个元素x[c(1,5)] <- c(80,20);x#part3 二维:数据框(data.frame只允许一种数据类型,数据类型相同也可以),矩阵(matrix,只允许一种数据类型)...2.数据框要求数据类型相同3.数据框单独拿出一列是向量,降维,#1.数据框data.frame来源# (1)用代码新建,,变量 <- data.frame()# (2)由已有数据转换或处理得到,变量...df1[,3]## [1] 5 3 -2 -4df1[,ncol(df1)]## [1] 5 3 -2 -4#如何取数据框除了最后一列以外其他?...#注释3如何按照数据框一列,给整个数据框排序order,使用order()函数按照数据框一列对整个数据框进行排序。...#注释4如何按照数据框一列,给整个数据框去重复,可以使用unique()函数按照数据框一列对整个数据框进行去重操作。

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R(二)近期记录

apply对一行或者一列是按照向量来处理 假设要对一行求和 > df <- data.frame(a=c(1, 2), b=c(3, 4), d=c("5", "6"), stringsAsFactors...按道理前都是数值型,那么apply后一行个元素也应该是数值型呀,那是不是呢,我们看看: > apply(df, 1, function(v) mode(v[1:2])) [1] "character...其实apply是一行当作一个向量来处理。因为第三是字符型,所以当一行只要有一个值是字符型,其他数值型值都会被自动转换为字符型。...上面说了那么多,关键就是apply是把一行或者一列当作向量来处理;R向量要求值类型一致。 我看到不少人,包括我自己,都曾经因为不知道这一点而吃亏。...网上又很多教程,但是当我想找一个函数把一个文件从一个目录移动到另一个目录时候,却都没找到。 后来自己回想了一下Linux目录本质,移动文件一般就是改变其“完整路径名”。

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R学习 数据结构和简单处理

同一向量无法混杂不同类型或模式数据 c()可用来创建向量 c(1,2,3,4) c("1","2","3","4") c(TRUE,FALSE) c(1:4) 1、2、3行分别生成数字、字符、逻辑型变量...,“:”生成连续数字 生成更复杂向量 rep("x",times = 4)#重复 seq(from = 2,to = 16,by = 2)#参数名称可省,2到16间2个数取一个 rnorm(n =...] <- 11#改一个 df$grade<-c("good","good","good","good")#改一列 colnames(df)[2] <- "年龄"#改第二行行名,列名为rownames(df...) 新建 df$class <- c(2,2,3,4)#后接不存在行名 个数据框连接 test1 <- data.frame(name = c('jimmy','nicker','Damon',...,新建一个数据框,根据相同一列合并 筛选数据框数据 df$class[df$class>2] 引用自生信技能树,小洁老师

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从零开始异世界生信学习 R语言部分 02 数据结构之数据框、矩阵、列表

数据框 data.frame 数据框 约等于表格:1.数据框不是一个具体文件,只是R语言内部一个数据;2.数据框一列只能有一种数据类型 图片 新建和读取数据框 #新建和读取数据框 df1 <- data.frame...#如何取数据框最后一列?...df1[,3] df1[,ncol(df1)] #ncol()函数统计列数,一共多少列,就是取最后一列 #如何取数据框除了最后一列以外其他?...增加一列 在$后面写一个不存在列名表示增加一列 df1$p.value <- c(0.01,0.02,0.07,0.05) df1 #改行名和列名 rownames(df1) <- c("r1",...sort表示按排序 merge(test1,test3,by.x='name',by.y = 'NAME', all = T) #取个表合集 #调整数据框顺序,可以用重新取子集方式 a

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R语言数据分析利器data.table包 —— 数据框结构处理精讲

一个R对象转化为data.table,R可以时矢量,列表,data.frame等,keep.rownames决定是否保留行名或者列表名,默认FALSE,如果TRUE,行名存在"rn"行,keep.rownames...比如此例取出DT X 列为"a"行,和"a"进行merge。on参数一列必须是DT一列 DT[....(a = .(), b = .())] 输出一个a、b数据框,.()就是要输入a、b内容,还可以一系列处理放入大括号,如{tmp <- mean(y);....(v), by=x] [] #加[]结果输出到屏幕上 DT[,c("m","n"):=list(mean(v),min(v)), by=x][] # 按x分组后同时添加m,n ,内容是分别是mean...(y=max(y)), lapply(.SD, min)), by=x, .SDcols=y:v] #对DT取y:v之间,按x分组,输出max(y),对y到v之间求最小值输出。

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对表型数据框进行去冗余

上次GEO课程回答了学员问题:使用R语言在向量任何位置插入任何元素 实力演示了如何自定义函数,这样大家就可以无限制创造方法来解决自己特殊需求,课后一个答疑期,发现大家还是有各式各样问题,比如下面的表型信息...我们来举一个例子,下面的代码创建一个模拟表型信息; pd=data.frame(1:10,4,7,3,'a','d', LETTERS[1:10],letters[1:10...我们首先判断第一列非冗余元素个数,下面的代码 length(unique(pd[,1])) 然后对一列都使用同样代码,那就是apply技巧: apply(pd, 2, function(x){...这样虽然是判断了一列非冗余元素个数,但并不是逻辑值,没办法去用来对数据框取子集。...需要加上一个判断,就是元素个数大于一才保留; apply(pd, 2, function(x){ length(unique(x)) > 1 }) 现在就是依据一列返回一个逻辑值,这个逻辑值就可以去原始数据框里面进行取子集操作

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认识数据框

背景 数据框是一种表格式数据结构,属于一种二维表,分为行和。数据框旨在模拟数据集,与其他统计软件例如 SAS 或者 SPSS 数据集概念一致。...数据集通常是由数据构成一个矩形数组,行表示观测,列表示变量。不同行业对于数据集行和叫法不同。...在一个数据框一行元素个数相同,一列元素个数也相同,一列数据类型一致,都为一个向量,一行内容还是一个数据框。数据框是 R 中使用最广泛一种数据格式。...一、创建数据框 利用 data.frame()函数创建数据框。...,一次实现 Excel Vlookup 功能 dta <- genes200[gene93,] dta #数据包含没有检索到 gene ID,返回值为 NA,利用 na.omit 删除包含 NA

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生信课程note-3

class3数据框、矩阵和列表向量-一维:表格—二维 :matrix 矩阵-二维,只允许一种数据类型;data.frame数据框-二维,只允许一种数据类型。...用于取子集逻辑值向量:与x对应,不必须由x生成。(例子即通过score为gene取子集)记住,==是等于意思,>-是赋值意思## 代码思维#如何取数据框最后一列?...df1[,3]df1[,ncol(df1)]#如何取数据框除了最后一列以外其他?df1[,-ncol(df1)] 注:!-给数值用,!给逻辑值用。...c("r1","r2","r3","r4")#只修改某一行/名colnames(df1)[2] <- "CHANGE"列名和行名都是向量#6.个数据框连接test1 <- data.frame(...test <- read.csv("exercise.csv")# 2.求test第一列数值中位数median(test$Petal.Length)# 3.筛选test,Species值为a或c

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生信马拉松 Day3

要写能换个环境和场景依然可运行代码,而不是一次性玩意儿 总览 “向量”一维 matrix 矩阵——二维,只允许一种数据类型 data.frame 数据框——二维,只允许一种数据类型 list 列表...) df1 #改行名和列名 rownames(df1) <- c("r1","r2","r3","r4") #只修改某一行/名 colnames(df1)[2] <- "CHANGE" 5.个数据框连接...merge真的不要太常用,但是实操个数据集对应列名不一样时候,就好容易忘记其实可以写在参数里╭(╯^╰)╮ test1 <- data.frame(name = c('jimmy','nicker...取特定数据 x=1:8;x #[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 x[c(T,F)] #利用循环补齐取出奇数位数据 #[1] 1 3 5 7 x[c(F,T)] #利用循环补齐取偶数位数据...[1] 2 4 6 8 2.代码思维取数据框最后一列,以及除了最后一列以外其他 这个在实际写代码时候真的很容易忘记,当时急着用写上数字后面copy到其他数据里就要反复改 df1[,ncol(df1

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Day07 生信马拉松-数据整理R

1.3 按位置提取字符串 #提取x第5和第9位字符串 str_sub(x,5,9) 1.4 字符检测 str_detect(x2,"h") # 第一个参数为向量名,第二个是检测关键词 str_starts...data.frame一列 ggplot2对行名并不友好,通常要使样本名转化为data.frame一列,防止在后续代码运行过程中行名丢失 图片 图片 step2 把原来行名转变为第一列 图片...step3 宽变长 :test、gene、count数均在一行上(将上图宽数据变为长数据) 图片 6.2实操代码 6.2.1 如何生成一个matrix set.seed(10086) #设置种子数使随机生成数固定...dat = t(exp) %>% #matrix进行行列转置 as.data.frame() %>% #matrix转为data.frame rownames_to_column() %...>% #行名转化为1 mutate(group = rep(c("control","treat"),each = 3)) #对data.frame新增一列分组信息 # 宽变长操作 pdat

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生信星球学习小组-Day5学习笔记--R语言数据结构

向量向量是用于存储数值型、字符型或逻辑型数据一维数组,可以使用c()函数来创建,但一个向量元素必须是相同数据类型。...1.创建向量并赋值图片2.提取向量元素根据元素位置提取元素向量中元素位置索引是从1开始,依次1,2,3,4...图片根据判断布尔值提取元素布尔值是“真” True 或“假” False 一个...图片数据框数据框可以理解为二维数据表,一行代表一条记录,一列代表一个属性,可以使用data.frame()函数来创建。不同于矩阵,数据框一列数据类型可以不同。...# header = T 意思就是第一行数据作为各变量名2.设置行名和列名图片3.提取元素图片我们可以用指定行名提取数据方法绘制散点图plot(iris$Sepal.Length,iris$Sepal.Width...)图片4.数据框导出write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F) # sep = "," 表示逗号作为每行数据间分隔符,quote=F 表示字符型数据不加双引号输入

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R 数据整理(六:根据分类新增列种种方法 1.0)

tidyr 基础用法 gather&&spread 可以本来扁平数据框变为宽长数据框。扁平(个维度对应一个数据)。...也就回到了开始创建数据框test。 separate&&unite 将同一列内容分为内容。或内容合并为同一列内容。 首先还是可以创建一个数据框。...对于待分离对象(col),不必加上引号;但对于即将创建(into),需要使用引号,由于是,这里使用向量创建。sep参数设定读取表格信息时以何符号作为分隔符。...到底需不需要引号,对于要处理(无论分离还是合并)不用;对于待生成则需要。 处理缺失值 创建一个存在NA 数据框。...,一步都需要将结果指定若干个中间变量,再将指定这些中间变量,作为输入值传递给下一个值。

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快速掌握apply函数家族推荐这篇文档

❝apply 家族是 R 语言中常用函数,用于对列表、数组或其他类型数据进行循环操作。 ❞ apply 家族包括以下几个函数: ❝lapply:用于遍历列表一个元素,并对其执行函数操作。...sapply:与 lapply 类似,但它自动结果转换为向量、矩阵或数组。 apply:用于对矩阵或数组行、或其他维度进行循环操作。...例如,下面的代码使用 apply 函数求出矩阵一列和: # 创建矩阵 x <- matrix(1:9, nrow = 3) # 使用 apply 函数求出矩阵一列和 apply(x, 2,...sum) [1] 6 15 24 ❝上面介绍了apply 家族函数原理,下面来举几个使用 apply 家族函数处理数据小例子: ❞ 例子 1:求出矩阵一列最大值 下面的代码使用 apply...函数求出矩阵一列最大值: # 创建矩阵 x <- matrix(1:9, nrow = 3) # 使用 apply 函数求出矩阵一列最大值 apply(x, 2, max) [1] 3

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R语言基础提升与总结

3.2.1 对向量一个元素进行循环对x里一个元素i进行同一个操作for(i in x){ }x <- c(5,6,0,3)s=0for (i in x){ s=s+i print(c(i,...如何for循环结果保存下来?...,按拼接成为一个矩阵 do.call完成批量操作4 表达矩阵画箱线图4.1 表达矩阵概念基因表达数据通常使用表达矩阵来表示其中矩阵行代表某个基因在不同样本(不同处理,或时间点等)表达水平列表示某个样本各个基因表达水平...5.1 矩阵/数据框隐式循环——applyapply(X,MARGIN,FUN…)X:数据框/矩阵名称MARGIN:取值=1表示行;取值=2表示FUN:具体函数对X一行/一列进行FUN这个函数...,1:100,".txt")file.create(f)file.remove(f)8 思考题:如何挑选出一个表达矩阵里方差最大基因?

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