首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

如何在ggplot标签中使用自然对数而不是log10?

在ggplot中,可以使用scale_x_continuous()和scale_y_continuous()函数来自定义轴的刻度和标签。要在标签中使用自然对数而不是log10,可以使用scale_x_log10()和scale_y_log10()函数来设置对数刻度,然后使用scale_x_continuous()和scale_y_continuous()函数来自定义标签。

以下是一个示例代码:

代码语言:txt
复制
library(ggplot2)

# 创建一个示例数据集
data <- data.frame(x = c(1, 2, 3, 4, 5),
                   y = c(10, 100, 1000, 10000, 100000))

# 使用ggplot创建散点图
plot <- ggplot(data, aes(x = x, y = y)) +
  geom_point()

# 设置x轴为对数刻度,使用自然对数
plot <- plot + scale_x_log10(labels = function(x) formatC(exp(x), format = "e"))

# 设置y轴为对数刻度,使用自然对数
plot <- plot + scale_y_log10(labels = function(x) formatC(exp(x), format = "e"))

# 显示图形
print(plot)

在上述代码中,我们首先创建了一个示例数据集,然后使用ggplot函数创建了一个散点图。接下来,我们使用scale_x_log10()和scale_y_log10()函数将x轴和y轴设置为对数刻度。在labels参数中,我们使用了一个自定义函数来将对数刻度转换为自然对数的标签。最后,使用print函数显示图形。

这样,我们就可以在ggplot标签中使用自然对数而不是log10。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

多种方法在火山图上标记感兴趣基因(差异基因,或者通路)

健明 全国巡讲课程结束后的一个月持续答疑环节,被问的最多的问题居然是如何在差异分析后的火山图上面标记出来感兴趣的基因,这里有必要派我们杰出能干的小洁老师出马!...方法一:利用空字符串“” 原理:空字符串“”=nothing 关于空字符串,我曾写过一篇文章来讲他:R数据框里的空格子不是NA是什么 这种方法的参照是帮助文档里的一段代码: (先准备好包) if(!...但是我发现,这个只是适用于数据量比较小的时候,这个例子只有170个点,一般来说火山图数以万计的行,用这个方法容易失败。下午尝试了几次大的数据,结果Rstudio无一例外的嘎嘣了。...端详代码找思路 1.从原来数据挑选了一部分,生成新数据 2.用新数据作图,向原数据做的点图上叠加两个图层,一个空心点图,一个geom_label_repel。...由于ggpubr写纵坐标时直接写-log10(P.value)不识别,可采取迂回策略,改列名,完事再在图上改纵轴标签。 load("test.Rdata") if(!

16.5K34

ggplot2-plotly|让你的火山图“活”过来

ggplot2绘制火山图 2.1 绘制简单的火山图--点图 ggplot(data = data, aes(x = logFC, y = -log10(adj.P.Val))) + geom_point...2)添加阈值线 使用geom_hline() 和 geom_vline( )参数添加阈值线 ggplot(data = data, aes(x = logFC, y = -log10(adj.P.Val...3) 标示重点显著差异基因 上图是不是有点像了,新增sign列,利用ifelse函数添加重点显著差异基因,然后使用geom_text参数添加到图上, data$sign <- ifelse(data$adj.P.Val...4) 解决基因名重叠问题 基本和paper一致,但是因为差异表达基因太多,存在重叠情况,现使用R语言的ggrepel包解决标签太多导致的重叠问题。...呐,到这里除了数据不一样,基本实现了文献的火山图,是不是以为到这就结束了?NO!NO!NO! 实现上述静态的就可以发paper去了!

3K21

ggplot2优雅的自定义轴文本颜色

❝今天来主要介绍如何在不引入外部几何对象的前提下在图形的原有的基础上「自定义修改轴文本颜色」,也许恰好您正好有此特殊需求,希望对各位观众老爷有所帮助;下面来看具体案例; ❞ 加载R包 library(tidyverse...) 数据清洗 data1 % head(6) %>% mutate_if(is.numeric, function(x) x+10) %>% log10() %>%...legend.key.width=unit(0.3,'cm'), legend.key.height=unit(0.3,'cm'), legend.position=c(0.5,0.5))+ # 添加标签...size=0.5,color="grey", arrow = arrow(length = unit(0, "npc"),type="closed")) ❝可以看到此处我们使用的...会显示如下警告信息,是不是发现了什么;感觉挺有趣的 ❝Warning message: Vectorized input to element_text() is not officially supported

1.2K10

Wolfram|Alpha 的分步解答数学工具帮助您学习化学课程

在化学,我们用摄氏度来测量温度,不是华氏度。给定几个已知的摄氏度和华氏度的温度,我们如何在使用数字助手的情况下转换其他温度呢?好吧,我们以五点为例,其中的搭配会列成{华氏、摄氏}。...在化学,主要使用的对数类型是碱10和碱e,或者自然对数(计算器上的ln按钮)。除非对数等于一个整数,否则你可能需要使用计算器来解决这些问题。关于对数的一个重要概念是如何从指数形式到对数形式来回切换。...你也可以使用Wolfram|Alpha来计算一些手工计算比较困难的对数,比如方程log10(x)=3.5的x值。"...另外值得一提的是,Wolfram|Alpha的log(x)并不是解释为基数10,而是自然对数。如果你需要基数为10,一定要输入log10(x)。 6....这种情况下,就必须先重新排列项,使方程等于0,然后再使用二次方程。这个问题有详细的分布解决方案: 有时,在你的作业题中可能会出现含有立方项的方程,x^3,以及更高阶的方程。

1.5K30

R语言ggplot2包画曼哈顿图的一个简单小例子

里做这种图的函数是geom_jitter() 今天用到的数据集是来自于rMVP这个包的pig60K数据集 首先是获得这个数据集 library(rMVP) data('pig60K') 使用ggplot2...image.png 从图上可以看到Y染色体对应的只有一个点,可以在原始数据把Y对应的数据去掉,用到dplyr这个包的filter()函数 library(dplyr) df<-filter(pig60K...image.png 这个时候还有一个问题是X轴不是按照1,2,3这样依次排下来的,我们可以通过更改因子水平来给X轴重新排序 df$Chromosome<-factor(df$Chromosome,...image.png 曼哈顿图通常是对特征的p值取-log10 ggplot(df,aes(x=Chromosome,y=-log10(trait1)))+ geom_jitter(aes(color...image.png 最后是一些简单的美化 ggplot(df,aes(x=Chromosome,y=-log10(trait1)))+ geom_jitter(aes(color=Chromosome

2K30

ggplot2包图形参数(坐标轴、分面、配色)整理

目前R主要支持四套图形系统:基础图形(base)、网格图形(grid)、lattice图形和ggplot2。其中ggplot2凭借强大的语法特性和优雅的图形外观,逐渐成为R数据可视化的主流选择。...书中绝大多数的绘图案例都是以强大、灵活制图著称的R包ggplot2实现的,充分展现了ggplot2生动、翔实的一面。...x轴并设定值域范围 以上y轴同理 4.4.2 离散型坐标轴 设定参数limits来修改坐标轴顺序 scale_x_discrete(limits=c("trt1","ctrl","trt2")) 忽略因子某些类别...by="2 month") scale_x_date(breaks=datebreaks) # 使用设定的日期刻度分割点 调整日期刻度标签的格式 library(scales) # 使用scales包的...大多数的点形,整个点的颜色是由colour控制的,不是fi11。例外的情况是21-25号点,它们不仅有填充色,也有边界色。

10.8K41

跟小新老师学转录组的第五天

功能注释 利用GO/KEGG注释给这些基因赋以“功能标签” 功能注释:查询感兴趣的基因/基因集合参与哪些可能的生命过程,起到了什么作用 1.差异分析筛选基因:MAOA(按照FC排序取top10)(NCBI-GeneID...Organism-specific为:hsa 图片 不知道类型的可以选择Taxonomy查询 图片 图片 4.选择Optional use of outside类型为:NCBI-GeneID 5.输入MAOA基因(格式...和随机 比较,关注的基因集显著注释的功能节点 由于分析的结论是基于一组相关的基因,不是根据单个基因,所以富集分析方法增加了研究的可靠性,同时也能够识别出与生物现象最相关的生物过程。...ggplot2绘制 # 对富集结果使用qvalue从小到大排列,取top10 data % top_n(n = 10, wt = -(qvalue)) colnames...(data) p <- ggplot(data = data, aes(x=-log10(qvalue), y=reorder(Description,-log10(qvalue)) )) + geom_bar

45620

「R」数据可视化1: 火山图

在生物领域我们常常使用R语言对数据可视化。在对数据可视化的时候,我们需要明确想要展示的信息,从而选择最为合适的图突出该信息。本系列文章将介绍多种基于不同R包的作图方法,希望能够帮助到各位读者。...该火山图的y轴是-log10(Qvalue),即qvalue(pvalue校正后的值)取-log10,因此数值越高说明qvalue越小即越显著。...一般来说在差异基因分析过程,筛选标准通常认为qvalue小于0.05且foldchange的绝对值大于2为差异基因。...图中的虚线就是根据自己的筛选标准确定添加。其中两条竖线(x=-2和x=2)说明该筛选标准是要求foldchange的绝对值大于4。横线(大胆猜测是在y=2处),说明要求qvalue小于0.01。...(2) 如何使用ggpot2做火山图 能够做火山图的方法有很多,有一些RNA-seq分析的包自带了画火山图的函数。

1.8K10

没想到修个火山图这么麻烦

二)——用R画带基因名标签的MA图》 RNA-Seq分析(二)——用R画带基因名标签的MA图 - 知乎 (zhihu.com)另外 上面算是模板吧。...其实引起我最大注意的还是,看到横坐标是科学计数法显示的 于是就搜索的教程 《如何使用ggplot更改轴上数字的格式?》 如何使用ggplot更改轴上数字的格式?...10.3 计算log10,加一列 x轴可能需要的是经过log后的数据,只不过标记的数值用的是科学计数法,相当于加了个标签 那就,调整X轴数据,取个log10,然后标签加成科学计数法 给表达矩阵加一列...感觉分组是作者另外加的注释 找到的教程:《ggplot的注释图层annotate》 ggplot的注释图层 annotate_zoujiahui_2018的博客-CSDN博客《R语言ggplot2...包之注释》 R语言ggplot2包之注释_r语言 ggplot annotate parse_zx403413599的博客-CSDN博客 P值的注释是竖的,所以,搜到的教程~ 修改注释字的角度 《如何在

50620

「R」数据可视化6 : 曼哈顿图

本文我们直接使用该包的例子进行讲解(毕竟我也没有可以绘图的GWAS数据哈哈哈)。没有安装的可以先输入install.packages("qqman")安装该包。...当然qqman包由于是为曼哈顿图服务所以其实有很多限制,如果想要完全DIY我们可以使用ggplot。本文将会介绍使用这两个R包进行绘图。...要注意如果你的CHR存在X,Y这样的,需要给他们转化为数字赋予23,24等,其中第一列SNP的名字是可选择的,后三列是必须提供的。...那么使用ggplot要如何作图呢? 这里我们要对数据进行一点整理,需要用到一个十分实用的符号,我们称其为管道符号%>%,该符号的作用是可以将上一步的结果直接传输给下一步,像一个管道进行连接。...上述数据处理完成后,我们就可以使用ggplot作图: ggplot(don, aes(x=BPcum, y=-log10(P))) + geom_point( aes(color=as.factor

2.5K20
领券