有粉丝邮件求助,给了我两个vcf文件,旧的vcf文件走的是标准的bwa+gatk流程,参考基因组是hg19,新的文件参考基因组是hg38,也是gatk标准流程。...想有比较它们,首先得保证两个vcf文件的参考基因组一致,因为版本不一致,所以需要使用CrossMap等软件进行参考基因组版本转换,然后里使用 SnpSift 软件的 Concordance 命令比较它们...image-20200711195600818 最后看专业的软件进行两个vcf文件比较 这里使用 SnpSift 软件的 Concordance 命令,代码如下: java -Xmx1g -jar...但是可以继续细致的探索 comp.results.txt 文件,拆分染色体后,继续统计上面提到的6种情况发生的频次。那就出一个学徒作业吧,比较两个vcf文件,然后区分染色体绘制韦恩图。...这两个vcf文件可以是不同人的,也可以是同一个人的不同批次测序或者不同数据分析流程拿到的vcf文件。
使用python脚本比较两个文件的差异内容并输出到html文档中,可以通过浏览器打开查看。...fromlines和tolines,用于比较的内容,格式为字符串组成的列表 fromdesc和todesc,可选参数,对应的fromlines,tolines的差异化文件的标题,默认为空字符串 context...为false时,控制不同差异的高亮之间移动时“next”的开始位置 3.使用argparse传入两个需要对比的文件 """ import difflib import argparse import sys... return text except IOError as e: print("Read file Error:", e) sys.exit() # 比较两个文件并输出到...,使用格式-f1 filename1 -f2 filename parser = argparse.ArgumentParser(description="传入两个文件参数") parser.add_argument
当需要比较A , B两个文件 , A文件中存在 , 并且把也在B文件中存在的行去除掉 , 可以使用这个awk的用法来 awk '{if(ARGIND==1) {val[$0]}else{if($0...in val) delete val[$0]}}END{for(i in val) print i}' A B 使用awk的同时处理多文件功能,配合数组变量来进行处理 先扫描文件A,把文件A中的每行作为数组的...key放入数组 再扫描文件B,判断B中的每行是否存在于数组中,如果存在就删除这个数组元素 最后统一打印数组中的key
方法一: 使用隐式对象 implicit object 继承 Ordering[T]类,重写compare方法实现 // 随机定义一个方法 class XiaoHei(val name:String,...override def compare(x:XiaoHei, y:XiaoHei): Int = x.age -y.age } } object OderingDemo { // 定义比较方法...方法二: 定义Comparable的实现类,实现CompareTo方法; 再定义一个以Comparable为参数的泛型类,方法实现比较逻辑 // 定义泛型类,接受参数为Comparable的实现类 class...ChooseClass[T <: Comparable[T]] { // choose方法实现Comparable实现类的具体比较 def choose(t1:T, t2:T): T = {...if (t1.compareTo(t2) >0) t1 else t2 } } // 定义comparable的实现类,实现compareTo方法 class CompareClass(val
import difflib a = open('./1.txt', 'U').readlines() b = open('./2.txt', 'U').re...
zset为有序的,自动去重的集合数据类型,zset数据结构底层实现为字典(dict)+跳表(skiplist)当数据比较少时,用ziplist编码数据结构存储,当满足以下条件之一时,则采用字典+跳表来存储...)数据结构主要用于判断值是否存在以及拿对应的分值,这个不是我们文章阐述的重点,重点看一下跳跃表(skiplist)的数据结构,看看它是如何实现排序的 skiplist的实现 首先我们来看一看链表的数据结构示意图...我们每隔两个元素给加一层,然后我们查询从索引层开始查询,遇到了比目标元素大的元素再返回,前往数据层来查询,这样速度会快一些,但是这样速度快的不明显,大概也就快了一半左右,于是我们便想到了加高层数 ?...的源码 // zskiplistNode包含了数据和索引,也就是跳表中的一列 typedef struct zskiplistNode { sds ele; //元素 double score...skiplist.png 如何确定索引层的层高 索引层的层高是由一个随机函数,幂次定律实现的 int zslRandomLevel(void) { //幂次定律,随机生成层高,越高的层出现概率越低
关于redis的list的常用命令就不多说了 常用的命令lpush,rpush,lpop,rpop,lrangge等,这个不错过多的演示,相信研究源码的同学应该都知道这些,唯一要说的就是在redis中有...BRPOP等命令,这个是通过redisDb中的blocking_keys和ready_keys来实现,当然这个不是咱们这篇文章需要讨论的重点 typedef struct redisDb { dict...来说,list是一个有序(按照加入的时序来排序)的数据结构,redis采用quicklist(双端链表)和ziplist作为list的底层实现 我们先来看看ziplist的结构图 ?...具体各个属性的含义都在图片中有所说明,其实ziplist就是一个非常紧凑的数据结构,非常节省空间,但是它也存在对应的问题。...其实quicklist的实现也比较简单,就是用了一个双向链表把各个ziplist给连接了起来。那么问题来了,每个quicklistNode中的ziplist是多大呢?根据什么来拆分呢?
redis的hash的基本命令暂时先不多说,我们直接步入正文 在redis的hash结构中,存在这样一种现象 127.0.0.1:6379> hset user:001 name john age 25...xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx" 5) "sex" 6) "man" 7) "age" 8) "25" 我们给user:002多设置了一个extra属性,并且设置的值比较大...其实主要原因是:hash数据结构底层实现为一个字典(dict),也是redisDb用来存储k-v的数据结构,当数据量比较小,或者单个元素比较小的时候,底层用ziplist存储,数据大小和元素数量阈值可以通过如下参数设置...压缩表的结构如图 ?...其实我们从源码可以看出来, 对于string类型来说,string类型是基于RedisDb的,如果string的数量不断的变多,就会导致dictht部分不断的rehash ?
最近项目有个需求,需要比较两个任意大小文件的内容是否相同,要求如下: 项目是.NET CORE,所以使用C#进行编写比较方法 文件大小任意,所以不能将文件内容全部读入到内存中进行比较(更专业点说,需要使用非缓存的比较方式...) 不依赖第三方库 越快越好 为了选出最优的解决方案,我搭建了一个简单的命令行工程,准备了两个大小为912MB的文件,并且这两个文件内容完全相同.在本文的最后,你可以看到该工程的Main方法的代码....下面我们开始尝试各个比较方法,选出最优的解决方案: 比较两个文件是否完全相同,首先想到的是用哈希算法(如MD5,SHA)算出两个文件的哈希值,然后进行比较....而我们的需求中,两个文件都是不固定的,那么每次都要计算两个文件的哈希值,就不太合适了. 所以,哈希比较这个方案被PASS....但是这样又带来一个新问题,就是如何快速比较两个字节数组是否相同?
由于整个应用被打包成一个单独的文件,Phar 在部署时可以减少文件的数量和复制过程,提高了应用的部署效率。...在你的 Laravel 项目根目录下,创建一个 box.json 文件。这个文件用于配置打包的参数和设置。...例如,你可以使用以下命令创建一个基本的 box.json 文件: box init 这将创建一个包含默认配置的 box.json 文件,在文件中你可以进一步自定义配置。 2....• "output": "your-app.phar":指定生成的 Phar 文件的名称。 • "directories" 和 "finder":用于配置需要包含在 Phar 文件中的目录和文件。...运行以下命令来生成 Phar 文件: box build 这将根据你在 box.json 文件中配置的参数,将你的 Laravel 应用程序打包为 Phar 文件。 4.
一、栈的概念及结构 栈:一种特殊的线性表,其只允许在固定的一端进行插入和删除元素操作。进行数据插入和删除操作的一端称为栈顶,另一端称为栈底。...栈中的数据元素遵守后进先出LIFO(Last In First Out)的原则。 压栈:栈的插入操作叫做进栈/压栈/入栈,入数据在栈顶。 出栈:栈的删除操作叫做出栈。出数据也在栈顶。...二、栈的实现 栈的实现一般可以使用数组或者链表实现,相对而言数组的结构实现更优一些。因为数组在尾上插入数据的代价比较小。...具体实现代码如下: #pragma once //Stack.h #include #include #include // 支持动态增长的栈...具体实现代码如下(C语言实现): //C语言实现需要自己将栈的各个功能实现 typedef char STDataType; typedef struct Stack { STDataType* _
java.io.FileReader; import java.util.HashSet; /** * @ClassName: ReaderComplete * @Author: Tiger * @Title: 找出两个文件中相同的单词...for (String word : words) { System.out.println(word); } } //加载文件内容...string) { String[] strings = string.split("[^a-zA-Z]+"); return strings; } //查询两文件的相同代码...} } } return set.toArray(new String[] {}); } } 第二种比较单词的方法...:将string【】数组转换成集合,通过集合的retainAll()方法 两个集合取交集 public static String[] findTheSameWords2(String[] s1,String
一、队列的概念及结构 队列:只允许在一端进行插入数据操作,在另一端进行删除数据操作的特殊线性表,队列具有先进先出FIFO(First In First Out) 入队列:进行插入操作的一端称为队尾 出队列...:进行删除操作的一端称为队头 二、队列的实现 队列也可以数组和链表的结构实现,使用链表的结构实现更优一些,因为如果使用数组的结构,出队列在数组头上出数据,效率会比较低。...具体代码如下(C语言实现): #pragma once //Queue.h // 链式结构:表示队列 #include #include #include...思路:用两个队列,保持一个队列为空一个不为空,当要出栈的时候就将不为空的队列中除了队尾的元素全都入到为空的队列中,然后将唯一的那个元素出栈。...思路:使用两个栈,一个push栈一个pop栈,先往push栈中堆入元素,出队时,先将push栈中的元素先pop到pop栈中,再从pop栈中pop元素,其间再有元素堆入入到push栈中。
今天做文件上传功能,需求要求文件内容相同的不能重复上传。感觉这个需求挺简单的就交给了一位刚入行的新同学。等合并代码的时候发现这位同学居然用文件名称相同和文件大小相同作为两个文件相同的依据。...从概率上来说遇到两个文件名称和大小都一样的概率确实太小了。这种判断放在生产环境中也可以稳定的跑上一阵子,不过即使再低的可能性也是有可能的,如果能做到100%就好了。...文件Hash校验 如果两个文件的内容相同,那么它们的摘要应该是相同的。这个原理能不能帮助我们鉴定两个文件是否相同呢?...Java实现文件摘要 带着这个疑问,我写了一个文件摘要提取工具类: /** * 提取文件 checksum * * @param path 文件全路径...任何两个内容相同的文件的摘要值都是相同的,和路径、文件名、文件类型无关。 文件的摘要值会随着文件内容的改变而改变。
文件上传是程序开发中必不可少的一个环节,对于文件上传的实现也是千奇百怪。 但是上传的基本流程基本一致。这里我们大致学习一下。...' ROW_FORMAT = Dynamic; 前端实现 文件上传的前端实现其实并不复杂, 我们项目是通过使用Vue实现, 所以就可以使用Element组件来实现。...$message.success("上传成功"); this.load(); }, 后端实现思路 通过前端的函数调用, 就将真正实现文件编码显示的功能扔给了后端来实现, 所以所有的编码解码都是通过后端来实现的...Spring 自动将上传的文件绑定到 MultipartFile 对象 关于MultipartFile的方法可以阅读源码得知, 这里我只给出一些我们用到的。...获取用户存储文件的流对象, 通过流对象对输入文件的流进行 MD5 哈希计算 因为数据库中存储了对应的md5, 所以我们进行比较, 看是否文件已存在。 防止重复存储相同的文件消耗服务器资源。
一.堆的概念及结构 1.概念 如果有一个关键码的集合K = { , , ,…, },把它的所有元素按完全二叉树的顺序存储方式存储在一个一维数组中,并满足: = 且 >...其实堆是一种二叉树,通常我们都是用数据表实现,也就是说堆的底层是数组,数组中的小标表示二叉树的节点,所以在实现堆之前,我们有必要了解完全二叉树中节点之间的关系。...二.接口实现 A.初始化 Heapinit 销毁 Heapdestroy 这里的初始化和销毁都很简单,相信这对学到堆的人并不是什么难事,和顺序表的操作是一样的,如果实在不理解的话,请看 ->...2.AdjustUp 假设我们建的是大堆,我们将新插入的节点与它的父节点比较: 1.如果比它的父节点大,则与其交换,所以交换后的父节点就成为了子节点,再与其父节点比较,以此类推; 2.如果child...D.堆的判空 Heapempty 堆顶数据 Heaptop 堆的大小 Heapsize 这些接口的实现都非常简单,博主就不在这里讲述了,可以参考后面的源码。
一.栈的概念和结构 1.一种特殊的线性表,其只允许在固定的一端进行插入和删除元素操作; 2.进行数据插入和删除操作的一端称为栈顶,另一端称为栈底; 3.栈中的数据元素遵守后进先出LIFO(Last...In First Out)的原则; 压栈:向栈中插入数据; 出栈:从栈中取出数据; 图示: 其实用链表和数组都可以实现栈,但栈底就相当于链表的头,数组的第一个元素,栈顶就相当与链表的尾,数组的最后一个元素...,当我们进行压栈或是出栈操作时,链表就需要找到尾,所以时间复杂度为O(N),而数组则是O(1),所以这里选择用数组实现栈比较好。...用数组实现的话,就和前面的顺序表类似了。...二.接口实现 A.初始化 Stackinit 销毁 Stackdestroy 1.Stackinit 1.这里数组的初始化就和顺序表那里是一样的了,需要用到动态内存管理的函数,如果不懂的话,建议去补一下这一块的知识哦
文件共享是指在计算机网络中,多个用户可以通过共享相同的文件或目录来实现数据交换和协作工作。这种方式可以使多个用户在不同地点的计算机上访问并编辑同一个文件,从而实现更加高效和便捷的合作。...实现文件共享是计算机网络中常见的需求,可以使多个用户在不同地点的计算机上访问并编辑同一个文件,从而实现更加高效和便捷的合作。本文将介绍如何在Windows操作系统中实现文件共享,并提供具体步骤。...一、设置共享文件夹1.首先选择需要共享的文件夹,右键点击该文件夹,选择“属性”。2.在弹出的窗口中选择“共享”选项卡,然后点击“高级共享”。...勾选“记住我的凭据”,以便将来访问该共享文件夹时不必再次输入用户名和密码。至此,已经成功地实现了对共享文件夹的访问。总结通过以上的设置方法,可以轻松地实现在Windows操作系统中的文件共享。...除了Windows操作系统,其他操作系统也都提供了文件共享功能,并且大多数的文件共享协议(如FTP、SMB、NFS等)都是跨平台的,可以在不同的操作系统之间进行文件共享。
Shell中如何删除文本比较长的行的实现方法 有的时候需要对文件执行删除删除操作,这个时候比较常用的会使用vi命令中的dd命令,比如先执行10G(跳转到第10行),然后再执行20dd(删除20行),但实际情况未必是这么常规...,比如说,要删除文件中,某行长度超过200个字符的行,如果文本比较小,还好,如果是几万行,几十万行的呢?...我然想到的办法就是:比如说,通过sed,awk,egrep命令来达到目的。 举个简单例子。 假如说如下文本文件,要将其中长度为5字符以上的给删除掉。...使用awk,grep命令的时候,可以将处理好的文件重定向到另外一个新文件中 2. egrep -w参数,表示仅跟模式匹配的单词 3. ^....表示所有模式不匹配的,w是输出,写入到新文件NewFile文件中 如有疑问请留言或者到本站社区交流讨论,感谢阅读,希望能帮助到大家,谢谢大家对本站的支持!
一、引言在编程的世界里,总是在寻找更高效、更简洁的方法来解决问题。今天,将探讨如何在Java中轻松实现两个List的交集操作,让你的代码更加简洁、高效。...LinkedListLinkedList与ArrayList类似,但它是双向链表实现的。它提供了更快的插入和删除操作,但随机访问速度较慢。...Java中实现两个List的交集操作。...使用Iterator除了使用Stream API,还可以使用Iterator来实现两个List的交集操作。这种方法虽然代码较长,但逻辑清晰易懂。...Java中实现两个List的交集操作,包括使用Stream API和使用Iterator两种方法。
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