如何将我的Python脚本传递给Slurm sbatch？
Slurm是一个开源的高性能计算（HPC）集群管理系统，用于管理大规模计算任务。它提供了一个作业调度器，可以将任务分配给集群中的计算节点进行执行。要将Python脚本传递给Slurm sbatch，可以按照以下步骤进行操作：
- 编写Python脚本：首先，编写你的Python脚本，确保它可以在本地机器上正常运行并完成所需的计算任务。
- 创建Slurm脚本：接下来，你需要创建一个Slurm脚本，该脚本将告诉Slurm如何运行你的Python脚本。Slurm脚本是一个文本文件，其中包含一些指令和参数，用于配置作业的运行环境。以下是一个示例的Slurm脚本：
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=myjob
#SBATCH --output=output.txt
#SBATCH --error=error.txt
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
python myscript.py在这个示例中，#SBATCH开头的行是Slurm的指令，用于配置作业的各种参数。--job-name指定作业的名称，--output和--error分别指定标准输出和错误输出的文件名。--nodes和--ntasks-per-node指定作业需要的计算节点数量和每个节点上的任务数量。最后一行是运行Python脚本的命令。
- 提交作业：保存Slurm脚本，并使用
sbatch命令将其提交给Slurm作业调度器。在终端中执行以下命令：
sbatch myscript.slurm这将把你的作业提交给Slurm，并将其加入作业队列中等待执行。Slurm将为你的作业分配计算资源，并在可用时开始执行。
总结起来，将Python脚本传递给Slurm sbatch的步骤包括编写Python脚本、创建Slurm脚本并配置作业参数，然后使用sbatch命令提交作业。这样，你的Python脚本将在Slurm集群中运行，并由Slurm进行作业调度和管理。
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1回答
用于多个测试的Slurm异构作业
cluster-computing、slurm、hpc
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# begin of slurm_script.sh
#!/bin/bash
#SBATCH -p my_partition
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --time 16:00:00 # format: HH:MM:SS
#SBATCH -N 1 # 1 node
#SBATCH --ntasks-per-node=32
浏览 25提问于2022-10-24得票数 0
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为什么我不能在SLURM中模拟运行同一python脚本的多个实例
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我一直在努力尝试让python脚本的多个实例在SLURM上运行。在我的登录节点中，我已经安装了python3.6，并且我有一个python脚本"my_script.py“，它接受一个文本文件作为输入来读取运行参数。我可以使用以下命令在登录节点上运行此脚本
python3.6 my_script.py input1.txt
此外，我可以提交一个脚本submit.sh来运行该作业：
#!/bin/bash
#
#SBATCH --job-name=hostname_sleep_sample
#SBATCH --output=output1.txt
#SBATCH --cpus-per-ta
浏览 2提问于2018-10-24得票数 0
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如果分区的默认时间限制不够，如何在SLURM中运行更长的作业？
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我在linux集群中提交了我的作业(使用SLURM调度作业)，但每个分区的时间限制只有24小时(实际上这个限制是由管理员设置的)，而且我的代码似乎需要运行一周以上(根据我的猜测)。我是SLURM脚本的新手，对以下内容之间的相互作用略知一二：
#SBATCH --nodes=
#SBATCH --ntasks-per-node=
#SBATCH --ntasks=
#SBATCH --ntasks-per-core=
我正在寻找方法，以避免时间限制，同时提交作业和运行我的完整作业。
我们非常感谢您的建议。
浏览 1提问于2021-04-23得票数 2
3回答
加载共享库时出错:libiuuc.so.50
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我试图在CentOS 7中向SLURM提交一个R脚本，如下所示：
#!/bin/bash
#SBATCH -J test
#SBATCH -o test.out
#SBATCH -p compute
#SBATCH --qos=normal
#SBATCH -N 1
#SBATCH --ntasks-per-node=8
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --
浏览 0提问于2019-07-26得票数 3
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SlurmS批处理是否会在节点间自动复制用户脚本？
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SLURM (特别是s批处理)是否应该自动将用户脚本(而不是作业配置脚本)复制到集群的计算节点以供执行？从我的登录节点执行sbatch文件后，输出文件将在我的一个计算节点上创建，但包含以下内容：
ERROR: could not open file /home/pi/slurm.jl
Stacktrace:
[1] include at ./boot.jl:328 [inlined]
[2] include_relative(::Module, ::String) at ./loading.jl:1105
[3] include(::Module, ::String) at ./Base
浏览 4提问于2019-12-27得票数 2
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编译器没有使用所有的CPU，我需要你的建议
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我的PC有两个cpu xeon e5-2678v3，12个核心/24个线程每个cpu (总共24个核心/ 48个线程)我提交了slurm批处理作业，为我的代码请求多核(CFD fortran代码与英特尔fortran编译器在linux)代码运行良好，但似乎所有48个线程只在一个cpu上运行，而不是双cpu。我使用上面相同的slurm批处理作业文件检查了串行和openMP运行；结果是相同的结果和相同的计算速度。请告诉我如何使用所有的2个CPU来运行代码？
第一个作业文件，system以所有48个线程运行：*
#!/bin/sh
#PBS -N Ogive
#PBS -o output
#PBS
浏览 2提问于2020-05-19得票数 0
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在集群上运行openmp
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我的节目-
gettimeofday(&t0, NULL);
for (k=0; k<size; k++) {
#pragma omp parallel for shared(A)
for (i=k+1; i<size; i++) {
//parallel code
}
#pragma omp barrier
for (i=k+1; i<size; i
浏览 1提问于2013-10-13得票数 3
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if (argc < 3)
{
fprintf(stderr, "Usage: mpiexec program <#sockets>\n");
exit(1);
}
s = atoi(argv[1]);
bash脚本(Slurm)：
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --time=00:30:00
#SBA
浏览 2提问于2016-03-30得票数 2
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如何向不同节点的SLURM提交作业？
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我必须使用sbatch在一个集群上运行多个模拟。在一个文件夹中，我有要运行的Python脚本和要与sbatch一起使用的文件：
#!/bin/bash -l
#SBATCH --time=04:00:00
#SBATCH --nodes=32
#SBATCH --ntasks-per-core=1
#SBATCH --ntasks-per-node=36
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --partition=normal
#SBATCH --constraint=mc
module load Python
source /scratch/.../env
浏览 2提问于2017-05-13得票数 0
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Slurm作业:可能在同一节点上输出文件？
arrays、output、scheduler、slurm、sbatch
我有一个有四个节点A、B、C和D以及Slurm版本17.11.7的计算集群。我在与Slurm数组作业做斗争。我有以下bash脚本：
#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name testjob
#SBATCH --output output_%A_%a.txt
#SBATCH --error error_%A_%a.txt
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --time=10:00
#SBATCH --mem-per-cpu=50000
FOLDER=/home/user/slurm_array_jobs/
mkdir -p $FOLDER
cd ${
浏览 0提问于2018-06-18得票数 1
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1回答
用于请求时间的Slurm环境变量
slurm
对于slurm作业，环境变量$SLURM_JOB_NUM_NODES提供请求的节点数。
是否有类似的变量给出所请求的运行时？我找不到答案，我试过$SLURM_JOB_TIME，$SLURM_TIME和$SLURM_SUBMIT_TIME，但是这些都没有用。
最终目标是让我运行的脚本知道有多少时间运行，请参见下面的示例：
#!/bin/bash
#SBATCH --account=abc
#SBATCH --time=1:00:00
#SBATCH --job-name=xyz
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --tasks-per-node=1
python my_pyt
浏览 7提问于2022-01-28得票数 2
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1回答
S批处理将计算节点发送到“耗尽”状态。
slurm、sbatch
在我们的小型集群中新安装和配置的计算节点上，我无法使用批处理脚本和“sbatch”命令提交slurm作业。提交后，请求的节点将更改为“耗尽”状态。但是，我可以使用'srun‘交互地运行相同的命令。
作品：
srun -p debug --ntasks=1 --nodes=1 --job-name=test --nodelist=node6 -l echo 'test'
不起作用：
sbatch test.slurm
用test.slurm
#!/bin/sh
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --nod
浏览 0提问于2019-03-22得票数 1
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3回答
将参数传递给SLURM批处理脚本中的python脚本
python、hpc、slurm
我已经编写了一个需要两个参数的python脚本，当我在命令行中使用以下命令运行它时，该脚本工作得很好：
pythonscript.py arg1 arg2
我需要在SLURM批处理脚本中运行它，但是每当我这样做时，我都会得到一个“非法指令”错误和一个核心转储。这是我使用的脚本的一个示例：
#!/bin/bash
# Set your minimum acceptable walltime, format: day-hours:minutes:seconds
#SBATCH --time=0-00:30:00
# Set name of job shown in squeue
#SBATCH
浏览 1提问于2015-07-06得票数 5
1回答
linux一个节点上并行运行的任务的单独.out文件
linux、parallel-processing、output、slurm
我在linux上使用slurm并行运行作业，方法是请求一个节点，每个cpu运行一个任务。
但是，指定的输出将两个流连接到单独的out文件中。我尝试了在替换时使用%t标志，它将分离任务，但它只是记录输出文件中的所有内容，并附加了_0 (例如，sample_output__XXX_XX_0.out)。
任何关于如何最好地为每个任务生成单独的.out日志的建议都将不胜感激。
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=recon_all_06172021_1829
#SBATCH --output=/path/recon_all_06172021_1829_%A_%a_%t.ou
浏览 2提问于2021-06-17得票数 0
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1回答
通过slurm脚本限制堆栈大小
stack、mpi、hpc、slurm
在bash脚本中，我得到了以下命令
ulimit -s unlimited
但是，当我通过sbatch job.sh启动我的工作，然后将ssh发送到其中一个计算机节点以检查堆栈大小ulimit -a时，我清楚地看到堆栈大小是：
stack size (kbytes, -s) 8192
这是我的完整剧本
#!/bin/bash -l
#SBATCH --job-name=test
#SBATCH --nodes=13
#SBATCH --ntasks-per-node=32
#SBATCH --mem=120GB
#SBATCH --time=999:99:00
浏览 0提问于2021-02-03得票数 0
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1回答
如何动态分配每个节点的核数？
slurm
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Parallel# Job name
#SBATCH --output=slurmdiv.out# Output file name
#SBATCH --error=slurmdiv.err # Error file name
#SBATCH --partition=hadoop# Queue
#SBATCH --nodes = 1
#SBATCH --time=01:00:00# Time limit 如果不指定--ntasks per-node指令，上述脚本将不起作用。每个节点的核心数量取决于正在使用的队列。我希望分配每个节
浏览 41提问于2019-05-27得票数 0
1回答
如何使用slurm将作业分配给集群上的所有CPU？
cluster-computing、slurm
我正在运行一个使用多处理(使用所有64个核)的python脚本，当我尝试在集群节点上运行这些作业之一时，它只在32个可用内核上运行64个进程(因此它们都以50%的速度运行)。当我试图将每个任务的CPU更改为64时，它说CPU配置不可用。我试过-线程-每核心== 2，但这也没有工作。
如果有人知道如何使用slurm访问节点的所有CPU，请帮助！
这是来自scontrol显示节点的信息：
[first line missing]
CPUAlloc=32 CPUTot=32 CPULoad=64.06
AvailableFeatures=cloud
ActiveFeatures=cloud
Gre
浏览 6提问于2022-01-15得票数 0
1回答
将slurm数组任务限制在单个节点中
slurm
我想向slurm提交一个数组作业，其中包含100个任务，每个任务只使用一个cpu。我可以访问一个具有10个节点和24个核心的集群，每个集群都激活了超线程。我限制了并发作业的数量，--array=1-100%24试图将所有作业保留在一个节点中，并将集群的其余部分留给其他用户使用，但这24个任务是在任意数量的节点中执行的。我尝试过--nodes=1或--distribution=block:block覆盖循环分发，但都没有成功:这24个同时执行的任务在多个节点中运行。
在堆栈溢出中浏览时，我看到一个通过给出要排除的节点列表来解决这个问题。它对我有用，但我认为它违背了让作业调度程序来优化集群使用的想
浏览 0提问于2018-09-18得票数 6
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我试图使用集群来运行MPI代码。集群硬件由30个节点组成，每个节点都有以下规格:两个套接字(IntelXeone5-2650 v2)的16个核(启用多线程的32个核) 64 GByte 1866 MT/s主存，名为: aria。
slurm配置文件如下所示：
#SBATCH --ntasks=64 # Number of MPI ranks
#SBATCH --cpus-per-task=1 # Number of cores per MPI rank
#SBATCH --nodes=2
浏览 1提问于2019-09-17得票数 0
1回答
我正在运行一个非常常见的生物信息工具/命令bowtie2-build。它可以在单个节点上使用多线程(而不是MPI类型的作业)。我有以下脚本(基本上)：
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=6
#SBATCH --mem=15G
#SBATCH --time=3:00:00
bowtie2-build --threads $SLURM_CPUS_ON_NODE GRCh38.fa GRCh38
我在某个地方读到，每当请求一个以上的CPU时，必须使用srun，以便上面
浏览 0提问于2018-11-30得票数 1
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