如何用Plink2在命令行中运行GWAS？

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genetics、gwas

我正在尝试用plink版本2在命令行中运行GWAS，但是当我运行以下命令plink2 --file hapmap1时，我得到了以下错误Error: Unrecognized flag ('--file') 我正在尝试遵循本教程https://zzz.bwh.harvard.edu/plink/tutorial.shtml#t6 是否需要替换命令中的文件名？我在某个地方读到这个

浏览 73提问于2021-11-15得票数 0

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在python脚本中集成一个循环

python、loops

我是Python的初学者，如果有人能帮我做以下工作，我会非常感激的:我想运行这个脚本10次，对于每次运行子批处理(从0到9)都是这样的：python $GWAS_TOOLS/gwas_summary_imputation.py\-gwas_file $OUTPUT/harmonized_gwas/CARDIoGRAM_C4D_CAD_ADDITIVE

浏览 13提问于2022-02-16得票数 0

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我希望从每个gwas*文件中提取所有行，其中BP值在文本文件中BP值的500,000 (上下)范围内。CHR值也必须匹配。例如：文本文件中的gwas1具有CHR值chr1和BP值12,345,678。我想从gwas1中提取所有行，这些行在CHR列中有一个chr1值，并且在11,845,678 (这个值比文本文件中的BP值下降了500,000 )和12,845,678 (从文本文件中的BP值下降了500,000&

浏览 3提问于2022-07-07得票数 0

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plink:未知选项“-file”/-freq“/-out”

plink

我运行Plink 1.9在我的mac通过以下网站教程。为什么这些基本的选择是未知的？

浏览 2提问于2019-12-03得票数 0

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将GWAS摘要统计文件从build 38提升到build 37

linux、bioinformatics、gwas

我正在使用和关联链来提升我的GWAS汇总统计文件(一个选项卡分隔的文件)从build 38到build 37的结果。GWAS摘要stat文件如下所示：1 chr_20184_G_A 20184 A G 0.113-0.185 0.023 0.419 我希望从GWAS汇总stat中创建一个bed格式的文件，这是该工具所需的输入

浏览 6提问于2021-06-23得票数 1

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为什么我会收到"zsh: exec格式错误：./金属版“错误？

zsh、executable、error-handling

我正在尝试从终端运行一个Unix可执行程序(Metal；https://genome.sph.umich.edu/wiki/METAL_快的_开始)。我已经确保程序文件格式是"Unix可执行文件“，并且在尝试运行不同的Unix可执行程序(如plink2 (https://www.cog-genomics.org/plink/2.0/) )时没有这个问题

浏览 0提问于2020-11-06得票数 0

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找不到shapeit命令- GWAS阶段化的shapeit安装

bash、bioinformatics、imputation、genetics

我想安装用于GWAS阶段化和估算的shapeit。接下来，我在Mac中打开终端，将目录cd到shapeit文件夹，然后输入命令行作为网站指南： -M genetic_map.txt \-O gwas.phasedshapeit command not found.

浏览 20提问于2016-01-09得票数 1

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手动更改伴随着.bgen的.sample文件:如何从R导出带有两个“头行”的.txt文件？

r、imputation、genetics

我不得不手动更改随我的推测基因型数据一起出现的 (存储在.bgen中)，因为它缺少性信息(所有NAs)，然后我分别为男性和女性填写了1s和2s。plink不允许我以原样运行我的数据附带的原始.sample文件，因为在性专栏中有NA，而我得到了Error: Invalid sex code on line 3 of .sample file.。我首先将“新”.sample文件保存为R中的.txt文件，使用： write.table(samples, file = "samples_bgen.txt

浏览 4提问于2021-10-11得票数 0

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命令行应用程序环境程序的技术术语是什么？

command-line、terminology

在终端中运行的一些程序在调用它们之后，将命令行切换到自己的环境，如"R“(统计程序语言)或"GHCi”(交互式Haskell)。技术术语是什么？参考资料，教程如何用自己的环境编写bash程序将是很棒的。

浏览 0提问于2015-06-08得票数 1

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通过C#创建本地工作的SVN副本？

c#、svn

可以使用C#代码从指定的存储库创建新的本地工作SVN副本吗？

浏览 0提问于2011-04-01得票数 1

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试图在mysql中编辑my.cnf文件，但它无法工作。

mysql、mode、cnf

我试图在mysql中使用cat /etc/my.cnf，但是当我这样做时，它只是显示->希望我继续输入。。

浏览 3提问于2019-02-22得票数 2

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有没有办法让日志检查发送每日摘要以及每小时的邮件？

linux、logs、logcheck

我正在寻找一种方式，以获得日志检查，以发送每小时通知，但也发送我每日摘要在一天结束。是否有办法做到这一点？例如，手动调用logcheck就可以了。我不怕一个小小的shell脚本。

浏览 0提问于2015-06-10得票数 1

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迫使安装程序/安装程序静默运行的软件？

windows、command-line、installer

我正在寻找一个软件，可以强制/沉默的大部分主要安装向导，以便安装软件在安装过程中没有任何用户交互。silencer.exe setup.exe 它将在没有任何用户交互的情况下安装程序，通过自动接受条款/许可证和其他必需的字段来抑制任何窗口弹出窗口。或者类似的想法。

浏览 0提问于2015-07-30得票数 2

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创建Vim风格的命令行界面

user-interface、command-line、command-line-interface

我了解如何使用stdin/stdout/stderr在每个命令的基础上通过命令行与用户交互(如git/maven/javac等)。然而，我想创建一个更像Vim/Emacs的界面。也就是说，当程序运行时，它清除终端，显示全屏字符，并停用echo。完成后，psuedo-window‘关闭’，终端返回到它以前的状态，就像什么都没有发生一样。我想知道如何用命令行界面产生这种类似窗口的行为。我目前正在为unix编写java程序，但理想情况下，我想

浏览 3提问于2012-03-24得票数 2

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WinXP运行命令:以管理员身份运行CMD？

batch-file、cmd、administrator

在run命令对话框中，键入"cmd.exe“。然而，我想知道如何在单个运行命令行中作为管理员运行CMD。(P.S.我知道如何用鼠标进行操作，所以只需要命令行就可以了)。谢谢!

浏览 1提问于2014-09-05得票数 1

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当打印整个列文件而不是搜索行时，如何排除代码故障？perl

perl、count、counter

我已经在这段代码上工作了几天，在最后一段中遇到了一个问题。目标是让文件打印出“疾病/特征”在文件中出现的次数。使用计数器，问题是代码只是打印出数组的一列中的所有内容，而不是搜索它的次数。use warnings; my $usrin = "Leoprsy";open (my $input, "<", "gwas_catalog_v1.0$DISEASEsl

浏览 6提问于2015-07-27得票数 0

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为什么我得到一个zsh: exec格式错误？

zsh

我正在尝试从我的zsh终端运行这个金属可执行文件，以便对GWAS数据进行元分析。我将可执行文件放在正确的目录中，并已检查由于截断，它不是0MB。可重现:从http://csg.sph.umich.edu/abecasis/metal/download/下载Linux文件在终端中:可执行文件的路径。/metal zsh: exec格式错误：.

浏览 595提问于2020-11-06得票数 2

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