Trimmomatic 软件可以对NGS测序数据进行质量过滤，其去除adapter的功能只是针对illumina的序列，从reads的3’端识别adapter序列并去除，相比cutadapt，少了几分灵活性...但是在过滤低质量序列时，采用了滑动窗口的算法，给定窗口长度和步长，如果该窗口内所有碱基的平均质量值低于阈值，则将该窗口及其以后的碱基全部去除。...对于数据量很多的reads, 滑动窗口算法比cutadapt的算法运行速度更快。官网如下 http://www.usadellab.org/cms/?...序列，在查找时，首先执行一个seed match, 就是只在序列中查找adapter的前几个碱基，如果前几个碱基都找不到，就没必要在查找后面的碱基了，通过seed match可以加快运行速度，2表示在进行...seed match时，允许的最大错配数；当满足了seed match后，trimmomatic会将adapter 序列的全长与输入序列进行比对，从而识别adapter序列。
根据序列长度进行过滤 默认情况下，该软件会根据长度对序列进行过滤，--length_required指定最小长度，小于该长度的reads会被过滤掉;--length_limit指定最大长度，大于该长度的...去除低质量的碱基 fastp支持类似trimmomatic滑动窗口的方式，对序列中的低质量碱基进行过滤，但是它的算法运行速度更快。...根据index 对序列进行过滤 fastp支持根据index对序列进行过滤， --filter_by_index1参数指定一个index文件，该文件中每行是一个index，如果序列的index在该文件中...对双端数据进行校正 通常情况下，reads的3’端质量较差，双端测序的数据，可以根据overlap部分的序列，对低质量的测序结果进行校正。...fastp支持对UMI标记的序列进行预处理，添加-U参数之后，fastp就可以对UMI数据进行预处理。
cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤，FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布，trim_galore将这两个软件封装到一起，使用起来更加的方便。...官网如下 https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/trim_galore/ 该软件会对数据进行以下4步处理 1....去除reads 3’端的低质量碱基 illumina平台的测序数据，通常3’端质量较差。trim_galore首先会过滤掉3’端的低质量碱基，本质上是调用了cutadapt的质量过滤算法。...下图是过滤前后碱基质量的分布图 ? 可以看到，过滤掉低质量碱基后，序列的整体质量显著提高。 2....对于单端测序数据，基本用法如下 trim_galore --quality 20 -a AGATCGGAAGAGC --length 20 -o out_dir input.fq 对于双端测序数据
本文主要是基于geojson-merge，实现多个geojson文件合并为一个geojson文件，以便实现基于该文件进行数据分析展示 geojson合并概述 当前在 datav的geoatlas中，可以下载单个地市或区县的数据...库： npm i @mapbox/geojson-merge 支持两种方式进行合并 方式1-文件方式合并 该方式是每个geojson文件作为数组，传入到merge方法中进行合并，具体如下： var geojsonUtil...方式2-内存数据合并 更推荐的一种方式是，将所有json文件读取到内存中，然后进行合并，具体如下： var geojsonUtil = require("@mapbox/geojson-merge")...console.log("文件合并完成"); } ); }); 输出的合并json文件，用tableau可视化展示效果如下（增加了随机指标值）： [合并后全省区县网格地图] 补充说明 vscode可以直接对node...程序进行debug，一般是先采用默认配置进行debug，然后手工将配置信息修改如下： { "version": "0.2.0", "configurations": [ {
首先，来一个最简单的，过滤掉人群突变位点，做这个分析是基于一个显而易见的假设，如果人群中有不少人都是在某个位点跟参考基因组不一样，那么这个位点，至少不是致命的，一般来说也不会是有害的。...根据人群频率来进行过滤 /public/biosoft/ANNOVAR/annovar/convert2annovar.pl -format vcf4old snp.vcf >snp_input/public...-out indel_filter indel_input \/public/biosoft/ANNOVAR/annovar/humandb/ -score_threshold 0.05 这种需要进行格式转换的软件我其实不太喜欢用...heterozygotes, 312226 are homozygotesNOTICE: Among 0 SNPs, 0 are transitions, 0 are transversions (ratio=NA) 对3784343...个的SNP位点来说，3353921个因为人群频率大于了0.05会被过滤掉，还剩下430304值得我好好研究一下。
jsonObject = geojsonMerge.merge(features)GeoJSON过滤GeoJSON一feature properties过滤https://www.npmjs.com/...'oak'})]);var key = 'species';var value = 'oak'; var filtered = turf.filter(features, key, value);这个过滤比较简单...，https://www.npmjs.com/package/feature-filter-geojson可以增加过滤规则，具体还是看官方文档。...console.log(mergePolygons(polygonF, polygonG)) // null这个，turfjs http://turfjs.org/docs/#booleanContains其他GIS数据转... GeoJSONTurn your geo data into GeoJSON.转载本站文章《GIS常用npm包：GeoJSON文件合并与元素过滤\属性过滤\图形合并》,请注明出处：https://www.zhoulujun.cn
SYN, ACK = 18 (2 + 16) PSH, ACK = 24 (8 + 16) FIN, PSH = 9 (1 + 8) FIN, PSH, ACK = 25 (1 + 8 + 16) 用过滤...572498397, win 42340, options [mss 1412,sackOK,TS val 2388703754 ecr 0,nop,wscale 8], length 0 假如需要过滤
目录 使用场景 使用watch进行监听的具体代码 使用计算属性进行模糊查询 升序降序 使用场景 列表展示的数据比较多，我们想要进行模糊搜索，在这么多的数据里面找到我们需要的。...也就是后端一下子把所有的数据都返回，我们前端进行模糊搜索的时候，不会调用后端的接口，直接进行模糊搜索，如何实现 使用watch进行监听的具体代码 页面遍历过滤后的list数据 使用watch进行监听...}) } } } 使用计算属性进行模糊查询...升序降序 对查询出来的数据进行升序降序，之前我们已经实现了模糊查询，现在就是要对查询出来的数据进行升序降序 直接用计算属性 <!
写在前面的话 在这篇文章中，我们将告诉大家如何使用EvtMute来对Windows事件日志进行筛选过滤。...EvtMute这款工具允许我们使用YARA来进行攻击性操作，并对已经报告给Windows事件日志的事件进行过滤和筛选。...工具使用 EvtMuteHook.dll中包含的是该工具的核心功能，成功注入之后，它将会应用一个临时过滤器，允许报告所有事件，这个过滤器可以动态更新，而不必重新注入。...复杂型过滤器 EvtMute的过滤器是可以动态变更的，而且无需重新注入钩子，这样可以方便广大研究人员随时轻松更新原有的过滤器以及过滤规则。...： 操作安全注意事项 注入钩子时，SharpEvtMute.exe将会调用CreateRemoteThread，而且这个调用是在钩子设置之前进行的，因此它会被Sysmon捕捉并报告，这是因为SharpEvtMute.exe
前言 UrlFirewall 是一个开源、轻便的对http请求进行过滤的中间件，可使用在webapi或者网关（比如Ocelot）,由我本人编写，并且开源在github：https://github.com...二.UrlFirewall 介绍 UrlFirewall 是一款http请求过滤中间件，可以和网关（Ocelot）搭配，实现屏蔽外网访问内部接口，只让内部接口之间相互通讯，而不暴露到外部。...具有良好的扩展性，可自己实现验证逻辑，从数据库或者Redis缓存等介质实现对规则的检索。...四.扩展 如果你想要实现自己的验证逻辑，或者从数据库、Redis缓存等介质查询、获取数据来进行验证；你可以实现IUrlFirewallValidator接口，然后调用AddUrlFirewallValidator
一、Like操作符 之前介绍的所有的操作符都是针对已知值进行过滤。不管匹配一个值还是多个值,检验大于还是小于已知值,或者检查某个范围的值,其共同点是过滤中使用的值都是已知的。...而使用通配符搜索模式,必须使用LIKE操作符，LIKE指示DBMS(数据库管理系统)，后跟的搜索模式利用通配符匹配而不是简单的相等匹配进行比较。...这里表示搜索ItemName列值中包含'范围'的行数据,不论它之前或者之后出现什么字符。 下面再次更改上面的需求,检索ItemName列值中以'心'开头,以'定'结尾的行数据。...2、注意搜索模式'心%定 '，发现定后面有一个空格,而这个空格恰好改变了我们的检索的初衷,这时候DBMS回去匹配以'定 '结尾的行数据,所以在使用通配符匹配数据的时候,一定要注意空格。...(3)注意通配符的位置,如果放错地方,可能不会返回想要的数据!
一、 方案分析 这里面牵扯到两个问题：第一个是如何加载 GeoJSON 格式的数据，其实也就是矢量数据，因为矢量数据之间是可以任意转换的；第二个是如何让加载的数据根据自身的时间显示。...所以就有两种解决问题的思路了：第一种，一次加载 GeoJSON 中所有数据，然后逐个设置显示时间；第二种，逐个加载 GeoJSON 中数据，并设置每个对象的显示时间。...2.1 加载 GeoJSON 数据 在Cesium基础使用介绍一文中已经介绍了如何加载多种格式矢量数据，加载 GeoJSON 数据已经写出了两种方式，第一种是整体读取的，明显无法满足我们的需求，那么就只能寻求第二种方式了...date 是 GeoJSON 中数据的一个字段，格式为 '2008-01-01'，当然你也可以使用其他格式，在此处进行自定义处理即可，addDay 用于控制显示一天，此处不用多考虑。...2.4 问题分析 两种方式都能达到效果，而我在刚开始的时候对细节、对 cesium 的各个对象并没有理解的那么透彻，只是看到了表面现象，当研究的稍微深入的时候对整个 cesium 框架也就有了更多的理解
第4章 过滤数据 4.1 WHERE 子句 根据需要提取表数据的子集，需要指定搜索条件（search criteria）。...在 SELECT 语句中，数据根据 WHERE 子句中指定的搜索条件进行过滤。 WHERE 子句在表名（FROM 子句）之后给出。...屏幕快照 2018-05-27 10.58.20.png 第5章 高级数据过滤 5.1 组合 WHERE 子句 SQL 允许给出多个 WHERE 子句，这些子句有两种使用方式，即以 AND 子句或 OR...此问题的解决方法是使用圆括号对操作符进行明确分组： SELECT prod_name, prod_price FROM Products WHERE (vend_id = 'DLL01' OR vend_id...屏幕快照 2018-05-27 11.32.56.png 第6章 用通配符进行过滤 6.1 LIKE 操作符 通配符（wildcard）用来匹配值的一部分的特殊字符。
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?> <mx:Application xmlns:mx="http://www.adob...
父母信息不正确 该个体的父母信息搞错了，所以分型结果对应不上 de novo 突变 子代发生了新突变 在分析家系遗传病相关的SNP位点时，Mendel error 通常作为SNP位点过滤的一种手段...在plink 中，在读取家系分型数据时，会通过Mendel error过滤样本和SNP位点，用法如下 plink --file mydata --me 0.05 0.1 --me参数指定的就是mendel...error 的阈值，第一个参数0.05用于过滤样本，如果某个样本中有5%以上的mendel error SNP位点，则去除该样本；第二个参数对SNP位点进行过滤，如果该SNP位点所有样本的分型结果中，...需要注意的是，只有在分析家系相关遗传病时，才会进行这个过滤。因为de novo 突变不可能与遗传病相关。
之前发了增广数据或者间比法的分析方法，R语言还是有点门槛，有朋友问能不能用Excel或者SPSS操作？我试了一下，Excel肯定是不可以的，SPSS我没有找到Mixed Model的界面。...矫正值 校正值即是对原来的观测值去掉区组效应后的值，这个值更接近于品种的真实值，可以根据它来进行排序，进行品种筛选。 ?...更好的解决方法：GenStat 我们可以看出，我们最关心的其实是矫正产量，以及LSD，上面的算法非常繁琐，下面我来演示如果这个数据用Genstat进行分析： 导入数据 ? 选择模型：混合线性模型 ?...LSD 因为采用的是混合线性模型，它假定数据两两之间都有一个LSD，因此都输出来了，我们可以对结果进行简化。...结论 文中给出的是如何手动计算的方法，我们给出了可以替代的方法，用GenStat软件，能给出准确的、更多的结果，如果数据量大，有缺失值，用GenStat软件无疑是一个很好的选择。
1 问题 深度学习中，数据很多，不能一次性把数据全都放到模型中进校训练，所以利用数据加载，进行顺序打乱，分批，预处理之类的操作 2 方法 使用pytorch提供的 Dataset(数据集类)（获取数据位置和个数...DataLoader(数据加载器类)： 1.传入dataset 2.batch_size 批大小 3.shuffle 数据打乱 train_loader=DataLoader(dataset=train...batch_size=128,shuffle=True) test_loader = DataLoader(dataset=test, batch_size=128) 构造一个两到三层的神经网络，因为minsit数据不是很复杂...，所以层数对数据的效果没有太大的影响。...经过以上的操作就是对minsit数据的一个简单处理，为接下来的深度学习做准备。
对比不同分辨率的网格数据时，通常需要将数据插值到相同网格。有很多工具可以实现此功能，本文主要讲一下如何利用xesmf对网格数据进行regrid。...原始的数据分辨率为 1.25 x 1.875 度，然后将网格插值为2.5x2.5度。...注意：由于这里所使用的是全球数据，periodic=True是为了保证在沿着中心经度时不会出现空白间隙。...regridder = xe.Regridder(ds, ds_out, 'bilinear', periodic=True) 下一步就是进行插值操作了： tas_25deg = regridder(...'tas']) 可以绘图对比一下结果： ds['tas'].isel(time=0).plot() tas_25deg.isel(time=0).plot() 插值前后温度分布 如果需要频繁的对相同网格分辨率的数据进行插值
实现思路：使用jdk8的流式编程对list集合进行分组 I 对list根据条件进行分组 1.1 费率信息实体 OrganPayRate @ApiModelProperty(value = "类型...使用jdk8的流式编程对list集合进行分组 List organPayRates = tFacFacilitatorOrganPayRateService.list...//使用jdk8的流式编程对list集合进行分组 Map> listMap =...根据条件进行过滤和字段筛选 需求：修改代理商角色权限时，判断是否存在权限被移除，如果存在，则穿透删除所有下级代理商相对应的权限值。...避免频繁连接数据库。 /* * 1：比对得出要移除的权限 2：取出用户角色关系表数据,判断是否有直属下级代理商使用了被编辑的角色。
前情提要 上篇推文中对ncount_RNA 和nFeature_RNA进行了可视化，然后基于可视化结果进行了阈值的判断，并且也给大家分享了在实际分析中的应用 其中也提到了在我们的质控脚本中，首先是计算了线粒体...、核糖体以及血红细胞的比例，然后就可视化了细胞中这些参数的情况，在基于这些数据进行一个过滤 那这期我们来了解一下如何根据线粒体、核糖体以及红血蛋白基因的比例，对细胞进行过滤 为什么要基于这些基因进行过滤...seurat对象之后，会为每个细胞创建一个元数据，保存在meta.data里面，比如我们上次介绍的nFeature_RNA和nCount_RNA，统计一下全部基因的表达量 但是并不会计算线粒体、核糖体这些单独的基因的比例...subset(sce.all_filt, cells = selected_hb) dim(sce.all_filt) table(sce.all_filt$orig.ident) 根据线粒体核糖体基因进行过滤...在过滤线粒体核糖体基因推文中提到了过滤的方式 1.
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
云服务器
ICP备案
实时音视频
即时通信 IM
对象存储
