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沙龙
3
回答
在python中
比对
DNA
序列
python
、
alignment
、
biopython
我有数以千计的DNA
序列
,范围在100到5000 bp之间,我需要对指定对进行
比对
并计算身份得分。Biopython pairwise2做得很好,但只适用于短
序列
,当
序列
大小超过2kb时,即使使用了'score_only‘和'one_alignment_only’选项,它也会显示严重的内存泄漏,从而导致the scriptjob 4945543.1 died through signal XCPU (24) 我知道还有其他用于<e
浏览 1
提问于2015-11-10
得票数 4
1
回答
序列
比对
string
、
algorithm
、
data-structures
、
sequence-alignment
关于
序列
对齐,我有以下问题: 我们知道,全局对齐算法是非常有用的,当您想要强迫两个
序列
在其整个长度上对齐时,局部对齐会找到两个
序列
之间相似性最高的区域,并从那里向外构建对齐。当我们有一个很长的
序列
和一个小
序列
库时,在库中找到最小对齐代价的小
序列
连接的最佳算法是什么?
浏览 0
提问于2011-12-10
得票数 2
2
回答
序列
比对
r
、
biopython
、
bioperl
我想用uniprot和pdb
序列
进行成对
比对
。我有一个包含uniprot和pdb I的输入文件,如下所示。Q078891f1s Q53591 首先,我需要读取输入文件中的每一行2)从pdb.fasta和uniprot.fasta文件中检索pdb和uniprot
序列
3)进行
比对
并计算
序列
同一性。通常,我使用以下程序进行成对
比对
和seq.identity计算。
浏览 6
提问于2013-02-08
得票数 0
1
回答
如何处理biopython翻译过程中的空白
python
、
bioinformatics
、
biopython
我需要用biopython翻译对齐的DNA
序列
。有没有办法把'tt-‘翻译成X,这样整个翻译后的
序列
就是'XKM’了? 这将在翻译
比对
序列
时非常有用。例如,
比对
的
序列
集以pandas DataFrame的形式存储,命名为"df“,如下所示: import pandas as pd df = pd.DataFrame([['A',Seq("tt-aaaatg在我看来,我必须消除
比对
序列
中的所有
浏览 70
提问于2019-05-04
得票数 0
回答已采纳
1
回答
如何从BioAlignments.jl对齐中检索对齐区域的
序列
索引?
julia
、
bioinformatics
我想访问从BioAlignments.jl中的Julia pairalign函数返回的
比对
数据的索引,以了解在原始
序列
的上下文中
比对
发生在哪里。但是,我希望知道在我提供作为输入的原始
序列
中,
比对
发生在哪里,并知道如何调用存储此索引的变量。在文档中似乎找不到这一点。
浏览 12
提问于2020-09-21
得票数 2
回答已采纳
1
回答
如何将
序列
修剪或填充成一定长度的bio python
python
、
bioinformatics
、
biopython
有什么最简单的方法来修剪或填充一组biopython fastfa文件,直到它们都达到一定的长度,以便我可以将它们添加到多个
序列
比对
中?类似于这里的答案,除了多个
序列
,没有文本文件,最后它都应该被合并到一个多
序列
比对
中。最终目标是所有
序列
都是570个字符。我打算将所有这一切合并成一个门类树。
浏览 15
提问于2019-12-01
得票数 0
1
回答
您是否可以对事件
序列
数据使用动态时间规整(DTW)或其他时间
序列
对齐技术?
python
、
time-series
我有一个大约有80000个事件
序列
的数据集。 每个
序列
是在时间步t处发生的事件的列表。'Event 5','Event 4] ['Start Event','Event 1', 'Event 7', 'Event 4','Event 3']]
序列
的长度在作为预处理步骤,我希望在训练神经网络进行异常检测之前对这些
序列
进行
比对
(我在这里使
浏览 32
提问于2020-08-25
得票数 0
4
回答
如何计算文本字符串的多
序列
比对
python
、
string
、
text
、
alignment
、
sequence
唯一的问题是字符串是常规字符串(即,UTF-8字符串(可能包含应被视为常规字符的换行符);它们不是DNA
序列
或蛋白质
序列
。
浏览 1
提问于2011-04-28
得票数 22
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2
回答
使用Clustal打印每行的50个
序列
parsing
、
biopython
、
clustal
我有一个多
序列
比对
(Clustal)文件,我想读取这个文件,并以这样一种方式排列
序列
,使其在顺序上看起来更清晰和精确。我想要做的是在每行中只打印50个
序列
,并一直打印到
比对
文件的末尾。 我希望从输出。
浏览 5
提问于2010-05-22
得票数 0
回答已采纳
1
回答
有没有一个R函数可以返回
比对
过的DNA
序列
的
比对
分数?
r
、
bioinformatics
、
sequence-alignment
我想提取两个字符串(DNA
序列
)并生成
比对
分数。我找到了解密包,但它只允许我生成
比对
,而不是
比对
分数。我也试过使用“生物字符串”,但我无法生成分数。 谢谢你的帮忙!
浏览 9
提问于2019-08-30
得票数 0
回答已采纳
1
回答
氨基酸使用与氨基酸同一性
bioinformatics
、
genome
我对“氨基酸使用”和“氨基酸同一性”这两个术语有一点混淆。如何计算氨基酸的使用量?我听说过"CodonW“。我们还有其他选择吗?谢谢
浏览 1
提问于2018-08-10
得票数 0
1
回答
高级
序列
比对
algorithm
、
pattern-matching
、
dynamic-programming
、
sequences
到目前为止我所做的:尝试使用最长公共子
序列
方法。它检测一组线性的匹配文本。在上面的示例中,它将检测D或AC (取决于它们的长度) 我需要的是:一种处理这个问题的原则性方法。
浏览 0
提问于2013-04-11
得票数 3
2
回答
多
序列
比对
javascript
、
alignment
、
sequence
、
dna-sequence
请记住,我不会对齐超过4-5的
序列
,小于100-200个符号长度。 注意:我知道javascript并不是这类事情的最佳选择。相信我,我必须用javascript来做这件事是有原因的。
浏览 6
提问于2011-02-13
得票数 0
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2
回答
全局
序列
比对
java
我需要对齐两个DNA
序列
(它们是字符串)。匹配的字符必须与垂直线|对齐,不匹配的字符必须与空格对齐。这是我的代码,整个程序运行得很好,我只是找不到一种方法来对齐字符串。
浏览 0
提问于2014-02-27
得票数 0
1
回答
在进行成对
序列
比对
时,
序列
文件的典型大小是多少?
bioinformatics
、
dna-sequence
、
genome
、
sequence-alignment
在进行成对
序列
比对
时,
序列
文件的典型大小是多少?我们能把生物体的整个基因组统一起来吗?
浏览 4
提问于2014-04-06
得票数 0
回答已采纳
1
回答
在横坐标上绘制蛋白质
序列
?
java
、
statistics
、
mapping
、
bioinformatics
如何根据小
序列
(<=40残基)在初始蛋白质中的位置来表示它们的分布?3 30 46 5 22 46 7 25 50 9 46 63 这些
序列
并不都来自相同的蛋白质考虑到蛋白质并不都有相同的长度,将这些
序列
映射到横坐标上,看看它们是更多地位于蛋白质的
浏览 1
提问于2014-04-03
得票数 0
1
回答
比对
匹配
序列
python
、
bioinformatics
我正在尝试根据前5个和后5个字符对齐匹配的
序列
。
浏览 2
提问于2013-09-09
得票数 1
1
回答
如何找到可以用FASTA找到但不能用BLAST找到的查询,反之亦然?
sequence
、
bioinformatics
、
fasta
、
blast
我需要找到一个或多个
序列
,这些
序列
应该在Fasta中给出结果(命中),而不是在Blast中,反之亦然。在搜索此
序列
时,我应该查找什么?
浏览 6
提问于2014-10-22
得票数 0
1
回答
多
序列
比对
。是否将多行格式转换为单行格式?
bioinformatics
、
sequence-alignment
我有一个多
序列
比对
文件,其中散布着来自不同
序列
的行,就像clustal和其他流行的多
序列
比对
工具输出的格式一样。G3UBH9|G3UBH9_LOXAF LRSTDTTHST-每一行都以一个
序列
标识符开始,然后是一个字符
序列
(在本例中描述蛋白质的氨基酸
序列
)。每个
序列
被分成几行,因此您可以看到第一个
序列</
浏览 7
提问于2015-05-08
得票数 1
1
回答
同一蛋白质片段的系统发育树(来自元基因组)
bioinformatics
好的,我有几百个感兴趣的蛋白质片段(699个
序列
),我想要
比对
并建立一个邻居加入树。在许多情况下,这些片段彼此不能很好地对齐(相同或相似蛋白质的不同区域)。然而,整个蛋白质
序列
已经被定义并提交到NCBI和其他数据库等。也有文献中为这些蛋白质制作的树。有没有办法从我的元基因组中提取我的片段,并将它们与已知
序列
进行
比对
,以定义我的每个片段在已发表的树上的位置?我唯一的解决方案是在预定义的树上运行每个
序列
(或
序列
簇)(使用发表的原始完整蛋白质
序列
),以便定义
浏览 0
提问于2012-01-28
得票数 0
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