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BIB | DeepTorrent:一种基于深度学习用于预测DNA N4-甲基胞嘧啶位点的方法

今天给大家介绍Monash大学, Fuyi Li等人在Briefings in Bioinformatics上发表的文章“DeepTorrent: a deep learning-based approach for predicting DNA N4-methylcytosine sites”。DNA N4-methylcytosine(DNA N4-甲基化)是在调节DNA复制和表达中发挥重要作用的一种重要的表观遗传修饰。但是通过实验方法检测4mC位点耗时并且昂贵,而现有的一些基于机器学习的4mC预测器,性能不令人满意。所以作者提出了一种基于深度学习的方法DeepTorrent,以改进预测DNA序列的4mC位点的预测。它结合了四种不同的特征编码方案来编码原始的DNA序列,并采用多层卷积神经网络和初始模块,随后融合了BLSTM,来学习高阶特征表示。其中,不同大小的过滤器映射得到的降维和特征融合结果被应用到inception模块。此外,还采用了注意机制和迁移学习技术来训练更加鲁棒的预测器。通过实验表明,DeepTorrent与几种`最先进的预测方法相比,4mC达到最优的位点预测性能。

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