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沙龙
1
回答
我
在
哪里
可以
找到
用于
生成
snakemake
报告
的
文件
workflow.rst
的
示例
?
reporting
、
snakemake
我
正在尝试使用
snakemake
的
报告
功能,这里介绍了这个功能:https://
snakemake
.readthedocs.io/en/stable/snakefiles/reporting.html但是,
我
发现很难
找到
workflow.rst
文件
应该是什么样子
的
有意义
的
示例
。
我
已经查看了输出
示例
浏览 15
提问于2019-10-19
得票数 3
回答已采纳
1
回答
外部脚本
可以
包含在
Snakemake
报告
中吗?
python
、
snakemake
类似于以下问题,对于外部脚本(例如.py源代码)是否
可以
作为规则表下
的
代码块包含在报表中,
我
找不到明确
的
答案。 报表是否只显示Snakefile中内联
的
代码?有没有一种方法
可以
包含外部脚本?据我所知,这是一个很好
的
框架!
浏览 4
提问于2022-01-18
得票数 2
1
回答
当从管道运行.Rmd脚本时,如何将错误重定向到日志
文件
?
r
、
r-markdown
、
snakemake
我
使用一系列R标记脚本
在
Snakemake
管道
的
末尾
生成
报告
。如果其中一个标记
文件
出现错误并失败,则错误不会保存到日志
文件
中,因此以后不可能进行调查。根据我
的
研究,
我
还没有
找到
一种方法来做到这一点,但是:
在
管道中运行减价
文件
时,是否有一种将R标记中
的
错误重定向到日志
文件
的
方法?(
我
的<
浏览 4
提问于2021-01-22
得票数 1
回答已采纳
2
回答
在
snakemake
中
可以
自动
生成
报告
和DAG图像吗?
snakemake
在
snakemake
中运行工作流之后,
我
想自动
生成
报表和DAG映像。另外,
我
希望创建具有给定名称
的
报告
,例如在config.yaml中指定
的
名称。
我
不能在Snakefile中使用
snakemake
shell命令,
我
通常会使用这个命令来手动创建
报告
。
我
将
用于
手动创建
报告
的
代码:
snakemake</e
浏览 6
提问于2019-10-02
得票数 1
回答已采纳
1
回答
snakemake
随机识别不完整
的
输出
snakemake
我
开发
的
snakemake
工作流程遇到了一些问题。对于特定
的
规则,输出有时会被
snakemake
标识为不完整:The files below seem to be incomplete.Incomplete files: 此规则运行多次(使用不同
的
通配符值),只有一些运行失败并出现此错误。有趣
的
是,如果
我
从头开始重新运行工作流,相同
的
作业将不会错误地完成,而其他作业可能会产生错误。
浏览 5
提问于2021-06-24
得票数 2
4
回答
带有Rmarkdown和custom.css
文件
的
Snakemake
报告
r-markdown
、
report
、
workflow
、
bioinformatics
、
snakemake
下面是一个带有的
示例
。Test include from
snakemake
`r
snakemake
@input`.错误: pandoc文档转换失败,错误99 简单
的
解决方案是将custom.css移到呈现report.rmd
的
位置,但我们没有这个位置。此外,我们不能
浏览 10
提问于2021-08-03
得票数 1
回答已采纳
1
回答
运行子工作流
的
Snakemake
,而不是
我
工作流程
的
其余部分(直接控制所有)
snakemake
我
编写了一个工作流,允许将.BCL Illumina调用
文件
转换为多路复用
的
.FASTQ
文件
,并
生成
QC
报告
(FastQC
文件
)。该工作流由以下部分组成: 子工作流"convert_bcl_to_fastq"它从BCL
文件
中
在
名为FASTQ
的
目录中创建Fastq
文件
。它必须在主工作流之前执行,这就是为什么
我
选择使用子工作流,因为
我
的
浏览 0
提问于2020-03-12
得票数 1
回答已采纳
2
回答
Snakemake
重建/重新安排工作时间
python
、
bioinformatics
、
jobs
、
job-scheduling
、
snakemake
我
的
Snakefile中有两个配置
文件
:configfile: "config_samples.yaml" 这些配置
文件
将由
Snakemake
合并。
我
在
Snakemake
规则中使用Python来
生成
config_samples.yaml
的
内容(使用
snakemake
指令)。这个很好用。,所以
在</e
浏览 7
提问于2021-10-25
得票数 1
回答已采纳
1
回答
snakemake
:导出特定规则
文件
的
DAG
snakemake
我
知道我们
可以
用命令导出
snakemake
管道
的
DAG
我
的
管道
在
不同
的
.rules
文件
中分开,
可以
独立运行。
我
想要
生成
一个.rules
文件
的
图形,但我还没有
找到
一个方法,有人知道如何实现这个目标吗? 谢谢
浏览 2
提问于2022-04-14
得票数 0
2
回答
如何忽略
Snakemake
中更改
的
代码?
python
、
snakemake
我
用
的
是
Snakemake
7.3.8。
用于
生成
一个或多个输出
文件
的
代码已更改:要检查哪些输出
文件
有更改,请运行“
snakemake
--列表-代码-更改”。要触发重新运行,请使用'
snakemake
-R $(
snakemake
-list-code-changes)‘。
我
假设这是因为控制
文件
(snakefile)已
浏览 4
提问于2022-04-20
得票数 1
3
回答
当
文件
丢失时,是否
可以
强制
SnakeMake
重新运行规则
delete-file
、
snakemake
当之前
在
流水线中创建
的
文件
被删除时,
SnakeMake
似乎不认为这是一个问题,只要后面的
文件
还在: input: "testC1.txt", "testC2.txt" rm testA*.txt testB*.txt testC*.txtecho "test2" >test2.txt <em
浏览 1
提问于2017-09-01
得票数 9
2
回答
TFS2010“主”构建日志在
哪里
?
tfsbuild
我
正在尝试追踪TFS2010构建测试中单元测试
的
一些问题。整个日志
文件
报告
从MSTest返回一个错误,但我能
找到
的
唯一日志
文件
,即正在编译
的
单个项目的日志
文件
,表明没有问题。在
哪里
可以
找到
用于
生成
构建
报告
的
“主”日志
文件
?
浏览 0
提问于2010-05-27
得票数 5
回答已采纳
1
回答
使用
snakemake
远程前缀时指定源
文件
bioinformatics
、
snakemake
从医生那里: 有谁能给我指一下医生
的
相关区域吗? 谢谢
浏览 1
提问于2019-09-24
得票数 1
1
回答
使用
snakemake
对端bwa对齐
python
、
bioinformatics
、
snakemake
、
snakeyaml
我
刚开始使用
snakemake
,
在
snakemake
中做映射时有一个简单
的
问题。
我
有一对_1.fastq.gz & _2.fastq.gz,
我
想为大约10对fastq.gz做对尾映射。所以我为这个写了一个
snakemake
文件
。/miniconda3/envs/bioinfo/lib/python3.6/concurrent/futures/thr
浏览 1
提问于2019-05-23
得票数 1
回答已采纳
1
回答
错误:没有
找到
Snakefile,尝试了snakefile,Snakefile,工作流/snakefile,工作流/snakefile
snakemake
每当运行
我
的
snakefile.smk时,
我
都会出现这个错误Miniconda3-4.7.12.1-MacOSX-x86_64.sh down
浏览 6
提问于2022-08-29
得票数 -1
1
回答
输出字符串中通配符
的
字符串格式设置
snakemake
我
对
snakemake
相对来说是个新手,而且
我
很难适应分散收集
的
DeepVariant工作流到
snakemake
规则。
在
最初
的
Snakefile中,
我
想将第一步分散到集群中。expand()函数
在
gather规则
的
input字段中正确地
生成
预期
的
文件
名,但是它无法
找到
由scatter步骤
生成
的
输入
文件
浏览 3
提问于2020-07-11
得票数 4
回答已采纳
1
回答
只有当另一条规则失败时,才
在
Snakemake
中运行规则,对于它失败
的
特定
示例
?
bioinformatics
、
snakemake
我
在
Snakemake
开了一条元经济学管道。
我
正在为
我
的
程序集运行MetaSPAdes,但是对于特定
的
示例
,MetaSPAdes经常会失败,这并不少见。如果MetaSPAdes失败,
我
想只
在
失败
的
示例
上运行MEGAHIT。有没有办法
在
Snakemake
中创建这种规则依赖关系?例如: 如果规则失败,将
生成
特定
文件
浏览 2
提问于2021-06-21
得票数 2
回答已采纳
1
回答
当使用目录作为输出时,
Snakemake
SyntaxError
directory
、
output
、
snakemake
我
想运行一个命令(chipseq-greylist),它在每次使用一个输入
文件
运行时输出三个
文件
。输出
文件
的
名称由命令自动选择。
我
感兴趣
的
是将所有*-grey.bed
文件
收集到一个目录中,以便稍后使用。 由于这是
我
在
许多
文件
上使用
的
管道
的
一部分,所以我使用
Snakemake
来处理所有这些作业。greylist/{sample}.log&
浏览 0
提问于2018-08-24
得票数 0
1
回答
用于
R管道
的
Snakemake
--安装
python
、
r
、
snakemake
、
qsub
、
mclapply
我
正在寻找一些关于使用
Snakemake
处理我
的
R管道
的
基本信息。据我理解,最常见
的
两种方法是使用script标志和传递R脚本,或者通过传递给Rscript使用shell。如果
我
想使用这些方法中
的
任何一种,那么
我
的
R脚本应该是什么样
的
呢?R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上
的
load,或者在为input提供名称
的
情况下调用read.table来读取csv
文件</em
浏览 2
提问于2019-07-02
得票数 2
1
回答
记录
Snakemake
自己
的
控制台输出-如何将
Snakemake
日志更改为哪个
文件
?
python
、
shell
、
logging
、
snakemake
、
onerror
我
试图将
Snakemake
自己
的
控制台输出(而不是单个作业
生成
的
日志)保存到任意
文件
中,同时仍将其写入stdout/stderr。(不幸
的
是,
我
的
设置意味着
我
不能只使用tee。)在我看来,
Snakemake
应该提供这种功能,因为它将日志输出保存到默认位置。但是,
在
查看文档时,
我
无法
找到
一个参数来轻松地更改日志
的
输出位置
浏览 18
提问于2022-08-02
得票数 2
回答已采纳
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