Snakemake 是一个用于创建数据和工作流程的 Python 编程语言编写的工具,它允许你以声明方式指定工作流程依赖关系。workflow.rst
文件通常用于生成 Snakemake 工作流程的文档。
要找到 workflow.rst
文件的示例,你可以访问 Snakemake 的官方 GitHub 仓库或者查看官方文档。以下是一些可能的资源:
workflow.rst
文件。你可以访问以下链接来查看仓库中的示例:workflow.rst
文件的指南:如果你想要一个简单的 workflow.rst
文件示例,这里有一个基本的模板,你可以根据自己的工作流程进行调整:
.. snakemake_workflow:: name_of_your_workflow
:configfiles: config.yaml
:directory: output_directory
:cores: 4
rule all:
input:
"data/file1.txt",
"data/file2.txt"
rule step1:
input:
"data/file1.txt"
output:
"output/step1_result.txt"
shell:
"some_command {input} > {output}"
rule step2:
input:
"data/file2.txt"
output:
"output/step2_result.txt"
shell:
"another_command {input} > {output}"
请注意,这个模板仅供参考,你需要根据自己的实际需求来编写具体的规则和配置。
如果你在生成报告时遇到问题,确保你已经安装了 Snakemake 和相关的文档生成工具,如 Sphinx。你可以使用以下命令来生成文档:
snakemake --report workflow.rst
如果你遵循了上述步骤仍然遇到问题,可能需要检查 Snakemake 的版本是否为最新,或者查看是否有相关的错误信息可以帮助诊断问题。
没有搜到相关的沙龙
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云