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    回答公众号留言的2个关于相关性分析的问题

    ,今天记录一下问题中我能够解决的两个 第一个问题是 使用Hmisc包中的rcorr()函数做相关性分析,他的数据是4行5列,其中有一行数据有两个缺失值 我用R语言自带的数据集iris试一下,首先是取数据的前四行和四列...另外的一个知识点:如果想要用某个包里的函数,有两种办法,第一种办法是先使用library()函数加载这个包,然后直接输入函数名;另外一种办法是不加载,直接使用包名+两个冒号+函数,比如Hmisc::rcorr...(as.matrix(df)) 第二个问题是 使用psych包中的corr.test()函数做相关性分析,遇到警告 Warning message: In psych::corr.test(df, method...如果只是为了做相关性分析可以忽略这个警告,因为这个函数还会同时计算相关系数的置信区间,要求数据大于三行 可以看下3行数据和4行数据的区别 df<-iris[1:3,1:3] print(psych::corr.test...1000多列对于R语言来说可能属于大数据了,R语言里如何处理这种较大规模的数据我也不太懂。 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本

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    机器学习之数据预处理

    (2)检查有没有缺失值,对缺失的特征选择恰当的方式进行弥补,使数据完整 (3)对连续的数值型特征进行标准化 (4)对类别型的特征进行编码 (5)根据实际问题分析是否需要对特征进行相应的函数转换 依然以房价数据为例...检查有没有缺失值,对缺失的特征选择恰当的方式进行弥补,使数据完整 通过info()发现除了: ocean_proximity属性类别为object外,其余都为float64类型,则判断ocean_proximity...在实际应用中,通过梯度下降法求解的模型通常需要归一化,包括线性回归、逻辑回归、支持向量机、神经网络等模型。...对类别型的特征进行编码 4.1 为什么要进行编码 在监督学习中,除了决策树等少数模型外都需要将预测值与实际值(也就是说标签)进行比较,然后通过算法优化损失函数,这就需要将标签转换为数值类型用于计算 4.2...以上面的房价数据集为例,如果你不知道一个地区有多少个家庭,那么知道一个地区的房间总数也没什么用,你真正想知道是的一个家庭的房间数量,同样的,但看卧室总数这个属性本身,也没有什么意义,你可能想拿它和房间总数来对比

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    Pandas高级数据处理:数据可视化进阶

    通常我们会使用Pandas读取CSV文件或其他格式的数据源。确保数据的完整性和一致性是至关重要的。常见问题:如果数据中存在缺失值或异常值,在绘图时可能会导致图形不准确或报错。...解决方案:可以使用dropna()方法删除缺失值,或者使用fillna()方法填充缺失值;对于异常值,可以通过统计分析(如箱线图)识别并处理。2. 简单折线图折线图是最基本也是最常用的图表之一。...解决办法:可以将时间戳转换为字符串格式,或者使用pd.to_datetime()函数确保时间戳格式正确,再调用plot_date()方法。二、进阶图表绘制1....corr_matrix = df.corr()sns.heatmap(corr_matrix, annot=True, cmap='coolwarm')plt.title('相关系数热力图')plt.show...当然,实际工作中还会遇到更多复杂的情况,这就需要我们在实践中不断积累经验,灵活运用所学知识解决问题。希望这篇文章能够对你有所帮助!

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    怎么分析和展示RNAseq基因表达数据中基因的相关性

    今天的分析用的就是TCGA肺腺癌的数据集(TCGA-LUAD),可以点击这里进入UCSC的数据集资源库下载。 RNAseq的结果中包含了数万个基因的表达值,而我们往往感兴趣的只是少数。...R实现 下面看怎么用corrgram包实现: 首先构建两个用来读写tsv文件(table键分隔的文件,TCGA数据集以这种格式存储)的函数。...corrgram()函数自动会对传入的数据集变量进行相关分析,然后生成图形,所以我们没必要在此之前用cor函数处理。 需要传入函数的参数有6个,必要的有5个。...因为RNAseq数据中包含的病人类型不一,所以在分析所有样本后,我增加提取癌症病人的代码,主要是原位瘤和转移瘤。前者在我见过的TCGA数据集肯定有,后面则不一定,所以用if语句控制了下分析流程。...看看输出的图形结果吧,这里只放一张原位癌病人的图当做demo。 ? 关于图形的输出效果可以参考corrgram包参数(help一下)设定,《R实战》书中有它的介绍。

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    《python数据分析与挖掘实战》笔记第3章

    是否出现从未设想过的数据状态? 其中有没有什么明显的规律和趋势? 各因素之间有什么样的关联性?...在常见的数据挖掘工作中,脏数据包括如下内容: 缺失值 异常值 不一致的值 重复数据及含有特殊符号(如#、¥、*)的数据 缺失值的处理分为删除存在缺失值的记录、对可能值进行插补和不处理。...异常值是指样本中的个别值,其数值明显偏离其余的观测值。异常值也称为离群点,异常值的分析也称为离群点的分析。...2.离中趋势度量 (1)极差 极差=最大值一最小值 极差对数据集的极端值非常敏感,并且忽略了位于最大值与最小值之间的数据的分布 情况。...(3 )判定系数 判定系数是相关系数的平方,用r的平方表示;用来衡量回归方程对y的解释程度。判定系数取值范围:0=r的平方<=1。

    2.2K20

    对LARS(Least Angle Regression)的简单理解

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 前言 我在本科的时候接触过用LASSO筛选变量的方法,但了解不多。...(绝对值)最大的变量 x2,再把 ρ2x2 加入回归中,以此类推。...那么在挑选下一个变量时,我们会选择那些与 r 相关的变量,而忽视那些与 r 无关,但和 X 有关的变量。这是逐步回归的一大缺点。 那么,有没有一种不那么激进的方法呢?...当 corr(x1, r) 低至一个阈值时——这个阈值就是残差和次位赢家 x2 的相关系数 corr(x2, r) ,我们开始把 ±εx2 加进模型。...这时 x1 的系数 β1 固定不变了,我们以步长 ±ε 改变 β2,降低 corr(x2, r’) ,直到 corr(x2, r’) = max(corr(xi, r’)),以此类推。

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    识别率,你们是怎么理解计算的呢?

    + 删除 + 正确)的字数,以原文为参考 * N的计算方式,很容易误以为是 识别结果总字数 2、字正确率(Word Correct) 一般国内宣传用的多的识别率达到多少就是用这个 计算公式 W.Corr...C - I)/ N * 当 I(插入)= 0 时,W.Acc = W.Corr 在实际demo测试中可能会碰到WER会大于100%的时候,这是因为有插入字,所以理论上WER有可能大于100%,可能被测的场景下样本量太少或者就是无用暴力型测试对比导致的问题...,一般实际场景下特别是大样本量的时候基本不太可能出现。...如果WER真的太大了就表示此系统就不可用了,所以一般可用的ASR系统都在一个比较低的值。...替换+删除+插入的情况 原文:如果美是专指婆娑或横斜逸出之类而言那么白杨树算不得树中的好女子 识别:如果美 专指婆娑或从协议出之类而言啊那么白杨树算不得数猪的好女子 ? ?

    4.1K20

    如何用Matlab计算相关系数和偏相关系数

    Pearson相关系数是一种反映两个变量线性相关程度的统计量,两个变量的线性相关程度用相关系数r表示,r的计算公式如下所示: 相关系数r的值属于[-1,+1]之间。...A’,B’) r =0.5997 p =0.0669 注意:这里计算相关系数r以及相应的p值用的是corr函数。...实际上,corr函数既可以计算Pearson相关系数也可以计算Spearman相关系数,默认情况下计算的是Pearson相关系数,格式如下: Pearson相关系数:[r,p]=corr(X,Y,‘type...’,‘Pearson’) Spearman相关系数:[r,p]=corr(X,Y,‘type’,‘Spearman’) 另外,需要注意的是,corr函数中两个变量X、Y必须是列向量,而不能是行向量,如例...1中用[r,p]=corr(A’,B’)的命令,需要对A、B进行转置。

    3.2K30

    相机标定(Camera calibration)

    ,但在图像坐标系中的位置为\begin{pmatrix} p_x, & p_y \end{pmatrix} 相当于在上面的基础上加了一个p点坐标的偏移量,同时可以表示为矩阵计算为(在这里用的是齐次坐标的表示方式...end{array} \right] P=K[I​0​] 像素坐标 前面也提到了在图像坐标系中用的不是现实生活中的m来度量,而是用的 pixel 的个数,所以在上面转换到图像坐标系中还有个问题,就是坐标的表示还是...ydis​ 表示有畸变的坐标; x c o r r x_{corr} xcorr​ 和 y c o r r y_{corr} ycorr​ 表示修复后的坐标; k 1 k_1 k1​, k 2...许多图形应用涉及到几何变换,主要包括平移、旋转、缩放。...以矩阵表达式来计算这些变换时,平移是矩阵相加,旋转和缩放则是矩阵相乘,综合起来可以表示为 x = R ∗ X + t x = R*X+ t x=R∗X+t(注:因为习惯的原因,实际使用时一般使用变化矩阵左乘向量

    1.1K40

    ggcor |相关系数矩阵可视化

    y—— 原数据矩阵(或者数据框),列名是必要的,若没有或者缺失值会自动补全名字,列名以“X”开头,附上附上递增的整数序列。当y不为空(NULL)时,相关系数是x中的每一列和y中的每一列的相关性。...mapping对应ggplot()中的mapping参数,当为空(默认)时,根据cor_tbl中的变量情况添加,基础形式是aes(x = x, y = y, r = r, fill = r)。...该参数的主要意义是处理图形覆盖问题,当在每个单元格画半径为0.5的方块、圆等图标时,会相互覆盖掉背景网格线,影响视觉效果。该参数默认值是0.48。...mantel 检验组合图 mantel 检验(Mantel test 是对两个矩阵相关关系的检验)的组合图已经十分流行了,用各种工具做的都有。...大概5月份的时候,我基于corrplot模拟重现了那幅图,直到现在每周都有人询问我相关实现的问题,我基本都是回答说等新方案,因为那个实现很复杂,没有基本的R知识,很难替换成自己的数据。

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    完整的R语言预测建模实例-从数据清理到建模预测

    由于本数据集数据完整,没有缺失值,因而我们实际上并没有缺失值的挑战,但是为了跟实际的数据挖掘过程相匹配,我们会人为将一些数据设置为缺失值,并对这些缺失值进行插补,大家也可以实际看一下我们应用的插补法的效果...另外一点,我们在实际工作中,我们用到的预测因子中,往往包含数值型和类别型的数据,但是我们数据中全部都是数值型的,所以我们要增加难度,将其中的一个因子转换为类别型数据,具体操作如下: ?...对于研究预测因子间的相关性,corrplot 包中的corrplot函数提供了很直观的图形方法: ###find correlations between factors factor_Corr <-...步骤3:数据分配与建模 在实际建模过程中,我们不会将所有的数据全部用来进行训练模型,因为相比较模型数据集在训练中的表现,我们更关注模型在训练集,也就是我们的模型没有遇到的数据中的预测表现。...结果从准确率和Kappa值两个方面对数据进行了比较,可以帮助我们了解模型的实际表现,当然我们也可以通过图形展现预测结果: ? 根据结果,我们可以看到,其实逻辑回归的结果还是比较好的。

    3.3K50
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