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脚本分享——fasta文件中序列进行排序重命名

小伙伴们大家下午好,我是小编豆豆,时光飞逝,不知不觉来南京工作已经一年了,从2018年参加工作至今,今年是我工作最快乐一年,遇到一群志同道合小伙伴,使我感觉太美好了。...今天是2022年最后一天,小编在这里给大家分享一个好用脚本,也希望各位小伙伴明年工作顺利,多发pepper。‍...install biopython pip install pandas 查看脚本参数 python Fasta_sort_renames.py -h 实战演练 # 只对fasta文件中序列进行命令...python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s F -a rename_fasta.fna # fasta文件中序列根据序列长短进行排序...,并排序文件进行重命名 python Fasta_sort_renames.py -a NC_001357.1.fna -p scoffold -s T -a rename_fasta.fna

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信息检索导论(译):第一章 布尔检索(1)

为得到Brutus AND Caesar AND NOT Calpurnia查询结果,我们首先得到Brutus,CaesarCalpurnia向量最后一个向量取反,然后三个向量进行二进制与运算...图1.3中词典按照字母顺序排序,每个倒排表中文档按照文档号排序,1.3节中,我们会看到,这种排序是很有用处,在7.1.5节中,我们还考虑了其他方案。...进行语言处理,将此一序列词标准化,形成词条 friend roman countryman so …… 4. 将词条和文档创建成反向索引,包括词典倒排表。...对于每一篇文档,索引输入是一系列标准化词,我们也可以认为是一系列词条和文档号二元组合,如图1.4所示。索引阶段一个核心步骤是这些词条按照字典顺序排序,如图1.4中中间一列所示。...由于一个词条一般出现在不多文档中,这种数据组织方式已经减少了索引所占用存储空间。词典还保存了一些统计信息,比如有多少篇文档包含此词条(称为document frequency,文档频率)。

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文本数据机器学习自动分类方法(上)

这种方法通过构造评估函数,特征集合中每个特征进行评估,并每个特征打分,这样每个词语都获得一个评估值,又称为权值,然后将所有特征按权值大小排序,提取预定数目的最优特征作为提取结果特征子集。...在训练文本集中每个特征计一算它文档频次,并且根据预先设定阑值去除那些文档频次特别低特别高特征。...他根据训练数据,计算出各个特征项信息增益,删除信息增益很小项,其余按照信息增益从大到小排序。...利用X2 统计方法来进行特征抽取是基于如下假设:在指定类别文本中出现频率词条与在其他类别文本中出现频率比较高词条判定文档是否属于该类别都是很有帮助.采用X2估计特征选择算法准确率在实验中最高...此外,Word2Vec作为无监督学习方法一个实现,能够允许它从无标注文本进行训练,能进一步提升系统性能。 另外,基于向量空间模型文本分类方法是没有考虑到词顺序

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数据处理思想程序架构: 使用数据进行优先等级排序缓存

每个APP都有一个标识符,设备想要和某个APP通信 设备数据里面需要携带着APP标识符....简单处理就是设备去把每一个APP标识符记录下来 然后设备发送数据时候根据标识符一个一个去发送数据. 但是设备不可能无限制记录APP标识符....2.使用一个二维数组进行缓存 ? 测试刚存储优先放到缓存第一个位置(新数据) 1.先存储 6个0字符 再存储6个1字符 ? 2.执行完记录6个0字符,数据存储在缓存第一个位置 ?...测试刚存储优先放到缓存第一个位置(已经存在数据) 1.测试一下如果再次记录相同数据,缓存把数据提到第一个位置,其它位置往后移 ?...使用里面的数据 直接调用这个数组就可以,数组每一行代表存储每一条数据 ? ? ? 提示: 如果程序存储满了,自动丢弃最后一个位置数据.

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在Elasticsearch中查询Term Vectors词条向量信息

默认会返回词条信息统计,而不会返回字段统计。 另外,默认这些统计信息是基于分片,可以设置dfs为true,返回全部分片信息,但是会有一定性能问题,所以不推荐使用。...还可以使用field字段返回统计信息字段进行过滤,只返回感兴趣那部分内容。...例子2:轻量级生成Term Vectors 虽然这个字段不是显示存储,但是仍然可以进行词条向量信息统计。因为ES可以在查询时候,从_source中分析出相应内容。...例子4:重新定义分析器 可以使用per_field_analyzer参数定义该字段分析器,这样每个字段都可以使用不同分析器,分析其词条向量信息。...如果这个字段已经经过存储,那么会重新生成它词条向量,如: curl -XGET 'http://localhost:9200/twitter/tweet/_termvectors' -d '{ "

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数据分析:文本分类

如果是自行在互联网上爬取,那么需要考虑文本清洗停用词处理问题,要根据抓取数据质量进行处理,这个步骤也包含在文本预处理中。...无监督学习(unsupervised learning)是机器学习一种方法,没有给定事先标记过训练示例,自动输入资料进行分类或分群。...CountVectorizer()默认使用就是词袋模型。 特征名称就是corpus所有出现不重复单词,按照字母顺序排序。...如果包含词条w文档越少, IDF越大,则说明词条具有很好类别区分能力。 所以TF-IDF实际上是TF * IDF: 如果我们想使用TF-IDF模型来进行计算词向量,并不需要自己手动实现计算。...在TF-IDF模型中,第3个第9个值最大,都是0.5165,对应词条是 “first”“this”。 可以看出“first”虽然词频少,但是最能体现文本特征,相当于给每个词进行加权。

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达观数据分享文本大数据机器学习自动分类方法

这种方法通过构造评估函数,特征集合中每个特征进行评估,并每个特征打分,这样每个词语都获得一个评估值,又称为权值,然后将所有特征按权值大小排序,提取预定数目的最优特征作为提取结果特征子集。...他根据训练数据,计算出各个特征项信息增益,删除信息增益很小项,其余按照信息增益从大到小排序。...利用x2 统计方法来进行特征抽取是基于如下假设:在指定类别文本中出现频率词条与在其他类别文本中出现频率比较高词条,判定文档是否属于该类别都是很有帮助.采用x2估计特征选择算法准确率在实验中最高...此外,Word2Vec作为无监督学习方法一个实现,能够允许它从无标注文本进行训练,能进一步提升系统性能。(达观数据张健) 另外,基于向量空间模型文本分类方法是没有考虑到词顺序。...然后,通过候选分类评分排序,给出一个阈值。

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20 行代码!带你快速构建基础文本搜索引擎 ⛵

图片本文使用tf-idf(词频-逆文件频率)、lsi(潜在语义索引) doc2vec(文档向量化嵌入)这3种最基础NLP文档嵌入技术,对文本进行嵌入操作(即构建语义向量)并完成比对检索,构建一个基础版文本搜索引擎...我们把『搜索词条『文档』都转换为向量(同一个向量空间中)之后,文本比较与检索变得容易得多。图片搜索引擎根据『文档』与『搜索词条相似度对文档进行评分与排序,并返回得分最高文档。...model)大家可能听说过word2vec训练词向量方法,训练词向量核心思想就是说可以根据每个单词上下文预测,也就是说上下文单词是有影响。...训练句向量方法向量方法非常类似,例如对于一个句子i want to drink water,如果要去预测句子中单词want,那么不仅可以根据其他单词生成feature, 也可以根据其他单词句子来生成...doc2vec 模型对象,可以直接进行向量距离比对排序,所以我们检索过程可以如下简单实现:def search(query, N): # Input: 检索文本串query, 返回结果条数N #

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【陆勤学习】文本特征提取方法研究

通常根据某个特征评估函数计算各个特征评分值,然后按评分值这些特征进行排序,选取若干个评分值最高作为特征词,这就是特征抽取(Feature Selection)。...在训练文本集中每个特征计一算它文档频次,并且根据预先设定阑值去除那些文档频次特别低特别高特征。...他根据训练数据,计算出各个特征项信息增益,删除信息增益很小项,其余按照信息增益从大到小排序。...利用x2 统计方法来进行特征抽取是基于如下假设:在指定类别文本中出现频率词条与在其他类别文本中出现频率比较高词条,判定文档是否属于该类别都是很有帮助....每个字节片段称为gram,全部gram出现频度进行统计,并按照事先设定阈值进行过滤,形成关键gram列表,即为该文本特征向量空间,每一种gram则为特征向量维度。

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Lucene基本知识入门

全文检索 计算机索引程序通过扫描文章中每一个词,每一个词建立一个索引,指明该词在文章中出现次数位置。当用户查询时,检索程序就根据实现建立索引进行查找,并将查找结果反馈给用户检索方式。...比如字典,字典拼音表部首检字表就相当于字典索引,每一个字解释是非结构化,如果字典没有音节表部首检字表,在茫茫辞海中找一个字只能顺序扫描。...利用查询树搜索索引,从而得到每个词 (Term) 文档链表;根据查询树逻辑运算,对文档链表进行交集、差集、非运算,并得到结果文档。 将搜索到结果文档进行查询相关性排序。 返回查询结果给用户。...按照字母顺序排序后,可以得到每个词元在每个文档中出现频率。将每个词信息合并,并按照频率倒序排序,可以得到倒排链表。...比如计算一个共有 11 个词查询语句,共有三篇文档搜索出来,首先计算所有词权重,然后根据打分公式分别计算查询语句与三篇文档相关性。最后按照相关性进行排序,即可得到最想要文档。

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网络挖掘技术——微博文本特征提取

文本挖掘系统采用向量空间模型,用特征词条(T1 ,T2 ,…Tn) 及其权值Wi 代表目标信息,在进行信息匹配时,使用这些特征项评价未知文本与目标样本相关程度。...在训练文本集中每个特征计一算它文档频次,并且根据预先设定阑值去除那些文档频次特别低特别高特征。...他根据训练数据,计算出各个特征项信息增益,删除信息增益很小项,其余按照信息增益从大到小排序。...利用x2 统计方法来进行特征抽取是基于如下假设:在指定类别文本中出现频率词条与在其他类别文本中出现频率比较高词条,判定文档是否属于该类别都是很有帮助....每个字节片段称为gram,全部gram出现频度进行统计,并按照事先设定阈值进行过滤,形成关键gram列表,即为该文本特征向量空间,每一种gram则为特征向量维度。

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文本特征提取方法研究

通常根据某个特征评估函数计算各个特征评分值,然后按评分值这些特征进行排序,选取若干个评分值最高作为特征词,这就是特征抽取(Feature Selection)。...在训练文本集中每个特征计一算它文档频次,并且根据预先设定阑值去除那些文档频次特别低特别高特征。...他根据训练数据,计算出各个特征项信息增益,删除信息增益很小项,其余按照信息增益从大到小排序。...利用x2 统计方法来进行特征抽取是基于如下假设:在指定类别文本中出现频率词条与在其他类别文本中出现频率比较高词条,判定文档是否属于该类别都是很有帮助....每个字节片段称为gram,全部gram出现频度进行统计,并按照事先设定阈值进行过滤,形成关键gram列表,即为该文本特征向量空间,每一种gram则为特征向量维度。

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NLP从词袋到Word2Vec文本表示

文本表示分为离散表示分布式表示: 1.离散表示 1.1 One-hot表示 One-hot简称读热向量编码,也是特征工程中最常用方法。...文档向量表示可以直接将各词向量表示加。例如: John likes to watch movies....词袋模型同样有一下缺点: 词向量化后,词与词之间是有大小关系,不一定词出现越多,权重越大。 词与词之间是没有顺序关系。...这课Tree把出现频率词放到靠近根节点叶子节点处,每一次只要做二分类计算,计算路径上所有非叶子节点词向量贡献即可。 ?...多义词无法很好表示处理,因为使用了唯一 向量 3.3 sense2vec word2vec模型问题在于词语多义性。

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京东商品评论情感分析:数据采集与词向量构造方法

TF表示词条在文档d中出现频率(另一说:TF词频(Term Frequency)指的是某一个给定词语在该文件中出现次数)。...(另一说:IDF反文档频率(Inverse Document Frequency)是指果包含词条文档越少,IDF越大,则说明词条具有很好类别区分能力。)...另外,根据VC Theory,参数维度越大所需要训练数据集就要越大,一般来说,十倍参数维度是训练集下限,所以我使用了好评词汇差评词汇中TF-IDF最大前75个,构成150维feature,...当然在具体实践中,需要重新修改这个feature数目。 至此,数据采集构造词向量部分就结束了。NLP情感分析中一般有两种方法,第一种是根据语义依存关系来量化文本情感色彩。...下一部分,我将会尝试着对此处建立”word2vec”方法,相应地构造机器学习模型,并模型进行相应优化。

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ElasticSearch之TFIDF

当我们使用es进行全文搜索时候,es使用TF/IDF算法来计算scroe。...出现2次 分数肯定比1次高。 IDF:逆向文档频率词条在集合所有文档里出现频率是多少?频次越高,权重 越低。...向量空间模型 向量空间模型提供了一种多词条查询比较方法。它输出是一个代表了文档查询之间匹配程度分值。为了计算该分值,文档查询都被表示成向量。...我们可以为每份文档创建一个类似的向量,它由每个查询词条权重组成 - 也就是出现在文档中词条happyhippopotamus,然后将它绘制在坐标中,如下图: 文档1:(happy,_______...通过测量查询向量和文档向量角度,我们可以给每份文档计算一个相关度分值。文档1查询之间角度较大,因此它相关度较低。

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ElasticSearch之TFIDF

摘要本文将了解一下ElasticSearch控制相关度分数TF/IDF,向量空间模型 当我们使用es进行全文搜索时候,es使用TF/IDF算法来计算scroe。...出现2次 分数肯定比1次高。 IDF:逆向文档频率词条在集合所有文档里出现频率是多少?频次越高,权重 越低。...向量空间模型 向量空间模型提供了一种多词条查询比较方法。它输出是一个代表了文档查询之间匹配程度分值。为了计算该分值,文档查询都被表示成向量。...我们可以为每份文档创建一个类似的向量,它由每个查询词条权重组成 - 也就是出现在文档中词条happyhippopotamus,然后将它绘制在坐标中,如下图: 文档1:(happy,________...通过测量查询向量和文档向量角度,我们可以给每份文档计算一个相关度分值。文档1查询之间角度较大,因此它相关度较低。

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数据挖掘与数据分析

然后按平均法重新计算各个簇质心,从而确定新簇心。一直迭代,直到簇心移动距离小于某个给定值。 3.2.2 基于密度聚类 根据密度完成对象聚类。...应用场景包括分类回归,算法包括一些常用监督式学习算法延伸,这些算法首先试图未标识数据进行建模,在此基础上再标识数据进行预测。...TF表示词条在文档d中出现频率(另一说:TF词频(Term Frequency)指的是某一个给定词语在该文件中出现次数)。...(另一说:IDF反文档频率(Inverse Document Frequency)是指果包含词条文档越少,IDF越大,则说明词条具有很好类别区分能力。)...同一个采样数据可以利用多种数据分析方法模型进行分析,模型评价目的之一就是从这些模型中自动找出一个最好模型出来,另外就是要针对业务模型进行解释应用。

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综述 | 常用文本特征选择

文本分类作为一种有效信息检索信息过滤关键技术,能按预定义类别将待分类文本进行归类。...文本分类中常用到向量空间模型(VSM),然而高维向量空间模型严重影响了计算机处理速度,因此需要对文本向量进行降维,那么就需要对文本进行特征属性选择。...TF-IDF与特征属性选择 TF即词频(Term Frequency),表示词条在某个文档d中出现频率。...IDF即逆向文件频率(Inverse Document Frequency),如果包含词条t文档越少,那么IDF值越大,则说明词条t具有很好类别区分能力。...所以为了避免出现这种情况可以采用先对词按照词频排序,然后按照互信息大小进行排序,然后再选择自己想要词,这样就能比较好解决这个问题。

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