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我将WGCNA应用于遵循这个RNASeq的数据。对于几个函数，它给了我一个错误，即没有找到包函数。corFnc = cor, : 我试图确保包被正确调用，但当我调用它时，出现了以下错误：Error: package or namespace load failed for ‘WGCNA’ in loadNamespace(j <- i[[1L]
浏览 7提问于2022-05-14得票数 0
对于每个物种，我都有许多数据集。对于每个数据集，我都有许多表现型。数据集的名称在物种中是主键。该物种也有字符串主关键字(例如，Hs代表智人)。因此，我希望能够按如下方式指定表型：其中mcgary是表型集的名称(slug)。物种有一个控制器，但数据集没有--它的功能是由物种的控制器和表型的控制器处理的。)
不幸的是，这并不能保证路径会工作，例如edit_species_d
浏览 0提问于2010-10-23得票数 1
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我快速查看了其他帖子，但找不到一个有相同错误的帖子，尽管其中一些看起来有些常见的错误消息，所以如果我错过了之前的一个线程，我很抱歉。> BiocManager::install("GO.db") Bioconductor version 3.8 (BiocManager
> 1.30.4), R 3.5.2 (2018-12-20) Installing package(s) 'GO.db' installing the source package ‘
浏览 2提问于2019-03-22得票数 0
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执行正确实现的R函数来自WGCNA ()。计算这个(我认为)的公式在中有详细的说明，我相信下面正确地再现了这个公式。是否有人知道如何正确地实现这一点，以使其反映WGCNA版本？首先，我的对角线不是1，并且值与原始值没有一致的错误(例如，不是全部由x关闭)。当我在R中计算这一点时，我使用了以下方法：> df_adj = read.csv("https://pastebin.com/raw/sb
浏览 0提问于2019-06-13得票数 8
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我在一个基因型的二进制数据集上使用cv.glmnet来预测一个连续变量的表型。数据看起来像这样，但有>200个基因：1 18.063630 0 0 0 0.1se,其中zx是基因存在/缺失的二元列，zy是表型列bat
浏览 21提问于2020-02-27得票数 3
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我有一个数据库，我在上面做了分层聚类(使用agnes())，它工作得很好(我就像这里描述的那样：https://uc-r.github.io/hc_clustering。现在，我想将数据库中的人工集群或类与层次聚类找到的集群或类进行比较。我想我可以用tanglegram()做到这一点。我不知道如何生成树状图/在已经有组的情况下进行分层聚类。我如何告诉R有关组的信息？有没有其他方法来比较它们呢？
浏览 19提问于2020-03-30得票数 1
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我有张桌子：AA 1AC 0AE 0AG 0 AA 1 AC 0 AE 0也就是说，AF会被移除，因为它是一个表型"1“，但不在名单上，所有的表型"0”都没
浏览 2提问于2020-09-01得票数 1
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我对R非常陌生，我有一个巨大的数据集，包含500 K以上的基因位点。我正努力通过我的自变量来循环逻辑回归。数据只有10行(10例患者)，但有500K+列(遗传位点和表型)。function(x) glm(outcome ~ geneticsite[,x] + age + gender , family=binomial,data=mydata))
我一直收到一条警告信息，说没有找到更多细节:这是一项关于非常罕见的表型的试点研究，所以我们只能测试10名患者。我们希望有OR (基因位点)和P值(遗传位点)作为
浏览 13提问于2022-01-10得票数 1
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我有一个数据集，它有冒号"Phenotype“和"Phenotype_Measurement”(名为“ThermalVar”的总数据集)。我试图在两个特定表型的度量之间运行一个成对函数，但是对于如何告诉R看"Phenotype_Measurement“偶然出现在"Phenotype列”上，我感到迷惑不解。我最好的猜测是：pch = 21，非常感谢任何帮助！
浏览 12提问于2022-05-16得票数 0
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我有由多个测试对象组成的数据(在本例中为三个类)，但这些数据根据三个时间点而不同:基因型、早期表型和晚期表型阶段。以下是示例数据：early_phenotype<-cbind(c(rep("A",产生这个情节的：
但我正试图实现这一阴谋所没有的两件事：
我想要两列以上，
浏览 2提问于2016-04-11得票数 1
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我有多个数据帧或文件，我希望得到每个数据帧中列的平均值，并将它们写回去。 [1] "Family" "Symbol" "C1_S1_S7" "C1_S3_S9" "C2_S1_S10" "C2_S2_S11" "C3names(WGCNA_avg_gene)
浏览 1提问于2020-12-22得票数 0
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我有一个49个变量和4M行的数据。我要计算49x49的相关矩阵。所有列都是类数值的。有没有办法使我的桌面上的计算速度更快？
浏览 0提问于2016-03-21得票数 6
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然而，我在控制日志文件(或发送到终端)中包含了哪些消息时遇到了问题，并且无法找到任何解决方案来排除一个特定的R包加载消息：
我将尽量保持代码的非特定性，希望能够使代码更容易理解。在这些地方，我找到了可能的解决方案，并尝试了不同的变化，但没有取得积极的结果。
我还想知道WGCNA包是否在thePKG的！我还尝试在R脚本开始时单独调用WGCNA，并在其中添加了一个suppressMes
浏览 1提问于2019-03-27得票数 1
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首先，我必须说，我刚刚开始使用R进行编程，我无法创建数据的表达式集。当我试图将分析数据和表型数据放在一起以生成表达式集时，我会得到一个错误：
请看一下样本数据，我制作的表型表和R-程序.我想应该对表型数据进行修改，以使其发挥作用。请让
浏览 0提问于2011-09-09得票数 3
我试图将我的所有样本从一个ESet中排除出来，该样本有10个表型中的一个没有条目：
我有一个有50个样本和10个表型的ESet。
浏览 4提问于2011-05-02得票数 2
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我有一个139104行的数据帧中的数据，它是96x1449的倍数。我有一个表型文件，其中包含96个样本的表型信息。snp名称重复1449X96样本。我必须根据sid和sen合并两个数据帧。下面是我的两个数据帧的样子 snpname=rep(letters[1:12],12), genotypepheno <- data.frame(
浏览 0提问于2011-05-05得票数 10
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WGCNA分析结果为我们提供了几个模块。这些模块是彩色的，也是用数字编号的。通常，灰色模块也被标记为数字中的0，对应于没有在任何模块中聚类的一组基因。我确切的问题是，它的大小是否有限制，比如它不应该超过总数据量的20%、30%或50%？
浏览 16提问于2018-05-18得票数 1
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我正在构建一个决策树，试图建立一个疾病表型模型。我在R方面没有太大的经验，所以我不知道该怎么做，因为我最后一直在努力。我的测试数据如下所示：问题是每个级别都不同，所以当我键入以下内容时，会得到一个错误：
> predict_data$Phenotype.tree <- predict(tree.train
浏览 3提问于2022-03-20得票数 -2
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Adipose-Subcutaneous_0.8125Pathway_Enrichment_all_results.xls，)一样编辑所有这些文件，如下所示：
path = "/Users/cgill22/Desktop/GTEx_WGCNA_sex_combined_signed
浏览 3提问于2022-10-31得票数 0
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我正在寻找模拟特定SNP和数量表型之间的遗传关联的最佳方法或最佳软件包，模拟数据与我的真实数据最相似，除了我知道因果变量。我在R中看到的所有软件包似乎都专门用于谱系数据或指定合并和其他进化因素的人口数据，但我没有任何人口遗传学经验，我只想模拟欧洲人口的简单情况，具有与我的真实数据相似的特征(即性状的正态分布和基因型的加性效应例如，如果我的遗传数据是X，我的数量变量是Y：Y <- rnorm(1
浏览 0提问于2012-09-03得票数 0
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