无法在GO.db中安装BiocManager
我快速查看了其他帖子，但找不到一个有相同错误的帖子，尽管其中一些看起来有些常见的错误消息，所以如果我错过了之前的一个线程，我很抱歉。
我正在尝试安装BioConductor包"GO.db"，但是一直收到错误消息：
> BiocManager::install("GO.db") Bioconductor version 3.8 (BiocManager
> 1.30.4), R 3.5.2 (2018-12-20) Installing package(s) 'GO.db' installing the source package ‘GO.db’
>
> trying URL
> 'https://bioconductor.org/packages/3.8/data/annotation/src/contrib/GO.db_3.7.0.tar.gz'
> Content type 'application/x-gzip' length 31820876 bytes (30.3 MB)
> downloaded 30.3 MB
>
> * installing *source* package 'GO.db' ... Warning in file.copy(f, instdir, TRUE) : problem copying .\NAMESPACE to
> C:\Users\Name\Documents\R\win-library\3.5\GO.db\NAMESPACE: Permission
> denied Warning in file(file, if (append) "a" else "w") : cannot open
> file 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db/DESCRIPTION':
> Permission denied Error in file(file, if (append) "a" else "w") :
> cannot open the connection ERROR: installing package DESCRIPTION
> failed for package 'GO.db'
> * removing 'C:/Users/Name/Documents/R/win-library/3.5/GO.db' In R CMD INSTALL
>
> The downloaded source packages are in
> ‘C:\Users\Name\AppData\Local\Temp\RtmpeYicUm\downloaded_packages’
> installation path not writeable, unable to update packages: class,
> codetools, Matrix Update old packages: 'assertthat', 'mgcv'我尝试过重新安装BiocManager，我一直在删除我被告知的目录。我甚至试着以管理员的身份运行R。但是，所有这些尝试都获得了相同的错误消息。我看到了一个关于使用R CMD INSTALL和一些关于锁定的命令的建议，但是由于这是一个BioConductor包，这个解决方案在这里似乎是不可用的。
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2019-03-24 05:52:39
在尝试通过多种方式下载软件包并尝试从本地文件安装后，我仍然没有运气。
由于不为我所知的原因，我仍然不得不用我的防病毒软件来减少文件保护。R已经出现在允许修改我的文件的程序列表中，但是无论出于什么原因，它仍然被阻止，而且仅仅是为了注入包GO.db --尽管我想我将来会发现更多这样的情况。
Stack Overflow用户
发布于 2020-03-20 19:18:49
这种技术对我有效。
1)生物管理器：：安装(“生物基地”)
2)生物管理器：：安装(“GO.db”)
当它询问您是否要更新所有包时，请回答"y“。
3)生物管理器：：有效(“GO.db”)
真的
如果更新成功，则会出现TRUE。
4)图书馆
更有可能的是，您必须更新多个包。运行步骤4，然后查看警告文本。它告诉我，我还必须更新"impute“和”preprocessCore“。我通过对两个包重复步骤1-3解决了这两个问题。
如果您正确地更新了所有包，当您到达步骤4时，您将看到以下文本。此时，WGCNA已成功安装。
图书馆(WGCNA)；
附件：“WGCNA”
以下对象被隐藏在“package:IRanges”中：
cor下面的对象被“package:S4Vectors”屏蔽：
cor以下对象被隐藏在“package:stats”中：
cor警告信息:软件包“WGCNA”是在R版本3.6.3下构建的
https://stackoverflow.com/questions/55298366
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