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R语言中的流行病数据分析神器

大家分析临床数据和流调数据的时候指定在为各种模型,表格构建煞费苦心。今天就给大家介绍一个解决这些问题的R包sjPlot。此包不仅可以实现三线表的绘制,同时可以进行模型结果的可视化展示、评估。...首先我们看下包的安装: install.packages("sjPlot") install.packages("rstanarm")##贝叶斯回归模型 接下来通过实例来看下其主要的功能: ##主要包的载入...回归模型的三线表的绘制。 回归模型包括线性模型,广义线性模型,混合线性模型等的结果在此包中都可以进行展示,我们实例就以简单的线性模型为主。...李克特量表的可视化 首先介绍下这个量表的定义:是属评分加总式量表最常用的一种,属同一构念的这些项目是加总方式来计分,单独或个别项目是无意义的。...它是由美国社会心理学家李克特于1932年原有的总加量表基础上改进而成的。

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机器学习:神经网络(一)

机器学习中线性模型和非线性的区别: 线性模型可以是曲线拟合样本(即可以单级感知机表达),但是分类的决策边界必须是直线的,例如logistics模型。...,重复进行接收判断并发送的过程,当然一个神经元的树突可能连接多个神经元,其轴突也可能连接多个神经元,是多对多的关系。...\theta_3 ,图中一般省略,但是计算过程中不能省略,不然可能会导致最后模型无法收敛。...由于 x 实际上就是上图中第一层输入层的神经元,为了统一,我们可以把 x a^{(1)} 代替,于是得到: z^{(2)} = \Theta^{(1)}a^{(1)} , a^{(2)}...3.2 AND实现 实现NOT XOR之前,我们可以先来看一个简单的运算——AND。我们可以一个简单的神经网络来实现AND运算,如下图左,它不包含隐藏层,可以发现这个模型和回归算法十分相似。

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生信爱好者周刊(第 16 期):癌症新特征

原位转录组方法完整组织中生成空间分辨的RNA谱。然而,目前还缺乏一个统一的计算框架来整合原位转录组数据分析。...文章 1、sjPlot - R语言中的流行病数据分析神器 此包不仅可以实现三线表的绘制,同时可以进行模型结果的可视化展示、评估。...3、Python构建API的八大流行框架 本文八种可用于构建API的优秀Python框架。...工具 1、ggeffects - ggplot2回归模型的边际均值估计和边际效应[6] 一个支持多种模型的可视化和预测神器。...一个完全定制的注释: https://jokergoo.github.io/2021/10/17/a-completely-customized-annotation/ [6]ggeffects - ggplot2回归模型的边际均值估计和边际效应

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栾生老师 || 线性混合效应模型教程

另外,栾老师ggplot2对数据和模型进行的可视化分析,非常赞。 ” 原文包括两部分,这里我合二为一。 ---- 孪生老师简介: ?...我们分析混养后体重时,需要考虑混养前每个家系体重对它的影响。这个混养前家系体重,就是一个协变量,回归分析中,也会称为自变量,解释变量。...从系数列表中,针对雌性两个性别,给出了不同的回归系数。这主要是由于雌雄生长速度的差异造成的,后期雌虾生长速要快于雄虾。...从上图中,大致可以看出,群体间是存在差异的。 进一步分析数据,你会发现每个群体由多个家系组成,见下图。...因此抽样个体存在两个层次:每个群体包括多个家系,每个家系包括数量不等的个体。 从上图中可以看出,每个群体内的不同家系间是存在差异的。 每一个家系内的个体,遗传自同一对亲本,相互间相似性更强。

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计算与推断思维 十三、预测

回归直线 相关系数r并不只是测量散点图中的点聚集一条直线上的程度。 它也有助于确定点聚集的直线。 在这一节中,我们将追溯高尔顿和皮尔逊发现这条直线的路线。...首先,注意到线性关联不依赖于度量单位 - 我们也可以标准单位来衡量这两个变量。...但是,如果我们坚持一条直线来做出预测,那么所有直线之中仍然有一条最好的直线。...残差图中比原始的散点图中更容易注意到不均匀的变化。 如果残差图显示y=0的横线处的不均匀变化,则在预测变量的范围内,回归的估计不是同等准确的。...要查看比例在哪里出现,请注意拟合值全部位于回归线上,而y的观测值是散点图中所有点的高度,并且更加可变。

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什么是回归测试?

当把多个小组代码进行merge的时候,需要确认这些小组内实现的几个功能,以及小组间实现的若干功能不会产生相互影响,程序的业务逻辑能够正常进行下去,这时候进行的测试就被称作回归测试。...回归测试很多时候面对的是薛定谔的bug,就是回归测试很大程度上可能不会发现bug,但这部分测试工作又不能被省略掉,因为一旦存在bug,bug的严重程度可能会很高。...回归测试的场景 开发修改完bug之后。 验证其他和此bug有依赖关系的场景例是否正常。...回归测试是软件生命周期的一个组成部分,整个软件测试过程中占有很大的工作量比重,软件开发的各个阶段都会进行多次回归测试。 因此回归测试的自动化将能够大幅度降低系统测试、维护升级的成本。...针对问题较多的模块进行执行例,其他模块仅对缺陷相应的功能点执行例。 业务程度比较复杂的情况下,对用户频繁使用的功能模块进行回归测试。

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机器学习sklearn之支持向量回归(SVR)

SVM除了具有线性分类和非线性分类之外,还支持回归(SVR)。与传统的回归问题有所不同,定义损失的时候,容忍f(x)与y之间有一定的偏差,具体推导过程如下图。...由于回归问题引入了容忍偏差,松弛变量,式子相较于SVM分类更复杂一些,但是总体的求解思路是一致的,包括:定义目标函数、目标函数转换为无约束优化问题、对偶问题、SMO求解α,根据KKT条件找支持向量并计算...上图中把W带入化简过程已省略,感兴趣的可以自己推一下,与SVM分类的化简过程相似,本人偷了个懒… 最近计划把所有常用的机器学习算法都从头到尾手写一遍,以后关于机器学习方面的内容大都以图片的形式展现,如果阅读困难可以留言交流

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人脸识别技术大总结1——Face Detection &Alignment

图中红色框框就是在做detection,白色点点就是在做alignment。 如果知道了点的位置做一下位置驱动的变形,脸就成正的了,如何驱动变形不是本节的重点,在此省略。...回归过程如下:首先提取特征,原作者采用的是Pose-Indexed point features,然后根据特征训练回归函数(可以线性回归,CART,随机森林等等),原作者采用了一个叫Random Fern...最后的叶子节点上写上落在叶子节点上的样本偏移量,这个偏移量之前说到的fern里有用,但是在这里没啥,因为作者最后不是这个做回归的而是LBF,详细的得往下看。...现在解释一下为啥不直接w1w2w3…而是要再回归出来一个W:原因有两个: 1....作者建立了一个分类回归树,就叫CRT好了。这个CRT距离根节点比较近的几层偏重于分类,接近叶子节点的几层偏重于回归,具体实现上,每个节点究竟用于回归还是分类呢?

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深度学习三人行(第1期)---- TensorFlow爱之初体验

1.1 TensorFlow介绍 TensorFlow的基本规则很简单,总体来说分两步: 首先,定义一个满足计算任务的图,图中有很多节点,接下来TensorFlow优化后的C++代码进行高效的计算。...2.3 图的管理 对于我们创建的任何一个节点,都会放到默认的图中(系统会默认创建一个),大多数情况下,这样没问题且能满足我们的应用需求的,如下: 但是,有时候我们可能需要同时管理多个独立的图,这时可以通过新建一个图并临时把该图作为一个默认图...(因为我们添加的节点默认情况下是默认图中),如下,with语句中,x2所的图还是默认图,但是with语句之外x2所的图已经不是默认图了。...我们知道上面的计算y和z的值需要两次计算w和x节点,但是,如果想更高效率的计算y和z的值的话,则需要将两个计算放到一个图中,如下: 其实在单线程中,多个session之间不共享任何信息,即使不同session...之前的例子中,我们tensor只包含了单一数值,接下来,我们将用TensorFlow来实战一下线性回归这里我们机器学习三人行系列(公众号回复“机器学习”进行查看)中的房价数据做回归,先上代码讲解如下

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深度学习三人行(第1期)---- TensorFlow爱之初体验

1.1 TensorFlow介绍 TensorFlow的基本规则很简单,总体来说分两步: 首先,定义一个满足计算任务的图,图中有很多节点,接下来TensorFlow优化后的C++代码进行高效的计算。...2.3 图的管理 对于我们创建的任何一个节点,都会放到默认的图中(系统会默认创建一个),大多数情况下,这样没问题且能满足我们的应用需求的,如下: ?...但是,有时候我们可能需要同时管理多个独立的图,这时可以通过新建一个图并临时把该图作为一个默认图(因为我们添加的节点默认情况下是默认图中),如下,with语句中,x2所的图还是默认图,但是with语句之外...线性回归TF实战 这里,我们将TensorFlow和NumPy以及Scikit-Learn做一个比较,进而更加详细的了解TensorFlow。...之前的例子中,我们tensor只包含了单一数值,接下来,我们将用TensorFlow来实战一下线性回归这里我们机器学习三人行系列(公众号回复“机器学习”进行查看)中的房价数据做回归,先上代码讲解如下

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机器学习(二) ——线性回归、代价函数与梯度下降基础

机器学习(二) ——线性回归、代价函数与梯度下降基础 (原创内容,转载请注明来源,谢谢) 一、线性回归 线性回归是监督学习中的重要算法,其主要目的在于一个函数表示一组数据,其中横轴是变量(假定一个结果只由一个变量影响...1、思想 想象现在在一座山(三维立体图形),有多个山峰和山谷(极大值和极小值)。...当你某个位置,找到最快下山的路线(偏导数最小而且是负数的方向),并走一小步,然后接着寻找最快下山的路线,直到到达最低点。...2、存在问题 从上述思想可知,对于有多个极小值情况下,梯度下降算法很有可能到不了最小值点,只会到达某个极小值点,就因为周围没有减小的路线,而停止。 因此,不同的起始值,最终得到的结果会不一样。...图中的“:=”符号,即赋值符号,对于大多数编程语言来说,就是=号。 ——written by linhxx 2017.12.27

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一文解决列线图(nomogram)

介绍 列线图,又称诺莫图(Nomogram),它是建立多因素回归分析的基础上,使用多个临床指标或者生物属性,然后采用带有分数高低的线段,,从而达到设置的目的:基于多个变量的值预测一定的临床结局或者某类事件发生的概率...优势 列线图将复杂的回归方程,转变为了简单且可视化的图形,使预测模型的结果更具有可读性,具有更高的使用价值。而这种优点使得列线图医学研究和临床实践中得到了更多的关注和应用。...图形示范 我们个例子来说明Nomogram的用法,我们两个临床指标来预测某疾病的发病率,其中Age是连续性变量,Sex为二分类变量;age的取值范围在35-85之间,sex的取值为female或者male...变量相应的得分,即图中最上方的Points,表示每个变量不同取值下所对应的得分,所有变量取值后对应的单项分数加起来合计的总得分即Total Points。...预测事件的发生概率:例如图中最下方的risk,代表肿瘤发生的概率。 列线图的效果评价 绘制列线图后也需要对模型的预测能力进行评价。

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R语言中的神经网络预测时间序列:多层感知器(MLP)和极限学习机(ELM)数据分析报告

如果包括任何其他回归变量,它们将以浅蓝色显示。 该 MLP() 函数接受几个参数来微调生成的网络。该 hd 参数定义了固定数量的隐藏节点。如果是单个数字,则神经元排列单个隐藏节点中。...根据我的经验(以及来自文献的证据),预测单个时间序列的常规神经网络无法从多个隐藏层中获得更好效果。预测问题通常并不那么复杂! reps 定义了使用多少次训练重复。...最后,您可以使用省略号将参数直接传递给用于训练网络的 函数 ...。 要生成预测,我们使用函数forecast(),该函数 需要训练的网络对象和预测范围 h。...这在带有浅蓝色输入的网络图中反映出来。...机器学习神经网络分类预测银行客户流失模型 PYTHONLSTM长短期记忆神经网络的参数优化方法预测时间序列洗发水销售数据 PythonKeras神经网络序列模型回归拟合预测、准确度检查和结果可视化

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Statsmodels线性回归看特征间关系

机器学习中的线性回归,一般都会使用scikit-learn中的linear_model这个模块,linear_model的好处是速度快、结果简单易懂,但它的使用是有条件的,就是使用者明确该模型是线性模型的情况下才能用...一个2×2的图中绘制了四幅图:"endog vs exog","残差vs exog","拟合vs exog"和"拟合+残差vs exog" fig = plt.figure(figsize=(15,8...回归图像解释 "Y和拟合x"图绘制了因变量相对于预测值与置信区间。图中直线关系表明开盘价与收盘价是线性正相关的,例如当一个变量增加时另一个变量也增加。...二阶多项式回归模型 研究一个因变量与一个或多个自变量间多项式的回归分析方法,称为多项式回归 Polynomial Regression 。...如果自变量只有一个时,称为一元多项式回归;如果自变量有多个时,称为多元多项式回归。 多项式回归回归函数是回归变量多项式的回归。多项式回归模型是线性回归模型的一种,此时回归函数关于回归系数是线性的。

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R语言中的神经网络预测时间序列:多层感知器(MLP)和极限学习机(ELM)数据分析|附代码数据

根据我的经验(以及来自文献的证据),预测单个时间序列的常规神经网络无法从多个隐藏层中获得更好效果。预测问题通常并不那么复杂! reps 定义了使用多少次训练重复。...以下示例中,我们将重用 fit1 到新的时间序列。 fit(x, model=fit1) 保留了的模型参数 fit1。...最后,您可以使用省略号将参数直接传递给用于训练网络的 函数 ...。 要生成预测,我们使用函数forecast(),该函数 需要训练的网络对象和预测范围 h。...这在带有浅蓝色输入的网络图中反映出来。...7.R语言中ARMA,ARIMA(Box-Jenkins),SARIMA和ARIMAX模型用于预测时间序列数 8.R语言估计时变VAR模型时间序列的实证研究分析案例 9.广义加性模型GAM进行时间序列分析

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