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Jellyfish: 快速统计长序列每个K-mers出现次数

Jellyfish,是此研究开发,可以快速统计长序列每个K-mers出现次数软件。 基于K-mers应用很广,包括基因组组装、测序读长错误纠正、快速多序列比对、重复检测、引物设计等等。...因此对K-mers高效统计对提高效率十分重要。 Jellyfish可并行运算,快速统计不超过长度31个碱基K-mers。...总的来说,Jellyfish相较之前软件占用内存低一个数量级,而速度则高一个数量级。 目前Jellyfish已经更新到了2.0版本,最近一次更新是2015年更新到Jellyfish 2.2.3。...2.0版本最大优化是不再限制K-mers长度。...上也有说明文档: https://github.com/gmarcais/Jellyfish/tree/develop/swig 目前jellyfish也已经被写入到了Python, Ruby和Perl

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每日一问_01_Python统计文件每个单词出现次数

https://github.com/XksA-me/daily_question 图片来自@AIGC 公众号:简说Python 今日每日一题 问题: 请写出一个 Python 代码,统计一个文件每个单词出现次数...考察点: 文件操作、字符串处理、字典操作、循环语句、统计算法 问题分析和解答 问题分析: 首先,我们需要读取文件内容。 接下来,我们将文件内容分割成单词。 然后,我们需要统计每个单词出现次数。...通过统计单词出现次数,可以分析文本关键词、词频分布等信息,有助于对文本数据进行更深入分析。...遍历单词列表,去除单词标点符号(如有需要可以将单词转换为小写),以确保统计准确性。 统计单词出现次数并更新 word_count 字典。...最后,遍历 word_count 字典并输出每个单词出现次数。 拓展分享: 这个例子展示了如何使用 Python 处理文本文件并统计单词出现次数

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整数1出现次数

题目 求出1~13整数1出现次数,并算出100~1300整数1出现次数?...为此他特别数了一下1~13包含1数字有1、10、11、12、13因此共出现6次,但是对于后面问题他就没辙了。...ACMer希望你们帮帮他,并把问题更加普遍化,可以很快求出任意非负整数区间中1出现次数(从1 到 n 1出现次数)。 方法一: 有些人不是很聪明,但是总能找到自己方法解决问题,我很佩服!...如果要计算百位上1出现次数,它要受到3方面的影响:百位上数字,百位以下(低位)数字,百位以上(高位)数字。 ① 如果百位上数字为0,百位上可能出现1次数由更高位决定。...② 如果百位上数字为1,百位上可能出现1次数不仅受更高位影响还受低位影响。

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整数1出现次数(从1到n整数1出现次数

题目描述 求出1~13整数1出现次数,并算出100~1300整数1出现次数?为此他特别数了一下1~13包含1数字有1、10、11、12、13因此共出现6次,但是对于后面问题他就没辙了。...ACMer希望你们帮帮他,并把问题更加普遍化,可以很快求出任意非负整数区间中1出现次数(从1 到 n 1出现次数)。...解题思路 三种解法: 法一:依次遍历每个数,判断每个数里面是否包含1 法二:同法一,将数字转成字符串,直接判断 法三:归纳法 设N = abcde ,其中abcde分别为十进制各位上数字。...如果要计算百位上1出现次数,它要受到3方面的影响:百位上数字,百位以下(低位)数字,百位以上(高位)数字。 ① 如果百位上数字为0,百位上可能出现1次数由更高位决定。...② 如果百位上数字为1,百位上可能出现1次数不仅受更高位影响还受低位影响。

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整数1出现次数(从1到n整数1出现次数)_31

我们从个位到最高位 依次计算每个位置出现1次数: 1当前位数字等于0时,例如n=21034,在百位上数字cur=0,百位上是1情况有:00100~00199,01100~01199,……,20100...4)这个方法只需要遍历每个位数,对于整数n,其位数一共有lgn个,所以时间复杂度为O(logn)。...链接网址(包括求1~n所有整数2,3,4,5,6,7,8,9出现所有次数) 通过使用一个 位置乘子m 遍历数字位置, m 分别为1,10,100,1000…etc....(m<=n) 对于每个位置来说,把10进制数分成两个部分,比如说 当m=100时候, 把十进制数 n=3141592 分成 a=31415 和 b=92 ,以此来分析百位数为1时所有数个数和。...因此前缀可用(n/m + 8)/10 *m来计算(若计算2个数,可以改为(n/m + 7)/10*m,若计算3个数,改为(n/m + 6)/10*m,…以此类推)。

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Java编程如何减少bug出现次数

前言 Java编程语言在IT行业毋庸置疑是企业不可缺少,现今企业招收大量Java人才,从Web应用到Android应用,这款语言已经被广泛用于开发各类应用及代码复杂功能。...在今天文章,小职将分享几项最佳实践,希望帮助大家更为轻松地减少Java开发bug数量,并且Java核心学习笔记也是学Java必备知识,希望对大家有帮助!...不要依赖初始化 在Java编程,开发者常常依赖构造函数进行对象初始化。不过这其实是一种常见误区。我们完全可以在无需调用构造函数情况下,通过多种方式实现对象分配。...要访问该类外对象,大家可使用GET与SET方法。 对每个对象,编写一个新私有boolean变量并对其进行初始化。 编写一个非构造函数类,其将确保每个对象会在接受调用之前进行初始化。 [?...黑客可以利用单一漏洞插入自己类,进而从代码中提取敏感信息。JVM在默认情况下即不会封闭,不过允许大家在该软件包内进行类封闭。 希望以上可以帮助大家更为轻松地减少Java开发bug数量

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计算矩阵全1子矩阵个数

方案一 首先直观上最先想到, 就是穷举了. 一力破十会. 将所有出现情况遍历一遍, 然后就能得出总数了....思路如下: 利用i, j 将二维数组所有节点遍历一遍 利用m, n将以[i][j]为左上顶点矩阵遍历一遍 判断i, j, m, n四个变量确定矩阵是否为全1矩阵 代码实现: int numSubmat...在最后判断是否全1循环中, 如果左上数字是0, 那必然没有全1子矩阵了 再如果向下找时候, 碰到0, 那下一列时候也没必要超过这里了, 因为子矩阵至少有一个0了, 如下图: ?...在所有的遍历之前, 先进行一次遍历, 把每个节点向右连续1个数计算好. 这个思路有点妙啊....] == 0) continue; // 最右侧不处理 if(j == *matColSize-1) continue; // 每个节点数字等于右边

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