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数据处理第2节:将转换为正确形状

它涵盖了操纵列以便按照您希望方式获取它们工具:这可以是计算新,将更改为离散拆分/合并列。...mutate任何内容都可以是新(通过赋予mutate新列名),或者可以替换当前列(通过保持相同列名)。 最简单选项之一是基于其他计算。...如果我想在几分钟内完成,我可以使用mutate_at()并将包含所有'sleep'包装在vars()。 其次,我在飞行创建一个函数,将每个乘以60。...如果要添加另一个数据框信息,可以使用dplyr连接函数。...在这种情况下,我们有3描述时间度量。 对于某些分析图表,可能有必要将它们合二为一。 gather函数需要您为新描述性指定名称(“key”),并为指定另一个名称(“value”)。

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R tips:使用TCGAbiolinks包下载TCGA数据

目前有两大类TCGA数据可供下载,一个是Legacy,主要是一些使用 GRCh37 (hg19) GRCh36 (hg18)数据,另一个是harmonized数据,统一使用GRCh38 (hg38)...GDCdownload,由于TCGA下载不是特别稳定,所以可以使用files.per.chunk定为一个,几个文件打包为一个压缩文件来下载。...summarizedExperiment对象ExpressionSet等对象类型类似,核心组件就是三大件:表达量、注释行注释。...表达量:一个表达量矩阵,行是基因或者相关特征,是样本相关特征; 注释:样本相关注释,比如病人信息、生存数据等等; 行注释:基因相关注释,比如基因名称、长度、位置、ID等等。...生存分析根据基因中位数将其分为HighLow,使用log-rank检验显著性,也可以使用cox回归。

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生信爱好者周刊(第 2 期):生信境界与道路

scArches可推广到多模态参考映射,允许对缺失模态进行归因。最后,scArches保留了2019冠状病毒病(COVID-19)疾病变异,映射到健康参考,可以发现特定疾病细胞状态。...文章 1、在ggplot2散点图中自动添加回归系数回归方程、R2、P等 有时候使用ggplot2绘制散点图展示两组变量关系,同时也做了一些描述二者关系统计,如相关性分析、回归分析等,并期望将相关系数回归方程...这包括表头、存根、标签跨组标签、表主体表脚。 4、gtExtras[15] gtExtras目标是提供一些额外辅助函数来帮助使用gt创建漂亮表。...gtsummary包总结了数据集、回归模型等等,使用了具有高度可定制功能合理默认。 6、mathpix[17] - 图片转公式神器 好用公式提取工具。支持拷贝到WordLaTex。...从阅读读者可以学习安装使用三方包、操作基础数据类型,学习数据导入、操作和可视化,学习统计分析编写脚本等内容。

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生信马拉松 Day7

(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width) #没赋值情况下数据实际是不会新增 #新增列名为new,为Sepal.Length * Sepal.Width...条件循环,if,for 碎碎念:这个东西每次好久不用就想不起格式要重新查,脑子是个好东西,就是漏厉害 rm(list=ls()) #if格式 if (){ #if后面的括号里只能是一个逻辑...,不可以是多个逻辑组成向量 } #if+else格式 if (){ }else{ } #ifelse格式 ifelse( , ,) #第一个逗号前是逻辑 #for格式 for(){...(dplyr) i = 0 ifelse(i>0,"+",ifelse(i<0,"-","0")) case_when(i>0 ~ "+", i<0 ~ "-",...2种方法 2.如何把数据框某“ ”转换为NA iris$Species[iris$Species=='']=NA 3.如何删除多余信息 #这里示例数据,a$tumor_stage.diagnoses

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Python-matplotlib 散点图绘制02

,na_position='last') 这里提一下,后期构建绘图数据集主要基于上数据集中“season”“episode”两数据。...start_x,结果为 episode_mod 最小减5; 根据 episode_mod 生成新特征end_x,结果为 episode_mod 最大加5; 根据 avg 生成新特征y...,结果为 avg 唯一。...该操作在多数数据处理操作中经常遇到,如果觉得pandasz这样处理太过麻烦,也可以使用 R dplyrmutate()方法结合if_else操作完成。...后期推文会尽可能使用matplotlib绘制。ggplot2可视化绘制图文后期也会跟上,希望大家能够喜欢。能力有限,有错误或者不理解地方可以后台交流加入 DataCharm交流群进行讨论。

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Python-matplotlib 散点图配色设计

,na_position='last') 这里提一下,后期构建绘图数据集主要基于上数据集中“season”“episode”两数据。...start_x,结果为 episode_mod 最小减5; 根据 episode_mod 生成新特征end_x,结果为 episode_mod 最大加5; 根据 avg 生成新特征y...,结果为 avg 唯一。...该操作在多数数据处理操作中经常遇到,如果觉得pandasz这样处理太过麻烦,也可以使用 R dplyrmutate()方法结合if_else操作完成。...后期推文会尽可能使用matplotlib绘制。ggplot2可视化绘制图文后期也会跟上,希望大家能够喜欢。能力有限,有错误或者不理解地方可以后台交流加入 DataCharm交流群进行讨论。

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RNA-seq 保姆教程:差异表达分析(二)

导入表达矩阵 开始导入文件夹 featureCounts 表。本教程将使用 DESeq2 对样本组之间进行归一化执行统计分析。...统计 获取基因数量基本统计数据 # 使用 FDR 调整 p-values 从检测获取结果 results <- results(ddsMat, pAdjustMethod = "fdr", alpha...注释基因symbol 经过比对总结,我们只有带注释基因符号。要获得有关基因更多信息,我们可以使用带注释数据库将基因符号转换为完整基因名称 entrez ID 以进行进一步分析。...Volcano # 从 DESeq2 结果收集倍数变化 FDR 校正 pvalue ## - 将 pvalues 更改为 -log10 (1.3 = 0.05) data <- data.frame...设置矩阵以考虑每个基因 EntrezID 倍数变化 # 删除没有任何 entrez 标识符基因 results_sig_entrez <- subset(results_sig, is.na(entrez

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玩转数据处理120题|R语言版本

new大于60000最后3行 难度:⭐⭐⭐⭐ 期望输出 ?...R解法 colSums(is.na(df)) 54 缺失处理 题目:提取日期含有空行 难度:⭐⭐ 期望结果 ?...:从CSV文件读取指定数据 难度:⭐⭐ 备注 从数据1前10行读取positionName, salary两 R语言解法 #一步读取文件指定用readr包或者原生函数都没办法 #如果文件特别大又不想全部再选指定可以用如下办法...#基本思想先读取较少数据获取列名 #给目标以外打上NULL导致第二次读取文件NULL丢失即可 res <- read.csv('数据1.csv',encoding = 'GBK',nrows...难度:⭐⭐ 备注 从数据2读取数据并在读取数据将薪资大于10000为改为高 R语言解法 library(readr) df2 % mutate

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R语言专题3-条件循环

专题3.条件循环1.条件语句-if(){}1.1 只有if# if()里内容一定得是逻辑,可以是你写上TF,也可以是运算结果# 若运算结果为T或者你写上了T,他就会执行后续语句,反之则不执行#...# 3个参数# ifelse(x,yes,no)# x:逻辑或者逻辑向量;yes:逻辑为T返回;no:逻辑为F返回# 简单示范i = 1ifelse(i>0,'+','-')## [1...,大家可以先从看懂模仿开始## [1] "0"补充:case_when()# 用之前先加载R包dplyrlibrary(dplyr)# 先来个简单,case_when是按顺序进行判断i = 0case_when...按顺序进行判断,条件严格往前写哈# 这个用来看p比较多case_when(x <= 0.0001 ~ "****", x <= 0.001 ~ "***", x...# 看下输出结果大家就应该知道啥意思了}## [1] 1## [1] 2## [1] 3## [1] 4# 循环画图-以内置数据iris为例par(mfrow = c(2,2)) # 将画板变成两行两

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R 数据整理(六:根据分类新增列种种方法 1.0)

对于待分离对象(col),不必加上引号;但对于即将创建(into),需要使用引号,由于是两,这里使用向量创建。sep参数设定读取表格信息以何符号作为分隔符。...3 C 3 4 4 5 E 5 直接去除 drop_na 如果直接对数据框进行 drop_na 其效果基础包 na.omit() 是一样,会将存在缺失行直接删除...$X2 <- replace_na(list(X2=0)) 通过fill,可以将指定缺失替换为该缺失所在行上一行数据。...4.498195 3.871712 9.152436 3.468464 > identical(pull(g, sample1), g$sample1) [1] TRUE 小进阶 count 计算向量数据框重复...(通过group_by与mutate 自行添加索引) 进行separate ,要注意特殊符号用法,其可能存在正则用法,需要进行转义。 如果分隔出结果存在0的话,会自动识别为NA

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R(二)近期记录

本文是笔者近期使用R语言一个记录。...其实apply是将每一行当作一个向量来处理。因为第三是字符型,所以一行只要有一个是字符型,其他数值型都会被自动转换为字符型。...apply可以利用行名或者列名来增强可读性 什么意思呢?比如在下面这个数据集中我们想计算每个人语文成绩英语成绩。...网上又很多教程,但是当我想找一个函数把一个文件从一个目录移动到另一个目录时候,却都没找到。 后来自己回想了一下Linux目录本质,移动文件一般就是改变其“完整路径名”。...<=a )\d+ 表示前面匹配了a空格数字。 最后 近期使用R语言一些收获罗列于此,希望能对大家有所助益。

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R 数据整理(七:使用tidyrdplyr处理数据框 2.0)

,后续参数是条件,这些条件是需要同时满足,另外,条件取 缺失观测自动放弃,这一点与直接在数据框行下标中用逻辑下标有所不同,逻辑下标中有缺失会在结果 产生缺失。...2.4 drop_na 效果na.omit 一样,但是高级之处在于,其可以指定,对数据框某存在NA 行直接删除: > library(tidyr) > drop_na(X,X1) X1 X2...2.6 arrange 按照数据框里某几列,对所有行进行排序。可以使用 desc 产生倒序,写入多个使其按照多个进行排序。...2.10 表格拆分与合并 将同一内容分为两内容。将两内容合并为同一内容。 首先还是可以创建一个数据框。...对于待分离对象(col),不必加上引号;但对于即将创建(into),需要使用引号,由于是两,这里使用向量创建。sep参数设定读取表格信息以何符号作为分隔符。

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R数据科学|5.4内容介绍及习题解答

上面ifelse()函数含义为:如果y小于3y大于20,则y=NA,反之,y还是为原来。...要想不显示这条警告,可以在geom_point()设置na.rm = TRUE。 比较有无缺失区别 有时你会想弄清楚造成有缺失观测没有缺失观测间区别的原因。...5.4 习题解答 该节作业习题较少,就直接在内容后面附上了。 问题一 直方图如何处理缺失?条形图如何处理缺失?为什么会有这种区别? 解答 直方图:计算每个箱观察数,丢失被删除。...条形图:在geom_bar()函数NA被视为单独一类数据,此函数要求x是一个离散(分类)变量,缺失类似于另一个类别。...解答 该命令在计算平均值总和之前从原数据删除NA

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