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R语言之数值型描述分析

对于数值型变量,如 age、lwt、plt、ftv bwt,函数 summary( )给出最小、下四分位数、中位数、均值、上四分位数最大值;对于分类变量,如 low、race、smoke、ht...epiDisplay 包函数 summ( )作用于数据框可以得到另一种格式汇总输出,它将变量按行排列,把最小最大值放在最后两列以方便查看数据全距。...这里 smoke 是一个二分类变量,我们在把它转换成因子时已经其两个水平定义了标签:“no”“yes”。...这些包提供了种类繁多计算统计量函数,这几个包在首次使用前需要先安装。下面以 psych 包例进行说明。psych 包被广泛应用于计量心理学。...psych 包里函数 describe( )可以计算变量忽略缺失样本量、均值、标准差、中位数、截尾均值、绝对中位差、最小最大值、全距、偏度、峰度均值标准误等。

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R可视化:不一样ggplot2箱线图

箱线图(Boxplot)是一种用于展示一数据分布特征图形,它能够提供以下信息:中位数:箱线图中中位线表示数据中位数。...四分位数:箱线图箱子部分表示数据四分位数范围,即25%75%分位数,这可以展示数据中间50%分布情况。异常值:箱线图通常会用点来表示异常值,即那些远离数据主体。...最小最大值:在某些箱线图中,除了四分位数之外,还会展示最小最大值(不包括异常值)。数据偏斜性:箱线图形状可以揭示数据偏斜性。...patternplot 包 pattern_boxplot() 函数可以生成这样图形,它允许用户在网格中每个子集绘制箱线图,从而可以直观地比较不同组别或条件下数据。...分组计算Sepal.Length在每个分组出现率对应画图位置坐标plotdata dplyr::select(Sepal.Length, Species) |> dplyr

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箱线图生物学含义

(将数据集从最大值一直排到最小,从小到大也可以,那个最中间数。...垂直或水平都可以,但水平时,样本分布要按顺序。线延伸到最极端数据点,有不超过不超过1.5×IQRTukey风格,也有一直延伸到最大值最小Spear风格。...其次,一些软件如R使用铰链hinges而非四分位数来作为箱边界,下铰链上铰链分别是数据下半部分上半部分中位值,这种箱线图与基于四分位数箱线图略有不同。...图b是直方图箱线图、几种类箱线图可视化比较,条形图通常仅展示了平均值标准差,箱线图从下往上,依次展示了数据集五个指标:最小,小四分位数,中位数,上四分位数最大值。...箱线图利用摘要统计指标(中位数四分位数)主要数据(四分位数内50%数据)分布。箱形图可以展示任何数据集最小,下四分位数,中位数,上四分位数最大值,可以反映数据集分布差异。

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非线性回归nls探索分析河流阶段性流量数据评级曲线、流量预测可视化

K、a、n x 是评级曲线常数。 许多不同方法可用于求解额定曲线参数。我们使用非线性最小二乘回归来最小化评级曲线参数残差平方 (SSE)。...扎关 使用广义减少梯度遗传算法提出非线性优化方法。大多数方法需要仔细规划有点接近全局最小参数起始,或者存在识别替代局部最小风险。...为了减少局部最小收敛可能性, R 提供了在许多不同起始上迭代非线性最小二乘优化功能(Padfield Matheson)....## 为了将测量深度与IQ流速测量结合起来 ## ##我们需要测量深度到每分钟,因为深度是偏移。然后我们就可以连接这些数据。我们将使用线性。...一旦确定了评级曲线周期适当公式,公式中评级曲线参数 (1)") (2)") 通过非线性最小二乘估计回归使用 R (Padfield )。

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整合单细胞空转数据多种方法之CellTrek

然后提取其中空间转录数据构建一个多元随机森林模型(RF),其中空间坐标是结果,潜在特征是预测因子; 对ST数据进行二维空间以增强STspots。...然后,将训练好RF模型应用于共嵌数据(ST),以生成RF距离矩阵,该矩阵将使用最近邻对(MNN)转换为稀疏图; 最后基于稀疏图,将单细胞转录数据套入RF模型中,构建Spot-Cell表达相似性矩阵...,每个单细胞结果添加空间坐标信息并实现可视化作图。...# 在这里,我们使用非线性(intp = T,intp_lin=F)方法来增强STspots brain_celltrek <- CellTrek::celltrek(st_sc_int=brain_traint...细胞共定位分析 # 基于 CellTrek 结果,我们可以使用 SColoc 总结不同细胞类型之间共定位模式。

1.5K20

面试中还说不全数据预处理方法?看这里,总结好文档统统送给你!

假设X=(X1,X2…Xp)信息完全变量,Y存在缺失变量,那么首先对X或其子集行聚类,然后按缺失个案所属类来不同均值。...多重补方法分为三个步骤:①每个产生一套可能,这些反映了无响应模型不确定性;每个都可以被用来补数据集中缺失,产生若干个完整数据集合。...归一化后求优过程范围变小,寻优过程变得平缓,更容易正确收敛到最优解 (2)数据标准化方法 min-max标准化(归一化):把最大值1,最小0/-1,其他在其中分布。...对于每个属性,设minAmaxA分别为属性A最小最大值,将A一个原始x通过min-max标准化映射成在区间[0,1]中x',其公式:新数据=(原数据 - 最小)/(最大值 - 最小...z-score标准化方法适用于属性A最大值最小未知情况,或有超出取值范围离群数据情况。

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Matlab数据处理

数据统计分析 求最大值最小元素 max(): 求向量或矩阵最大元素 min():求向量或矩阵最小元素 当参数向量时函数有两种调用格式: (1) y=max(X):返回向量X最大值存入y,如果X...多项式除法 [Q,r]=deconv(P1,P2):多项式相除i函数。其中,Q返回多项式Pl除以P2商式,r返回Pl除以P2余式。这里,Qr仍是多项式系数向量。...若x标量,则求多项式在该点;若x向量或矩阵,则对向量或矩阵中每个元素求多项式。 polyvalm(p,x) 其调用格式与polyval相同,但含义不同。...若已知多项式全部根,则可以用poly函数建立起该多项式,其调用格式: p=poly(x) 数据(interp) 数据可以根据有限个点取值状况,合理估算出附近其他点取值,从而节约大量实验测试资源...每个分段内构造一个三次多项式,使其函数除满足条件外,还要求在各节点处具有连续一阶二阶导数。 多项式次数并非越高越好。

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MR应知应会:MungeSumstats包

该软件包还使用户能够灵活地将重新格式化文件导出制表符分隔 VCF 或 R 本机对象,例如 data.table、GRanges 或 VRanges 对象。...要从 P 设置 TRUE 覆盖并计算新 Z 分数列。 compute_n 是否补 N。默认 0 不会补,任何其他整数将被数据集中每个 SNP N(样本大小)。...analysis_trait 如果研究多个性状,则用于 GWAS 分析性状名称。默认 NULL。 INFO_filter 补信息分数允许最小(如果在 sumstatsfile 中存在)。...on_ref_genome 应检查所有 SNP 是否均按 SNP ID 位于参考基因上。任何不在参考基因 SNP 将使用染色体碱基对位置数据从参考基因(如果可能)进行校正。...imputation_ind 应该为每个补步骤添加一列,以显示哪些 SNP 对不同字段具有。这包括表示 SNP 等位基因翻转(翻转)字段。

1.7K10

生信爱好者周刊(第 2 期):生信境界与道路

文章 1、在ggplot2散点图中自动添加回归系数或回归方程、R2、P等 有时候使用ggplot2绘制散点图展示两变量关系时,同时也做了一些描述二者关系统计,如相关性分析、回归分析等,并期望将相关系数或回归方程...、R2、P等也添加在ggplot2散点图中,该如何实现呢?...3、gt[14] - 表格制作神器 使用gt包,任何人都可以使用R编程语言制作好看表。gt哲学是:我们可以用一内聚表部件来构造各种各样有用表。...这包括表头、存根、列标签列标签、表主体表脚。 4、gtExtras[15] gtExtras目标是提供一些额外辅助函数来帮助使用gt创建漂亮表。...这里以直观明了问题/需求和方案基本内容向读者介绍 R 基础如何解决常见分析问题。

1.4K20

大老粗别走,教你如何识别「离群处理「缺失」!

假设我们收集了1000个受试者身高。首先,我们可以使用boxplot()函数绘制一个箱状图来描述数据。接下来使用range()函数帮助我们找到这些变量最大值最小。...()max()函数返回对象最小最大值。...这与STATA用“.”替换“空单元格”不同R数值变量字符变量使用相同缺失符号。R提供一些函数来处理缺失。要确定向量是否包含缺少,可以使用is.na()函数。...最右边一列显示了特定缺失模式中缺失变量数目。例如,如果第一行中没有缺失,则显示“0”。最后一行计算每个变量缺失数量。...因此,需要在操作之前执行可视化工具,并且通常应该在缺失数据之后进行诊断,以确定是否合理。

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R语言缺失补之simputation包

R语言中有很多补缺失R包,但是这些R使用语法都不一样,不利于学习记忆。...这个包之前介绍缺失探索R包naniar搭配使用效果非常棒,包作者也经常互相cue,一个用于探索,一个用于补,而且是tidy风格,风格统一,非常推荐大家学习!...formula指定需要列。 [model-specific options]是根据所选模型不同不同参数。 示例 使用鸢尾花数据集,先把其中一些变为缺失。...估计每个数据子集模型并进行补 组合子集 也可以dplyrgroup_by连用: library(magrittr) library(dplyr) ## ## 载入程辑包:'dplyr...,关于缺失探索处理还有很多其他优秀R包,将在以后继续大家介绍其他工具。

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全新池化方法AdaPool | 让ResNet、DenseNet、ResNeXt等在所有下游任务轻松涨点

所提出方法使用池化核参数化融合,这两池核分别基于dice-Sørensen系数指数指数最大值。 AdaPool一个关键属性是它双向性。...图2中可以看到不同池化方法执行操作可视化和数学概述。 前面提到大多数池化工作不能对向上采样进行倒置。...为了清晰,并且符合所使用术语,将SoftPool称为指数最大值(eM)。 使用指数最大值背后动机受到下采样手工编码特征皮层神经模拟影响。...但与平滑指数平均值不同,归一化结果基于一个概率分布,该概率分布与kernel区域内每个激活相对于相邻激活成比例。完整信息向前向后传递可视化如下图所示。 D....大多数任务都不需要这个链接,但其他任务,如语义分割,超分辨率或帧都受益于它。由于AdaPool是可微,并且使用一个最小权重分配,发现权重可以作为上行采样时先验知识。

1.7K10

手把手教你R语言方差分析ANOVA

这些数值型变量是你要分析目标,而分类变量则用于将数据分成不同。...()等函数)或进行变量选择(使用子集选择或dplyrselect()函数)。...在R中,你可以使用aov()函数来执行方差分析。这个函数需要一个公式,该公式描述了你要分析数值型变量分类变量之间关系。...;Mean Sq列是平方平均值,通过将平方除以每个参数自由度来计算;F value列是F检验检验统计量。这是每个自变量均方除以残差均方。...函数TukeyHSD(one.way)该结果给出每个之间结果;diff: 两均值之差;Lwr, upr: 95%置信区间下限上限(默认) ;P adj: 多次比较调整后P

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基于Python数据分析之pandas统计分析

pandas模块我们提供了非常多描述性统计分析指标函数,如总和、均值、最小最大值等,我们来具体看看这些函数: 1、随机生成三数据 import numpy as np import pandas...d1.count() #非空元素计算 d1.min() #最小 d1.max() #最大值 d1.idxmin() #最小位置,类似于Rwhich.min函数 d1.idxmax...','最小位置','25%分位数', '中位数','75%分位数','均值','最大值','最大值位数','平均绝对偏差','方差','标准差','偏度','峰度']) 执行该函数,查看一下d1...常用有三大类方法,即删除法、填补法法。 删除法 当数据中某个变量大部分值都是缺失,可以考虑删除改变量;当缺失是随机分布,且缺失数量并不是很多是,也可以删除这些缺失观测。...3、使用常量填充不同列 df.fillna({‘a1′:100,’a2′:200,’a3’:300}) ?

3.3K20

一起来学matlab-matlab学习笔记9 高级绘图命令_2 图形高级控制_视点控制图形旋转_色图颜色映像_光照和着色

[cmin,cmax]=caxis返回映射到颜色映像中第一最后输入项最小最大数据。它们通常被设成数据最小最大值。...例如,函数mesh(peaks)会画出函数peaks网格图,并把颜色轴caxis设为[-6.5466,8.0752],即z最小最大值。...这些之间数据点使用从颜色映像中经值得到颜色 caxis([cmin,cmax])对cmincmax范围区内数据使用整个颜色映像。...option1:可采用RGB三元或相应色彩字符,如[1 0 0]或'r'都代表红光。 option2:有两个取值:'infimte''local'。前者表示无穷远光,后者近光。...option3:总直角坐标的三元形式。对远光,它表示光线穿过该点射向原点;对近光,它表示光源所在位置 lightingoptions:设置照明模式:该指令只有在light指令执行后才起作用。

2.5K10

RFM模型及R语言实现

三、深入分析 传统RFM模型到此也就完成了,但125个细分市场太多啦无法针对性营销也需要识别客户特征行为,有必要进一步细分客户群。 可以进行不同对比分析:均值分析、块类别分析等等 ?...这时候我们要考虑是直接用R(Recency)、F(Frequency)、M (Monetary)三个变量还是要进行变换,因为R、F、M三个字段测量尺度不同最好对三个变量进行标准化,例如:Z得分(实际情况可以选择线性法...另外一个考虑:就是R、F、M三个指标的权重该如何考虑,在现实营销中这三个指标重要性显然不同!...(rnorm(10000,28,13)))) # rnorm(n, mean = 0, sd = 1),以上产生均值28,方差131万个数,用来模拟用户消费情况. # sample(1000...R=长 F=高 M=高   这类消费者考虑时间较长,虽然购买频率购买金额都较高,但容易“溜走”,需要卖家给予“重要挽留”式措施去加以挽留。

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玩转数据处理120题|R语言版本

R解法 # 默认是6行,可指定行数 head(df,5) 23 数据计算 题目:将salary列数据转换为最大值最小平均值 难度:⭐⭐⭐⭐ 期望输出 ?...salary列合并为新一列 难度:⭐⭐⭐ 备注:salaryint类型,操作与35题有所不同 R解法 df % mutate(test1 = paste0...(df$salary,df$education)) 37 数据计算 题目:计算salary最大值最小之差 难度:⭐⭐⭐ R解法 df %>% summarise(delta = max(salary...R语言解法 df <- cbind(df1,df2,df3) names(df) <- c(0,1,2) 87 数据查看 题目:查看df所有数据最小、25%分位数、中位数、75%分位数、最大值 难度...= min(value)) rownames(res) <- NULL res %>% column_to_rownames('type') %>% t(.) 119 数据计算 题目:对不同执行不同计算

8.7K10

R语言】dplyr对数据分组取各组前几行

所以在画图时候,也需要区分这三类。下面这张表就是GO富集分析得到结果,我们可以根据ONTOLOGY这一列来分组,就可以得到BP,CCMF三个。...然后取每一个前10个条目或者前5个条目来绘制柱形图或者气泡图。 那么问题来了,如何分组取前几行。今天小编就跟大家分享一个专业处理数据框函数dplyr。...然后基于这个R包,我们用6种不同方法来实现。...接下来我们来看正解 方法一、通过do来执行 #通过do来执行 r1=GO_result %>% group_by(ONTOLOGY) %>% do(head(., n = 5)) r1 可以看到15条结果...top_n这个函数来输出每个前五行,wt是排序依据,根据校正之后p来排序,n=-5是按从小到大排序。

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十大排序算法详解(一)冒泡排序、选择排序、插入排序、快速排序、希尔排序

在这种情况下,比较移动次数均达到最大值:   冒泡排序最坏时间复杂度O(n2)。   综上,因此冒泡排序总平均时间复杂度O(n2)。...,同时找出最大值最小,放到数组两端,这样就能将遍历趟数减少一半。...int max = right; for (int i = left; i <= right; i++){ /*标记每趟比较中最大值最小元素对应索引...因为使用冒泡排序时,一趟只能选出一个最,有n个元素最多就要执行n – 1趟比较。而使用快速排序时,一次可以将所有元素按大小分成两堆,也就是平均情况下需要logn轮就可以完成排序。   ...[R]数放在中间,>arr[R]数放在右边 //返回arr[R]相等范围数组 public static int[] netherlandsFlag(int[] arr, int L

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