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R基于TCGA数据生存曲线

其应用主要包括几个方面: 一是研究某癌症类型患者生存情况; 二是研究biomarker在癌症预后效能; 三是研究不同分组之间患者生存是否存在差异。...生存时间:从规定观察起点开始到某一特定终点事件发生这段时间。 终点事件:研究者所关心特定结局。 ? 02 数据准备 首先从TCGA下载临床数据。...上面我们说过生存资料两个变量:结局事件和生存时间,要想画出生存曲线,至少需要包含这两列数据。下面以肾透明细胞癌KIRC数据为例进行代码实战。...# step1 加载R包 library(survival) library(survminer) # step2 使用Surv()函数创建生存数据对象(生存时间、终点事件) # step3 再用survfit...下面我们基于M分期来画生存曲线。如果对肿瘤TNM分期还不了解小伙伴可以参考肿瘤TNM分期。

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游戏开发数据表示

声明:本文内容源自腾讯游戏学院程序公开课_服务端 一、数据表示基础 什么是数据表示数据是信息载体。 数据表示是一组操作,可以描述、显示、操作信息。...数据表示要素 IDL - 接口描述语言 IDL是用来描述软件组件接口一种计算机语言。...Protobuf具体使用 通过IDL语言去定义一个.PROTO文件,然后PROTOBUF会对各个平台提供PROTO C这么一个编译器,然后PROTO C编译器我们可以指定我要生成对应C#DR表示还是对应...C++DR表示。...二、数据表示在游戏开发应用 游戏开发 - 协议(以天刀为例) 交互内容复杂:多重嵌套结构体/二进制数据。 协议数量巨大:4000+条协议定义;13000+结构体定义。

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如何对txt文本不规则行进行数据分列

一、前言 前几天在Python交流白银群【空翼】问了一道Pandas数据处理问题,如下图所示。 文本文件数据格式如下图所示: 里边有12万多条数据。...二、实现过程 这个问题还是稍微有些挑战性,这里【瑜亮老师】给了一个解答,思路确实非常不错。 后来【flag != flag】给了一个清晰后数据,如图所示。...看上去清晰很多了,剩下交给粉丝自己去处理了。 后来【月神】给了一个代码,直接拿下了这个有偿需求。...代码如下所示: import pandas as pd def read_csv(path): df = pd.read_csv(path, header=1) pattern = r'...,这里摘除了,嘻嘻 path_A = r"Route_A.txt" path_B = r"Route_B.txt" dfA = read_csv(path_A) dfB = read_csv(path_B

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R」UCSCXenaShiny:基于 R Xena 数据库交互应用

❝一句话简介:一个可以用于探索、下载和简单分析 UCSC Xena data hubs 上所有数据 R Shiny 交互式应用。...❞ 项目地址:https://github.com/openbiox/UCSCXenaShiny[1] 可以单独作为 R 包下载和使用,目前主要开发了数据下载和单基因分析功能,很多都还需要完善和增加...数据选择、查看和下载: ? 一些单基因分析模块:包括泛癌表达、生存分析、Cox分析等 ? 接着看下目前6位参与开发人员,如果没有他们就没有这个工具存在啦。 ?...目前该平台正在内测,如果你不想要安装 R 包,又想要尝试一下 UCSCXenaShiny,欢迎注册 最后,如果这个工具能够帮助到你科研工作,记得引用一下我们预印本: ❝Wang, S.; Xiong...UCSCXenaShiny: An R Package for Exploring and Analyzing UCSC Xena Public Datasets in Web Browser.

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RR检验数据是恆量”问题

之前我学习和自己分析时就遇到过,尝试使用判断方式事先检查它是不是数据存在问题(这类数据明显不服从正态分布),可以使用正态性检验,或者直接判断是不是样本组内数据是完全一样,如果一样就不要这个了。...以下是我回答: 数据是恒量是无法做t检验,因为计算公式分母为0(不懂看下统计量t计算公式,一般标准差/标准误为分母,所以恒量是不能算)。...假设有两万个基因表达,我手头没数据,所以写个伪代码: 下面用geneExpr1与geneExpr2表示两组数据: for循环1(geneExpr1, geneExpr2): 组合某基因表达 - c...,如果出问题,返回相应NA,这样我们可以算完后再检查数据。...9508518/why-are-these-numbers-not-equal https://stackoverflow.com/questions/23093095/t-test-failed-in-r

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图解计算机数据表示形式

本篇就作为整个专题开篇,希望能够为小伙伴们带来实质性帮助。 数据表示 在计算机,所有的数据都是以二进制形式进行表示,也就是说,在计算机中使用0和1来表示所有的数据。...进制转换 R进制转10进制 R进制转10进制可以使用按权展开方法,具体操作就是:将R进制数每一位数值使用R^k^表示,底数是R,指数是k。其中,k与该位和小数点之间位置有关。...十进制转R进制 十进制转R进制就比较简单了,这里我们可以使用短除法。 例如,将十进制数字69转换为二进制过程如下所示。 ?...十六进制转二进制与二进制转十六进制正好相反,将十六进制每一位转换为四位二进制数即可。 数据码制 在计算机,带符号机器数可以采用原码、反码、补码和移码表示,这些编码称为码制。...在补码表示,0有唯一补码: 补 = 0 0000000, 补 = 0 0000000。 移码 移码表示法是在数X上增加一个偏移量来定义,常用于表示浮点数阶码。

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R语言中基于表达数据时间序列分析

聚类分析大家应该不陌生,今天给大家介绍一个用于基于时间序列转录组数据聚类分析R包Mfuzz。...此包核心算法是基于模糊c均值聚类(Fuzzy C-Means Clustering,FCM)软聚类方法,它特色就是把聚类特征进行归类,而不是像K-mean一样样本聚类。...首先看下包安装: BiocManager::install('Mfuzz') 接下来我们通过实例来看下包使用: ##数据载入 data(yeast) ##缺失值处理 yeast.r <-...filter.NA(yeast, thres=0.25) yeast.f <- fill.NA(yeast.r,mode="mean")#还可以是knn/wknn ##表达水平低或者波动小数据处理...,需要用下面命令启动: Mfuzzgui() 按照界面操作也可以达到数据分析效果。

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R语言在数据科学应用

功能介绍 大数据时代,我们需要一个强大软件Runing!!!R语言出现了!!!这里是R语言最好学习交流平台,包括R语言书籍,R语言课程,R语言程序包使用,教你获取数据,处理数据,做出决策!!...通常是指西药,主要是基于化合物药 药物研发阶段主要研究药物作用到人体后各种反应 中药是很复杂混合物,研究难度比较高药市场 整个制药行业,每年销售额大约为 6 万亿元 每年新药研发花费成本约为...1 万亿元 每款能成功面市新药平均研发时间是 12 年 平均每款药物研发成本约为 50 亿元 实验室筛选化合物只有大约 1/1000 能够进入到人体试验阶段 ?...知识无极限 6、回复“啤酒”查看数据挖掘关联注明案例-啤酒喝尿布 7、回复“栋察”查看大数据栋察——大数据时代历史机遇连载 8、回复“数据咖”查看数据咖——PPV课数据爱好者俱乐部省分会会长招募 9、...专注大数据行业人才培养。每日一课,大数据(EXCEL、SAS、SPSS、Hadoop、CDA)视频课程。大数据资讯,每日分享!数据咖—PPV课数据爱好者俱乐部!

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【AIDL专栏】白翔:基于合成数据场景文本深度表示方法

另一方面是基于场景文字识别,也就是图片中文字识别,即将图片里文字转化成人类可以理解语言。...所谓合成数据,就是在一张图片中某些区域添加文本,并加以不同变化,比如字体变化、颜色变化、位置变化等等。将通过上述方法得到合成数据作为数据集,就可以训练一个网络。...二、TextBoxes:基于神经网络文本检测 如报告开始所述,文本识别需要完成两个任务,一个任务是检测文字所在区域(Scene Text Detection),另外一个任务是对文本区域进行识别(Scene...在这项工作,检测任务训练集有80万张图片,识别任务训练集有900万个合成数据。训练好模型在ICDAR场景下检测识别精度可以达到90%以上,是目前最好结果。...这么看就非常地简单和直接, RNN这个模型做了两件事情,一个是判定上下文关系,另外一个是序列输出。 ? 图中50/1k表示字典大小,none表示没有字典。

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NID-SLAM:动态环境基于神经隐式表示RGB-D SLAM

在各种视觉传感器,RGB-D相机同时记录颜色和深度数据,为三维环境信息获取提供了更有效和精确基础。这增强了大多数SLAM算法三维重建性能。 最近方法已经将神经隐式表示引入到SLAM。...结合基于体积表示渲染方法,通过训练,NeRF可以重新合成输入图像,并推广到相邻未见视点。但是,这些神经SLAM算法是基于静态环境假设,其中一些可以处理合成场景小动态物体。...图1展示了我们自制数据集中用作输入三帧和最终重建场景。可以注意到,动态物体被成功删除,大多数分割部分修复良好。 3.2 基于掩码关键帧选择 对于跟踪输入帧,我们选择一组关键帧,表示为K。...我们对关键帧偏好倾向于:1) 动态物体比率较低帧;2)与前一关键帧重叠率较低帧。我们使用 I_R^d 和 I_R^o 分别表示输入帧I两个比率。...在静态场景,此策略默认为基于重叠比选择。 从K中选择关键帧以优化场景表示时,我们在基于覆盖基于重叠策略之间交替,旨在在优化效率和质量之间取得平衡。

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『统计学』数据分析中最常用方法都在这了!Part.3

2 时间序列分析 动态数据处理统计方法,研究随机数据序列所遵从统计规律,以用于解决实际问题;时间序列通常由4种要素组成:趋势、季节变动、循环波动和不规则波动。...特点 假定事物过去趋势会延伸到未来 预测所依据数据具有不规则性 撇开了市场发展之间因果关系 (1)时间序列分析预测法是根据市场过去变化趋势预测未来发展,它前提是假定事物过去会同样延续到未来...包含内容 描述生存过程,即研究生存时间分布规律 比较生存过程,即研究两组或多组生存时间分布规律,并进行比较 分析危险因素,即研究危险因素对生存过程影响 建立数学模型,即将生存时间与相关危险因素依存关系用一个数学式子表示出来...方法 统计描述 包括求生存时间分位数、生存期、平均数、生存函数估计、判断生存时间图示法,不对所分析数据作出任何统计推断结论 非参数检验 检验分组变量各水平所对应生存曲线是否一致,对生存时间分布没有要求...Entropy = 系统凌乱程度,使用算法ID3, C4.5和C5.0生成树算法使用熵。这一度量是基于信息学理论概念。 分类树(决策树)是一种十分常用分类方法。

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R语言基于Keras数据集深度学习图像分类

p=6714 必须使用非常少数据训练图像分类模型是一种常见情况,如果您在专业环境中进行计算机视觉,则在实践可能会遇到这种情况。“少数”样本可以表示从几百到几万个图像任何地方。...特征提取 特征提取包括使用先前网络学习表示来从新样本中提取感兴趣特征。然后,这些功能将通过一个新分类器运行,该分类器从头开始训练。 为什么只重用卷积基数?您是否可以重复使用密集连接分类器?...原因是卷积基础学习表示可能更通用,因此更具可重用性 。 注意,由特定卷积层提取表示一般性(以及因此可重用性)级别取决于模型深度。...模型较早出现图层会提取局部,高度通用特征贴图(例如可视边缘,颜色和纹理),而较高层图层会提取更抽象概念(例如“猫耳朵”或“狗眼”) 。...在Keras,这可以通过配置对读取图像执行多个随机变换来完成,image_data_generator()。

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