欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍一款R包「roughnet」其最主要用来绘制网络图时添加纹理填充，小编测试后发现挺有趣的有多了一种图形展示方式。...感兴趣的朋友欢迎分享转发，「更多详细内容请参考作者官方文档」 ❞ 官方文档 ❝https://github.com/schochastics/roughnet ❞ 加载R包 remotes::install_github...install.packages(c("signnet","graphlayouts")) library(signnet) library(graphlayouts) library(dplyr) 绘制纹理填充网络图...[c(1,34)] <- "rectangle" # 将节点 1 和节点 34 的形状设置为矩形 # 根据 Louvain 社区检测算法的结果，为节点设置不同的填充颜色 V(g)$fill <- c("...V(g)$size <- 30 # 将节点的大小设置为 30 V(g)$stroke <- 2 # 将节点的边框粗细设置为 2 E(g)$color <- "#AEAEAE" # 将边的颜色设置为灰色
ref_type=heads ❞ 加载R包 install.packages("aPEAR") library(data.table) library(tidyverse) library(clusterProfiler...) # 创建富集分析的网络图，这里使用enrich@result作为输入数据 enrichmentNetwork(enrich@result) 提取富集分析结果 # 提取富集分析的结果，并进行数据处理...# 创建基于NES（归一化富集得分）和Size（路径大小）的富集网络图 # colorBy参数指定了节点颜色的依据，nodeSize指定了节点大小的依据，verbose = TRUE表示打印详细信息...p <- enrichmentNetwork(enrichmentData, colorBy = 'NES', nodeSize = 'Size', verbose = TRUE) 基于p值的富集网络图...# 设置随机数种子，用于可视化的稳定性 set.seed(348934) # 创建基于p值的富集网络图，这里指定了颜色类型为p值，pCutoff为p值的截断阈值 enrichmentNetwork(enrich
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来介绍一款R包「collapsibleTree」，主要用来绘制交互式组织结构网络图使用起来非常的方便， 下面小编来简单介绍下，更多详细的案例内容请参考作者官方文档。...❞ 官方文档 ❝https://adeelk93.github.io/collapsibleTree/ ❞ 加载R包 install.packages("collapsibleTree") library...colorspace::rainbow_hcl(16) collapsibleTreeNetwork( org, attribute = "Title", fill = "Color", nodeSize...collection/385548/150x100'>" ) collapsibleTreeNetwork( org, attribute = "Title", fill ="Color", nodeSize
image.png 教程中的例子可以重复出来，但是如何准备自己的数据呢？
networkD3是基于D3JS的R包交互式绘图工具，用于转换R语言生成的图为交互式网页嵌套图。目前支持网络图，桑基图，树枝图 (后续相继推出)等。...关于网络图的绘制，我们之前有5篇文章，可点击查看。...Cytoscape教程1 Cytoscape之操作界面介绍 新出炉的Cytoscape视频教程 Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析 一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在...R中的实现 也可以使用此文介绍的network3D绘制交互式网络图，输入数据与Cytoscape需要的数据格式一致。...运行下方脚本，可得到这个网络图。是关于我们培训现在开通报名的课程、开过的课程和即将要开的课程。 如果需要用自己的数据，也只需替换数据部分，其它部分都是写好的通用脚本。 ?
/Yarn，到数据分析工具Hive/Pig/R/Spss，数据集成Flume/Kafka，再到可视化工具Tableau/Echarts都有所涉猎，我们非常希望通过大数据文摘这个平台认识更多的朋友，充分交流...运行环境说明：R 3.1.1 2.利用R读入数据。...图二 初步的网络图 上面的社交网络图中大部分顶点重叠在一起，根本不能看出社交网络中顶点之间的连接关系。下面需要对顶点和边的格式做调整。...图二 改进后的网络图 上图中顶点明显归属于某个或某几个社区。但所有的点都是同一个颜色，不能直观呈现出社区的概念。...图五 透明化处理后的网络图 五、完成最终的效果图： 1.美化图形（以边线分类） 另一种呈现方式，是点的颜色不变，将不同社区的连线颜色分类。
如果是要去除包含缺失值的行，直接使用na.omit()函数就可以了，但是如果要去除含有缺失值的列呢？...image.png 实现目的需要借助dplyr这个R包 用到的是select_if()函数 这个具体的写法怎么解释我暂时还没有搞明白，先背下来再说吧 dfpra library(dplyr) dfpra...这个代码是保留带有缺少值的列 ?...image.png 如果是要删除带有缺失值的列在any函数前加一个感叹号就可以了 dfpra<-data.frame(A=1:5, B=c(1:4,NA),...image.png any()函数的用法 通过?any命令查看帮助文档，返回内容是 ?
image.png 在一个交流讨论群里看到有人讨论这个图，很早之前就看到过这个图，当时记得有一个现成的R包可以做。如果让自己使用ggplot2来实现当时还真没有思路。...现在有一些思路，这个就是点 和 线段 的组合，把握好坐标位置就好了 但是这个图里的线段是带有弧度的，之前画图的线段都是直线，所以就查了一下ggplot2画带有弧度的线段的办法，找到了参考资料 Line...segments and curves — geom_segment • ggplot2 (tidyverse.org) 没有弧度的线段使用的是geom_segment()函数 有弧度可以使用geom_curve...好了今天的内容暂时先到这里了 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享：1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子；2、园艺植物相关转录组学...、基因组学、群体遗传学文献阅读笔记；3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记！
使用R语言包ggraph做网络图需要准备的最基本的数据是： 1、一个包括一列数据的数据框，每一行是各个节点的名称 2、一个包含两列数据的数据框，每一行代表节点节点之间的连线 比如一个有四个节点的网络，...接下来我想给节点分组，不同组节点填充不同的颜色；按照自己的数值给节点大小；每条连线也可以分配粗细和颜色。这些信息都可以在构造数据的时候添加进去。...点的图例太大了，占了其他图例的位置，不要他了！...下面问题又来了：去掉边框，去掉坐标轴标签，去掉坐标轴上的小短线，如何实现？这个我知道，但是不在这篇文章中写了！ 下面我不知道的问题又来了：有没有办法人为的改变边的长度呢？...参考文章 图例设置 https://zhuanlan.zhihu.com/p/78937185 网络图 https://www.jianshu.com/p/d853685bba92
作者：严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生（生物信息学方向）伪码农，R语言爱好者，爱开源 地理网络图与传统的网络图不同，当引用地理位置进行节点网络可视化时，需要将这些节点放置在地图上，然后绘制他们之间的连结...首先准备需要的R包，当需要一次性加载多个R包时，我们可以利用pacman，它整合了library包中的一些相关函数，利用pacman包中的p_load函数可以自动加载需要的R包，如果没有找到则会自动安装缺失的...R包。...方法二：ggplot2+ggraph ggplot2有一个名叫gggraph的扩展包（点我了解更多的ggplot2扩展包）专门为网络图的绘制添加了geoms美学，它可以帮助我们对节点和连线使用单独的标度...下面创建第一个需要覆盖在地图上的图层——各节点之间的连线(edges)。
担保百科解释[2] 一、担保网络图数据模型 担保网络描述的是公司和公司之间的担保关系，在建模时使用HORGGuaranteeV003标签表示公司，公司之间发生担保的时序指标数据用JSON字符串的形存储在关系属性中...MATCH p=(n:HORGGuaranteeV003 {name:'中国保利集团有限公司'})-[r1:担保]-(:HORGGuaranteeV003) WITH apoc.convert.fromJsonList...(r1.guarantee_detail) AS list LIMIT 100 UNWIND list AS map RETURN olab.standardize.date(map.endDate,true...map.endDate,true,NULL)>=20191201000000)) UNWIND NODES(p) AS node RETURN SIZE(COLLECT(DISTINCT node)) AS nodeSize...map.endDate,true,NULL)>=20191201000000)) UNWIND NODES(p) AS node RETURN SIZE(COLLECT(DISTINCT node)) AS nodeSize
我们这里来尝试绘制一张简单的热力图，代码如下 from d3blocks import D3Blocks # 初始化 d3 = D3Blocks() # 导入数据集 df = d3.import_example...()方法可以方便我们将任何字体转换成带有动态效果的粒子图，跟随着鼠标的移动，图表中的元素也会动态的起伏飞舞，代码如下 # 导入模块 from d3blocks import D3Blocks # 初始化...这里我们调用的是sankey()方法来实现，代码如下 from d3blocks import D3Blocks # 初始化 d3 = D3Blocks() # 导入数据集 df = d3.import_example...('energy') # 绘制图表 d3.chord(df, filepath='chord_demo.html') output 网络图 除了上面这几种图表之外，D3Blocks模块还可以来绘制社交网络图...('energy') # 打印出前5行数据 print(df) # 初始化网络图 d3.d3graph(df, showfig=False) # 每个节点打上颜色 d3.D3graph.set_node_properties
图表库 C3 – 以 d3 为基础构建的可重用图表库 Chart.js – 带有 canvas 标签的图表 Chartist.js – 具有强大浏览器兼容能力的响应式图表 Dimple – 适用于业务分析的面向对象的...和 d3 以及 svg.js 共同发挥作用 Cytoscape.js – 由 Cytoscape 核心开发人员维护的用于绘制图形的 JavaScript 库....许可的瓷砖覆盖式为基础展示和交互地图库 d3 参见 Awesome D3 dc.js dc.js 是一个多维图表构建工具，其能够与 crossfilter 完美地配合工作 angular-dc – dc.js...mpld3 – Matplotlib Graphics的 D3 渲染工具 R工具 ggplot2 – 一个基于图形语法的绘图系统 lattice – R语言格子图形 plotly – 交互式图表（向...ggplot2 的输出中添加了交互性）, 统计图和简单网络图 rbokeh – 针对 Bokeh 的R语言接口 rgl – 使用了 OpenGL 的3D 可视化 shiny – 用于创建交互式应用和可视化的框架
做柱形图的时候如果要区分不同的类别 最直观的方式就是用不同的颜色，但是有的期刊如果要求黑白灰配色的话，用颜色可能就不太好区分，这个时候可以用添加底纹的形式。...R语言的ggplot2包没有提供直接绘制带有底纹的柱形图的函数，如果想要实现需要借助扩展包patternplot，参考链接 https://cran.r-project.org/web/packages...数据集 代表x轴的变量名 代表y轴的变量 density是底纹的密度 pattern.type是底纹的类型 通过 ?...patternbar 命令查看帮助文档 ，底纹的类型有a vector of patterns to be filled in the bars The pattern types include: '...暂时还不知道如何解决 今天的内容先到这里了
之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现，下面的B图是折线图加柱形图，相对比较容易实现，上面的A图稍微有点复杂，我想到的办法是拼图，图A可以看成三个热图，然后加一个堆积柱形图，最后将四个图组合到一起...首先画热图 这个热图和常规的还稍微有点不太一样，可以简单的理解为带有缺失值的热图，缺失值是空白格，其他值分别填充颜色。...首先是读入数据 df<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap.csv",header=T) 以上数据是宽格式，借助reshape2这个包中的melt函数将宽格式转变为长格式...接下来是美化 调整一下y轴的的顺序 df1$A<-factor(df1$A,levels = rev(df$A)) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+ geom_tile...如果需要本文的示例数据，直接在文末留言就好了
从网络图可以看出，不同家族的成员基本紧密联系在一起，并通过一些关键成员与其他家族成员联系。...例如我们发现右下角的那个社群的成员先通过user1用户、再通过user12用户跟其他社团成员联系在一个大网络图中。 我们也可以用Gephi软件快速绘制社会网络图，并对其进行美化。...接下来，就给大家介绍几个常用的交互数据可视化手段：D3、Echarts和R（R是一款数据分析挖掘软件，但是其拥有强大的可视化功能，并能集成D3、Echarts图库，实现交互绘图）。 1....D3（https://d3js.org/） D3 是最流行的可视化库之一，它被很多其他的表格插件所使用。它允许绑定任意数据到DOM，然后将数据驱动转换应用到Document中。...5) R语言拥有顶尖的制图功能。
本文介绍的 NetCoMi (「Net」work 「Co」nstruction and Comparison for 「Mi」crobiome Data) R 包即是包括了构建，分析和比较微生物成分数据网络的功能...NetCoMi: network construction and comparison for microbiome data in R....使用不同的布局会为两组分别生成一个“漂亮的”网络图，但要想一眼就看出两组之间的差异还是不够直观。 因此，我们现在尝试在两个组中使用相同的网络布局。...注意：这里 sparsMethod 设置为 "none"，只是为了能够将所有差异关联包括在关联网络图中。 但是，差异网络始终基于稀疏化之前的估计关联矩阵。...相异度被转换为相似度，用作 edge 权重，以便使具有相似微生物组成的样本在网络图中更接近。 下面，我们将使用适合于组成数据的 Aitchison 距离构建网络。
推荐的制作工具有：D3、Protovis、RAWGraphs、The R Graph Gallery、Vega。 6、网络图 也称为「网络地图」或「节点链路图」，用来显示事物之间的关系类型。...网络图主要有分别为「不定向」和「定向」两种。不定向网络图仅显示实体之间的连接，而定向网络图则可显示连接是单向还是双向（通过小箭头）。...推荐的制作工具有：MS Excel、Apple Numbers、D3、Datavisual、Google Docs、Infogr.am、OnlineChartTool.com、Protovis、R Graph...推荐的制作工具有：The R Graph Gallery、Cookbook for R。...推荐的制作工具有：D3、DataHero、Datavisual、Datawrapper、Infogr.am、NVD3.js、R Graph Gallery、Slemma、Vega、Visage、ZoomCharts
从网络图可以看出，不同家族的成员基本紧密联系在一起，并通过一些关键成员与其他家族成员联系。...例如我们发现右下角的那个社群的成员先通过user1用户、再通过user12用户跟其他社团成员联系在一个大网络图中。 我们也可以用Gephi软件快速绘制社会网络图，并对其进行美化。 ? 3....接下来，就给大家介绍几个常用的交互数据可视化手段：D3、Echarts和R（R是一款数据分析挖掘软件，但是其拥有强大的可视化功能，并能集成D3、Echarts图库，实现交互绘图）。...可以通过D3对SunburstPartition可视化探索。...5) R语言拥有顶尖的制图功能。
从网络图可以看出，不同家族的成员基本紧密联系在一起，并通过一些关键成员与其他家族成员联系。...例如我们发现右下角的那个社群的成员先通过user1用户、再通过user12用户跟其他社团成员联系在一个大网络图中。 我们也可以用Gephi软件快速绘制社会网络图，并对其进行美化。 3....接下来，就给大家介绍几个常用的交互数据可视化手段：D3、Echarts和R（R是一款数据分析挖掘软件，但是其拥有强大的可视化功能，并能集成D3、Echarts图库，实现交互绘图）。 1....D3（https://d3js.org/） D3 是最流行的可视化库之一，它被很多其他的表格插件所使用。它允许绑定任意数据到DOM，然后将数据驱动转换应用到Document中。...比如我们可以绘制动态交互的气泡图，通过下面的时间轴播放动态查看不同年份的气泡情况。 也可以利用networkD3包调用D3.js库，绘制社会网络图和桑基图。
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