：[[05-R工具指南04-俺的技巧与Rstudio的快捷键]] 3-通过设置系统变量保护脚本中的密码不外露 如果你的脚本中需要你的某些签名或密码，最好不要把他们放在脚本里，因为你的脚本可能会分享给其他人...at main · rstudio/revealjs (github.com)[5] 结果以html 显示，感觉很棒： 我现在给别人作项目，直接交Rmd，和html 的输出，可以用这个包将html...7-shiny 相关 flexdashboard快速搭建shiny分析网页 flexdashboard 包提供了一个快速搭建shiny分析网页的可能。...例子：Example projects • flexdashboard (rstudio.com)[6] shiny 测试的两个好用函数：req and validate functions The req...[6]Example projects • flexdashboard (rstudio.com): https://pkgs.rstudio.com/flexdashboard/articles/examples.html
参考： Output Formats (rstudio.com)[1] 前言 最近想将rmd的结果转换成md，于是来学习一下啦。...[13] - PDF presentation with LaTeX Beamer powerpoint_presentation[14]: PowerPoint presentation More flexdashboard...文件如下： 这样，我就可以将Rmd 的内容输出成md，来发公众号啦。...不过，对于内容的输出图片来说，其结果会保存在一个文件夹中： 这时候有两个选择： 将图片上传到图床，并不在Rmd 中输出图片，这也是我一直使用的方法； 利用Mweb 的发布服务，将本地图床一键全部上传到云端...输出的方法 这些内容我们除了可以直接在yaml 头部文件中设置外，还可以使用命令render特别设置： render("1-example.Rmd", output_format = "word_document
简介 在本章中，我们将介绍基于 flexdashboard[1] 包的仪表盘。 仪表盘在业务风格的报告中特别常见。它们可以用来突出报告的概要和关键内容。...仪表盘的布局通常是基于网格搭建的，各个组件排列在各种大小的“盒子”中。 使用 flexdashboard 包，你可以 使用 R Markdown 将一组相关数据可视化作为指示盘进行发布。...注：如果你并没有使用 RStudio进行操作，那么你也可以从 R 控制台创建一个新的 flexdashboard R Markdown 文件，具体操作如下： rmarkdown::draft( "dashboard.Rmd...讲的比我好多了！ 拓展 flexdashboard的Rstudio官网[4]给出了非常多的模板，如下所示： ?...这一节稍微介绍下，之后我们会介绍一些 flexdashboard 的基本特性和用法。 最近有幸加入了Rmarkdown中文书写作及翻译的队伍中，这个包应该算是我任务中的一部分吧（初稿）。
二级标题仅用于布局（例如，例子中的Column 1不会显示在输出中），因此标题的实际内容一点都不重要。相比之下，一级标题和三级标题更加重要。...注：在这个例子中，我们没有在代码块中加入任何 R 代码，所以所有的框都是空的。当然在实际使用中，你可以编写任意的 R 代码来生成 R 图、HTML 小部件并将其加入到这些“盒子”中。 ?...1.基于行的布局 通过修改 orientation 选项将默认以列导向的布局改为以行导向的布局，例如： output: flexdashboard::flex_dashboard: orientation...3.多页 如果 rmd 文档中有多个一级结构的内容时，这时仪表盘会将每个一节结构分别显示为单独页面。...`r xfun::file_string('examples/dashboard/03-storyboard.Rmd')` ? 如图所示，你可以通过顶部的左右导航按钮来浏览所有故事板内容。
3. flexdashboard包 如果想要创建一个能快速启动和高效运行的Shiny仪表盘，可以选择flexdashboard。这个包提供简单的HTML快捷方式，可以简化侧边栏创建和构建行列展示。...由于flexdashboard包基于RMarkdown进行操作，它允许把所有应用程序放在一个Rmd文件中，而不必像shinydashboard那样把程序分成独立的服务器和UI（User Interface...在需要创建一个简单的仪表盘初始版本并将其并入更高级的设计版本时，flexdashboard包十分好用。利用flexdashboard包可以在一个小时内启动和运行仪表盘。 4....stormtrooper.png--- 代码传送门：https://github.com/keithmcnulty/hr_meetup_london/blob/master/presentation.Rmd...R Shiny中的HTML标签（以在Shiny应用程序中播放音频为例） R Shiny中有110种HTML标签，可以为各种各样的HTML命令，如格式化，提供快捷方式。
灵活且易于指定基于行和列的布局。可以智能地调整组件的大小以填充浏览器并适合在移动设备上显示。 演示图板布局，用于呈现可视化效果序列和相关评论。 使用Shiny动态驱动可视化。...去年师兄用这个包做了一个不错的应用（企业可靠性统计方向的项目）。今天正好需要学习下数据可视化仪表盘的制作。尝试了下，还不错，比Tableau还要优秀。最近出一期入门，有机会可以把自己的例子介绍一下。...下载方式如下： install.packages("flexdashboard") 官网案例分享 今天分享下官网的一些小案例。...主要是截图呈现，当然你可以把他的github克隆到本地，有个文件夹专门放例子的代码，尝试修改代码，应用到自己实际项目中。 2008年NBA运动员得分情况 ? 各种散点图 ? ? 其他例子 ? ? ?...当然这些都是可以交互的。大家可以去上面的网站访问下。如果大家喜欢可以留言，尽快给大家分享教程和案例。
前言 不知道你们的观点如何，个人觉得Rmd 默认模板下的风格过于朴素： 即便加上了一些设置： 其实也有非常多的内置Rmd 模板的： 比如这样的poster： 这里介绍一些拓展包里的主题。...HttpExceptionContentWrapper {unHttpExceptionContentWrapper = InvalidProxyEnvironmentVariable "http_proxy" 对比一下这个包的几个主题的功能...我的模板 我还是基础rmd 派的啦：https://mugpeng.notion.site/Rmd_template-a1bd26e71a6343eb86d0788621eb6a13 主要还是考虑到我对于目录组件...，以及浏览器html一些排版适配的考虑。...参考资料 [1](10条消息) Rmarkdown第四弹—— 主题格式更换_庄闪闪的r语言手册的博客-CSDN博客_rmdformats包: https://blog.csdn.net/qq_37379316
flexdashboard与shiny中的扩展shinydoahboard异曲同工，将rmarkdown扩展除了灵活布局能力，使其基本具备了开发简易仪表盘的能力，而且兼容性很好，不仅可以满足本地各种格式的输出...flexdashboard支持故事版功能（很好用的功能，与tableau中的故事版如出一辙）。 flexdashboard同时也支持将shiny部件嵌入文档来实现可视化的动态更新。...Page Navigation——导航页支持二级菜单选择 Multiple Columns 当然flexdashboard可以支持多列布局，只需要在代码中声明列参数即可，而且可以自定义各列的列宽。...可以看到这里的多列布局只要是通过Column {data-width=400}外加三个以上的短横线组成的分割线来控制的，分割线在markdown的通用语法中往往是用于分段的意思，这里则用于分割图表模块。...Tabsets——页面切换按钮 使用flexdashoard中的tab功能可以组织页面切换效果： --- title: "Tabset Column" output: flexdashboard::flex_dashboard
弥补了R中创建图形缺乏一致性的缺点，且不会局限于一些已经定义好的统计图形，可以根据需要创造出任何有助于解决所遇到问题的图形。...82种拓展的ggplot包 我整理的11个扩展包 大家可能会说这么多，我怎么学的完啊！不要怕，我已经把最实用，最热门的包进行整理了。...可视化是小编个人业余爱好，纯属感兴趣，于是自愿做了一名大自然搬运工（翻译工），并加上自己的理解，整理了以下11个拓展包。可以直接点击进入，所有源代码和Rmd文档可在我的github[3]中获得。...ggridges包---峰峦图详细介绍 esquisse包---不写代码生成ggplot图 calendR包---私人定制专属日历 corrplot包：相关性矩阵可视化 cowplot包：用R添加水印 flexdashboard...为此，它提供了一系列新的语法类，可以将它们添加到plot对象中，以自定义其随时间变化的方式。
太长不看: 运行下面命令: R -e "rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')" 命令解析: 首先使用R -e进行R语言命令行运行...使用rarkdown的render函数, 进行Rmd文件的运行和解析, 参数outputfile是输出文件名称和格式, 这里的格式为html, 可以选择pdf或者word格式....需要准备的文件是script.Rmd文件, 里面是rmarkdwon的格式文件. 例子 文件: script.Rmd ### 我是谁?...> rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html') ... processing file: script.Rmd |.....结果中, 将Rmd文件中的markdwon语法进行了转化, 比如"###"变为了标题.
： rstudio/revealjs: R Markdown Format for reveal.js Presentations (github.com)[1] 前言 我现在习惯上项目汇报，直接展示Rmd...如果不懂rmd 的，可以参考：[[71-R分享01-Rmd新手入门指南]] 这里我直接将yaml 头部部分的output 段落进行修改： output: revealjs::revealjs_presentation...chalkboard toggleNotesButton: true menu: numbers: true 你可以把它理解成类似[[82-R分享04-用模板美化你的Rmd...输出]] 中的类似的模板，只不过这个模板是输出成类似ppt 效果的html。...： 而完整的Reveal.js 是一个使用 HTML 语言制作演示文稿的 Web 框架，支持插入多种格式的内容，并以类似 PPT 的形式呈现。
你可以简单地将bookdown 理解成Rmd 的升级，它可以将多个不同的Rmd 整合，以生成一本book。...最简单的bookdown 内容可以仅仅由Rmd 文件组成： index.Rmd 文件，书写book的基本配置，以及book 的首页介绍； 书本的不同章节，以xx-name.Rmd 比如01-CapterOne.Rmd...此外，默认下bookdown 的作用模式为合并再编织（M-K）：将不同的Rmd文件（不同章节）合并到一个Rmd 文件中（Merge），再将他们输出成一本书（knit）。...不同章节中的R 环境，会继承到后续章节（按照代码顺序），包括使用的包、变量等等； 不同章节中的代码块不可以有相同的名称； 你可以自由管理Rmd 文件的位置，比如放在工作目录的其中某个子目录下。...2.5-输出结果 编译结果默认保存在_book子目录中 。你也可以在_bookdown.yml中设置output_dir项改为其它子目录。
在bookdown的管理下：一本书的内容可以分解成多个Rmd文件， 其中可以有可执行的R代码， R代码生成的文字结果、表格、图形可以自动插入到生成的内容中， 表格和图形可以是浮动排版的。...当然你也可以将其在网页中预览，点击右下角框扫把右边的show in new windows。 ?...为了在本地支持网页中的数学公式显示还有一个MathJax目录， 参见其中的readme.txt说明文件。...介绍下其中的一些文件： index.Rmd 一本bookdown书， 一般都需要有一个index.Rmd文件， 这是最后生成的网站的主页的原始文件， 可以在这个文件中写一些书的说明， 并在开头的YAML...），因为构建书籍中包含了各类Rmarkdown的语法，如果你不会使用可能会很头疼。
创建一个模板Rmd文件，根据模板Rmd文件knitr为一个模板docx文件，内含各种样式；2. 使用模板docx文件，生成新的docx文档，会使用模板中设置好的各种样式。...模板Rmd中的以下语句是控制目录的： 分栏 模板文档中的分栏 模板Rmd中的以下语句用来控制分栏： <!...文字样式 修改文字样式，需要把这个模板Rmd文件knit为模板docx文件后，在模板docx文件中修改（模板Rmd中提供了一些简单的修改，不如直接在Word里面修改方便）。...接下来在这个Rmd中写作，最后knitr出来的新的Word文档就会使用你模板中定义好的样式了！ 是不是很简单？
第二步 将下面两个函数保存到一个R文件（以.R结尾）中： ################ ## 用rmd写博客 ## ################ # 作者：王诗翔 # 更新日期：2018-02...# template_path: 模板文档的路径，默认当前工作路径 # post_path: 你想把生成的文档放在哪个路径，默认当前工作路径 new_rmd_post <- function(...细心的娃娃可以感觉到我单独创建_rmd目录并将其设为工作目录的好处：需要键入函数的参数非常少。...特别是你固定你自己的写法之后，你将两个函数中的目录路径默认参数全部对应上，再使用R的TAB键补全，运行命令简直秒秒钟，专心写文章就好啦。...彩蛋 如果你读到这里，说明你对这方面的知识还是比较感兴趣的，这里我不妨送一个彩蛋。上面的代码是我一年半之前所写，里面有不少值得优化的地方，比如：能不能在运行后编辑器自动打开？这在我博客仓库中是有的。
两种bookdown作用形式 合并再编织（M-K）：将不同的Rmd文件（不同章节）合并到一个Rmd 文件中（Merge），再将他们输出成一本书（knit）。...或是，编织再合并（K-M）：将不同的Rmd文件先各自输出（knit），接着由bookdown 将他们合并成一本书（merge）。 这二者看似差别不大，实际上不同的设定却对最终结果有很大的影响。...M-K： 不同章节中的R 环境，会继承到后续章节（按照代码顺序），包括使用的包、变量等等； 不同章节中的代码块不可以有相同的名称； 你可以自由管理Rmd 文件的位置，比如放在工作目录的其中某个子目录下。...K-M： 各Rmd 代码彼此独立，互相的变量、环境中的函数、加载的包，互不干扰； 不同章节中的代码块可以有相同的名称； 必须将所有章节对应的Rmd 文件放在工作目录中。...比如我们在编译时，就是先生成一个大的_main.Rmd 文件，其集合了所有的Rmd 文件代码： 如果你希望切换到K-M 模式： new_session = TRUE when calling render_book
强烈要求我们推荐纯粹的R语言的文献图表复现全套代码，其实很容易检索到，2020奶牛7月仅仅是单细胞高分（IF>9）文章就有一百多篇，全部的单细胞相关文章有六七百篇了。...一般来说，公布代码，都是在GitHub，所以只需要关键词合适，搜索十几篇带有配套文章的图表的数据和代码很正常。...我从这些CNS文章里面精挑细选了一个非常值得大家花时间跟下去的，就是新鲜出炉的发表在CELL杂志的：Therapy-Induced Evolution of Human Lung Cancer Revealed...全套代码在：https://github.com/czbiohub/scell_lung_adenocarcinoma 而且是以rmarkdown形式组织的条理清楚，目录如下: 01_Import_data_and_metadata.Rmd...无限量函数学习 我们也可以解析每个代码 每个人写代码的习惯不一样，而且有更好的rmarkdown书写方式，大家都可以运行一遍作者提供的数据和代码，在他们的基础上面进行创作和发挥： --- title:
下面分2步讲述，自己如何构建一个Bookdown书籍，第一部分是通过bookdown示例了解其基本功能和使用，第二部分是个人在使用过程中碰到的问题和解决方式。...编译成书 运行下载的示例中的bash _build.sh，_book目录下就是成书. The content of _build.sh is: #!...另外章节的顺序也可在_bookdown.yml文件中通过rmd_files:["file1.Rmd", "file2.Rmd", ..]指定。...在第一个出现的Rmd文件中 (通常是index.Rmd)，可以定义Pandoc相关的YAML metadata, 比如标题、作者、日期等 (去掉#及其后的内容)。...插入引文 假如我们的bib文件中内容如下，如果我们要引用这个文章，只要写 [@chen_m6a_2015]就可以了。
欢迎转载，转载请注明出处，谢谢 相信很多奋斗在运维战线的小伙伴们经常会遇到版本升级之类的问题。...笔者之前所在的公司每次进行版本发布的时候都会附带MD5校验哈希值，每次升级之前一般都要核对MD5哈希值的，刚刚开始的时候对Linux并不是非常熟悉，每次下载完升级包之后都会在Windows环境下利用Hash...现在回想起来当时那样的操作真是太土了，效率又低又有可能出现其他问题。后来对LInux系统渐渐熟悉之后，发现这类校验操作只需要一条命令，就算您的系统是最小化安装的，这条命令都是可以顺利使用的。...其中，AES使用的加密反馈模式（CFB）和输出反馈模式（OFB）分组长度是128位，其它算法使用的则是64位。事实上，DES算法里面不仅仅是常用的DES算法，还支持三个密钥和两个密钥3DES算法。...目前已知md2、md4、md5、rmd160、sha、sha1等都可以进行验证。怎么样？很方便吧？赶紧去试试吧！ ?
，揭示其在小鼠、斑马鱼、果蝇、拟南芥等模式生物中的应用成果，其中Cell文章详细介绍了Stereo-seq技术原理和细节。...2、Nature Communication｜基于2万余个肿瘤体细胞突变谱，揭示年龄对肿瘤突变数量及进化时间的影响 该研究通过分析来自TCGA、AACR GENIE和PCAWG三个项目中的数据，揭示了年龄对肿瘤中的突变数量...在每个阵列中，包含2万到4万个柱子，每个珠子中，可以检测到的DNA序列，约为165-421个。...2、通俗科普文：贝叶斯优化与SMBO、高斯过程回归、TPE 贝叶斯优化是AutoML中的重要概念，近年来变得很火热。作为一种重要的基于先验的调参/策略选择技术，贝叶斯的应用范围也很广。...(rmd, by_section(c("Content", "*"))) %>% rmd_select(has_type(c("rmd_chunk", "rmd_heading"))) #> └──
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