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snakemake杂记:多个转录比对到多个基因得到多个bam文件然后合并

我的需求是: 我有10个基因,然后又12个转录数据,然后将这个12个基因数据分别比对到这个10个基因,每个基因得到12个bam文件,然后将每个基因的12个bam文件合并 ,最终得到10个合并的...""" samtools merge -@ {threads} {output} {input.bams} """ 这样写的问题是合并的时候每个基因对应的是...请大家批判着看,欢迎大家指出其中的错误 欢迎大家关注我的公众号 小明的数据分析笔记本 小明的数据分析笔记本 公众号 主要分享:1、R语言和python做数据分析和数据可视化的简单小例子;2、园艺植物相关转录学...、基因学、群体遗传学文献阅读笔记;3、生物信息学入门学习资料及自己的学习笔记!

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Jmeter线程传递参数

jmeter的线程之间是相互独立的,各个线程互不影响,所以线程A中输出的参数,是无法直接在线程B和线程C中被调用的。 但是有时为了方便管理,我们可能是把各个接口单独存放在不同的线程中。...拿token来说,虽然每一个线程中我们也可以在放一个登录请求,然后输出一个token供此线程使用,但这样就比较繁琐且冗余。...此时我们就可以使用线程传递参数来解决这样的问题 方法:jmeter本身的内置函数${__setProperty(requestToken,${Token},)};可以把某参数的值设置成jmeter本身的内置属性...将提取的token赋值并设置为全局变量,待其它线程调用 采样器A,调用beanshellToken值${__property(requestToken)} 2、创建线程A(采样器A、查看结果树)、创建线程...3、设置测试计划为独立运行每个线程(顺序运行线程) ? 4、查看登录接口响应 ? 5、登录接口下添加正则表达式提取器,提取token ?

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探究Presto SQL引擎(4)-统计计数

统计在SQL引擎中可谓最基础、最核心的能力之一。可能由于它太基础了,就像排序一样,我们常常会忽视它背后的原理。通常的计数是非常简单的,例如统计文本行数在linux系统上一个wc命令就搞定了。...除了通常的计数,统计不重复元素个数的需求也非常常见,这种统计称为基数统计。对于Presto这种分布式SQL引擎,计数的实现原理值得深入研究,特别是基数统计。...关于普通计数和基数计数,最典型的例子莫过于PV/UV。二、基数统计主要算法在SQL语法里面,基数统计对应到count(distinct field)或者aprox_distinct()。...对于一个待进行基数统计的集合(例如一个表中符合条件的字段值),为了降低估计的错误率,我们分成m。...所以算法描述如下:图片简单来说就是统计每个最大的p, 然后用现成的公式计算结果即到达预估的结果。

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mysql┃多个角度全面剖析sql优化

正文 1.表结构优化● 优化sql最基本的条件时要有一张表,那么我们怎么通过一张表来达到sql语句优化的目的呢?...1.3字段类型大小的限制 这点在我们公司的sql建表规范上就会明确写到。...moon在之前的公司就有这样的问题,一条sql语句要连5张表,正常一个查询下来可能要1分多钟,所以这条sql太重了,而在moon的细心观察下发现,其中两张表都只用到了其中一个字段,然后我就和DBA商量下将这两个字段冗余到了其它的两个表中...(业务有关联),结果这条sql语句的执行时间就变成了十几秒。...可以通过EXPLAIN分析来判断在sql中谁是驱动表,EXPLAIN语句分析出来的第一行的表即是驱动表。

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LinuxUnix shell 脚本服务器实例执行SQL

在DB运维的过程中,难免碰到需要多个服务器以及多个Oracle实例查询数据库的情形。比如我们需要查看当前所有生产环境数据库上open_cursor参数的值以便考虑是否需要增加。...而需要查看的数据库服务器上有多个实例,同时又存在多个数据库服务器,这样子下来,几十个DB,上百个的情形一个个查,那得把人给累死。那就像点办法撒,写个shell脚本,轮巡所有服务器及服务器上的所有实例。...关于shell脚本中如何调用SQL,可以参考下列链接: Linux/Unix shell 脚本中调用SQL,RMAN脚本 Linux/Unix shell sql 之间传递变量 1、使用ssh-keygen...生成密钥实现快速登陆 要服务器自动执行脚本,得需要实现免密码自动登陆,然后才能在多个服务器之间跳转,因此我们首先需要生成登陆密钥。...如果需要执行的SQL语句比较复杂,直接嵌套的shell脚本也复杂。

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sql server 与mysql平台数据库操作

1、在sql server中建立触发器,当某些条件满足时,取用户的AD信息,通过sql server的链接服务器,给相关用户发送邮件。 2、当某些条件满足时,给用户发送短信。...由于公司的短信数据库在mysql 5.1(linux)上,所以要把sql server表中的数据插入到mysql表中。...功能1详细 (1) 先说第一个功能,想获取用户的AD信息,就要先建AD链接服务器和登陆权限 Sql代码 --Create the linked server sp_addlinkedserver...在sql server触发器中调用mysql链接服务器进行mysql表的insert操作会产生分布式事务。...服务器链接执行远过程调用, 让此过程拥有独立的事务作用域(适用于 SQL Server 2008 )具体步骤, Sql代码 --建立 LOOPBACK 服务器链接 EXEC sp_addlinkedserver

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Seata如何处理多个请求的事务?

Seata 是一种开源的分布式事务解决方案,能够处理多个请求的事务,适用于各种容器、语言和数据访问类型。在微服务架构下,依赖多个服务的操作可能导致分布式事务的问题。...当需要进行多个请求的事务时,Seata 首先会启动一个全局事务(Global Transaction),然后为该交易中的每个请求生成一个本地会话(Local Session)。...4、对于需要多个请求的操作,Seata 使用本地会话来协调跨越这些操作的事务管理器和本地资源管理器之间的通信。在处理分布式交易请求时,Seata 的 TC 将使用相同的逻辑来创建全局和本地上下文。...对于本地会话,TC 将创建一个新的 LocalTransactionContext,并且该上下文将与一本地资源管理器相关联。...综上,Seata 通过多个请求的协调来支持分布式事务。它采用基于两阶段提交的分布式事务协议,并利用消息队列技术来实现自动重试和事务恢复。

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sql嵌套查询效率_sql嵌套查询返回多个字段

太可怕了,前面的sql查询一小步,仅仅移动一个指针指向后面的下一条数据,就是后面所有查询条件的一大步 (外面的那个SELECT)到WHERE关键字的时候,又进入了另一个SQL语句中, 分析器先找到表...然后进入WHERE里分析里面的SQL语句,再把SC表装入内存,另一个指针(例如p2)指向SC表中的第一条记录,分析WHERE后面的条件表达式,依次进行分析,最后分析出一个虚表2。...(这也是为什么嵌套的SQL语句SELECT 后面为一般为的原因,因为它EXISTS返回的只是真或假,字段的名没有意义,用就行,当然用别的也不会错。...) 这里虽然嵌套的SQL语句分析完了,但主SQL语句只执行了一遍,也就是说p1指向Student的第一条记录,p1还要再指向Student表的下一条记录并分析,这样又进入了嵌套中的SQL语句,同上面说的一样分析...当p1也到了Student表的结尾,整个SQL语句结束。返回虚表1这一列。

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Akka 指南 之「多个数据中心集群」

Akka 中文指南的 GitHub 地址为「akka-guide」 多个数据中心集群 本章介绍如何多个数据中心、可用性zones或区域使用 Akka 集群。...由于其他原因,它也可以用作逻辑分组,例如隔离某些节点以提高稳定性,或者将大型集群拆分为较小的节点以获得更好的可伸缩性。...定义数据中心 这些功能基于这样一种理念:通过设置akka.cluster.multi-data-center.self-data-center配置属性,可以将节点分配给一节点。...由于其他原因,它也可以用作逻辑分组,例如隔离某些节点以提高稳定性,或者将大型集群拆分为较小的节点以获得更好的可伸缩性。...数据中心检测故障的心跳消息仅在每侧的多个最旧节点(oldest nodes)之间执行。

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