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沙龙
1
回答
Seurat
对象
的
堆叠
小提琴
图
enter image description here我用16个不同
的
簇做了一个
堆叠
的
小提琴
图
。我也附上了这个数字。return(p)StackedVlnPlot(obj = S1, features = features) #Stacked violine plots 现在,我想画一个有5列而不是16列
的
图
四个选定
的
群集/列和包含群集
的
剩余(12)
的
总/平均表达式
的
最
浏览 131
提问于2021-01-17
得票数 0
1
回答
使用Vlnplot更改y限制(特别是最小限制)
、
、
我想从我
的
单元格数据中绘制一个
小提琴
图
。
浏览 155
提问于2020-02-06
得票数 0
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1
回答
在for循环期间在R中retreive
对象
名
、
、
、
我正在研究
Seurat
上
的
单细胞rna-seq,我试图在
Seurat
对象
上做一个for()循环,绘制几个平均基因表达
的
热
图
。T)ggsave行不工作,因为它将I作为
seurat
对象
。因此,我
的
问题是:如何使ggsave()使用存储在"i“中
的
浏览 2
提问于2020-05-18
得票数 0
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1
回答
在R中为集成
的
Seurat
对象
创建层次聚类树形
图
?
、
、
、
有谁知道如何创建一个完整
的
Seurat
对象
的
树状
图
。我可以对非集成
对象
执行此操作,但当我尝试时: immune.combined <- BuildClusterTree(object = immune.combined, slot = "data") 我看到了错误
浏览 138
提问于2020-07-14
得票数 0
1
回答
谷歌
堆叠
区域
图
不起作用
、
、
、
我想完成谷歌
堆叠
的
区域
图
。这是js
小提琴
:var options_fullStacked = { height{ ticks: [0, .3, .6, .9, 1] };我想显示它
浏览 3
提问于2016-05-21
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1
回答
Seurat
对象
的
条件子设置
、
、
我有一个通过运行
的
对象
。我试图根据在
seurat
_object@meta.data[["DF.classifications_0.25_0.03_252"]]下被归类为“单体”
的
单元格对
对象
进行子集,并可以通过执行以下操作来实现这一点:
seurat
_object <- subset(
seurat
_object, subset = DF.classifications_0.25_0.03_252 == 'Singlet')
浏览 7
提问于2022-03-19
得票数 0
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1
回答
D3渲染
堆叠
条形
图
、
、
、
我尝试根据数组中
的
行数来显示条形
图
的
数量。当前显示
的
条形
图
数量由数组中
的
元素数量决定。例如,2、3、4、5将显示4个
堆叠
的
条形
图
。但是我想要数据= [4,8,10,50,20,20],这会给我两个
堆叠
的
条形
图
。我
的
代码: var data = [[4
浏览 3
提问于2016-06-19
得票数 1
1
回答
如何在指定
的
网格中绘制多个UMAP?
、
我正在使用新
的
Seurat
3软件包来分析单细胞测序数据。我已经合并了18个
Seurat
对象
,并将单独
的
标识符保存在meta.data中。在使用DimPlot函数中
的
split.by参数绘制18个单独
的
UMAP时,它将按字母顺序返回一个
图
。它还在前三行绘制了5个UMAP,在最后一行绘制了3个UMAP。我想要画一个6乘3
的
网格,并能够排序
的
UMAP不按字母顺序。下面是我使用
的
命令。
浏览 3
提问于2018-12-11
得票数 2
1
回答
NormalizeData.default在R中
的
集成
seurat
对象
上运行DoubletFinder时出错
、
、
我试图在
seurat
对象
上运行DoubletFinder,这是由于集成了各种数据集。规范化和FindVariableFeature RunPCA,FindNeighbors,FindClusters,RunUMAP关于集成
对象
.sweep.res.list <-
浏览 45
提问于2020-06-08
得票数 0
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3
回答
安装
Seurat
-R单细胞基因组工具包
、
、
我是R
的
新手,并试图安装
Seurat
来分析我
的
基因组单细胞数据。但是,我想使用
Seurat
(),但是在安装软件包时遇到了困难。(devtools) install_github("satijalab/
seurat
")...When我试图从github安装
Seurat
,我收到以下错误消息: 下载lib
浏览 3
提问于2015-08-03
得票数 1
1
回答
多个独立轴
Hia,我正在试着建立一个图表,如这个
小提琴
所示: 我有一个问题,"index“中
的
数据似乎正在影响
堆叠
柱状
图
的
规模?我可以设置一个标志来阻止这种情况
的
发生吗?
浏览 0
提问于2013-01-30
得票数 3
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1
回答
使用字符串变量为
对象
槽赋值
、
、
、
、
我有一个
Seurat
单细胞基因表达
对象
,它有槽。我想通过将meta$brain.region
的
值指定为一个因子来创建一个$orig.ident列。meta是我原始
的
元数据表。其思想是,用户只需输入原始
对象
的
名称,此后
的
所有内容都将被相应地调用。用户提示: > dataset <- "path/to/gw14.RData&qu
浏览 0
提问于2018-08-31
得票数 0
1
回答
如何使用chartjs在一个栏中显示两个总体类型?
、
、
我正在开发Rails应用程序,我想在图表栏中可视化我
的
结果。我想形象化在一个酒吧2人口种类,例如,男性和女性有2种不同
的
颜色。 谢谢
浏览 2
提问于2015-08-07
得票数 1
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1
回答
用于每个群集
的
FeatureScatter
的
facet_grid
、
、
我想知道是否可以在FeatureScatter函数中为每个集群绘制facet_grid
图
。我想要绘制
的
两个特性是由feature1和feature2定义
的
,方面应该是我
的
对象
中定义为pbmc.big$
seurat
_clusters中
的
级别的集群。
浏览 12
提问于2021-02-10
得票数 0
1
回答
( R)
Seurat
:样品分组
、
我用
Seurat
软件包分析了六个单细胞RNA-seq数据集。这6个数据集是通过每一个不同
的
10倍运行获得
的
,然后结合批处理效应-通过
Seurat
函数"FindIntegrationAnchors“进行校正。我合并了所有的6个数据集与批处理校正,但我也需要比较
的
特点“未处理”与“处理”。谢谢。
浏览 15
提问于2020-07-16
得票数 0
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2
回答
将CSV数据帧合并到
Seurat
对象
元数据--所有值都更改为“N/A”
、
、
我已经处理了一个带有scRNAseq包(朱庇特笔记本)
的
Seurat
CellTypist
对象
,以注释免疫细胞类型。我成功地将预测
的
单元格标签导出为CSV。我已将其读入R中,并希望将结果合并为
Seurat
对象
元数据中
的
Idents列。但是,当我使用AddMetaData函数并查看合并
的
对象
元数据时,所有新标签都被列出为'N/A‘(当我检查csv时,它们有正确
的
标签)。它们与原始
Seurat
浏览 26
提问于2022-08-08
得票数 1
2
回答
向
Seurat
对象
添加元数据
、
、
我正在使用一个名为"
Seurat
“
的
R包进行单细胞RNA-Seq分析。我正在尝试将有关单个细胞样本
的
元数据信息添加到
Seurat
对象
中。但下游绘图命令不起作用。我想知道是否有人知道我如何检查修改后
的
Seurat
对象
,以确认元数据已添加到正确
的
槽和列中。> Cells <- WhichCells(<
浏览 6
提问于2017-02-17
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1
回答
Flot
图
x轴值重叠而不是
堆叠
、
我试图将我
的
数据显示为每个sku
的
条形
图
,每条表示当前
的
股票或预测
的
股票。此外,工具提示不会出现在任何一个条形图上。我
的
小提琴
:
浏览 0
提问于2014-12-10
得票数 1
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1
回答
ggplot2重叠引起脊
图
问题
、
、
我正在从
Seurat
包中创建山脊地块。这个包利用了ggplot2。我所有的山脊地块看起来都很棒,除了一个。我正在尝试手动调整带宽,以使这个
图
看起来类似于其他
图
,但我最终得到两个脊
图
,互相重叠。我不能发布数据
的
示例,因为数据是一个
Seurat
对象
,而不是标准
的
df。提前道歉!= "FGF2+Heparin")生产: 当我试图使用+ geom_density_ridges(scale = 2)改变带宽时,我得到如下信息: 我
浏览 4
提问于2022-02-22
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1
回答
c3.js从JSON有效负载生成
堆叠
栏
、
、
当使用JSON有效载荷(下面的代码)时,我试图用c3生成一个
堆叠
条形
图
。但是,当我将数据分组时,它们不是具有
堆叠
行为,而是重叠。如果我使用列结构,我就得到了预期
的
行为,但这意味着,与其他可视化视图(即时间序列
图
)相比,我将生成不同
的
堆叠
条形
图
代码。] groups: [ ], type: &
浏览 2
提问于2016-06-06
得票数 0
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