将CSV数据帧合并到Seurat对象元数据--所有值都更改为“N/A”
将CSV数据帧合并到Seurat对象元数据--所有值都更改为“N/A”
提问于 2022-08-08 06:30:03
我已经处理了一个带有scRNAseq包(朱庇特笔记本)的Seurat CellTypist对象，以注释免疫细胞类型。我成功地将预测的单元格标签导出为CSV。我已将其读入R中，并希望将结果合并为Seurat对象元数据中的Idents列。
但是，当我使用AddMetaData函数并查看合并的对象元数据时，所有新标签都被列出为'N/A‘(当我检查csv时，它们有正确的标签)。它们与原始Seurat对象共享完全相同的行标签，该对象是单元格标识符条形码。csv的标题也被正确地跨过，作为他们自己的标识列。这两个对象( Seurat对象和csv)也具有相同的长度。当我把它们合并在一起的时候，好像出了点问题。
我使用的代码如下：
meta.data = read.csv("predicted_labels.csv")
Tum_July_new <- AddMetaData(object = Tum_July, metadata = meta.data)回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2022-08-09 06:49:15
你的meta.data是什么样子的？您所说的“他们共享完全相同的行标签”是指作为单元格id的行名吗？
我曾经得到一个类似的错误，并通过以下方法解决了这个问题：
行名(meta.data) <- meta.data$whatever.column.has.the.cell.id
希望这能给你带来好运
Stack Overflow用户
发布于 2022-10-20 00:49:54
我的做法是：
celltypist_predicted <- read.csv("predicted_labels.csv")
seuratOb[["PredictedLabels"]] <- celltypist_predicted$predicted_labels[match(rownames(seuratOb@meta.data), celltypist_predicted$X)]页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/73279545
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