测试局域网访问 重启后Nginx后，打开浏览器,以80端口加上在配置文件中配置的location代理转发规则进行访问两个站点: 4. cpolar内网穿透 接下来,我们通过强大的且稳定的内网穿透工具cpolar...，将本地nginx服务暴露至公网环境,以实现穿透多个站点端口需求，无需公网IP，也不用设置路由器。...测试公网访问 打开浏览器，使用cpolar所生成的公网地址+在配置文件中配置的location代理转发规则来访问两个站点，测试访问成功。 6....测试访问公网固定二级子域名 使用配置成功的cpolar二级子域名+在配置文件中配置的location代理转发规则来访问两个站点，测试访问成功，现在该公网地址不会随机变化了。...测试访问公网固定二级子域名 使用配置成功的cpolar二级子域名+在配置文件中配置的location代理转发规则来访问两个站点，测试访问成功，现在该公网地址不会随机变化了。
我是2016年从转录组学习小分队开始正式接触生信技能树，并走上了生信工程师的道路，我被jimmy大佬无私奉献的精神所折服，借此机会表示对jimmy大佬和生信技能树由衷的感谢！...configfile: "config.yaml" Snakemake读取配置文件后会将数据保存为字典，这是一个简单的示范，配置文件也可以写的复杂，比如定义每个样本所用的bed文件或不同的分析参数。...注意：如果你的流程有不同的分支，最终会生成多个需要的结果，那么这些结果都需要在这里定义。...params.rg}' \ -t 16 \ {input} | \ samtools view -1 - > {output}" 这一步用到了params，在这里定义命令中用到的参数，也可以直接从配置文件中读取...在这里定义了参数sample，Snakemake从rule all回溯到这里的时候就知道了sample代表的具体样本名。
Date : [[2022-05-29_Sun]] Tags : #工作流/snakemake 参考： Snakemake Tutorial[1] 前言 继续介绍一些snakemake的进阶操作。...2-配置文件 我们可以在snakemake中，将使用的通配符或文件信息，写到config 文件中，并通过config访问： samples: A: data/samples/A.fastq...3-输入区块引入函数 比如我们的配置文件如上： samples: A: data/samples/A.fastq B: data/samples/B.fastq 我们就可以通过函数去访问它们...view -Sb - > {output}" 这里使用匿名函数： lambda wildcards: config["samples"][wildcards.sample] 我们可以像字典一样去访问它...Tutorial: https://snakemake.bitbucket.io/snakemake-tutorial.html [2] Configuration — Snakemake 7.8.0
Infinium 450K探针交叉反应和模糊比对到人类基因组中的多个位置影响了485,000个探测器中的约140,000个探针（29％），将可用探针的数量减少到约345,000个。...分析步骤 质控，过滤：参考转录组的步骤 从比对开始就是WGBS上游分析重点：Bismark软件 下面是针对不同甲基化技术，Bismark步骤的变化 例如，在去重复这一步WGBS需要做，RRBS一定不要...下运行，选择第二个密钥 (snakemake) yulan 14:55:14 ~ $ find ./ -name asperaweb_id_dsa.openssh ....##注意 #寻找密钥：asperaweb_id_dsa.openssh是密钥地址，每次都要寻找！...multiqc *.zip 3. mapping 比对⭐⭐⭐ 3.1 准备参考基因组 之前学习转录组上游时已经下载了参考基因组GRCh38.106 请先下载参考基因组并将其放在基因组文件夹中，基因组可以 从Ensembl
[1] 前言 参考snakemake 官方的教程。...snakemake 是以输出为导向的。...这里有个关于expand 的使用技巧，可以参考：[[01-初探snakemake]] 中6-整合多个结果 的介绍。...ps：以后直接从测序数据得到输出的Rmd 文档。想想都很爽啊！...这里我也将我的conda 环境进行打包，可以直接通过我的配置文件下载相关的软件，使用conda “复刻”我的环境。当然，我还是觉得如docker 之类的容器软件更加方便一些。
数字游民第三波有你吗 https://mp.weixin.qq.com/s/q864LQvsOOmd9nUyxk939w 数字游民从学徒作业开始 https://mp.weixin.qq.com/s/b3rR...路径问题，结果或日志文件的输出，需要提前创建好对应的父目录 需要自行编写特定命令实现并行运算 总线程数控制，内存资源控制 调用其他语言的脚本运行任务，还得考虑如何进行参数传递 断点运行，要是程序中断，得考虑从程序从哪里中断的...，然后从哪里重新开始运行 .........的文件的fastaq.gz 改为fq.gz, 如果是平常shell 脚本的写法则为： $ cp data/ENCFF035OMK.fastq.gz data/ENCFF035OMK.fq.gz # 对于多个文件可以写...，我从本地复制粘贴到这里时，出现问题。
snake_make特点 传统的shell 脚本开发的流程，其是输入为导向的，以测序数据为例，数据下载、过滤、质控、比对…… 比较麻烦的是，如果其中某个步骤发生了问题，可能需要很多的事件去定位发生问题的某一个或多个步骤进行...这种输出为导向的方法具有以下优点： 工作流可以从执行完毕的地方继续执行（在shell 脚本中，我们可以需要设计status 文件以判断某些步骤是否成功执行完毕），即使程序发生意外失败，也不用重头运行。...snakemake conda activate snakemake 帮助文档，安装成功： $ snakemake -h |...The order of jobs does not reflect the order of execution. 6-整合多个结果 通常来说，snakemake 是让各个文件，独自从input 经过各种规则...除非我们像上面的语法一样，在input 中特别的指定了有多个文件，比如变量fq1, fq2 等等。
本期内容主要以整理Snakemake的简单介绍[1]视频为主。 1啥是Snakemake Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。...当我们运行snakemake ds1_plot.pdf时，它会从规则的output中找到能与ds1_plot.pdf匹配的。当{dataset}为ds1时，二者成功匹配。...snakemake ds1_filtered_plot.pdf 按照入门演示的内容，它首先会从Snakefile中定义的规则中自上而下的进行匹配，这个时候将{dataset}匹配为ds1_filtered...-j：并行运行多个任务。 4最后 视频源自Edinburgh Genomics Training[2]，官方也提供很多其他的线上线下课程，感兴趣的可以自行了解。...其他Snakemake教程推荐： 使用SnakeMake搭建生信流程[3] Snakemake Workflow Management!
常见的几种工作模式： 单个脚本就是一整个流程 多个脚本组成一个流程 封装成可以输入参数的命令行程序 封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试） 前两种（1和2）是大多数生物信息学初学者（不具备封装和打包能力...common snakemake rules and workflows. .........图五 ATAC-seq Snakemake示例流程图 snakemake示例文件： rule targets: input: "plots/dataset1.pdf",...配置文件流（和CWL不冲突）主要是基于JSON、YAML、TOML等类型的配置文件，然后开发相应的解析器解析和执行流程。...shiny：辅助R markdown构建更复杂的交互式文档 future：简化R语言用户的并行化操作 我在这里设想了一个R markdown的应用场景： 用户使用R markdown并通过连接数据库、访问网页
常见的几种工作模式： 单个脚本就是一整个流程； 多个脚本组成一个流程； 封装成可以输入参数的命令行程序； 封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试）。...common snakemake rules and workflows. .........pyflow-ATACseq 项目提供的 ATAC-seq 数据分析流程： 图五 ATAC-seq Snakemake 示例流程图 snakemake 示例文件： rule targets:...用户目前也大多接受使用配置文件统一管理变量。 命令行参数也常常结合配置文件同时使用，这么做的主要原因： 可以有效减少动态更新和管理配置文件的次数； 通过命令行修改参数也更加透明和便于日志记录。...我在这里设想了一个 R markdown 的应用场景： 用户使用 R markdown 并通过连接数据库、访问网页 APIs 的方式提交数据分析任务； 构建文档即重新检查数据分析进程和状态、生成相应的运行状态可视化
灵活性：Snakemake允许用户以模块化和可重复的方式定义数据分析步骤，易于修改和重用。 可扩展性：它可以在各种计算环境中运行，从单个计算机到高性能计算集群，甚至是云环境。.../snakemake 2发表文章 Johannes Köster及其团队在多个场合发表了关于Snakemake的文章，展示了其如何促进科学研究的可重复性和高效性。...-n snakemake snakemake ## 检查 mamba activate snakemake snakemake --help 安装完成 4功能简述 Snakemake是一个工作流管理系统...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出 ，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则
deployed to any execution environment.通过官网的介绍，可知snakemake是一个python包，所以可以在snakemake脚本中使用任何python语法。...s只能是GSM6001951或GSM6001952，|就是正则表达式中或的意思；u只能是L1-L4，如果你的样本分成了多个fastq文件那么可以用u指定样本后边的lane等信息。...wrapper: "v1.29.0/bio/fastp"其实这一步相当于从github下载了作者写好的环境文件environment.yaml，conda会建一个虚拟环境，仅提供给fastp使用。...channels: - conda-forge - bioconda - nodefaultsdependencies: - fastp =0.23.2接下来下载从github下载了作者写好的wrapper.py...from snakemake.shell import shellimport reextra = snakemake.params.get("extra", "")adapters = snakemake.params.get
一切都要从Scripts以及Make说起 生物信息学分析流程可以根据其设计理念的不同分为多个框架，但是追本溯源他们都源于Scripts以及Make的使用[1]。...通常，生信刚入门的同学们会选择这种方式，简单而暴力；段位较高的同学，则会选择将分析内容进行包装，然后提供多个参数选择，增加流程灵活性。...GRCh38.fa %.sam : %_1.fq %_2.fq bwa mem $(REF) $^ > $@ 由于Make原本就不是为科学流程而设计的，自然也会有它的缺点： Make不能够在集群上的多个节点上分派任务进行平行化的运算...Configuration-based frameworks 在这个框架中，任务之间的连接既不依赖于上下游的代码，也不依赖于文件命名规则，只仅仅需要配置文件的输入，通常这个配置文件的格式是XML、YAML...（Galaxy WES workflow） 此外，有些功能较多的生物信息学工具（如：SpliceGrapher）也会提供一个配置文件来管理参数，这样的好处是使得参数的浏览和修改更加直观，减少命令行参数的动态修改
Date : [[2022-05-22_Sun]] Tags : #工作流/snakemake 参考： Chapter 14 Managing Workflows with Snakemake | Practical.../samples.csv").set_index("sample", drop=False) samples_table 我们可以通过sample 列中的内容作为索引，来访问其他列中的内容。...snakemake 实际上会使用wildcards对象，也就是通配符，我们符号中设置的通配符内容都会以该对象的属性传入命令行段落。...wildcards you can do like: wildcards.sample = "s002" # print that value: wildcards.sample 接下来，我们可以写一个方法来从wildcards...也是可以从input 中读取变量的。
硬编码API Key和认证令牌 研究人员在24000多个GitHub文件中识别出2464个API密钥和1998个OAuth令牌。...由于API key和OAuth令牌为用户提供对指定云环境的直接访问，如果API密钥或OAuth令牌落入其他人手中，攻击者可能会模拟登陆并获得对环境的控制。...如果在云环境中创建了具有管理权限的API密钥，使用该API密钥的任何人都可以完全访问云帐户。...这些基于web的配置文件可能会公开组织的云基础设施，使攻击者能够轻松访问云服务器内部。 ? 研究人员发Shell、SSH、profile和Git配置文件也出现在标识的配置文件前十个列表中。...补救措施 研究人员建议采用以下缓解措施，确保配置文件不会公开泄漏敏感信息： 1、实现基于变量和CLI参数的代码，从代码中删除硬编码的用户名和密码、API密钥和OAuth令牌。
如果是可视化的拖拽各个流程模块，设置其参数和配置文件，会不会更好呢？ 会不会更加便捷学习和可重复执行呢？ 我的小snakemake 希望未来也朝着这样发展。...从使用来看，galaxy 可视化界面非常易于上手。只是不清楚其流程语法上手是否如snakemake 般容易。 感觉手里的snakemake 忽然不香了。
- 知乎 (zhihu.com)[7] 一、编程与工具 1、Snakemake vs Nextflow | EPI2ME Labs Blog[8] 一篇比较两种流程工具的文章。...nextflow and snakemake both use domain specific language extensions of Groovy and Python respectively...Python is a well-known language among bioinformaticians potentially making Snakemake easier to learn...，常见SQL命令速查表分享 (qq.com) 二、生信 4、recount3: uniformly processed RNA-seq[10] 思考问题的熊写了一篇技术总结： 官方提供了R 的接口访问...文章同时强调了，结合诱导性全能干细胞、通过基因编辑技术建立的同源细胞系以及测序技术，能够从看似是“背景噪音“中提取出新的遗传和表观遗传机制。
硬编码的API密钥和OAuth令牌 第42单元的研究人员在24,000多个触发的GitHub文件中识别出2464个API密钥和1998个OAuth令牌。...由于API密钥和OAuth密钥的性质，这些元素可为用户提供对指定云环境的直接访问。...在最坏的情况下，如果在云环境中使用管理特权创建了API密钥，则使用该API密钥的任何人都将具有对云帐户的完全访问权限。确实发生了合法的API密钥公开。以UpGuard报告的事件为例。...这些基于Web的配置文件可能会暴露组织的云基础架构，从而使攻击者可以轻松访问云服务器内部。这也将使剥削或后期剥削操作更加容易。...补救措施 研究人员建议将代码发布到GitHub存储库的用户和组织使用以下缓解措施，以确保配置文件不会公开泄漏敏感信息： 实施基于变量和CLI基于参数的代码编写实践，以从代码示例中删除硬编码的用户名和密码
-p： 保留文件的修改时间、访问时间和权限。 -i： 指定用于身份验证的密钥文件。 3....示例 从本地复制到远程主机 scp localfile username@remote:/path/to/destination 从远程主机复制到本地 scp username@remote:/path...使用 SSH 密钥对身份验证 scp 使用 SSH 协议进行安全传输，因此可以通过 SSH 密钥对来进行身份验证，而不必输入密码。...如果有多个 SSH 配置文件，可以使用 -F 选项指定配置文件路径： scp -F /path/to/ssh/config localfile username@remote:/path/to/destination...使用通配符 scp 支持通配符，可以使用通配符来传输多个文件： scp localdir/*.txt username@remote:/path/to/destination 8.
主要是下面的4种： 第一个是基于通配符 比如Nextflow、Snakemake等等，这方面的各种教程多如牛毛，我这里就不赘述了，大家根据关键词搜索即可自行学习。...比如下面的这个bpipe流程，下载即可使用它： https://github.com/fun-science-club-ntu/PET 第三个是基于配置文件 配置文件的格式是XML、YAML、TOML等...docker系列之第4讲：docker容器资源调度问题（MAC版本） 使用阿里云+Docker分析RNA-Seq与ChIP-Seq Docker应用之一键化安装Wordpress(无需代码基础) 如何从看不懂
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