最近,我使用的指南创建了一个Snakemake。我成功地安装了配置文件,并且它在直接调用路径时确实工作。但是,当使用配置文件名称时,如
snakemake --profile slurm --dry-run
我知道错误:
Error: profile given but no config.yaml found. Profile has to be given as
either absolute path, relative path or name of a directory available in either
/etc/xdg/snakemake or /home/GROUP/
我试图理解一个复杂的Snakemake工作流,包含多个配置和配置文件层。
在Snakefile中,引用未导入的变量config,前几行如下所示:
import datetime
if "builds" not in config:
config["builds"] = {}
在运行时,这个config变量将来自哪里?我可以调试Snakefile吗?如何调试一个普通的Python脚本,使Snakemake在断点停止,允许我检查变量?
注意:标志--verbose通过包含堆栈跟踪来帮助您。
我正在将bash脚本转换为snakemake,并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是,snakemake没有运行并行进程,而是尝试运行一个具有所有参数的进程,但失败了。 我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。 for num in {1..3}
do
structure.py -K $num --input=fileprefix --output=fileprefix
done 有多个以fileprefix开头的输入文件。每次运行有两个主要输出,例如对于K=1,它们是fileprefix.1.meanP,fileprefix.1.meanQ。我的c
在玩了developer.amazon.com和aws.amazon.com的漂亮浏览器GUI之后,事情变得严肃起来,现在我想使用ask-cli来初始化Alexa技能和它们的lambda函数。
当我想要ask init时,它告诉我,我应该选择一个概要文件或者创建一个新的配置文件。两者都跳转到浏览器,并使用OAuth验证我的ask安装。
~ ask init
? Please create a new profile or overwrite the existing profile.
(Use arrow keys)
──────────────
❯ Create new profile
在尝试运行snakemake时,我总是必须安装/下载conda。
(snakemake) (ec2-user)$ bash run_snakemake.sh
Building DAG of jobs...
Creating conda environment ../envs/svg_env.yaml...
Downloading and installing remote packages.
有预装的方法吗?我注意到conda安装在.snakemake/文件夹中。
我一直试图添加我的aws帐户来询问-cli,以便我可以直接部署我的lambda函数。每当我试图克隆或部署它时,
No AWS credential setup for profile: [default].
Lambda clone skipped. CLI lambda functionalities can be enabled
by running `ask init` again to add 'aws_profile' to ASK cli_config
即使在跟随‘询问’之后,它也没有任何效果。我添加了帐户来询问-cli,但是无法链接到aws。任何帮助都将不胜感
我正在遵循文档(https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/advanced.html)中的教程,并且一直被“步骤4:规则参数”练习卡住了。我想在params指令中使用通配符从配置文件中访问一个浮点数。 每当我在命令行中运行snakemake -np时,似乎都会收到相同的错误: InputFunctionException in line 46 of /mnt/c/Users/Matt/Desktop/snakemake-tutorial/Snakefile:
Error:
AttributeError: 'Wildca