Snakemake是一款流行的生物信息学工作流管理系统,由Johannes Köster及其团队开发。它旨在降低复杂数据分析的复杂性,使生物信息学工作流的创建和执行变得更加容易和可重复。Snakemake的设计灵感来自于Makefile,但它是专门为生物信息学和数据密集型科学工作流设计的,使用Python语言进行工作流的定义,这使得它在生物信息学社区中特别受欢迎。
Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。
我自己一直在寻求可以将不同的工作流串接的方式。之前尝试了nextflow,但发现语法让我头疼。无奈发现了基于python 框架的snakemake,如释重负,立马学一下。
这个snakemake workflow 主要包括:mapping, sort >> index >> call variants
如bwa 等软件,我们可以分配多线程以提高任务的执行速度的。同样,我们可以把线程的信息配置在规则中:
但通常来说,测序文件也会对应一些metadata。比如通过ENA 下载测序数据,就可以选择需要的信息:
我们都知道生物信息学(Bioinfomatics)包含两个部分:bio和informatics,即利用生物数据通过计算机学或统计学或数学的方法发现这些数据背后所具有的生物学意义。而随着高通量测序技术的不断发展,各种组学大数据正形成井喷的局面,我们越来越多地将目光聚焦在怎么才能准确、高效、低耗利用好这些数据。好在时至今日,已经有很多科学家开发了非常多优秀的算法及软件,很多时候我们要做的是怎么将这些软件串联起来并构建成生信分析流程,而这项技能通常是各大公司考核应聘者的项目之一。
数字游民第三波有你吗 https://mp.weixin.qq.com/s/q864LQvsOOmd9nUyxk939w
https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/snakemake-chap.html
我在去年整理了一个关于多行命令并行管理的脚本「submit.sh」,前些日子曾老师发来消息提供了更新的版本,今天我们一起来探讨一下。
平时工作中,主要任务是改代码,然后才是写代码,很多代码可以复用,很多分析可以批量进行。今天介绍一下在Linux下批量执行代码的方法。复杂的可以用snakemake编写定义规则,简单的用shell直接写就可以。
The Snakemake workflow management system is a tool to create reproducible and scalable data analyses. Workflows are described via a human readable, Python based language. They can be seamlessly scaled to server, cluster, grid and cloud environments, without the need to modify the workflow definition. Finally, Snakemake workflows can entail a description of required software, which will be automatically deployed to any execution environment.
这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图,整个流程是用Snakemake写的,这个图片也是Snakemake生成的。然后就被jimmy大佬点名了,受宠若惊,所以就有了本文。我是2016年从转录组学习小分队开始正式接触生信技能树,并走上了生信工程师的道路,我被jimmy大佬无私奉献的精神所折服,借此机会表示对jimmy大佬和生信技能树由衷的感谢!如果你也想从转录组开启你的生物信息学学习之旅,不妨考虑一下生信技能树的爆款入门:生信爆款入门-全球听(买一得五)(第4期),你的生物信息学入门课!
这里rule all的作用还是没有搞明白,看有的文档说是最终保留的文件 ,我这里rule all 只写了了最终的html和json,但是最终的结果里是有过滤后的fastq文件的
snakemake由不同的rule组成,每一个rule执行一个任务,通过不同的rule串联完成流程,snakemake还支持断点重启。
我在stackoverflow中问了一个问题, 获得了答案, 对snakemake的理解也加深了一步.
连续两次求贤令:曾经我给你带来了十万用户,但现在祝你倒闭,以及 生信技能树知识整理实习生招募,让我走大运结识了几位优秀小伙伴!有做ngs实战整理的,也有做临床数据挖掘算法工具介绍的。前面分享了:Snakemake+RMarkdown定制你的分析流程和报告,今天也是一个类似的流程介绍:
刘小乐教授的CRISPR-Screen的分析工具除了MAGeCK之外,还有MAGeCK-VISPR 其实从名称看,我一度以为VISPR就只更加侧重于可视化,但当我实操的时候我发现其可以自动生成snakemake文件,实现分析的流程化。
https://www.nature.com/articles/s41588-022-01043-w#code-availability
单细胞数据目前除了10x的测序数据,还有相当一部分是drop-seq的测序数据。笔者在GEO上下载了一批drop-seq的数据,在网上查找了一下没有找到详细的分析流程,想到有些大神封装好的分析流程可能放在github上,果然在上面找到了好几个流程。笔者试了其中几个,有一个名为dropseqRunner的流程可以跑通,但是有些bug。笔者便在此将这个跑通的github流程的使用方法以及出现的4个bug解决方法进行说明,方便大家后续的使用。
然后就可以看我在B站免费分享的视频课程《甲基化芯片(450K或者850K)数据处理 》
其中file可以是一个新文件,也可以是原有文件。这样的命令执行后将打开编辑器,显示文件file的内容。如图所示:
把第一个命令command 1执行的结果作为command 2的输入传给command 2。
到目前为止,我们已经完成了所有工作,并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行!但是也可能很耗时,并且更容易出错。接下来,我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。
https://eriqande.github.io/eca-bioinf-handbook/
在Linux的使用过程中,经常会碰到文件的搜索或文件内容的查询,如果你没有接触过find命令和grep命令,关于搜索或查询就很难推进了。还有另一个非常重要的操作,就是利用vim命令对文件进行编辑。在本期内容的分享中,会详细讲解如上三个命令的介绍。
注意: 这里要把生成的文件{1,2,3}_add_a.txt写出来, 命令才可以运行.
这里, 我们新建两个配对的RNA-seq数据, 格式是FASTQ的文件, 然后经过下面两步处理:
特殊符号| #管道符,或者(正则)> #输出重定向>> #输出追加重定向< #输入重定向<< #追加输入重定向~ #当前用户家目录`` $() #引用命令被执行后的结果$ #以。。。结尾(正则)^ #以。。。开头(正则)* #匹配全部字符,通配符? #任意一个字符,通配符# #注释& #让程序或脚本切换到后台执行&& #并且 同时成立[] #表示一个范围(正则,通配符){} #产生
对于工作流来说,Directed acyclic graph,有向非循环图是一个非常不错的展示的策略。
在使用命令行界面(CLI)时,有时候我们会遇到 "command not found" 的错误提示。这个错误一般是由于系统无法找到某个命令或脚本的路径引起的。在这篇博客文章中,我们将详细介绍一个常见的错误情况: "command not found: shopt "~/.bashrc" 的问题,并提供解决方法。
shell的本意是“壳”的意思,其实已经很形象地说明了shell在Linux系统中的作用。shell就是围绕在Linux内核之外的一个“壳”程序,
Get-Content 主要作用是获取路径指定位置的项(文本类文件)的内容,例如文件中的文本或函数的内容。 对于文件,内容一次读取一行,并返回对象的集合,每个对象表示一行内容。
比如我刚刚为某一段文本设置好字体、颜色、缩进、格式。选择另一段文本,再按F4,就自动把刚刚设置的动作再重复一遍择;
学习完snakemake后写的第一个流程是RNA-seq上游定量和下游的质控和差异分析。
构建生信分析流程是生物信息学从业人员必备的技能之一,对该项能力的评估常常是各大公司招录人员的参考项目之一。
https://mrvollger.github.io/StainedGlass/
其中,OPTIONS 为指定的选项参数,PATTERN 为匹配模式(可以为固定字符串、基础正则表达式 BRE 、扩展正则表达式 ERE 以及 Perl 兼容正则表达式 PCRE),FILE 为指定文件输入(FILE 为 - 代表从标准输入读入)。PATTERN 指定为 BRE 或 ERE 可参照 LinuxShell正则表达式 。
1.Shell是操作系统的外壳,是用户操作系统的命令接口,是一个介于用户和系统内核之间的桥梁。Shell接受用户以命令方式输入的命令(包括系统提供的内部命令、独立存在于某个目录下的程序),也能解释执行由Shell命令编写的Shell程序。Shell还是一个功能强大的编程语言,易编写、易调试、灵活性强。
在Shell编程工具中,四剑客工具的使用更加的广泛,Shell编程四剑客包括:find、sed、grep、awk,熟练掌握四剑客会对Shell编程能力极大的提升。
https://www.gnu.org/software/make/manual/make.pdf
比如Nextflow、Snakemake等等,这方面的各种教程多如牛毛,我这里就不赘述了,大家根据关键词搜索即可自行学习。
简介: 在 linux 处理文本时要用到工具,执行命令和结果很多时候也是文本方式,处理文本三剑客:grep sed awk。我们常说linux系统中一切皆文件,对服务配置也都是需要编辑相应的配置文件的。对于我们来说,先查看这些配置文件才是重点。在linux中查看文本文件最常见的命令包括cat、tail、more和head。
输入为:a.bat C:\Users\Administrator.USER-20190314HO\Desktop\vivo-obfuscated-1.6.15.jar 输出结果为:
批处理文件,顾名思义,是将一系列命令按一定的顺序集合为一个可执行的文本文件,其扩展名为BAT或者CMD。这些命令统称批处理命令。
ls是英文单词list的简写,其功能为列出目录的内容,是用户最常用的命令之一,它类似于DOS下的dir命令。
前言 只有光头才能变强 这个学期开了Linux的课程了,授课的老师也是比较负责任的一位。总的来说也算是比较系统地学习了一下Linux了~~~ 本文章主要是总结Linux的基础操作以及一些简单的概念~如果不熟悉的同学可下个Linux来玩玩(或者去买一个服务器玩玩【学生版的不是很贵】),对于开发者来说,能使用Linux做一些基本的操作是必要的! 那么接下来就开始吧,当然了我的Linux仅仅是入门水平,如果有错的地方还需请大家多多包涵,并不吝在评论区指出错误~ 一、为什么我们要学习Linux 相信大部分人的
前言 只有光头才能变强 这个学期开了Linux的课程了,授课的老师也是比较负责任的一位。总的来说也算是比较系统地学习了一下Linux了~~~ 本文章主要是总结Linux的基础操作以及一些简单的概念~如果不熟悉的同学可下个Linux来玩玩(或者去买一个服务器玩玩【学生版的不是很贵】),对于开发者来说,能使用Linux做一些基本的操作是必要的! 那么接下来就开始吧,当然了我的Linux仅仅是入门水平,如果有错的地方还需请大家多多包涵,并不吝在评论区指出错误~ 一、为什么我们要学习Linux 相信大部分人的PC端
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