我需要我的输出对输入是动态的,我认为最好的方法是让输出基于字典。他是一个简单的例子: {'names' : ['foo', 'bar']}configfile: "config.yaml"
我得到了Only input files can be specified as functions
我还尝试添加了规则mak
我想运行一个命令(chipseq-greylist),它在每次使用一个输入文件运行时输出三个文件。输出文件的名称由命令自动选择。一个例子是:这一行将产生三个输出文件:A-greystats.csv, A-greydepth.tsv and A-grey.bed我感兴趣的是将所有*-grey.bed文件收集到一个目录中,以便稍后使
这似乎是一个基本的问题,但我不断得到错误的一些变体:No values given for wildcard。我有一组名为Ne-sQTL_perind.counts.gz.qqnorm_chr{#}.gz的22个文件。我想在一条规则中对它们采取行动。我原来的样子是这样的: input:
file=expand("Ne-sQTL_perind.counts.gz.qqnorm_chr如何扩展此<
我正在运行一个带有检查点的Snakemake工作流,从它收集以前未知数量的输出文件。然后,Snakemake应该根据带有下一个规则的文件号创建许多任务,将收集到的检查点文件的某些部分作为通配符用于该规则通配符。这一切都很好,除非我希望该规则也创建日志和/或基准文件,此时抛出:Not all output, l