在函数中索引我的snakemake通配符有问题。由于某些原因,变量存储在“通配符”列表中的顺序有所不同。我使用该函数为我的规则之一的输入文件生成路径,当正确值的位置发生变化时,规则每一对查询只成功一次。如何控制或修复通配符在“通配符”列表中的位置?我添加了Snakefile的相关内容。
谢谢你,祖普
#!/usr/bin/env python3
import glob
import re
R_BIN = "Rscript"
pop = "lineA lineB".split()
group = "test control".split()
c
我一直有一个奇怪的错误,我无法纠正。我正在Ubuntu20.04机器上的conda环境中使用snakemake 7.8.2 (也尝试在我们的集群上运行这个程序,并发生了相同的错误)。由于一些奇怪的原因,我的一个具有通配符的规则不能用作以下规则的扩展输入,并且不断地给我一个错误,当输入文件在前面的规则中非常清楚地创建时,它们就丢失了。
以下是我的两条规则:
### Use R to generate figures of each run's sequencing summary
rule rejected_seq_figures:
input:
seq_summary =
我正在将bash脚本转换为snakemake,并且我希望将之前使用for循环处理的步骤并行化。我遇到的问题是,snakemake没有运行并行进程,而是尝试运行一个具有所有参数的进程,但失败了。 我最初的bash脚本针对参数K的一系列值多次运行程序。 for num in {1..3}
do
structure.py -K $num --input=fileprefix --output=fileprefix
done 有多个以fileprefix开头的输入文件。每次运行有两个主要输出,例如对于K=1,它们是fileprefix.1.meanP,fileprefix.1.meanQ。我的c