Snakemake使用不同文件夹中的输入文件按名称汇总

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python、snakemake

我正在尝试开发一个管道，它将从yaml配置文件中指定的不同目录中获取输入文件，并通过我在yaml中指定的名称来跟踪它们。我目前所处的状态是尝试将名称视为通配符，并使用该通配符访问配置字典。但这不起作用，因为通配符永远不会初始化，因为第一步是访问输入。由于公司的政策，我不能在我的代码示例中特别详细，但基本上它看起来是这样的

浏览 18提问于2020-08-12得票数 0

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Snakemake:通配符列表中通配符的随机顺序

python、wildcard、snakemake

在函数中索引我的snakemake通配符有问题。由于某些原因，变量存储在“通配符”列表中的顺序有所不同。我使用该函数为我的规则之一的输入文件生成路径，当正确值的位置发生变化时，规则每一对查询只成功一次。如何控制或修复通配符在“通配符”列表中的位置？我添加了Snakefile的相关内容。

浏览 2提问于2017-01-27得票数 0

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什么是snakemake元数据文件？我什么时候能擦除这些？

snakemake

我注意到我的备份rsync脚本花费了相当长的时间从.snakemake/metadata文件夹中复制带有随机名称的内容。这些文件是用来做什么的？在snakemake运行完成后，我能安全地擦除它们吗?或者，对于snakemake，是否需要它们才能正确地执行下一次运行？更普遍地说，有没有一些关于snakemake在.snakemake文件夹</em

浏览 1提问于2017-08-10得票数 8

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如何使用不同的配置文件运行多个管道？？.snakemake目录上的锁问题。

snakemake

我正在从同一个工作目录运行snakemake管道，但是配置文件不同，输入/输出也在不同的目录中。问题似乎是，尽管两次运行都在使用不同文件夹中的数据，snakemake由于.snakemake文件夹和内部的锁文件夹而创建管道文件夹上的锁。有办法强制<

浏览 3提问于2020-01-08得票数 2

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我可以为snakemake定义一个默认的配置文件吗？

snakemake

从中，我知道我可以定义一个概要文件并通过我可以将其中一个配置文件设为默认配置文件(在输入命令snakemake时使用)吗？在.bashrc中定义别名是一种变通方法。然而，我想知道是否有一个“官方”的snakemake解决方案。Sideremark:我创建snakemake默认配置文件的最初动机是定

浏览 1提问于2021-05-14得票数 1

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snakemake -来自python字典的通配符

python、snakemake

我正在编写一个snakemake文件，它的输入文件位于特定的位置，具有特定的文件夹名(在本例中为barcode9[456])。我需要更改这些目录中的命名约定，因此我现在想要向我的snakemake添加第一个规则，它将把原始位置(FASTQ_PATH)中的文件夹链接到snakemake工作目录<

浏览 50提问于2021-06-22得票数 1

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如何向Snakemake文件提供显式输入和输出？

python、bash、shell、pipeline、snakemake

所以我有一个用shell写的管道，它在三个文件夹上循环，然后在文件夹内的文件上循环。下一步，我有一个snakemake文件，它接受一个输入文件夹和输出文件夹。在试运行时，我给出了snakemake文件中的文件夹路径。，所以我想知道有什么方法可以显式地给出输入和输出文件夹路径.例如，s

浏览 7提问于2021-10-01得票数 0

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Snakemake运行规则

snakemake

我在用snakemake来运行我的管道。sample}/path/to/{sample}.raw.txt" """ """ 在next_rule中，软件只需要文件所在的文件夹，而不需要文件名，但是由于snakemake不接受前面的规则，所以它说files do

浏览 2提问于2021-01-29得票数 1

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用于R管道的Snakemake* --安装*

python、r、snakemake、qsub、mclapply

我正在寻找一些关于使用Snakemake处理我的R管道的基本信息。据我理解，最常见的两种方法是使用script标志和传递R脚本，或者通过传递给Rscript使用shell。如果我想使用这些方法中的任何一种，那么我的R脚本应该是什么样的呢？R脚本如何知道如何查找和调用RData对象上的load，或者在为input提供名称的情况下调

浏览 2提问于2019-07-02得票数 2

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运行snakemake管道，该管道具有来自同一工作目录的不同信任

configuration、snakemake

可以使用来自同一个工作目录的两个不同的信任来运行snakemake管道吗？这里的配置文件将有一个“项目名称”参数，该参数将定义管道的输入和输出路径。由于snakemake锁定了工作目录，所以我想知道在同一个工作目录中使用不同配置文件运行相同的管道是否会导致一些冲突。如果是，对这种情况是否有可行的替代战略？

浏览 1提问于2018-04-23得票数 1

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当使用目录作为输出时，Snakemake* SyntaxError*

directory、output、snakemake

我想运行一个命令(chipseq-greylist)，它在每次使用一个输入文件运行时输出三个文件。输出文件的名称由命令自动选择。我感兴趣的是将所有*-grey.bed文件收集到一个目录中，以便稍后使用。由于这是我在许多文件上使用的管道的一部分，所以我使用Snakemake来处理所有这些作业。

浏览 0提问于2018-08-24得票数 0

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Snakemake中的MissingRule异常

python、bioinformatics、snakemake

我刚开始使用snakemake工作流管理，我很难理解通配符输入是如何工作的。我试图对一些SRR数据进行QC，但是snakemake给出了"MissingRuleException错误“。my文件(config.yaml)包含以下内容：path: /User/path/生物信息学/srr_practicesample_name,fq1")

浏览 3提问于2021-09-27得票数 2

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与集群，如何使命令行缩短

snakemake、lsf

我希望将发送到snakemake命令的所有/大部分参数放在Snakemake文件中，并缩短命令行。而不是跑： snakemake cluster: bsub

浏览 4提问于2020-05-13得票数 0

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尽管包存在于conda环境中，但在snakemake管道中找不到命令错误

snakemake

我在snakemake管道中得到以下错误： Building DAG of jobs...F19FTSEUHT1027.PSU4_ISF1A_long.fastq.gzcanuwildcards.

浏览 49提问于2020-01-15得票数 0

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拆分文件上的snakemake工作流

python、snakemake

也许这个问题已经被回答了，但我想不出正确的查询来找到它…… 我有一个很大的文件需要分析。为了快速做到这一点，我首先将大文件拆分为多个小文件，并分别并行地对每个小文件进行分析。对于这个，我有这样的东西： rule all: 'bigfile.wildcards.partnum}.out' 'some_command {input.small_file} > {o

浏览 10提问于2020-01-10得票数 1

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Snakemake:作为输入的功能不能按预期工作(带有KeyError的InputFunctionException)

snakemake

在我的例子中，输入和输出文件的名称没有模式，所以我使用了一个dict将输出映射到输入文件，然后在函数中使用这个dict作为输入。下面是Snakemake文件的代码： in_files = ['in_a', 'in_b'] out_files = ['out_c', 'out_d

浏览 65提问于2019-10-02得票数 2

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Snakemake不能写元数据

windows-10、snakemake

我很难让snakemake-minimal=7.8.5在Windows 10上运行。Please ensure write permissions for the directory C:\test\project\.snakemake 我试图操作安全设置:受控文件夹或RandsomWare访

浏览 7提问于2022-07-15得票数 0

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如何正确使用Snakemake* "allow_missing"=True？部分wild_cards？*

python、snakemake、wildcard-expansion

我有一个输入文件列表，这些文件位于不同的子文件夹中，每个文件夹都有不同数量的文件，其中包含两个通配符示例和id。对于输出，还将出现以下名称：将open(config"path"+"barcodes.txt")作为f: id = lin

浏览 12提问于2022-07-03得票数 1

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默认情况下，如何使snakemake* -使用--conda？*

conda、snakemake

我的Snakefile包含"conda“指令，我总是用--use-conda标志调用snakemake。默认情况下是否有启用此标志的方法？也就是说，在默认情况下，我可以让snakemake使用conda而不将--use-conda显式地添加到每次调用中吗？

浏览 4提问于2019-12-02得票数 0

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自定义脚本的Snakemake用连体分割床头图

python、bioinformatics、snakemake

我已经编写了一个脚本，它读取一个.bedgraph文件，并为每个contig输出不同的文件，因为我想分别分析每个contig。我编写了代码以输出带有输入文件的basename + contig名称的文件：path = PATH import re contigs中。我也很不清楚如何将输出合并到我的脚本中</

浏览 5提问于2021-08-10得票数 1

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