Snakemake使用不同文件夹中的输入文件按名称汇总

Snakemake是一个基于Python的工作流管理系统，用于构建和执行可重复的数据分析流程。它的主要特点是可以自动化处理依赖关系和并行执行任务。

在Snakemake中，可以使用不同文件夹中的输入文件按名称汇总的方法有多种。以下是一种常见的方法：

首先，你可以使用glob_wildcards函数来匹配不同文件夹中的输入文件。该函数可以根据文件名的模式匹配文件，并将匹配到的文件作为输入。

from snakemake.io import glob_wildcards

# 定义输入文件的模式
input_pattern = "path/to/input/folder/{sample}/{file}.txt"

# 使用glob_wildcards函数匹配输入文件
wildcards = glob_wildcards(input_pattern)

# 获取匹配到的文件列表
input_files = [input_pattern.format(**wc) for wc in wildcards]

在上述代码中，{sample}和{file}是通配符，glob_wildcards函数会根据输入文件的模式匹配到所有符合模式的文件，并返回一个字典，其中键是通配符的名称，值是匹配到的通配符的取值。然后，可以使用这些通配符的取值来构建输入文件的路径。

接下来，你可以使用Snakemake的规则来定义任务和处理输入文件。你可以根据需要编写规则来处理输入文件，并将它们按名称汇总。

rule process_input:
    input:
        input_files
    output:
        "path/to/output/folder/processed.txt"
    shell:
        "process_input.py {input} > {output}"

在上述规则中，input_files是前面获取到的输入文件列表，"path/to/output/folder/processed.txt"是输出文件的路径。shell部分是执行任务的命令，可以根据实际情况进行修改。