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    针对肿瘤常见突变位点设计引物

    但是拿到了分析好的突变信息后续的理解又是另外一种难点了,比如针对肿瘤常见突变位点设计引物,我们随机选取3个位点来举例: KRAS基因的G13D突变 AKT1基因的E17K突变 EGFR基因的V843I突变 主要是: 基因组参考序列(以前缀“g.”表示) 蛋白质参考序列(以前缀“p.”表示) 这些突变位点很容易在COSMIC数据库找到记录: https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic id=99681646 (GRCh38, 7:55191776 ) 接下来就是问题转换,根据肿瘤突变位点,在对应的版本的参考基因组上面获取其上下游的碱基序列,足够长度可以去设计引物。 updown) get_sequence(unlist(lapply(pos, updown)), BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38) 让我蛮意外的,这个memes获取到的突变位点上下游碱基序列居然还是彩色的 突变位点上下游碱基序列 有了这些碱基信息,设计引物对绝大部分生命科学领域小伙伴来说就是小菜一碟啦。

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