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R语言】因子临床分组应用

前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R的因子(factor) 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子临床分组应用。 我们还是以TCGA数据的CHOL(胆管癌)这套数据为例。...TNM分期,我们知道组织病理分期分成stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组,并转换成因子 方法一、使用gsub函数...前面也给大家介绍过☞R替换函数gsub #删除组织病理学分期末尾的A,B或者C等字母,例如Stage IIIA,Stage IIIB stage=gsub("[ABCD]$","",clin$ajcc_pathologic_stage...】R的因子(factor) ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验,复现临床paper ☞R生成临床信息统计表 ☞玩转TCGA临床信息...☞TCGAbiolinks获取癌症临床信息 ☞肿瘤TNM分期 ☞R替换函数gsub

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HyperLogLog函数Spark的高级应用

更高层的聚合可以带来进一步的性能提升,例如,时间维按天聚合,或者通过站点而不是URL聚合。...本文,我们将介绍 spark-alchemy这个开源库的 HyperLogLog 这一个高级功能,并且探讨它是如何解决大数据数据聚合的问题。首先,我们先讨论一下这其中面临的挑战。...发送 sketch Reduce 聚合所有 sketch 到一个 aggregate sketch Finalize 计算 aggregate sketch 的 distinct count 近似值...Spark-Alchemy 简介:HLL Native 函数 由于 Spark 没有提供相应功能,Swoop开源了高性能的 HLL native 函数工具包,作为 spark-alchemy项目的一部分...,本文阐述了预聚合这个常用技术手段如何通过 HyperLogLog 数据结构应用到 distinct count 操作,这不仅带来了上千倍的性能提升,也能够打通 Apache Spark、RDBM 甚至

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Node.js逐行读取文件【纯技术】

介绍 计算机科学,文件是一种资源,用于计算机的存储设备离散地记录数据。Node.js不会以任何方式覆盖它,并且可以与文件系统中被视为文件的任何文件一起使用。...Readline(从v0.12开始) Node.js具有本机模块来读取文件,从而使我们可以逐行读取文件。它是2015年添加的,旨在Readable一次从任何流读取一行。...); 在这里,我们实质上是说,只要line事件发生在,readInterface就应该调用我们的函数并将从流读取的内容传递给它。...我们的情况下,我们不想使事情复杂化,而只是将其打印到控制台上。 在线阅读器 详细说明了如何使用本机Node.js模块逐行读取文件之后,让我们使用npm 的开源行读取器模块来查看它的较短版本。...常见错误 Node.js逐行读取文件时,常见的错误是将整个文件读取到内存,然后通过换行符分割其内容。

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回调函数Java应用

回调函数Java应用 In computer programming, a callback function, is any executable code that is passed as...关于回调函数(Callback Function),维基百科已经给出了相当简洁精炼的释义。...Java的面向对象模型不支持函数,其无法像C语言那样,直接将函数指针作为参数;尽管如此,我们依然可以基于接口来获得等效的回调体验。...我们产品侧调用mop下单接口后还会有后续逻辑,主要是解析mop下单接口的响应,将订单ID与订单项ID持久化到数据库;由于mop下单接口耗时较多,就会导致我们产品侧接口响应时间延长,原本响应时间不到一秒...void onResponse(Object response); void onFailure(Exception e); } 2 mop client sdk 异步下单接口 我们mop

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函数式编程ReduxReact应用

本文简述了软件复杂度问题及应对策略:抽象和组合;展示了抽象和组合在函数式编程应用;并展示了Redux/React解决前端状态管理的复杂度方面对上述理论的实践。...抽象与组合在函数式编程应用 函数式编程是相对于命令式编程而言的。...纯函数React应用 Redux可以用作React的数据管理(数据源),React接受Redux输出的state,然后将其转换为浏览器的具体页面展示出来: view = React(state)...由上可知,我们可以将React看作输入为state,输出为view的“纯”函数。下面讲解纯函数的概念、优点,及其React应用。...最后讲了纯函数 react/redux 框架应用:将页面渲染抽象为纯函数,利用纯函数进行缓存等。 贯穿文章始终的是抽象、组合、函数式编程以及流式处理。

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R8Android手Q应用

R8作为一个新工具,鲁棒性不如proguard,面对手Q这个庞然大物时,出现了一些问题,本文主要分享一下R8在手Q应用遇到的问题,供后面有需要的同学参考。...但我们经过对比测试,打开R8后构建耗时有6分钟左右的优化,因此开启了R8在手Q应用的故事。...三、R8在手Q应用遇到的问题3.1 Liveness Analyze过程—根可达性算法介绍补丁问题前,先简单介绍Liveness Analyze过程,后面的几个问题都和Liveness Analyze...四 、 总结后面Android端混淆的主流工具慢慢会替换成R8,因此手Q对R8的应用也是不得不做的事情。任何工具在手Q这个庞然大物面前应用需要花费的更多成本。...R8本身性能还有很多路要走,希望有更多团队和同学能加入到R8的应用和建设上来,欢迎大家交流。

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数学相关函数PHP应用简介

数学相关函数PHP应用简介 对于数学计算来说,最常见的其实还是我们使用各种操作符的操作,比如说 +加、-减 之类的。当然,PHP 也为我们提供了一些可以方便地进行其他数学运算的操作函数。...2/sqrt(pi) float(1.1283791670955) var_dump(M_LNPI); // log_e(pi()) float(1.1447298858494) 它们所代表的含义注释也已经说明了...它产生随机数的平均速度比 rand() 快四倍,这是官方文档说的,而且,mt_rand() 文档也说了是非正式用来替换 rand() 函数的。...前面带 a 的都是对应三角函数的反函数,后面带 h 的都是对应三角函数的双曲函数,又带 a 又带 h 的就是反双曲函数了。 最后两段测试代码,我们的数据出现了 NAN 这种情况。...测试代码: https://github.com/zhangyue0503/dev-blog/blob/master/php/202012/source/9.数学相关函数PHP应用简介.php 参考文档

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R的sweep函数

函数的用途 base包的sweep函数是处理统计量的工具,一般可以结合apply()函数来使用。...函数的参数 sweep(x, MARGIN, STATS, FUN = "-", check.margin = TRUE, ...) x:即要处理的原数据集 MARGIN:对行或列,或者数列的其他维度进行操作...…… 下面我们结合几个具体的例子来看 #创建一个4行3列的矩阵 M = matrix( 1:12, ncol=3) 1.每一行都减去这一行的均值 #方法一,通过rowMeans函数来计算每一行的均值...sweep(M,1,rowMeans(M)) #方法二,通过apply函数来计算每一行的均值,MARGIN=1,对行做操作 sweep(M,1,apply(M,1,mean)) 2.每一行列都减去这一列的均值...#方法一,通过colMeans函数来计算每一列的均值 sweep(M,2,colMeans(M)) #方法二,通过apply函数来计算每一列的均值,MARGIN=2,对列做操作 sweep(M,2,

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R语言基因组数据分析可能会用到的data.table函数整理

版权声明:本文为博主原创文章,转载请注明出处 R语言data.table包是自带包data.frame的升级版,用于数据框格式数据的处理,最大的特点快。...因此,在对大数据处理上,使用data.table无疑具有极高的效率。这里主要介绍基因组数据分析可能会用到的函数。...,默认_; subset 指定要铸造的子集;利用; margins 函数尚不能应用(作者还没写好),预计设定编辑汇总方向; fill 填充缺失值; drop 设置成FALSE...正则表达式集; cols 要匹配的字符矢量; 例子讲melt函数的时候已有 rbindlist 类似于data.frame的rbind,不过比rbind的速度更快,并且总是返回...: https://cran.r-project.org/web/packages/data.table/data.table.pdf

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scanf函数的实战应用: 实例演示scanf函数实际应用的使用方法

C语言中,scanf函数是一种常用的读取数据的方式,它可以按照我们预期的格式读取数据。为了让scanf函数更高效地工作,我们可以使用格式化字符串来限制输入的数据类型和长度。...基本格式 scanf函数的格式化字符串由百分号(%)开头,后面跟着读取数据的格式。例如,"%d"表示读取一个整数,"%f"表示读取一个浮点数,"%s"表示读取一个字符串。...清空输入缓存 在读取多个值时,scanf函数会将之前未读取的数据留在输入缓存,可能会影响后续的读取。我们可以使用 "%[^\n]% c" 这种格式化字符串来清空输入缓存。...总结 总之,scanf函数是C语言中非常常用的函数,其强大的格式化字符串可以帮助我们限制输入的格式,但是,我们使用scanf函数时也要注意一些细节,如缓存区问题,还要注意scanf函数的返回值,以确定读取是否成功...总结来说,scanf函数是C语言中非常常用的函数,它的格式化字符串能够帮助我们限制输入的格式,但是我们使用时也要注意一些细节。

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HMM模型量化交易应用R语言版)

函数形式:X(t+1) = f( X(t) ) HMM由来 物理信号是时变的,参数也是时变的,一些物理过程一段时间内是可以用线性模型来描述的,将这些线性模型时间上连接,形成了Markov链。...RHmm包介绍 应用(训练样本是2007-2009年) 黑的是HMM模型的收益,红的是基准。...HMM波动率市场应用 输入是:ATR(平均真实波幅)、log return 用的是depmixS4包 模型的输出并不让人满意。 HS300测试 去除数据比较少的9支,剩291支股票。...(一个模型包括:输入、样本筛选/过滤、拟合参数、拟合函数、模型的参数、目标函数等等等等。这么多东西需要测试, oh my god!) 改进 这里还是只讲HMM模型吧!...应用到沪深300成分股试试。

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【GNN】R-GCN:GCN 知识图谱应用

(只发到 C 可能是因为 R-GCN 表现不太好) 这篇论文主要有两大贡献: 证明了 GCN 可以应用于关系网络,特别是链接预测和实体分类; 引入权值共享和系数约束的方法使得 R-GCN 可以应用于关系众多的网络...根据这种想法,作者设计了一个编码器模型,并将其应用于这两个任务,简单来说: 对于实体分类来说,将在编码器后面接一个 softmax 分类器用于预测节点的标签; 对于链路预测来说,可以后面接一个解码器,...基于这个模型作者定了一个简单的前向传播模型: 其中, 表示节点 i 关系 r 下的邻居节点的集合; 是一个标准化常量,可以实现指定也可以学习得到。...R-GCN 模型单节点更新的计算图如图下所示,其中红色节点为将被更新的节点,蓝色节点为邻居节点: ?...基函数分解可以看作是不同关系类型之间权重共享的一种方式;而块分解可以看作是对每个关系类型的权值矩阵的稀疏约束,其核心在于潜在的特征可以被分解成一组变量,这些变量组内的耦合比组间的耦合更紧密。

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R的替换函数gsub

Rgsub替换函数的参数如下 gsub(pattern, replacement, x, ignore.case = FALSE, perl = FALSE, fixed = FALSE,...vector举例如下: > x <- c("R Tutorial","PHP Tutorial", "HTML Tutorial") > gsub("Tutorial","Examples",x) #将...Tutorial替换成Examplers [1] "R Examples" "PHP Examples" "HTML Examples" 还有其他的一些例子来灵活使用这个函数,结合正则表达式。...分期,我们知道组织病理分期分成stage I,stage II,stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组,并转换成因子 我们使用gsub函数...stage) #转换成因子 stage=factor(stage) stage 可以得到下面这个两分组的因子 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成三个组,并转换成因子 我们还是使用gsub函数

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R语言最优化应用】igraph 包在图与网络分析应用

由于它对实际问题的描述,具有直观性,故广泛应用于物理学、化学、信息论、控制论、计算机科学、社会科学、以及现代经济管理科学等许多科学领域。...igraph 包在图与网络分析应用 igraph 包是一个非常强大的包,它可以快速轻松地创建、绘制和分析无向图及有向图(图的顶点和边允许百万以上),并解决了经典图论问题,如最小生成树、最大网络流量、...igraph包,graph.maxflow() 函数可以解决最大流问题,用法为: graph.maxflow(graph, source, target, capacity=NULL) 其中,graph...解:这三个问题是图论的典型问题。首先,应该在R构造该图,然后分别调用相关命令即可。...如顶点0 到顶点7 的最短路为10(矩阵第1 行第8 列对应的元素)。需要说明的是,第6,11 行结果表示这是R软件打开的第35,36 个tk 图形设备,与本题的具体内容无关。

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LevelDB测试应用应用

LevelDB是Google开源的持久化KV单机数据库,这个有点类似Redis,通常我们存储key-value的数据都会选择Redis。但是唯一的问题就是得有Redis给我们用。...LevelDB可以完美解决我们这种问题,存储本地的文件当中,如果数据量不多的话,可以直接提交代码中提交文件,然后就可以把数据放在这个数据库。...token) def httpresponse = getHttpresponse(request) httpresponse } } Part2不可见存储 日常的工作...,我们会遇到很多需要用到的账号和密码,但是各种信息我们并不想写在代码或者说放在配置文件,最起码不应该放明文信息存储某个肉眼可见地方。...Java服务变成一个有状态的服务,比如这个服务需要执行大量的耗时的任务,这些任务都是在内存的,会分多个阶段,分布式性能测试中经常碰见这样的情况。

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