5.1.2 Github Github并不特定于R，任何类型的代码都可以上传。无法保证上传到github的软件包可以安装。...可以使用上面安装的“devtools”软件包直接从github下载和安装R软件包。...devtools::install_github("tallulandrews/M3Drop") Github也是一个版本控制系统，可以存储任何软件包的多个版本。...如果您想要旧版本或开发分支，可以使用“ref”参数指定： # different branch devtools::install_github("tallulandrews/M3D", ref="nbumi...5.1.4 来源 安装包的最终方法是直接从源代码。在这种情况下，您必须下载完整构建的源代码文件，通常是packagename.tar.gz，或克隆github存储库并自行重建包。
R包来源决定安装使用的代码 CRAN：install.packages() Biocductor: BiocManager::install() Github:devools::install_github...from github install.packages('devtools') devtools::install_github("jmzeng1314/biotrainee") #括号里写包名，本地安装的方法...原因1：包名写错 原因2：安装命令使用错误 原因3：本机的R语言版本与包所要求的版本不符(极少) (3)别更新 能不更新就不更新，除非一直报错。...最后再来推荐一下我的包 https://github.com/mugpeng/pengToolkit # install devtools install.packages("devtools") devtools...::install_github("mugpeng/pengToolkit")
通常来说，R包的安装主要有四种方法，包括：1）从R语言官网上直接下载相关R包并安装；2）从Bioconductor上下载R包并安装；3）从Github上下载R包并安装；4）手动安装R包。...2）如果所要下载的R包不在R语言官网上，那它极有可能在Bioconductor或者Github上，可以先登录Bioconductor官网（http://www.bioconductor.org/）搜索相关...3）接下来便是安装源自Github（https://github.com/）的R包了，它的步骤和安装源自Bioconductor的R包类似，需要先安装devtools包，然后用devtools包里的install_github...函数来进行安装，具体代码如下： install.packages('devtools') library(devtools) install_github('gertvv/gemtc') 这里需要注意的是...，github中的R包需要在其前面加上该包所在的库名，否则无法进行下载安装。
r语言的包中，集成了众多函数，大大扩展了r的功能且降低了使用难度。本篇文章就来介绍r语言中包的两种安装方式：install.packages和从github安装包。...install.packages() install.packages()是从镜像安装包，在括号中输入包的名称字符串就可以完成包的安装。...相关信息，导致包安装失败，这是因为镜像地址无法打开，此时我们可以使用repos参数修改为国内的镜像地址。...方法一：通过devtools包中的install_github函数。...library(devtools) install_github("twitter/AnomalyDetection") 这里，需要先安装并调用devtools包。
为此他们构建一个R包DeMixT。 接下来我们就为大家介绍下此包的如何使用。...首先是包的安装，这需要我们先安装devtools然后借助gitHUB源安装： devtools::install_github("wwylab/DeMixTallmaterials/DeMixT_0.2...")（已安装openMPI）devtools::install_github("wwylab/DeMixTallmaterials/DeMixT_0.2.1")（未安装openMPI） 包中主要的函数也就是...ExprT 未知的部分的表达矩阵。 ExprN1 去卷积后的第一部分表达矩阵。 Pi.iter 每次迭代每个样本中已知部分评估比例。 Gene.name 主要是筛选后的基因列表。
通过这个游戏，伊丽莎白·牛顿发现人与人之间普遍存在着一种认知偏差，这种认知偏差被称为：知识的诅咒（The Curse of Knowledge），即：我们一旦知道了某事，就无法想象这件事在未知者眼中的样子...require("ReporteRs")) install.packages("ReporteRs") devtools::install_github('davidgohel/ReporteRsjars...') devtools::install_github('davidgohel/ReporteRs') } library(devtools) source("http://bioconductor.org...什么是安装R语言？怎么样算是安装成功了？ 安装Rstudio后在哪里打开？ 什么是R包，怎么样算是安装成功了？ 为什么那么多R包，都要安装吗？...首先是如何安装R和Rstudio这两个软件 30秒解决你的疑惑。 ? 然后是如何安装那些R包 十分钟搞定一切； ?
ggbiplot画主成分图的案例，让人印象很深，但是用起来好像没那么容易，需要在github上下载安装。但是，ggbiplot在安装的时候经常遇到问题。...按照网上的安装流程： install.packages("devtools") library(devtools) install_github("vqv/ggbiplot") 但是总有许多问题，比如：...library(devtools) Error in library(devtools) : 不存在叫‘devtools’这个名字的程辑包 如果只是警告还好，不过总是无法安装这个库就让人头疼了。...最后意外在R的提醒中发现，需要安装 usethis 的包 再次重试： install.packages('usethis') library(usethis) install.packages('devtools...') library(devtools) install_github("vqv/ggbiplot") library(ggbiplot) library(ggplot2) library(plyr)
比如安装GitHub的R包，因为并不是所有的R包都会被正式的发布在CRAN或者bioconductor，所以对于简简单单分享在GitHub的R包一般我们搜索到如下代码： library(devtools...) # https://github.com/jasdumas/shinyGEO install_github("jasdumas/shinyGEO") if(!...requireNamespace("ThreeDRNAseq", quietly = TRUE)) devtools::install_github('wyguo/ThreeDRNAseq') 一切看起来那么美好...image-20191121170459162 然后再本地安装，这个时候install_github函数可能是有问题的啦，所以需要谷歌搜索，考验大家搜索能力的时候到了，主要是关键词寻找：install...devtools::install('github/ThreeDRNAseq/') 一般来说，就会成功： ?
下面，我将首先介绍TwoSampleMR包的安装 注意，TwoSampleMR这个包是存储在GitHub库里的，所以我们需要使用devtools来安装，具体代码如下： install.packages(...‘devtools’) devtools::install_github(‘MRCIEU/TwoSampleMR’) 上述代码是用来安装最新TwoSampleMR包的，如果你想使用老版的TwoSampleMR...包，只要添加一个版本号即可： devtools::install_github(‘MRCIEU/TwoSampleMR@0.4.26’) 版本号的查询与获取可以通过点击“master”里的Tags来查询...万事开头难，我身边不少小伙伴在安装TwoSampleMR包时出现问题，米老鼠给大家总结了几点原因以及相关解决办法，可以一试： （1）出现网络连接不畅的问题，这可能是你频繁地从GitHub上获取数据，或者是...（2）出现某个依赖包安装失败时（比如“MRIntruments“），可以先安装这个依赖包试试，逐步排查问题，在安装过程中不要随便更新其它R包！只有当一个R包不更新便无法导致安装时，再更新这个R包。
ggthemr是发布在github上的开源ggplot插件包，可以方便快捷的配置各种风格的主题，并且改变字体类型、大小，图例、坐标轴、背景等各种元素。...R包的安装 与常规的R包不同，ggthemr没有在发布在CRAN上，因此我们需要使用devtools中的install_github()从github上安装： devtools::install_github...我们可以使用如下命令清除主题并返回到ggplot2的默认设置： ##清除主题 ggthemr_reset() 由于ggplot2函数会存在一些bug，在绘图的时候可能会返回错误（如：颜色名称未知），我们可以通过调用...03 定制调色板 在ggthemr包中还提供了非常个性化的选择，我们可以通过define_palette（）函数制作自己的主题，就像上面的各种调色板一样，这些主题可以传递给ggthemr（）。...ggplot(diamonds, aes(price)) + geom_histogram(binwidth = 850) + dust_theme$theme 小编总结 作为一个ggplot2的补充包，
例如，如果用户sammy安装了somepackage，那么用户jessie在安装它之前将无法使用somepackage。 可以通过以root身份的方法来让安装了腾讯CVM的所有用户来安装R包。...现在退出R. q(save = "no") 第4步 - 安装devtools包 虽然许多R软件包托管在CRAN上并且可以使用内置install.packages()函数进行安装，但是有更多软件包托管在GitHub...第5步 - 从GitHub安装R包 现在我们已经安装devtools了，我们可以使用该install_github()函数安装GitHub上的任何R包。...sudo su - -c "R -e \"devtools::install_github('daattali/shinyjs')\"" 让我们通过尝试加载来验证shinyjs是否已正确安装。...我们还了解了从GitHub和CRAN安装R软件包之间的区别，以及如何确保这些软件包可供CVM上的所有用户使用。 更多Ubuntu教程请前往腾讯云+社区学习更多知识。
写在开头 最近在疯狂补数据挖掘课以及跟着生信技能树整理的#R语言在补充R语言基础知识 恰好看到了无法在线下载安装GitHub包？...来自github的包 有些软件包会放在Github上，版本可能更新的比较及时，因为上传到Bioconductor需要审核 我们下载的时候用Bing搜索相应的R包的名字，然后跳转到Github上面找到下载的方法...Github上R包 如果是github上的包，可以采用输入作者名以及R包名字之后使用命令进行安装 安装Github上的包 #使用devtools安装 install.packages('devtools...') devtools::install_github('kevinblighe/PCAtools') devtools安装 但是GitHub直接安装的话有时候会报错，往往都是打不开网址。...所以可以按照报错信息提供的网址，将R包下载到本地之后导入到Rstudio里面 remotes::install_github("genecell/COSGR") #报错信息 Downloading GitHub
正常情况下，很容易下载和安装，我让学徒使用她的Windows电脑测试了，使用以下代码： library(devtools) install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")...GitHub在线包，需要devtools包或者remotes里面的install_github函数： ?...加载devtools包或者remotes包 加载了devtools包或者remotes包后就可以使用install_github函数，如下： ?...使用install_github函数 可以看到，很简单就成功了，因为这个包本身就不大，下载速度也ok，包本身就两三个函数，并不复杂。 ?...但并不是所有的的GitHub包都被备份到了gitee.com，所以你有两个策略，首先可以自己主动去gitee.com注册一个账号，然后把别人的GitHub包搬运到你的gitee.com账户，这样你就可以很方便安装了
再早几年Y叔其实都会教你如何安装的，一般开头就会写2条命令和1条注释： install.packages(“devtools") devtools::install_github(“GuangchuangYu...第二个坑是devtools::install_github这个函数需要浏览器开启TLS支持，否则很有可能打不开github的网址，在这里可以检测你的safari有没有打开TLS，https://www.cloudflare.com...好了，打开TLS之后我们才能开始畅通无阻的从Github安装Y叔的包。你以为这样就结束了？...Y叔的github上安装，不过这次Y叔把DOSE包放在了他们团队的github上，所以命令变了，看好兄弟们，是这样滴： devtools::install_github("YuLab-SMU/DOSE"...看到这里，还没被玩残的兄弟，恭喜你，可以放心地run这句话了： devtools::install_github("GuangchuangYu/clusterProfiler") 安装完之后记得再Restart
细胞通讯学习-cellchat1 安装依赖按照官方文档说明，先安装4个依赖NMF (>= 0.23.0)circlize (>= 0.4.12)ComplexHeatmapUMAP（python包）已经安装过的可以直接跳过...=TRUE)#剩下两个包devtools::install_github("jokergoo/circlize") #成功devtools::install_github("jokergoo/ComplexHeatmap...") #成功安装python包：pip install umap-learn #这个在终端运行，有的可能需要用pip32 安装cellchat以上依赖都安装完后，使用以下代码安装cellchat:devtools...::install_github("sqjin/CellChat")报错，CMake was not found on the PATH....：export PKG_CPPFLAGS="-DHAVE_WORKING_LOG1P"再打开R终端运行：devtools::install_github("sqjin/CellChat")3 准备数据需要准备一个标注好细胞类型的单细胞数据
1、一个未知的包，如果不知道怎么安装。...用三种方法都蒙一次，然后安装；R语言的工作路径设置在C盘也没关系，因为R包占用的空间不多。...BiocManager::install("limma") install.packages('devtools') devtools::install_github("jmzeng1314/idmap1...") #括号里写作者用户名加包名 2、在R语言中，安装R包的命令中可以加update=N，ask=N，省事。...4、本地安装，将R包zip文件下载下来，然后放在工作路径中 devtools::install_local(“xxxx.zip”) 5、window电脑可能会存在的权限问题 6、R包不会用，有作者的第一手教程
本 期目标 一、了解如何从github上安装包 二、学习cidian包，并用cidian将单个搜狗词库转化为独立的.txt词库文件。...从 github上安装R包 下面讲解如何安装cidian包，包括一些cidian需要依附的其他包。...需要注意的是，cidian包没有发布在CRAN中，而是发布在github.com中，安装需要使用install_github()函数。...接着，在安装cidian前，我们还需要先安装以下几个包： 1> install.packages("devtools") 2> install.packages("stringi") 3> install.packages...经过了这些铺垫，我们就可以安装cidian包了： library(devtools) install_github("qinwf/cidian") 其中，install_github()是用来从github
GAPIT3官网地址 官网地址：https://zzlab.net/GAPIT/ github地址：https://github.com/jiabowang/GAPIT 2. windows安装 推荐安装方式...： devtools::install_github("jiabowang/GAPIT3",force=TRUE) library(GAPIT) 安装完成： 发现了一个官方文档的bug： 这里应该是librfary...安装后的软件包： 3....Linux安装 安装代码不变： devtools::install_github("jiabowang/GAPIT3",force=TRUE) library(GAPIT) 安装成功后的截图： 安装后的系统查看...安装和测试GAPIT3代码汇总 ## 安装GAPIT代码 # install.packages("devtools") # 如果没有devtools，先运行本行代码安装 devtools::install_github
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