我一直在致力于java编程的开发,以找到DNA链中的基因。我的问题是,为什么for循环在dna2结束,输出停留在第三个字符串,而不返回更多的结果。以下是守则:
import edu.duke.*;
import java.io.*;
public class Part1 {
public String findSimpleGene (String dna) {
String result = "";
int startIndex = dna.indexOf("atg");
使用字典的函数在使用文本文件中的DNA字符串时返回KeyFile错误"\n“,但当我手动键入DNA字符串:时则不会返回
DNA = open(r"C:\Users\CP\Desktop\Python\rosalind_revc.txt","r")
DNA = DNA.read()
DNA.replace(' ','')
print(DNA)
# Output works when I manually type a DNA string, such as the one below in the comment
# DNA
我是大学“初学者编程”课程的一名学生。我们这门课的最后一个项目涉及创建一个DNA测序器,它可以从用户输入或txt文件打印DNA序列,计算序列中的核苷酸,将DNA转录成mRNA,并翻译成多肽。我可以打印出序列并计算核苷酸,但当涉及到转录时,我会得到这个错误。 我们的班级在这个项目中使用Spyder。 这是我目前用来转录DNA的代码。 def transcribe(DNA):
mRNA = ""
for i in DNA: # Use a for loop to walk through the DNA data
我是编程新手,我正在尝试写一段关于DNA的代码,用户可以输入特定的DNA序列。然后,程序必须将输入的DNA翻译成特定的氨基酸。 我尝试将用户输入的每个DNA字符串转换为一个列表,然后使用"in“函数查看用户输入的哪个DNA与特定的氨基酸相对应。我的代码如下: dna = input("please enter the DNA sequence in CAPS: ")
# a variable called codons to convert the entered DNA sequence into a list of 3 characters per elemen
我是一个绝对的编程新手,所以如果这是一个非常基本的问题,很抱歉。我正在尝试打开不同目录(与我当前工作的目录不同)中的特定文件,并使其执行某些操作。当我请求它查找文件时,它做得很好,但它不会打开文件("FileNotFoundError: Errno 2没有这样的文件或目录“)我不确定哪里出错了。下面是我的代码:
for file_name in os.listdir("/Users/sujathakoduvayurp/Downloads/exercises-and-examples/Chapter 9/exercises"):
if file_name.endswit
我编写这段代码是为了回答必读学校学习过程中的主题8、问题5。代码正在工作,但我相信有一种更优雅的方法来获得相同的结果,但作为新手,不仅在python,而且在编程中,我什么都不能想。有人能帮忙吗?
# Use a dictionary to provide the mapping of DNA to RNA bases.
def mRNAtranscription(dna_template):
dna2rna = { }
mrna = ''
l = []
for base in dna_template:
dna2rna = {
我有一个生成DNA的代码,然后复制dna链多少次,然后它在一个随机点上剪切每一条线。我需要能够生成至少20,000行,但这需要30分钟来做。我想知道有没有办法让这段代码更有效率?谢谢
import sys
import numpy as NP
import fileinput
import re
import random
#Generate Random DNA Sequence
def random_dna_sequence(length):
return ''.join(random.choice('ACTG') for each in ran
我需要为我正在选修的一门课程编写一个Java程序,它寻找DNA.The中的一串基因,我的问题是,从测试方法中,我需要将printAllgenes(a)传递给void printAllgenes方法。在测试方法中,我尝试将'int‘设置为'String a',但在这两种情况下,编译时都会出现错误,解释不能将void转换为int或String。我确信这是显而易见的,但我对编程很陌生,所以请原谅我的无知!谢谢。
import java.io.*;
import edu.duke.*;
public class FindProtein {
public void tes
我在C++编程方面是个新手。所以我试着定义一个别名,并在以后更改它,但我不确定这是否可能以及(如果可能)如何做到这一点:
using Alpha = Alphabet::DNA
//I don' need the Alpha here, but I have to define it before the scope,
//because afaik if I define it inside the scope,
//it'll be lost outside the scope
for(int i = 0 ; i < argc ; ++i){
if(argv[
在“雪花”中,如何定义自定义排序顺序。
ID Language Text
0 ENU a
0 JPN b
0 DAN c
1 ENU d
1 JPN e
1 DAN f
2 etc...
在这里,我想按照这个顺序返回所有按语言排序的行: Language = ENU优先,然后是JPN,最后是DAN。
这有可能吗?
我想按语言排序: ENU,JPN,DNA等等: ENU,JPN,DNA,ENU,JPN,DAN,ENU,JPN,DAN
不是: ENU,J
有人能告诉我为什么当我用这个特殊的例子来尝试这个函数时:is_valid_sequence('ABCDEFG'),会出现"True“而不是"False”吗?总的来说,我对编程完全陌生。这是我要上的在线课程。谢谢。
def is_valid_sequence(dna_sequence):
''' (str) -> bool
Return True if and only if DNA sequence is made up of 'A', 'T', 'C', and &
我有一个程序,它应该找到一个由3个字符组成的字符串,把"abc“转换成一个更长的字符串,比如"aabccbd”,然后用另一个字符(比如'd')替换为原来的字符串。所以。考虑到这些字符串,结果将是:
aabcabcd
adabcd <<-- another iteration
addd <<-- Final result
我还编写了一些代码行,我认为这些代码行解决了替换给定序列的问题(仍然没有对字符的替换进行编程)。但是问题是,当我用给定的字符替换序列时,在序列被删除之前的字符。示例:
aabcabcd
dabc
我试着写一些代码来识别我的序列中的终止密码子。我写了以下代码,但当我尝试使用它时,当我在提示时输入我的序列后,它就停止了。我不确定为什么它不能通过。非常感谢!
dna=input("Please type your DNA sequence: ")
stopcodons=("TAG","TGA","TAA")
pos=0
while (pos+2)<(len(dna)):
if dna[pos:pos+3] in stopcodons:
type("Your sequence has a
编写一个Python脚本,要求用户输入两个长度相同的DNA序列。如果两个序列具有不同的长度,则输出"Invalid input,the length If!“如果输入是有效的,那么计算在这两个序列中有多少相同位置的dna碱基相等,并输出答案“这两个序列的x位置具有相同的字符”。X是实际的数字,具体取决于用户的输入。
下面是我到目前为止所知道的。
g=input('Enter DNA Sequence: ')
h=input('Enter Second DNA Sequence: ')
i=0
count=0
if len(g)!=len(h):
如何在Matlab/Octave中将脚本调用到函数,而调用vica调用函数呢?
function mean_DNA_Microarray = Calc_mean_DNA_Microarray(M)
M = DNA_Microarray
mean_DNA_Microarray = M - ones(5,25)*mean(M(:,25))
end
反应是
错误:对脚本C:\Users\Nacho\Documents\Matlab\DNA_Microarray.m错误的无效调用:调用自: error: C:\Users\Nacho\Documents\Matlab\Calc_me
我有一个问题,我有一个字典,我需要将一个函数传递给字典的每个值,我需要我的输出包括值键+函数的结果。程序本身应该识别给定DNA序列中的开放阅读框,我有这部分工作,但我需要打印序列+开放阅读框的名称。
我是编程新手,我被卡住了。我们将非常感谢所有的帮助。
#converts a fasta file into a dictionary.
import re
myfile = input("Enter a file name and directory:")
try:
f=open(myfile)
except IOError:
print("File
我想遍历kmer列表并选择只包含字符A、T、G和C的项目
kmers=["AL","AT","GC","AA","AP"]
for kmer in kmers:
for letter in kmer:
if letter not in ["A","T","G","C"]:
pass
else:
DNA_kmers.append(kmer)
我在我的代码中得到了“必须是一个数组类型,但它解析为字符串”的错误。它还说我(在下面的代码中)不能被解析为我没有得到的变量。
public class DNAcgcount{
public double ratio(String dna){
int count=0;
for (int i=0;i<dna.length();i++);
if (dna[i]== "c"){
count+= 1;
if (dna[i]=="g"){
首先,我想要比这个社区更多地帮助那些正在学习编程的人,我希望你们能容忍我。下面是我正在处理的文件:
Exception in thread "main" java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: String ind
ex out of range: 14
at java.lang.String.charAt(String.java:658)
at DNA.gap_score(run_dna.java:64)
at DNA.dna_ini(run_dna.java:37)
at DNA.<i
所以我需要翻译DNA,但是我不允许使用任何循环,它必须是递归的。没有循环,我真的不知道该怎么做.因为没有循环,它一次只能打印一个核苷酸。也不允许使用翻译函数。
def one_dna_to_rna(c):
"""Converts a single-character c from DNA nucleotide
to complementary RNA nucleotide
"""
if c == 'A':
return 'U'
if c == 'C':
return '
如果我将DNA表示为二进制值,那么计算它们之间距离的最佳方法是什么?
So : A = 00, T = 11, G = 01 and C = 10
ATGC和TAAC之间的汉明距离是3,但是它们的二进制表示给出了不同的答案:
00110110和11000010的汉明距离= 5。
如果以这种方式表示DNA碱基,那么计算距离的最佳方法是什么?
我找到了两种解决泛型中缺乏“新(参数)”的方法,但我想知道是否有更好的解决方案。
我需要一个方法,在地球上,创造任何水果使用Dna作为参数在ctor。我有很多水果。
使用Activator (或任何类似的形式)的缺点是,如果派生类没有corret,或者是抽象的,就会中断。
public class Earth
{
public Earth()
{
var dna = new Dna();
var orange = GetFruit<Orange>(dna);
}
private static T GetFruit&l