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    【文献解读】 新型人源胶质母细胞瘤体外类癌模型建立与应用

    简单的方法孕育着大大的文章 平时做的原代细胞培养更多的是把细胞做成单独的细胞去p培养,而随着大家认识到肿瘤微环境和间质免疫细胞重要作用后,单独的细胞培养对于研究真实环境来说并不是一个很好的模型。...这篇Cell的新模型恰好解决了上面两个模型的痛点,体外用培养基模拟体内环境。1周就可以做下游实验,这样对于临床应用来说太有意义了。这个模型制作的思想其实是很简单的。...技术上,找消化分离组织的方法和培养是难点,这关过了剩下就好办了,作者在不断摸索中提供了下面这个培养方法 新模型->>组学验证 这样的新模型文章,只要模型是有用的,套路很简单。...多组学验证这个模型能够代表模拟的肿瘤,基因组,转录组,单细胞转录组等各个层次,与原来的肿瘤一致即可。最后只求一句,Together!...,或者找到对于这个患者特异性的肿瘤表面marker与免疫治疗组一起设计新的CAR-T治疗方案,就用这个原代肿瘤小块验证即可。

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    高分文献解析-肿瘤免疫基因构建生存模型

    最近几年,肿瘤免疫变成科研的热点,紧跟科研热点,今天介绍一篇5.5分的免疫基因构建生存预后模型的文章。...研究思路非常的清晰,先差异分析,再筛选免疫相关的基因,构建生存预后模型,之后结合转录因子,免疫浸润做一些相关分析。...生存分析 将差异表达的免疫基因,分别进行单因素Cox分析,与生存预后显著相关的基因。 结合基因差异表达和单因素生存分析,分析两者的相关性。...多因素COX分析,构建免疫基因的生存预后模型,并在不同亚型的癌症中进行验证,发现模型具有很好的稳定性 结合临床信息,进行多因数Cox分析,发现免疫基因构建的生存预后模型具有一定的独立性。...免疫浸润分析 从免疫浸润网站TIMER上获得癌症样本中的各类免疫浸润细胞的含量,并计算免疫预后模型的预测值与免疫细胞含量的相关性。发现一些免疫细胞和免疫预后模型存在一定相关性。

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    Meta分析之文献检索与筛选

    一篇高质量的meta分析需要在选题、检索文献以及筛选文献这三部分花很大的精力。在讲解文献检索和筛选之前,我想和大家讲讲如何选题?...一般来说,Meta分析的选题和一般的科研选题几乎没有差别,但是meta分析其实更偏向与临床实践应用,在这一点上它和一般的理论研究和基础实验研究有较大的差别。...所以,meta分析的选题主要来自临床实践,文献阅读以及平时的生活观察,其实处处皆可有课题。 接下来言归正传,如何检索文献呢?...这样检索的好处是不容易遗漏文献,但对应的后果是检索出来的文献数目太多,给筛选带来麻烦,当然为了meta的质量,还是比较推荐大家采取这种检索策略的。 ?...注意,一般只需要查阅文章的摘要就可以筛选出合格的文献,如果对于一些特殊文献,则需要详细阅读全文。

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    资源 | GitHub新项目:轻松使用多种预训练卷积网络抽取图像特征

    机器之心简要地介绍了该项目,并测试了使用Inception_V1预训练模型抽取图像特征。...然后再使用如下命令行加载数据与预训练模型就能抽取出图像的特征: tar -xvf inception_v1_2016_08_28.tar.gz python compute_features.py --...读者可查与具体的模型定义并构建适合于我们自己任务的用法。...在使用预训练模型抽取图像特征的同时,我们还需要了解各个模型的架构与特点,这样才能更有效地利用它们抽取出来的特征向量。...其它还有很多如特征抽取的效果或模型架构等还需要各位读者自己尝试。 我们测试了 inception_V1 预训练模型,它完成特征计算后会输出一个包含特征的 pkl 文件。

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    读文献:全基因组选择模型进展及展望

    ,而育种讲求时效性,所以难以高效指导育种实践;因此,如何优化模型,尽可能减少人为设定参数,与机器学习方法有效结合,并融入高效可并行运算,既能保证较高准确性的同时,大大提升计算效率,是未来全基因组选择模型优化的方向...参考文献 尹立林, 马云龙, 项韬, et al. 全基因组选择模型研究进展及展望[J]. 畜牧兽医学报, 2019, 50(02):9-18. 2....根据统计模型的不同,全基因组选择的模型大体可分为两大类: 第一类是直接法,此方法把个体作为随机效应,参考群体和预测群体遗传信息构建的亲缘关系矩阵作为方差协方差矩阵,通过迭代法估计方差组分,进而求解混合模型获取待预测个体的估计育种值...利用系谱信息的BLUP模型准确性明显低于利用基因组信息的模型; 间接法模型准确性优于GBLUP模型,计算时间更长,但与基于GBLUP改进的模型准确性基本等同; 虽然间接法模型不断改进,但准确性并未明显提升...,所以难以高效指导育种实践;因此,如何优化模型,尽可能减少人为设定参数,与机器学习方法有效结合,并融入高效可并行运算,既能保证较高准确性的同时,大大提升计算效率,是未来全基因组选择模型优化的方向。

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    LaTeX科研文献引用编译与风格调整

    摘要 文献引用是规范写作的一个重要步骤。文献引用的丢失直接导致作品的抄袭嫌疑,接下来笔者给出了Google学术与百度学术引用文献步骤,与生成BibTeX至LaTeX中的具体操作方法。...---- 文献查找 登录谷歌学术或百度学术选择相应的文章,如下图所示: 谷歌的引用 ? 百度的引用 ?...---- BibTex导入bib文件 当然,很多时候我们会用更专业的文章写作工具LaTeX来写论文,此时对参考文献自动管理与编号就变得非常重要,因为在修改时,我们可能会增加一个参考文献或者删除一个参考文献...写入 LaTeX代码,自动编号与管理 bib文件引用的部分:(这一部分最好放在\end之前) \bibliographystyle{splncs04} %这是一个样式文件 \bibliography{reference...结果可以看到参考文献的风格已经调整 ?

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    文献分享(一):你的风险模型能预测你的风险吗?

    新开一个文献分享系列。今天分享一篇UBS的研报,获取原文后台回复“paper1”。 按照报告的顺序来写吧。 01 Summary 开篇三个要点 风险模型非常重要。...这块讲了风险模型和alpha模型的关系,在MPT理论里,最优组合的边际收益和边际风险相等如果收益模型和风险模型匹配的话,模型会更稳健。...具体做法如下 首先把所有因子拆分成时序模型(TS)和截面模型(XS)两组,因子模型可以分开来写成这杨 按照前面两个模型的假设,时序模型里,f已知,需要估计B,截面模型里,B已知,需要估计f。...04 模型对比 最后就是模型实阵分析以及和截面模型的对比了。...混合模型和截面模型的比较,但这里的对比最终只说明混合模型和界面模型的估计结果在风格因子上高度相关,没能说明混合模型的优势。

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