在我们编写代码的时候,我们经常需要知道两个文件之间,或者同一个文件不同版本之间有什么差异性。在 Windows 下有个很强大的工具叫作 BeyondCompare ,那在 Linux 下需要用到什么工具呢?
通常情况下,我们会在自己的独立分支中完成需求开发,此时就会有需求将自己的分支和其他分支进行对比。这个功能可以通过1 git diff branch1 branch命令来实现。
首先,Git是一个开源的分布式版本控制系统,对跨平台时遇到的一些问题有很不错的支持。 其次,码云Git是一个线上的代码托管平台,能与各地的git代码仓库进行协作。 Git for Windows则是用
1. 书签(Bookmarks) 描述:这是一个很有用的功能,让你可以在某处做个标记(书签),方便后面再跳转到此处。 调用:Menu → Navigate → Bookmarks 快捷键: 添加/移除书签:F3(OS X) 、F11(Windows/Linux); 添加/移除书签(带标记):Alt + F3(OS X)、Ctrl + F11(Windows/Linux); 显示全部书签:Cmd + F3(OS X) 、Shift + F11(Windows/Linux),显示所有的书签列表,并且是可以搜索的
我们在写代码的过程中,免不了会对代码进行一些修修改改。但经常会出现改着改着,就不知道改完后与源文件的差异是怎样的。这里,我们就需要一个文本比对工具来进行文本比对。
基因组点图(Genome Dot Plot)是一种用于比较两个或多个基因组的工具。它通过在一个二维矩阵中绘制基因组序列的相似性来显示基因组之间的相对关系。点图中的每个点代表一个基因组中的一段序列,而整个图像则反映了序列之间的相似性和差异性。
本文转载自公众号「良许Linux」。良许目前就职于一家世界500强外企,专注于Linux应用开发,欢迎学习Linux,C/C++,Python的朋友关注!
不同的比对软件会输出不一样的比对格式;比对后分析用到的软件对输入格式的要求也不一样。比如序列比对我习惯使用MAFFT。MAFFT输出结果默认为fasta格式,clustal可选;如果后续需要使用MrBayes构建贝叶斯树,需要将其转化为NEXUS格式。这里推荐 ALTER http://www.sing-group.org/ALTER/ 来完成比对格式转化的任务。如果分析的序列不是很多,可以选择网页版;如果序列条数比较多可以选择安装本地版 https://github.com/sing-group/ALTER;按照安装步骤执行即可,自己的安装过程没有遇到报错;
俗话说:三句不离本行,对于程序员这个可爱的群体来说也是一样,即使面对无休无止的编程工作,程序员们依旧任劳任怨的埋头苦干,梦想着用自己码下的代码改变世界。
其中star比对过程已经是超级简单了,但是perl脚本就比较麻烦,因为perl本身是上古语言,STAR-Fusion 这个perl脚本依赖的环境会难倒很多人,如下所示的代码架构:
Git:至于它的发音是读作什么,每个人都有着不同的叫法,当然了,我们应该尊重每个人的发音,而不是抱着一种嘲笑的语气,为人善良,为人和善才是我们应该在工作,生活中去做的。
我们都知道,目前市面上可用的 Git 客户端种类繁多,常见的有 Gitkraken、Source Tree、tortoiseGit、SmartGit 等工具。
在整个功能开发完毕的时侯,会有非常多的 commit,用 rebase 可以让我们的commit记录很干净
在上一篇有讲到,具体查看:Windows下git安装查看:https://blog.csdn.net/qq_31708763/article/details/82753846
在完成一个 code diff 需求时,发现所使用的插件不足以完成预期的需求。当然最终还是顺利完成了,详见 code diff demo。
最近有小伙伴问我 git 应该怎么学,我觉得 git 就是多用就会了,把常用的命令先看两边,然后再在实际过程中运用,忘了再去查一查,用多了就记住了,当然这只是代码管理,要达到真正的版本管理,还需要一些规范。比如提交代码的规范,各个版本之间怎么管理,分支怎么管理等等,我尽量在下一篇文章中分享。
git 现在的火爆程度非同一般,它被广泛地用在大型开源项目,团队开发,以及独立开发者,甚至学生之中。
工欲善其事必先利其器,这一节课主要以Windows系统为例,介绍了用Linux编程之前需要下载并安装的软件:Xshell,git,markdown,Winscp,幕布以及notepad++。介绍了如何下载并安装R及R的操作软件Rstudio,在Rstudio里进行了简单的命令演示以及如何安装并调用包,需要注意的是,所有软件推荐从官网进行下载,并且在安装的时候默认进行,基本不需要改动任何选项。对于Windows用户要把所有软件装在C盘,对于Mac用户则默认安装,安装软件时勿出现中文路径。
相信很多开发者都会遇到在自己的电脑上使用不止一个 git 帐号的情况。一个一般是自己的 github 帐号,另一个则是公司的 git 帐号,比如 gitlab、bitbucket 等。如果采用 https 方式通信,那么 git 帐号间不会有冲突,但你在每次 pull、push 的时候都要输入帐号密码,十分繁琐。而且当代码库达到十分庞大的规模时,如果仍然采用 https 方式,在 git pull 时可能出现超时不响应的情况,此时只能采用 ssh 方式。ssh 在配置完 ssh key 后使用起来很方便,但是 git 帐号间可能出现冲突,这时候该如何解决呢?
代码比较是日常开发经常需要做的工作,比如说源代码对比、文档对比,甚至是excel表格对比。
Taobaosnap is a completely open tool, which is used to buy goods in seconds on Taobao. This is a project created with python, using selenium and requests module to achieve login and snap-up. The project integrates network script ideas and improves them, using selenium to realize remote login and login verification problems. Use requests for snapping without rendering, reducing the time required for access and snapping. Use the countdown idea to realize automatic snapping when the time is up. The number of times of use is set, which is convenient for reading and analyzing the program log after the snap-up is over.(This description is for versions higher than 3.1.5)
· fetch 远程分支到本地某分支:git fetch origin <orginname>:<localname>
原文地址:https://www.ibm.com/developerworks/cn/opensource/os-cn-git-and-github-1/index.html
出于内部(内部审计)或者外部因素(等保等合规要求),我们通常都要关注下服务器的漏洞情况,windows下有自动更新或者第三方的软件搜集。Linux下,我们可以用云厂商提供的安全服务(巡检免费,打补丁必然是收费的), 对于物理机或者不想交钱给云厂商的话,我们也可以找一些开源的解决方案。
安装应该不用多说了,主要讲一下升级。Linux 和 Mac 都有包管理器,升级是很方便的,关键是 windows 并没有这类东西,那么怎么升级呢?
注:并不是修改上一次commit,而是生成新的commit取代上一次commit。
http://lee90.blog.51cto.com/10414478/1858636 这篇博客里面,我提到了开发人员在异地git clone导致阿里云报警的情况。
首先需要明白数据分析流程,可以查看第一讲:三维基因组学习笔记,提炼流程如下: Hi-C标准分析流程(比对及过滤,原始互作图谱构建) 下载参考基因组及构建bowtie2索引 把fq测序数据比对都参考基因
这篇来讲讲如何在 Android Studio 上同时用 SVN 和 Git 来管理项目。我知道,你肯定会说我吃饱了撑着,没事找事做,为啥要同时用 SVN 和 Git 来管理项目。问题是,我也不想啊,我也很无奈啊(:(哭丧脸)。
作为一个PROGRAMMER,可能每天你都在使用 Git 或 SVN 管理你所参与项目的代码。每当你提交自己修改后的代码、复读同事写的程序或排查程序异常行为的时候,比较和阅读两个版本代码之间的差异是必不可少的工作。
当今世界,随着科技的不断进步,生物识别技术已经成为了安全和身份验证领域的热门话题之一。如:人脸识别,指纹识别,虹膜比对,掌纹识别等。其中,掌纹识别技术作为一种生物特征识别方法,因其高度精准和高度安全性而备受关注。在这一背景下,越来越多的应用领域开始采用掌纹识别技术,包括金融、安全、物流和智能门禁等。本文将介绍如何在X86架构的嵌入式系统上部署一个开源的掌纹识别算法。
提交的时候warning: LF will be replaced by CRLF in 解决办法
本文翻译自 Android Studio Tips by Philippe Breault,一共收集了62个 Android Studio 使用小技巧和快捷键。 根据这些小技巧的使用场景,本文将这62个小技巧分为常用技巧(1 – 28)、编码技巧(29 – 49)和调试技巧(50 – 62),分成三个部分。
前言 热衷于开源项目的同学,想要参与别人的项目。只能先fork 然后再提PR,但是,fork 的仓库并不会随着别人仓库的更新而更新,需要自己手动同步,有些同学使用git,这里其实github有更傻瓜化的操作。 类似的教程知乎上有,但是不是太清楚,只是教给同学们依葫芦画瓢,并没有告诉大家每一步操作的意义。又因为Github 一个设定的不合理性,导致我昨天给别人提了很多无效的PR。哈哈哈 基本原理 自己完成的代码想要添加到别人的仓库,需要PR 给别人。 自己fork的仓库,想要更新,就需要给自己提的fork的
请注意!如果这个系列的文章你从第一篇一直看到了这里,那么你很有做码农的潜质。前面动手操作的过程中我们发现写代码有时会出错,千方百计终于改好以后,是不是很想把这段代码存进保险柜——可不能弄丢了!码农必须要考虑代码管理的问题,万一丢了,可能就是几个月白干了,今天就来聊一下写好的代码应该如何保存。
Git是一个分布式版本控制软件,最初由林纳斯·托瓦兹创作,于2005年以GPL发布。最初目的是为更好地管理Linux内核开发而设计。Git是目前世界上最先进的分布式版本控制系统(没有之一)。那什么是版本控制系统?如果你曾经做过设计或者修改过PS文件,一定有过这样命名“初稿”,“初稿-1”“终稿”“这一定是终稿”“在改稿我就……”……
官方的当前gstreamer版本号还不支持x265编解码,因此要加入�x265,须要自己编译。本文基于gstreamer1.3.3版进行编译安装。须要首先自己编译gstreamer1.3.3,以及对应的base、good、bad、ugly插件
我们可能在生活中经常会使用GitHub网页去查询一些开源的资源或者项目,GitHub就是基于Git而产生的平台
前不久,微软在 Linux 基金会董事会的代表 Sarah Novotny 认为,由纯文本电邮讨论推动的 Linux 内核开发需要被更好的或替代协作工具取代,以降低门槛引入新的贡献者,维护和维持未来的 Linux。她认为替代工具可以是基于文本的、基于电邮的补丁系统,某种程度上是过去五到十年成长起来的开发者所熟悉的工具。此前 Linus 曾在接受采访时表示很难找到新的 Linux 内核维护者。
BWA-backtrack适合比对长度不超过100bp的序列;BWA-SW和BWA-MEM适合于长度为70-1M bp的序列;其中BWA-MEM是最新开发的算法,对于高质量的测序数据,其比对的速度更快,精确度更高,对于70-100bp的reads, BWA-MEM算法在比对长度为70-100bp的序列时,效果比BWA-backtrack 算法的效果更好。总而言之,通常情况下,选择BWA-MEM算法就好。
版本控制(Version control)是维护项目的标准作法,能追踪项目从诞生一直到定案的过程。此外,版本控制也是一种软件工程技巧,借此能在软件开发的过程中,确保由不同人所编辑的同一程序文件都得到同步,记录项目内各个模块的改动历程,并为每次改动都编上序号。
如果不习惯Vim,强烈建议VSCodehttps://code.visualstudio.com/
CIRCexplorer是一款环状RNA预测软件,专门用于预测exonic circRNA,网址如下
作为一个渗透人员,在每次渗透网站的时候都要拿出一堆黑客工具,比如nmap, awvs, 御剑等工具进行测试,由于实在厌烦了一些低级重复性的工作,趁着2020年新年创建了一个工具集合平台,将渗透测试常见的域名扫描,端口扫描,目录扫描,漏洞扫描的工具集合在一起
rMATS最近刚现在出了rMATS 4.0.1版,相比之间的rMATS 3.2.5版,其用C,Python,Cython重写了该软件,运算速度提升了100倍,并且可支持多线程执行(明显感觉到计算速度的提升),并且新版的安装也简便好多了。PS.老版的rMATS我那时都是用bioconda安装的,不然太折腾了。。
Git是一款免费、开源的分布式版本控制系统,GIT之父也是linux之父Linus。linux开源后参与贡献者众多,导致审查及合并、分发代码工作量过大,所以又花了一周时间开发了git。
本文介绍了Linux平台上一个名为“Linux易用剖析器(LEP)”的剖析工具,用于分析Linux应用程序的性能。LEP通过记录和分析系统调用、进程状态、内存使用、I/O操作等方面的信息,帮助开发人员诊断和解决Linux应用程序的性能问题。
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