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多重比对问题如何处理

背景 前面介绍的都是 reads 正常的比对情况,比上或者比对不上。在实际比对过程中还会出现很多种“特殊”情况,而往往分析需要的就是这种特殊情况。...例如多重比对的 reads 分配问题,将 reads split 切割之后的比对,包括 spliced 与 clipped reads 的比对。...例如在RNAseq 分析中,由于真核生物存在可变剪切,会导致那些来自于不同外显子的 reads无法比对到基因上,所以,必须采用支持 spliced 比对策略的软件进行短序列比对才行。...比较 bowtie 和 tophat 两种比对软件,很明显发现,支持 spliced 比对的方法能够比对上更多的 reads。...一、spliced alignment read 一端比对上,跳过了中间,然后另一端也比对上【CIGAR 中用“N”表示】如果是转录组数据的比对结果,N 表示内含子;其他类型组学数据中 N

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    使用Python写了个最基本的表结构比对告警脚本, 目前这个版本只能做到发现表结构存在差异的表。后续考虑再迭代下,看如何把差异的表和列的明细也报出来。...configs.py 内容如下: # MySQL数据源的信息 mysql_source_host = "localhost" mysql_source_port = "3306" mysql_source_user...dest_tb_set): # s1.add(i[0]) # 如果要全部都报出来,用下面这种写法 s1.add(i[0]) print('表结构(只比对了列和索引...,未包括字符集和排序集)检查完成,存在差异的表如下 ---> ', s1) else: print('表结构(只比对了列和索引,未包括字符集和排序集)检查完成,没有发现存在差异的表') stop_time...= time.time() time_dur = stop_time - start_time print(f"耗时 {time_dur} 秒") readme 内容如下: 上面程序里面,我们没有比对表中的字符集和排序集

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    MySQL数据类型选择性能比对详解

    在关系型 数据库 建表期间,我们需要考虑很多很多的事项。诸如表存储什么数据,列上使用的数据类型,选择什么样的存储引擎等等。...---+ | Leshami | http://blog.csdn.net/leshami | +---------+------------------------------+ 二、基于无索引情形比对...表上统计信息,MySQL统计信息不是很准确,如下图,基于bigint数据类型占用的磁盘你空间与char类型占用磁盘空间等同。...-- 下面执行以下三条SQL语句比对性能 SELECT * FROM tb_char WHERE mobile = '17998335908'; SELECT * FROM tb_varchar WHERE...为了更好比对性能,下面基于索引列进行分组以及聚合运算,可以看出依旧是bigint数据类型性能最佳 四、最终比对结果及结论 最终完整结果图: 结论: 1)满足需求的前提使用更小长度的数据类型(更少磁盘占用

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    【说站】mysql如何导出数据库

    mysql如何导出数据库 导出方法 1、使用命令mysqldump导出数据时,默认直接在终端显示。 2、保存文件时,需要与>重定向输出相结合的操作。 3、导出指定库中的部分表或完整的库。...库中的user表导出为mysql-user.sql文件,并采用语法基本格式,将整个auth库导出为auth.sql文件,两种语法基本格式的所有操作都需要root用户进行验证。...[root@localhost ~]# mysqldump -u root -p mysql user > mysql-user.sql Enter password: [root@localhost ...~]# mysqldump -u root -p --databases auth > auth.sql Enter password: 以上就是mysql导出数据库的方法,希望对大家有所帮助。...更多mysql学习指路:MySQL 推荐操作系统:windows7系统、mysql5.8、DELL G3电脑 收藏 | 0点赞 | 0打赏

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