一切都要从Scripts以及Make说起 生物信息学分析流程可以根据其设计理念的不同分为多个框架，但是追本溯源他们都源于Scripts以及Make的使用[1]。...通常，生信刚入门的同学们会选择这种方式，简单而暴力；段位较高的同学，则会选择将分析内容进行包装，然后提供多个参数选择，增加流程灵活性。...Make是最常用的软件编译器，作为一个1977年诞生的工具，其存在的年代确实有点久远了，但是其依然在科学计算流程管理文件转化中焕发了新生。...out.sam | samtools sort - out.sorted" } Bpipe.run { align + sort } 这样只需在原有的shell脚本的基础上，将每个分析部分进行包装...frameworks 在这个框架中，任务之间的连接既不依赖于上下游的代码，也不依赖于文件命名规则，只仅仅需要配置文件的输入，通常这个配置文件的格式是XML、YAML、TOML等，然后用对应的格式解释器以及执行步骤就能完成流程的分析
Date : [[2022-05-27_Fri]] Tags : #工作流/snakemake 参考： Basics: An example workflow — Snakemake 7.8.0 documentation...[1] 前言 参考snakemake 官方的教程。...ps：这里-T 参数实际也是指定的临时文件的前缀。...snakemake 是以输出为导向的。...这里有个关于expand 的使用技巧，可以参考：[[01-初探snakemake]] 中6-整合多个结果 的介绍。
Infinium 450K探针交叉反应和模糊比对到人类基因组中的多个位置影响了485,000个探测器中的约140,000个探针（29％），将可用探针的数量减少到约345,000个。...将这个文件夹的路径添加到环境变量 $PATH 中，同时写入到 .bashrc echo "PATH=${HOME}/Bismark:$PATH" >> ${HOME}/.bashrc # 重新激活一下环境，或者重新登录一下服务器...# 得到md5值 # 分号隔开了两个fastq文件的md5值 (snakemake) yulan 18:03:35 ~/wgbs_test/rawdata $ awk 'NR>2{print $9"\t...值越高，对齐速度越慢，灵敏度越高。 -L：设置seed长度，最大值为32，默认为20。值越高，对齐速度越快，灵敏度越低。...bowtie2/hisat2所在文件夹的全路径 -o/--output_dir ：输出文件的全路径 --samtools_path：samtools所在文件夹的全路径 --prefix：指定输出文件的前缀
snake_make特点 传统的shell 脚本开发的流程，其是输入为导向的，以测序数据为例，数据下载、过滤、质控、比对…… 比较麻烦的是，如果其中某个步骤发生了问题，可能需要很多的事件去定位发生问题的某一个或多个步骤进行...snakemake conda activate snakemake 帮助文档，安装成功： $ snakemake -h |...1 1 total 1 1 1 第二个区块展示了规则输入与输出对应的值：...The order of jobs does not reflect the order of execution. 6-整合多个结果 通常来说，snakemake 是让各个文件，独自从input 经过各种规则...除非我们像上面的语法一样，在input 中特别的指定了有多个文件，比如变量fq1, fq2 等等。
本期内容主要以整理Snakemake的简单介绍[1]视频为主。 1啥是Snakemake Snakemake 是一个基于Python3的用于构建和管理数据分析工作流程的免费工具。...通过 Snakemake，我们可以定义一系列任务以及这些任务之间的依赖关系，从而构建一个可重复、可维护和可扩展的工作流程。 结合conda/mamba，它们很容易被扩展到服务器、集群、网格和云环境。...3Snakemake 参数 Snakemake的参数非常多，常用的有以下几个： -p：打印运行的shell命令。 -n：只展示需要完成的步骤，不运行。 -F：强制运行所有步骤。...-j：并行运行多个任务。 4最后 视频源自Edinburgh Genomics Training[2]，官方也提供很多其他的线上线下课程，感兴趣的可以自行了解。...其他Snakemake教程推荐： 使用SnakeMake搭建生信流程[3] Snakemake Workflow Management!
工欲善其事必先利其器 1Snakemake Snakemake是一款流行的生物信息学工作流管理系统，由Johannes Köster及其团队开发。.../snakemake 2发表文章 Johannes Köster及其团队在多个场合发表了关于Snakemake的文章，展示了其如何促进科学研究的可重复性和高效性。...-n snakemake snakemake ## 检查 mamba activate snakemake snakemake --help 安装完成 4功能简述 Snakemake是一个工作流管理系统...snakemake 的基本组成单位叫“规则”，即 rule；每个 rule 里面又有多个元素（input、output、run等）。工作流是根据规则定义的，这些规则定义了如何从输入文件创建输出文件。...这是由于 Python 会连接后续字符串，如果没有逗号分割，可能会导致意外行为 2、如果一个规则有多个输出文件，Snakemake 会要求它们全部输出 ，在使用通配符的时候应避免出现完全相同的通配，否则
Snakemake展现gatk4生成正常样本的germline突变数据库流程图 这是使用gatk4生成正常样本的germline突变数据库的流程图，整个流程是用Snakemake写的，这个图片也是Snakemake...Snakemake的使用 Snakemake是基于Python写的流程管理软件，我理解为一个框架。Snakemake的基本组成单位是rule，表示定义了一条规则。...这是Snakemake的一个优点，另外Snakemake支持“断点续行”，假如你的任务运行到一半因为某种原因中断了，你可以重新运行一下命令，Snakemake会机智的从中断的地方继续运行，已经成功运行的任务不会重复运行...我用到的文件和对应的路径（需要自己准备到服务器，测试数据和软件依赖的数据库文件） ├── sample1 │ ├── sample1.L1-B1.R1.fastq.gz │ └── sample1...注意：如果你的流程有不同的分支，最终会生成多个需要的结果，那么这些结果都需要在这里定义。
的文件的fastaq.gz 改为fq.gz, 如果是平常shell 脚本的写法则为： $ cp data/ENCFF035OMK.fastq.gz data/ENCFF035OMK.fq.gz # 对于多个文件可以写...即new_fq 可以匹配 "data/{sample}.fq.gz"， 确定了{sample}实际值，进而确定input 额，不要嫌原来shell 命令只要一行就能解决的问题，改成了snakemake...样本信息，其下一级为样本名： liver_rep1 样本名自定义，再下一级为read1.read2样本数据 r1: read1的文件 r2: read2的文件 se,如果是单端的，我们使用se 作为key值...因为原文件是类似ENCFF279LMU.fastq.gz， 这样的命名，没法直接推导出input 文件，所以这里借用一个函数，来获取匹配到的{sample}和{end}， 通过{sample}和{end}实际值，...snakemake运行 snakemake流程运行 $ snakemake -c 24 -p --use-conda -c 指定运行cpu核数 -p 打印出运行shell命令 -- use-conda
C++进阶：C++11(列表初始化、右值引用与移动构造移动赋值、可变参数模版…Args、lambda表达式、function包装器) 今天接着进行语法方面知识点的讲解 1.统一的列表初始化 1.1｛｝初始化...在返回内置类型时，编译器会进行优化，避免不必要的拷贝操作，直接将返回值传递给调用者或存储在临时变量中 将局部变量作为返回值返回，编译器会创建一个临时变量（临时对象）来存储这个返回值，从而避免返回一个指向已经被销毁内存的引用...那又要写额外的仿函数，那就有点麻烦了 每次为了实现一个algorithm算法，都要重新去写一个类，如果每次比较的逻辑不一样，还要去实现多个类，特别是相同类的命名，这些都给编程者带来了极大的不便。...decltype使用 priority_queue, decltype(DateLess)> p1(DateLess); return 0; } 7.function包装器...在C++中，std::function是一个通用的函数包装器，它可以用来存储、复制和调用任何可调用对象，包括函数指针、函数对象、Lambda表达式等。
槽点一：过度包装，徒增复杂性 我们就以其官网提供的核心流程 RNA-seq 为例，来看看这东西到底有多复杂。下面是流程目录。...在其中，引入子流程 subworflows 和模块 modules ，如下图： 在这一套体系中，模块是最小的单位，每一个软件的具体操作，被包装为模块。然后在模块之上，再封装成子流程。...实则是过度包装，一行 Shell 代码能完成的功能，硬是包装出了几百行代码（可查看 hisat2 比对软件的包装逻辑）。功能没增强多少，复杂性呈指数级上升，有害无益。...槽点二：语法怪异，晦涩难懂 语法中有大量生造的符号，仅举一例便可窥其全貌，如将多个 FASTQ 文件 cat 在一起的命令： CAT_FASTQ ( ch_fastq.multiple...不会用社区的，如WDL，snakemake，nextflow等，我们好多年前就放弃了。不为别的，因为吃过亏。 还记得曾经大火的 WDL，许多知名生信机构都在推，我们也热情拥抱社区。
常见的几种工作模式： 单个脚本就是一整个流程； 多个脚本组成一个流程； 封装成可以输入参数的命令行程序； 封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试）。...common snakemake rules and workflows. .........使用和开发这类工具的主要原因： 程序每一步的输入输出参数一目了然； 有图形化流程设计器的支持； 自带日志和运行状态监控功能； .........pyflow-ATACseq 项目提供的 ATAC-seq 数据分析流程： 图五 ATAC-seq Snakemake 示例流程图 snakemake 示例文件： rule targets:...这两个工具兴起的主要原因： 机器学习、高通量测序数据等数据科学的兴起； 大量机器学习、生物信息学分析项目经常需要同时查看文档、即时查看输出、调试代码、进行可视化、撰写报告等； 高质量可视化视图的兴起（颜值的时代
常见的几种工作模式： 单个脚本就是一整个流程 多个脚本组成一个流程 封装成可以输入参数的命令行程序 封装成函数/模块/包（包含示例文件、文档和测试） 前两种（1和2）是大多数生物信息学初学者（不具备封装和打包能力...common snakemake rules and workflows. .........使用和开发这类工具的主要原因： 程序每一步的输入输出参数一目了然 有图形化流程设计器的支持 自带日志和运行状态监控功能 .........图五 ATAC-seq Snakemake示例流程图 snakemake示例文件： rule targets: input: "plots/dataset1.pdf",...这两个工具兴起的主要原因： 机器学习、高通量测序数据等数据科学的兴起 大量机器学习、生物信息学分析项目经常需要同时查看文档、即时查看输出、调试代码、进行可视化、撰写报告等 高质量可视化视图的兴起（颜值的时代
9、各层命名规约： A) Service/DAO层方法命名规约 1） 获取单个对象的方法用get做前缀。 2） 获取多个对象的方法用list做前缀。 ...3） 获取统计值的方法用count做前缀。 4） 插入的方法用save（推荐）或insert做前缀。 5） 删除的方法用remove（推荐）或delete做前缀。 ...4） 在多个参数超长，逗号后进行换行。 5） 在括号前不要换行， 16、方法参数在定义和传入时，多个参数逗号后边必须加空格。 ...正例： “test”.equals(object); 22、所有的相同类型的包装类对象之间值的比较，全部使用equals方法比较 23、关于基本数据类型与包装数据类型的使用标准如下： 1...2） 【强制】RPC方法的返回值和参数必须使用包装数据类型。 3） 【推荐】所有的局部变量使用基本数据类型。 24、定义DO/DTO/VO等POJO类时，不要设定任何属性默认值。
透明地包装值 顾名思义，属性包装器本质上是一种类型，它包装一个给定的值，以便将附加的逻辑附加到该值上，并且可以使用结构体或类来实现，方法是使用@propertyWrapper属性对其进行注释。...上面的设置使我们的新属性包装器易于使用，只要我们希望一个属性由用户默认值.standard，但由于我们参数化了该依赖关系，如果愿意，我们还可以选择使用自定义实例——例如，为了方便测试，或者能够在同一应用程序组中的多个应用程序之间共享值...为了将该状态绑定到我们的视图，我们用@State对其进行了注释，然后通过以前缀$传递给步进器,使其直接访问该包装状态（而不仅仅是其当前的Int值） - 像这样： struct QuantityView:...@State private var quantity = 1 var body: some View { // 以“ $”为前缀的包装属性传递的是属性包装器本身，而不是其值：...我们上述属性的“美元前缀”版本称为其包装器的投影值，是通过向任何包装器类型添加projectedValue属性来实现的： @propertyWrapper final class Flag
主要是下面的4种： 第一个是基于通配符 比如Nextflow、Snakemake等等，这方面的各种教程多如牛毛，我这里就不赘述了，大家根据关键词搜索即可自行学习。...第二个是基于步骤衔接 比如Ruffus和bpipe，参考我们《生信菜鸟团》的：Bpipe | 教你轻松搭建分析流程 其实就是在原有的shell脚本的基础上，将每个分析步骤进行包装，然后利用Bpipe的语法进行串联...流程，下载即可使用它： https://github.com/fun-science-club-ntu/PET 第三个是基于配置文件 配置文件的格式是XML、YAML、TOML等，然后用对应的格式解释器以及执行步骤就能完成流程的分析
二、对象包装器 1、包装器类 有时，需要将 int 这样的基本类型转换为对象。所有的基本类型都有一个与之对应的类。例如，Integer 类对应基本类型 int。...通常，这些类称为包装器（wrapper）。...对象包装器类是不可变的，即一旦构造了包装器，就不允许更改包装在其中的值。同时，对象包装器类还是 final，因此不能定义它们的子类。 假设想定义一个整型数组列表。...例如，可以将自增操作符应用于一个包装器引用。 大多数情况下，容易有一种假象，即基本类型与它们的对象包装器是一样的，只是它们的相等性不同。...如果将经常出现的值包装到同一个对象中，这种比较就有可能成立。这种不确定的结果并不是我们所希望的。解决这个问题的办法是在两个包装器对象比较时调用 equals 方法。
改进隐式成员语法 在 UIKit 和 SwiftUI 中设置颜色时，无法直接通过.的方式进行颜色的书写，必须带上前缀UIColor或者Color，因为无法根据上下文进行成员推测，Swift 5.4 中改进了这个语法...，可以省去前缀且支持链式调用。...Swift 5.4 之前函数只能有一个参数为可变参数， 现在支持多个可变参数。...@resultBuilder struct StringBuilder { // buildBlock中将多个值构建为一个结果 static func buildBlock(_ strs...Swift 5.4 将 Swift 5.1 中引入的属性包装支持到局部变量。
在这篇文章中，我们将探讨几个在 SwiftUI 开发中经常使用且至关重要的属性包装器。本文旨在提供对这些属性包装器的主要功能和使用注意事项的概述，而非详尽的使用指南。...@State @State 是 SwiftUI 中最常用的属性包装器之一，主要用于在视图内部管理私有数据。它特别适合存储值类型数据，如字符串、整数、枚举或结构体实例。...@State 为包装数据同时提供了双向数据绑定管道，可以通过 $ 前缀来访问。...属性包装器本质上是一个结构体。使用 @ 前缀时，它用于包装其他数据；而不带 @ 时，表示其自身类型。...在 Observation 框架的背景下，@State 和 @Environment 成为了最主要的属性包装器。无论是值类型还是 @Observable 实例，都可以通过这两种包装器引入视图。
选择器selector：选择器 方法： 1. $(selector).addClass（） A. 向被选元素添加一个或多个类样式 B. 可以是一个，也可以是多个 2. ...无论页面元素的选择器，还是功能函数的前缀，都必须使用改符号 2. 链式操作 A. 在对DOM元素进行多个操作时。为避免过度使用临时变量或不必要重复代码 B. ...Value：表单元素的value值 二.jQuery对象 jQuery对象就是通过jQuery包装DOM对象后产生的对象，就能够使用jQuery中的方法 栗子： $(“#box”).html()...有 on前缀 Dom中所有事件的开始都是有on的 栗子： Dom.onclick=function(){}; 2. jQuery: 无on前缀 直接上栗子： jQuery.click(function...这系列以前所未有的包装形式推出，引起读者尖叫连连。一经上市，便引发各大报纸、媒体的一致报道。
postProcessBeanFactory方法，可以在容器初始化完成之后执行重写后的postProcessBeanFactory方法，实现Ordered接口，重写其中的getOrder方法， 可以用来指定在多个实现...五、wrapper包装类方式增强propertySources 上面就是makeEncryptable方法中，通过wrapper包装类增强propertySources的方式。...给不同类型的propertySources进行不同的包装。...在方法中先是通过EncryptablePropertyDetector对象的isEncrypted方法来判断传入的属性值，是否被加密，判断逻辑是该值是否是以配置的前缀和后缀来开头和结尾的。...如果是，那么就认为是加密之后的值。然后再将值截取前缀和后缀，通过StringEncryptor对象的decrypt方法对加密内容解密，最后返回解密之后的值。
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