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沙龙
1
回答
snakemake
:
多个
包装
器
前缀
值
?
我正在构建一个管道,它既可以访问
snakemake
的官方
包装
器
存储库中的
包装
器
,也可以访问托管在我自己的GitHub存储库中的自定义
包装
器
。当使用不同的短语时,假设一个特定的
前缀
会方便得多(例如,"main/wrapper/dir"将指向我的GitHub,而任何其他简写将指向
包装
器
代码库)。我偶然发现了--wrapper-prefix,并看到它默认指向官方的
包装</em
浏览 15
提问于2021-11-12
得票数 0
2
回答
如何使
Snakemake
包装
器
与{线程}变量一起工作
编辑27-07-2018:
包装
器
不考虑线程。此外,我在这里尝试的语法不起作用,据我所知,也不支持类似的语法。答案来自
Snakemake
、谷歌集团和下面meono的交叉帖子。我正在使用
Snakemake
,我对它很满意。然而,对于某些过程,我正在使用
包装
(即FastQC和Trimmomatic)。但是,我注意到这些
包装
器
没有考虑到{线程}变量。同样,我测试了设置{wildcards.threads}和{
snakemake
.threads}。看来
包装
浏览 0
提问于2018-07-16
得票数 1
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1
回答
Snakemake
无法打开环境文件: HTTP错误404: Not
在使用
snakemake
版本5.5.2时,如下所示: input: output:Failed to open environment file https://bitbucket.org/
snakemake
/
snakemake
-wrappers/raw/0.38.1/bio/
浏览 0
提问于2019-10-16
得票数 4
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1
回答
Snakemake
:
包装
命令日志记录
我不知道如何记录
包装
器
执行的命令。"
snakemake
-p“和"
snakemake
-D”都没有向我展示实际运行的命令。干杯,塞布
浏览 3
提问于2017-07-12
得票数 2
回答已采纳
1
回答
使用
包装
器
的
Snakemake
工作流是否需要群集节点具有互联网访问权限(例如,到github)?
当尝试在我们的一个集群上运行一些使用wrappers的
Snakemake
工作流时,我遇到了作业失败的问题,错误如下: WorkflowError:ConnectionError: HTTPSConnectio
浏览 29
提问于2021-08-27
得票数 0
1
回答
在
Snakemake
规则中对
包装
器使用Github
、
、
、
local_absolute_directory: "file:///absolute/path/to/wrapper/samtools_sort" 或者,对于开发,
包装
器
指令也可以指向完整的每个
包装
器
的示例都可以在位于
Snakemake
包装
库的
包装
器
子目录中的README中找到。但是,我还没有找到一种方
浏览 1
提问于2019-02-19
得票数 2
2
回答
Snakemake
删除-config
值
中的下划线?
、
我试图将一个名为--config的参数传递给
snakemake
函数。似乎不管我怎么传递它,所有的下划线都被删除了?有什么建议吗,还是我做错了什么?
snakemake
-s snakefile.py all --configfile /share/biocore/keith/dennislab/
snakemake
/templates/tagseq.json--config samples=60_3_6,
snakemake
-s snakefile.p
浏览 4
提问于2019-10-20
得票数 3
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2
回答
snakemake
在下位流工作流管理系统中的集成
、
我正在尝试使用用
snakemake
制作的数据分析管道(源代码不可用)。但是由于技术原因(根据我们的hpc政策,我们不允许在hpc上安装任何东西),我不能使用
snakemake
来运行它(我们没有在HPC上安装它),但是我必须在nextflow中运行它(这是我们唯一的工作流管理系统实际上,我必须在
snakemake
中运行nextflow。开发人员提到,该工具可在bioconda上使用。mamba install -c conda-forge -c bioconda drop 并且可以使用
snakemake
运行,例如使用以下命令
浏览 8
提问于2022-02-28
得票数 -1
1
回答
蛇形
包装
纸会被取一次并存放在本地吗?还是每次从远程URL获取?
当与
snakemake
脚本一起使用时,它们是每次从远程URL中获取还是存储在本地?我没有看到它们存储在.
snakemake
目录中的任何地方,这使我认为每次都会获取它们,即使每次都使用相同版本的
包装
器
脚本。
浏览 6
提问于2020-03-11
得票数 1
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1
回答
在
Snakemake
规则中使用本地目录作为
包装
器
、
我想知道如何在
Snakemake
规则中使用本地目录作为
包装
器
。我已经阅读了此Use Github URL for wrapper in
Snakemake
rule,并尝试遵循以下命令 rule index: "/public
浏览 39
提问于2020-03-30
得票数 1
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1
回答
Snakemake
没有正确激活conda环境
、
、
__version__)Complete log: /OMITTED/.
snakemake
/log/2022-11-17T182715.495739.
snakemake
.log所有三次尝试都使用相同的CLI命令
snakemake
浏览 21
提问于2022-11-17
得票数 0
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1
回答
使用os.system和
snakemake
.shell的区别
、
我对
snakemake
还是个新手,所以我仍然很难将shell命令和python代码结合起来。 我的解决方案是生成脚本文件,然后在此脚本中执行shell命令。调用
snakemake
.shell和os.system来执行命令行有什么机械上的区别吗?"prefetch %s -o %s" "scripts/prefetch.py" prefetch.py是: from json import loadfrom os
浏览 29
提问于2020-11-05
得票数 0
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1
回答
在函数中定义输入文件后缺少输入文件
、
、
我使用
Snakemake
作为工作流管理
器
,并且意识到
Snakemake
不喜欢一对多的规则。我定义一个检查点可以解决这个问题,但是当我运行这个脚本时,我会得到这个错误消息,并使用规则fastqc。#
Snakemake
file - input raw reads to generate quant files for analysis in Rimport osimport pathl
浏览 3
提问于2022-01-05
得票数 0
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1
回答
snakemake
包装
器
:将通配符指向列表( config.yaml或txt )
、
、
我试图使用以下
snakemake
包装
: output: wrapper:如何在txt文件或config.yaml文件中直接添加
多个
浏览 3
提问于2021-04-05
得票数 1
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1
回答
如何在Snakefile中调试配置变量
、
我试图理解一个复杂的
Snakemake
工作流,包含
多个
配置和配置文件层。如何调试一个普通的Python脚本,使
Snakemake
在断点停止,允许我检查变量? 注意:标志--verbose通过包含堆栈跟踪来帮助您。
浏览 5
提问于2021-06-29
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1
回答
蛇形星模问题及附加问题
Q2:如何从
包装
器
回购中获取模块并使其成为本地模块,允许我编辑它?import shell log =
snakemake
.log_fmt_shell(stdout=True, stderr" fq1 = [
snakemake
.input.fq1] if isinstance(
snakemake
.input.fq1, str) else
snak
浏览 1
提问于2018-11-15
得票数 0
1
回答
如何在
snakemake
包装
器
中访问在snakefile中定义的变量?
、
我想写一个
snakemake
wrapper,能够根据主snakefile中定义的变量的
值
来调整其行为。 这似乎不是简单的工作,当我尝试在
包装
器
中使用这样的变量时,我得到了一个NameError。特别是,我想让
包装
器
在shell命令周围添加module load ...和module unload ...命令,当运行在使用这种机制的集群上时,根据配置文件中定义的信息将一些程序放在PATH中: 在主这将导致: NameError: name 'load_modules'
浏览 49
提问于2019-06-04
得票数 0
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2
回答
Snakemake
slurm输出文件重定向到新目录
、
、
我正在整理一个
snakemake
slurm工作流程,我的工作目录被slurm输出文件弄得乱七八糟。我希望我的工作流程至少将这些文件定向到我的工作目录中的“slurm”目录。{input} --noextract --outdir 'analysis/fastqc_raw' 2> {log.err} > {log.out}然后我用以下命令调用:
snakemake
我不想在运行我的
snakemake
命令之前手动创建它,这对可伸缩性不起作用。
浏览 6
提问于2020-05-18
得票数 5
2
回答
如何指定带相对路径的
snakemake
包装
器
?
我正在尝试使用我在管道目录(与Snakefile相同的目录)中定义的一些
包装
器
,而不是
包装
器
代码库。 我已经查看了相关文档,当我使用绝对路径时,它工作得很好,但我无法获得相对路径。https://
snakemake
.readthedocs.io/en/latest/snakefiles/modularization.html#wrappers 例如,通过绝对路径指定,有效 wrapper
snakemake
--directory
浏览 30
提问于2020-01-22
得票数 3
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1
回答
snakemake
是处理输出中介工作流的合适工具吗?
、
为了减少工作流的小细节,我刚开始试用
snakemake
(上周左右),之前我已经通过python编写了自己的特定工作流。然后,我将解析Kraken输出的输出,以检测未提供物种
值
的最常见物种(在一组允许的范围内)(与
snakemake
-s test.snake -config R1_reads= R2_reads= R2我还注意到,wrappers可以让我处理它,但是从我需要这个变量的角度来看,我将
包装
我工作流程的其余部分。如果我想在之后使用该物种来运行特定于该物种的一组脚本(具有
多个
物种特定的工作流),
浏览 2
提问于2017-10-19
得票数 1
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