snakemake执行作业的条件是满足以下几个方面:
- Snakemake文件:首先需要有一个Snakemake文件,它是一个描述工作流的文本文件,其中定义了任务之间的依赖关系和执行规则。
- 任务依赖关系:Snakemake使用规则定义任务之间的依赖关系。每个任务都有输入文件和输出文件,任务的执行需要满足输入文件的存在和输出文件的缺失。当所有的输入文件都存在且输出文件都缺失时,Snakemake会自动执行相应的任务。
- 输入文件:Snakemake会检查每个任务所需的输入文件是否存在。如果输入文件不存在,Snakemake会等待直到输入文件可用。
- 输出文件:Snakemake会检查每个任务所需的输出文件是否缺失。如果输出文件已经存在,Snakemake会跳过相应的任务,不再执行。
- 规则定义:Snakemake使用规则定义任务的执行规则。规则中包含了任务的输入、输出、执行命令等信息。Snakemake会根据规则中的定义来执行任务。
总结起来,snakemake执行作业的条件是:有一个Snakemake文件,任务之间有明确的依赖关系,输入文件存在且输出文件缺失,以及规则定义了任务的执行规则。
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